一、基因与免疫的关系（论文文献综述）
赵莹,赵丹玉,刘超[1]（2022）在《基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析》文中研究说明目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11 （TXNDC11）在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组（CPTAC）数据库分析TXNDC11蛋白在肿瘤组织和正常组织间表达的差异;采用基因表达谱交互分析网站（GEPIA）分析TXNDC11表达与泛癌分期之间的关系;采用Kaplan-Meier Plotter在线网站分析TXNDC11表达与泛癌患者生存预后的关系;采用TIMER数据库分析各种肿瘤组织中TXNDC11蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性;采用SangerBox数据库分析TXNDC11蛋白与免疫检查点的关系。结果:ONCOMINE数据库分析,与癌旁正常组织比较,结肠癌（COAD）、胃腺癌（STAD）和肉瘤（SARC）组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显降低（P<0.05）,而乳腺癌（BRCA）、食管癌（ESCA）、肾嫌色细胞癌（KICH）和胰腺癌（PAAD）组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显升高（P<0.01）。TIMER数据库分析,BRCA、胆管癌（CHOL）、ESCA、胶质母细胞瘤（GBM）、头颈鳞状细胞癌（HNSC）和前列腺癌（PRAD）组织中TXNDC11蛋白表达水平升高,COAD、肾乳头状细胞癌（KIRP）、肺腺癌（LUAD）、肺鳞状细胞癌（LUSC）、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤（PCPG）、直肠腺癌（READ）和甲状腺癌（THCA）组织中TXNDC11呈明显低表达。CPTAC数据库分析,肾透明细胞癌（KIRC）和子宫内膜癌（UCEC）组织中TXNDC11蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织（P<0.01）,而BRCA、卵巢癌（OV）和COAD组织中TXNDC11蛋白表达水平明显低于癌旁正常组织（P<0.05或P<0.01）。GEPIA数据库分析,TXNDC11表达水平与LUAD、卵巢浆液性囊腺癌、THCA和UCEC患者的临床病理分期有密切关联（P<0.05）。Kaplan-Meier Plotter数据库分析,膀胱尿路上皮癌（BLCA）（HR=0.71,P=0.024）、 BRCA （HR=0.68, P=0.021）、 ESCA （HR=0.39, P=0.005 1）、 HNSC （HR=0.72,P=0.026）、KIRC （HR=0.41,P=0.002 6）、LUAD （HR=0.53,P<0.01）、READ （HR=0.34, P=0.014）、 SARC （HR=0.61,P=0.016）、胸腺癌（THYM）（HR=0.14,P=0.004 2）、THCA （HR=0.35,P=0.043）和UCEC （HR=0.36,P<0.01）组织中TXNDC11的高表达与肿瘤患者的良好预后有关联。TIMER数据库分析,TXNDC11表达与22种肿瘤组织中B细胞浸润水平有相关性（P<0.05）,TXNDC11表达与16种肿瘤组织中CD4+T淋巴细胞浸润水平、25种肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞浸润水平、22种肿瘤组织中中性粒细胞浸润水平、22种肿瘤组织中巨噬细胞浸润水平和23种肿瘤组织中树突状细胞浸润水平有明显相关性（P<0.05）;TXNDC11表达与COAD、LUSC、 HNSC、 SARC和皮肤黑色素瘤（SKCM）的免疫细胞具有明显相关性（P<0.01）。SangerBox数据库分析,TXNDC11在多种肿瘤组织中与多个免疫检查点基因表达水平有明显相关性（P<0.05）。结论:泛癌分析中,TXNDC11在多种肿瘤组织中普遍低表达,且TXNDC11与多种肿瘤患者的预后生存有密切关联。TXNDC11可作为一个重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤的免疫反应。
郑浩然,蒋爱民,史楚楚,傅潇,姚煜[2]（2022）在《BIRC5基因在非小细胞肺癌中的表达及与免疫细胞浸润和预后的关系》文中指出目的:通过生物信息学方法分析杆状病毒凋亡抑制蛋白5（baculoviral inhibitor of apoptosis repeat-containing protein 5,BIRC5）基因在非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）与正常组织中的表达差异,并分析其与NSCLC预后和免疫细胞浸润水平的关系。方法:运用GEPIA数据库分析NSCLC和正常肺组织中BIRC5基因的表达水平。运用Sperman’s相关性检验在TIMER数据库和GEPIA数据库对BIRC5基因表达与NSCLC中免疫细胞浸润水平、免疫细胞浸润表面标记物的相关性进行分析。最后,通过Kaplan-Meier Plotter分析BIRC5表达水平与NSCLC预后的关系。结果:与正常组织相比,BIRC5基因在NSCLC组织中表达水平升高（P<0.05）。BIRC5基因与NSCLC免疫微环境中多种免疫细胞浸润水平及其表面标记物显着相关。多因素COX回归模型显示,B细胞浸润水平降低及BIRC5高表达是肺腺癌患者不良预后的独立危险因素（P<0.05）。生存分析结果表明BIRC5基因高表达与NSCLC患者的不良预后显着相关（P<0.05）。结论:BIRC5基因在NSCLC中表达上调,影响NSCLC免疫细胞浸润水平,导致免疫微环境失衡,进而造成不良的临床预后。BIRC5基因有望成为NSCLC免疫细胞浸润和预后相关的生物学标志物。
刘文轩,刘倩薇,陈冲,王琬婷,罗军,李聪[3]（2021）在《选择信号分析在羊功能基因挖掘中的研究进展》文中提出羊（包括山羊（Capra hircus）和绵羊（Ovis aries））是人类主要饲养的家畜之一。羊根据其经济用途可以分为乳用、肉用、绒用和兼用四类。探究种群间选择信号的特征可以清楚地了解种群的遗传进化和选择进展,将正向选择应用于育种可加快遗传进展、缩短育种进程,对选择信号检测到的功能基因进一步验证为致因基因,可实现分子设计育种和重要经济性状的改良。本文综述了五种常用选择信号检测方法不同之处和适用范围,总结了近年来利用选择信号分析挖掘羊重要经济性状功能基因的研究进展,为下一步解析功能基因调控羊重要经济性状形成的分子机制奠定理论基础,为实施分子设计育种实现群体遗传改良或新品种（系）培育提供基因来源与分子素材。
宋厚盼,刘恒铭,仇婧玥,冯瑶,吴嫚婷,喻昶,熊萌,曾梅艳[4]（2021）在《胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究》文中研究表明目的通过生物信息学方法分析与胃癌发病密切相关的基因调控网络,探讨其在胃癌预后中的价值,并进一步挖掘靶向治疗胃癌的中药活性成分。方法通过GEO数据库获取GSE103236胃癌芯片数据,对芯片数据进行均一化处理,分析胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）;应用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论（genetic ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析;通过String数据库构建DEGs蛋白交互作用网络;采用Cytohubba筛选关键基因,分析关键基因表达程度与患者的预后及免疫细胞浸润的相关性;运用CTD数据库筛选能靶向作用于关键DEGs的中药活性成分。结果共获得45 015个胃癌组织与正常组织的DEGs,其中显着性DEGs 176个。它们与细胞周期过程调控、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen activated protein kinases,MAPK）级联调控等生物过程密切相关,集中于细胞外区域、细胞外泌体等细胞组分,主要参与胰岛素样生长因子结合、Wnt蛋白结合等细胞功能。KEGG分析发现显着性DEGs主要参与环磷酸酰胺（cyclic adenosine monophosphate,cAMP）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K/Akt）信号通路、癌症转录失调、p53信号级联等信号通路。筛选出TIMP1、SPP1、APOE、APOB、FGA、FGG、CYR61、IGFBP1、CHGB、SCG3 10个关键基因。这些基因表达异常均与免疫细胞的大范围浸润存在极高的相关性,其中TIMP1、IGFBP1、CYR61、FGG、APOE、APOB 6个关键基因的异常表达显着影响患者的生存率。进一步挖掘出桦木酸、长春新碱、丹参酮等30个可能靶向治疗胃癌的中药活性成分。结论筛选出10个与胃癌发病密切相关的核心基因,并分析了这些核心基因与胃癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性;挖掘出30个可能用于胃癌靶向治疗的中药活性成分;研究结果可为胃癌生物标志物的筛选、胃癌的防治及预后分析提供思路和参考。
庞兆飞,柳勇,赵小刚,闫涛,陈效伟,杜贾军[5]（2021）在《基于公共数据库构建肺腺癌肿瘤干性评分模型预测免疫治疗疗效》文中认为目的鉴定肺腺癌肿瘤干细胞相关基因亚型,构建肿瘤干性评分模型以预测肺腺癌免疫检查点抑制治疗疗效。方法从TCGA数据库下载肺腺癌RNA测序数据,使用"limma"包分析肺腺癌（535例）与癌旁组织（59例）中329个肿瘤干细胞相关基因的差异表达（FDR<0.05,|log2 Fold Change|>2）,利用差异基因鉴定肺腺癌肿瘤干细胞相关亚型,通过单因素Cox回归分析进一步筛选出肿瘤干细胞相关亚型之间对预后有意义的共同差异基因。基于主成分分析（PCA）算法,利用123个预后有意义的共同差异基因对TCGA与GEO合并后的630例肺腺癌患者进行肿瘤干性评分,利用Kaplan-Meier曲线分析确定最佳截断值,将肺腺癌患者分成高、低肿瘤干性评分组（截断值为-1.91）。探究不同肺腺癌肿瘤干细胞相关亚型和肿瘤干性评分组在肿瘤微环境、免疫治疗方面的差异。结果鉴定出了36个差异表达基因和3个预后有统计学意义的肿瘤干细胞相关亚型（CSC-A、 CSC-B、 CSC-C）（P=0.033）,其在免疫细胞浸润方面差异有统计学意义并与抗原递呈、细胞毒性作用等多条免疫通路相关。单因素Cox回归分析筛选出123个对预后有意义的共同差异基因,构建了肿瘤干性评分模型。低肿瘤干性评分组各类免疫细胞浸润程度普遍上升,PD1、PD-L1、CTLA4表达显着升高。无论是单独的抗CTLA4或抗PD1治疗,亦或是二者联合治疗,低肿瘤干性评分组的疗效都优于高肿瘤干性评分组,无免疫检查点抑制治疗时,高、低肿瘤干性评分组的疗效差异无统计学意义（P=0.060）。在抗PD-L1和抗PD1的两个独立免疫治疗队列中,低肿瘤干性评分组的反应率均高于高肿瘤干性评分组（抗PD-L1治疗队列反应率:50%vs 20%;抗PD1治疗队列反应率:23%vs 0%）。结论肿瘤干性评分模型在预测肺腺癌患者免疫检查点抑制治疗疗效方面具有潜在价值,有望为肺腺癌患者免疫检查点抑制治疗提供理论依据。
高嫦娥[6]（2021）在《PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及其体内安全性评价的临床前研究》文中认为研究背景与目的靶向T细胞抑制性检测点肿瘤免疫治疗是当今生物医学研究的最热点。研究表明,利用单抗药物直接作用于PD-1可以有效地阻断抑制性免疫检测点,激活T细胞,增强T细胞的功能,达到治疗肿瘤的目的。在机体的免疫系统中,肠道由于接触抗原的表面积最大并且免疫细胞数量较多,因而被认为是体内最大的免疫器官[1],发生于结直肠的恶性肿瘤与免疫逃逸有关。本研究利用CRISPR/Cas9技术对T细胞PD-1基因进行靶向敲除,采用小鼠结肠癌模型进行PD-1基因敲除的T细胞的体内抗肿瘤作用及其可能机制研究,采用非人灵长类动物食蟹猴作为实验动物,高度模拟PD-1基因敲除T细胞在体内的安全性评价,以期建立利用CRISPR/Cas9技术靶向T细胞PD-1基因进行肿瘤细胞免疫治疗的策略,进而为临床研究的实施奠定坚实的实验基础。第一章:小鼠PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及其机制研究第一部分:小鼠PD-1基因敲除T细胞的建立及其体外抑制肿瘤的作用[方法]在GENEBANK数据库中查找获得小鼠PD-1基因序列,设计靶向小鼠PD-1基因的sgRNA,构建靶向PD-1基因的PX458敲除载体,经扩增、酶切鉴定及测序验证,获得正确的CRISPR/Cas9-sgRNA表达载体。分离获得小鼠外周血PBMC,富集细胞数量为1×107,加入敲除PD-1基因的PX458敲除载体5μg,采用Lonza-4D电转仪进行电转染,48h后检测转染效率,采用PCR技术和T7E1酶切验证PD-1基因的敲除。体外培养结直肠癌细胞株CT-26,分为:阴性对照组:CT-26细胞组、PD-1基因敲除T细胞组,实验组:CT-26与PD-1基因敲除T细胞共培养组,CT-26与未经PD-1基因敲除的T细胞及PD-1单抗共培养组。绘制各组细胞生长曲线,细胞杀伤检测试剂盒检测PD-1基因敲除的T细胞的杀伤能力,通过流式细胞术检测T淋巴细胞亚群比例的变化及体外分泌细胞因子的水平变化。[结果]成功获得了靶向小鼠PD-1基因敲除的sgRNA,构建靶向小鼠PD-1基因sgRNA/Cas9表达载体,建立小鼠PD-1基因敲除T细胞,对其体外特性进行检测,结果显示:流式细胞仪检测PD-1基因敲除T细胞CD3、CD4、CD8比例无明显变化;PD-1基因敲除T细胞与结直肠癌细胞株CT-26在不同效靶比作用下体外抑制肿瘤效应结果显示:各组细胞生长曲线示:与其他两组相比,CT-26与PD-1基因敲除T细胞共培养组,CT-26与未经PD-1基因敲除T细胞及PD-1单抗共培养组,72小时细胞活率明显下降,与其他两组相比,CT-26与PD-1基因敲除T细胞共培养组,CT-26与PD-1基因敲除T细胞及PD-1单抗共培养组,与肿瘤细胞共培养后:IFN-γ、TNF-α、IL-2的水平增加。[结论]建立了稳定的体外定向敲除T细胞抑制性免疫检测点PD-1的技术,获得了小鼠同种异体PD-1基因敲除T细胞,体外实验显示,可抑制肿瘤细胞的生长,为体内抗肿瘤的研究奠定了基础。第二部分:小鼠PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及可能机制[方法]培养结直肠癌细胞株CT-26,制备小鼠结直肠癌移植瘤模型;实验分组分别为模型对照组（经尾静脉注射PBS）、阴性对照组（经尾静脉注射未经基因敲除的T细胞）、PD-1基因敲除T细胞组（经尾静脉注射PD-1基因敲除的T细胞）、PD-1单抗组（经尾静脉注射PD-1单抗）,观察结直肠癌移植瘤模型中各组小鼠体重,活动度,生存期等,绘制小鼠生存率曲线;处死各组中小鼠,分别取肝,肺和肠等组织进行病理学分析;分离MLNs、脾脏淋巴细胞,采用流式细胞仪检测MLNs、脾脏CD4+,CD8+T细胞,Treg细胞比例,ELISA法检测MLNs、血清中肿瘤免疫相关细胞因子的分泌水平变化。[结果]与模型对照组相比较,同种异体PD-1基因敲除T细胞可抑制结直肠癌荷瘤小鼠原位移植瘤的生长及向肝脏和肺部的转移,延长了小鼠的存活时间。PD-1基因敲除T细胞回输结直肠荷瘤小鼠,ELISA结果显示,与同模型对照组、阴性对照组相比较,PD-1基因敲除T细胞回输组MLNs和血清中IFN-y,TNF-α和IL-12的水平增加,IL-6无明显变化,IL-17水平减少。在结直肠癌小鼠PD-1基因敲除T细胞回输后,PD-1敲除组小鼠的CD44+CD62L-记忆T细胞比例明显提升,CD4+FoxP3+调节性T细胞比例降低。[结论]同种异体PD-1基因敲除T细胞在结直肠癌中显示出体内抑制肿瘤转移的作用,且可能通过依赖CD8+T细胞在结直肠癌中发挥抗肿瘤作用。第二章:食蟹猴PD-1基因敲除T细胞体内安全性评价第一部分:食蟹猴PD-1基因敲除T细胞的建立及其生物学特性[方法]在GENEBANK数据库中搜索食蟹猴PD-1基因序列,设计靶向食蟹猴PD-1基因的sgRNA,构建靶向PD-1基因的PX458敲除载体,经扩增、酶切鉴定及测序验证,获得正确的sgRNA表达载体;分离培养食蟹猴PBMC,采用Lonza-4D电转仪进行电转染,48h后检测转染效率,采用PCR技术及T7E1酶切鉴定PD-1基因的敲除。在细胞因子刺激下诱导食蟹猴T细胞增殖,定期观察细胞形态变化及集落形成并计数,绘制食蟹猴PD-1基因敲除T细胞生长曲线,FACS检测食蟹猴PD-1基因敲除T细胞周期、凋亡,CCK-8法检测食蟹猴PD-1基因敲除T细胞增殖,以及食蟹猴PD-1基因敲除T细胞表面特征分子的表达,通过ELISA法检测食蟹猴PD-1基因敲除T细胞分泌的IFN-γ、TNFα、IL-10、IL-6、IL-2水平。[结果]成功获得了靶向食蟹猴PD-1基因敲除的sgRNA,构建靶向食蟹猴PD-1基因的敲除重组表达载体sgRNA/Cas9,成功培养了食蟹猴PD-1基因敲除的T细胞,细胞生长周期为28天,生长曲线呈S形,符合Logistic生长曲线。CCK-8法检测结果显示,与未经敲除PD-1基因的T细胞相比较,PD-1基因敲除的T细胞增殖未受到抑制,生长曲线基本与未经敲除PD-1基因的T细胞相同;流式细胞仪检测T细胞表型无改变,具有杀伤性作用的CD8+T细胞所占比例有所升高;细胞周期及凋亡检测结果显示:与未经敲除PD-1基因的T细胞相比较,PD-1基因敲除的T细胞G0/G1期,S期,G2/M期比例两者无统计学差异,早期凋亡、死亡细胞比例两者无统计学差异。ELISA法对细胞因子IFN-γ、TNFα、IL-10、IL-6、IL-2进行检测,结果显示:PD-1基因敲除的T细胞释放细胞因子与相同培养条件下,未进行PD-1敲除的T细胞释放细胞因子量统计学无差异。[结论]抑制性检查点基因PD-1的破坏导致PD-1表达的降低,但在体外培养期间不影响PD-1基因敲除T细胞的活力、PD-1基因敲除T细胞特征标志物的表达、PD-1基因敲除T细胞凋亡和PD-1基因敲除T细胞周期,且扩增的PD-1基因敲除T细胞也不影响具有细胞因子表达的能力,为其体内安全性评价奠定基础。第二部分:食蟹猴PD-1基因敲除T细胞体内安全性评价[方法]多次富集PD-1基因敲除T细胞后,经静脉回输入食蟹猴体内,参照人细胞因子诱导的淋巴细胞回输有效剂量（2×107/kg）,溶解于100ml 0.9%氯化钠注射液中,对照组经静脉注射100ml/（kg·次）0.9%氯化钠注射液,每3d上午同一时间给药1次,共给药3次,分别在回输后4h,24h,48h,1w,2w,3w,4w直到100天抽取外周血,流式细胞仪检测CD3,PD-1的表达,观察各组食蟹猴体重,活动度等一般情况,监测血常规、血生化,ELISA法检测各组食蟹猴Th1:IL-2、IL-12、IFN-γ;Th2:IL-4、IL-10;炎症细胞因子:TNF-α、IL-1β、IL-6等细胞因子水平的变化,并分别取肝、肺、骨髓、脾脏、胸腺、甲状腺、垂体、肾上腺、睾丸等组织进行病理学分析,观察其毒性反应。[结果]将PD-1基因敲除的T细胞回输到食蟹猴体内,PD-1基因敲除的T细胞未显示出对其体重、活动度等一般情况的影响,血液学检查指标:白细胞数、单核细胞数与对照组相比,均未出现明显变化;生化学检查指标:总蛋白、白蛋白、球蛋白、总胆红素、直接胆红素、间接胆红素、谷草转移酶、谷丙转移酶、尿素氮、肌酐等与对照组相比,均未出现明显变化;组织病理学分析显示没有与输注的PD-1基因敲除T细胞相关的损伤;流式细胞术监测外周血中PD-1基因敲除的T细胞的体内持久性为两个月。[结论]我们的研究结果证明了食蟹猴用于评估PD-1基因敲除T细胞免疫治疗安全性的效用,并为基于T细胞的过继免疫治疗提供了新的策略。
高明春[7]（2021）在《IL10在牛副流感病毒3型感染中的作用及其调控机制》文中提出牛副流感病毒3型（Bovine parainfluenza 3 virus,BPIV3）是引起犊牛呼吸道感染的重要病原体之一,世界各国的牛群感染BPIV3的抗体阳性率通常在50%到90%之间。BPIV3可感染肺上皮细胞与肺泡巨噬细胞,发生组织损伤和免疫抑制,随后继发细菌感染导致严重的支气管肺炎。IL10（Interleukin10,IL10）是极少数具有强大的负调节功能的抗炎性细胞因子,上皮细胞、单核巨噬细胞等都是IL10发挥抑制性作用的靶细胞。许多病毒感染后依靠多种途径诱导宿主IL10表达来负调控宿主免疫应答,IL10负调控免疫应答的相关机制在HIV（Human immunodeficiency virus）、FMDV（Foot-and-Mouth disease virus）、LCMV（Lymphocytic choroid meningitis virus）、PCV2（Porcine circovirus type 2）、PRRSV（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus）等病毒的致病机制中发挥重要作用,BPIV3感染中IL10是否及如何调控免疫应答尚未清楚。本研究分离BPIV3流行毒株并分析其致病特征,证实BPIV3流行株能够感染牛与鼠的上皮细胞与单核巨噬细胞。建立小鼠呼吸道感染模型与鼠原代巨噬细胞感染模型。以小鼠与原代巨噬细胞的高通量转录组数据证实BPIV3可能利用IL10及其重要的下游产物SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3,SOCS3）下调宿主的抗感染免疫应答。随后开展了牛IL10、IL10R1、SOCS3的生物学活性与作用机制研究,证实牛IL10与IL10受体结合转导信号,激活JAK-STAT3通路来迅速高表达SOCS3,在小鼠与牛细胞上都具有类似的生物学活性。最终探索了BPIV3主要依赖My D88、p38 MAPK以及NF-κB信号通路来表达IL10,负调控宿主抗病毒应答并提高BPIV3复制能力的相关机制。本研究为阐明IL10/STAT3/SOCS3信号轴在BPIV3感染中的致病作用和抑制IL10通路防制牛呼吸道传染病奠定了理论基础。首先对2017年黑龙江省、河北省等地的群发犊牛肺炎1793份血清进行了BPIV3的抗体调查,结果表明近70%的犊牛呼吸道疾病可部分归因于BPIV3所参与的感染。随后自病牛鼻拭子中分离到了一株BPIV3,其具有感染MDBK、BHK21、BBEC、BL、BTB、BT、ML、PBMC、BMDM等牛与小鼠多种上皮细胞与单核巨噬细胞的能力。分离株经呼吸道感染小鼠肺脏并对其进行了致病性的分析,感染鼠肺脏发生病理变化,并且肺内病毒在12 d内不能够被完全清除,感染肺脏发生了多种炎性因子的表达,检测到重要的调节性抑炎性因子IL10在感染后的12 d之内,大多数检测时间点的转录均显着高于对照。通过高通量转录组测序、差异表达分析与基因富集及蛋白质相互作用网络分析,在小鼠与原代巨噬细胞感染BPIV3前后重要宿主免疫与调控分子的变化模式。BPIV3感染小鼠与感染巨噬细胞后,在感染早期显着上调了IL10与SOCS3表达,SOCS3几乎在所有分组中都得到了显着的转录激活。大多数组别中Tyk2、STAT1、STAT2、IRF7、ISG15、Mx1、RSAD2、PML等关键抗感染免疫基因被显着下调,IL10与SOCS3参与了BPIV3感染后抑制宿主抗病毒应答。为进一步研究牛IL10的信号转导以及其是否能发挥免疫负调控作用,克隆了牛IL10、牛IL10R1与SOCS3基因并分析其生物信息与进化保守性。对IL10、IL10R1胞外区与SOCS3进行了蛋白表达与纯化,并制备了相应的高效价抗体。采用腺病毒系统表达了牛IL10、IL10R1胞外区,然后在牛与鼠细胞上证实重组IL10可快速并强烈诱导SOCS3的表达,这种作用可以被IL10R1胞外区所抑制。IL10与SOCS3都具有抑制Ⅰ型干扰素及其下游分子表达的功能,即牛IL10与SOCS3可用于牛与鼠细胞的负免疫调控研究,而IL10R1胞外区可作为IL10通路的阻断剂。进一步探讨BPIV3感染中IL10参与负调控的相关机制,研究表明BPIV3以时间与剂量依赖性的方式诱导原代巨噬细胞与肺上皮细胞在感染极早期迅速上调IL10的m RNA并大量分泌IL10蛋白,同时TNF-α与Ⅰ型干扰素及其下游蛋白Mx1的表达受到了显着的抑制。IL10在原代巨噬细胞中的产量远高于上皮细胞,外源与内源性的IL10都可提高BPIV3的滴度。IL10R1胞外区作为游离的受体竞争掉IL10或抑制剂阻断IL10产生的通路都能降低病毒的复制能力。在My D88（Myeloid differentiation factor,MYD88）缺失与My D88抑制剂处理的BMDM细胞上,IL10/SOCS3的表达大幅降低,表明依赖My D88分子转导信号的通路在BPIV3感染过程中诱导IL10的表达起到了重要作用。此外,应用通路抑制剂证实NF-κB和p38 MAPK在BPIV3诱导IL10表达中为关键通路。JAK-STAT通路中的多种JAK与STAT分子均参与IL10与BPIV3之间复杂的调控作用。综上所述,BPIV3是我国犊牛传染性肺炎的主要病原之一,感染后可显着上调IL10与SOCS3的表达并引起宿主免疫抑制,主要下调以Ⅰ型干扰素及其下游分子介导的抗病毒应答,这种由IL10介导的负调控依赖于My D88、NF-κB和p38 MAPK信号通路。本研究可为进一步阐明BPIV3的分子致病机制与开发以调控IL10为靶标的免疫防控提供理论基础。
刘小川,于江泳,张萍,武晓楠,李琳[8]（2021）在《加权基因共表达网络分析鉴别与老年肺腺癌免疫相关的关键基因筛选》文中提出目的筛选与老年肺腺癌患者肿瘤浸润免疫细胞相关的关键基因。方法回顾性分析,训练集的基因表达数据来源于癌症基因组图谱数据库,验证集来源于基因表达综合数据库的GSE72094数据集,筛选年龄≥75岁的肺腺癌患者91例,14例匹配的正常样本。肿瘤浸润免疫细胞水平由反卷积算法计算,训练集采用加权基因共表达网络分析筛选与肿瘤浸润免疫细胞水平相关的关键基因,并应用外部数据集验证。结果在老年肺腺癌患者中,IKZF1和PRKCB的高表达与自身免疫疾病和T细胞受体信号通路等相关,其编码的蛋白可与IL2RB、LCK和CD5等多种免疫调节因子相互作用。在IKZF1和PRKCB基因高表达患者中,PD-L1、PD-1和CTLA-4等免疫检查点基因的表达高于低表达患者（均P<0.01）。验证集结果表明,CD8+T细胞水平与IKZF1（r=0.75）和PRKCB（r=0.65）的表达相关（均P<0.01）。结论老年肺腺癌患者肿瘤组织中的IKZF1和PRKCB表达与肿瘤浸润CD8+T细胞和免疫检查点基因的表达相关。
张炬[9]（2021）在《节气变化对大学生过敏性鼻炎患者过敏免疫应答及外周血SLFN12基因相关水平影响的研究》文中进行了进一步梳理1目的以中医天人相应理论为基础,通过对在校大学生六节气下过敏免疫应答指标、外周血SLFN12基因mRNA及蛋白水平的检测,旨在验证大学生过敏免疫应答的季节节律性,并揭示过敏性鼻炎季节性发病与SLFN12基因mRNA、蛋白水平变化具有相关性,以期为防治该病提供一定临床参考。2方法根据纳入排除标准,过敏组、健康组共入组40例（两组各20例,男女比例1:1）,六个节气重复测量。ELISA法检测不同节气人血清中IgE、HIS、IL-17、LTC4。CELLAVISION DM 96血细胞形态学分析软件检测不同节气人鼻粘膜中EOS、LYM。Western Blotting法及Real-Time PCR法检测不同节气人外周血中SLFN12基因mRNA及蛋白水平。统计学分析用SPSS 23.0软件,均数±标准差表示统计数据,研究方法为两因素重复测量方差分析,各指标之间进行相关性分析。3结果3.1不同节气变化对人体血清中IgE、HIS、IL-17、LTC4含量的影响血清IgE:过敏组在小满高表达、清明低表达;健康组在寒露高表达、小暑低表达。血清HIS:过敏组在小满高表达、寒露低表达;健康组在小寒高表达、小暑低表达。血清IL-17:过敏组在小寒高表达、小暑低表达;健康组在清明高表达、小暑低表达。血清LTC4:过敏组在清明高表达、小暑低表达;健康组在清明高表达、小暑低表达。3.2不同节气变化对人体鼻粘膜分泌物中EOS、LYM含量的影响鼻黏膜分泌物中EOS含量:过敏组在清明高表达、小暑低表达;健康组在寒露高表达、小暑低表达。鼻黏膜分泌物中LYM含量:过敏组在清明高表达、小暑低表达;健康组在清明高表达、处暑低表达。3.3不同节气变化对人体外周血中SLFN12基因mRNA及蛋白水平的影响mRNA水平:过敏组在清明高表达、小满低表达;健康组在寒露高表达、小暑低表达。蛋白水平:过敏组在寒露高表达、小满低表达;健康组在寒露高表达、小满低表达。3.4不同节气过敏免疫相关指标与SLFN12基因mRNA及蛋白水平的关联性研究mRNA水平:过敏组:处暑节气与IgE、HIS存在负相关关系;健康组:清明节气与HIS存在正相关关系。蛋白水平:过敏组:清明、寒露节气与EOS存在负相关关系,寒露节气与LYM存在负相关关系;健康组:清明节气与IL-17存在负相关关系,小寒节气与IgE、HIS、IL-17存在正相关关系。4结论（1）人体过敏免疫应答状态具有季节节律性,多表现为清明、寒露节气高表达,即春、秋季节过敏免疫应答亢进。（2）SLFN12基因水平与过敏性鼻炎发病相关,且具有季节变化性特点,多表现为寒露节气高表达,即与秋季过敏性鼻炎发病密切相关。（3）SLFN12基因变化与过敏免疫应答变化具有相关性,且季节变化趋势基本一致。
周宇[10]（2021）在《基于全基因组重测序的水牛演化历史、不同驯化特征和基因组选择区研究》文中研究指明水牛是对人类农业社会发展影响最大的家畜之一,水牛主要生活在世界人口最为稠密的东亚、东南亚和南亚地区,是传统农耕家庭最重要的生产资料,不仅为农业耕种提供了强大的牵引力,还提供了大量的肉、奶、革、肥料等畜产品,依赖该物种维持生计的人口比其他任何家养动物都要多,因此被誉为“养活人口最多的动物”。水牛分为沼泽型和河流型两个亚种,前者主要分布在东亚和东南亚,后者主要分布在南亚。由于考古学和历史记录的缺乏,沼泽型水牛的驯化起源问题至今仍然存在争论。目前水牛基因组的研究才刚刚起步,对其遗传信息资源和重要的经济性状的遗传机理知之甚少。本研究对来自亚欧大陆14个国家的39个水牛地方种群共230头个体进行全基因组重测序和群体遗传学分析,并对水牛的演化迁徙历史和基因组上受驯化选择影响的区域进行了系统分析。获得如下研究结果:水牛不同品种和群体全基因组重测序:利用基于Illumina PE150平台的二代测序技术,共获得了6.3TB的有效测序数据,平均测序深度为10.5×,绝大多数个体与水牛参考基因组的比对率和覆盖率均在98%以上。对水牛群体的SNP检测中共获得了沼泽型水牛18,732,366个、河流型水牛23,722,820个和合并群体33,516,506个SNP位点,以及水牛SNP位点所在的基因组区域的分布情况,极大地丰富了水牛群体SNP数据信息。基于水牛全基因组SNP信息来分析水牛群体遗传结构:基因流分析显示分布于我国云南、中南半岛和印度北部区域内的水牛存在长期的基因渗入和杂交,这可能与当地存在千余年的茶马古道贸易有关。此前研究大多认为中国西南地区和中南半岛北部是沼泽型水牛的驯化起源地,是因为这一带的沼泽型水牛群体多样性较高。本研究发现该区域内的沼泽型水牛群体多态性较高是河流型水牛基因流渗入的结果,再加之没有考古学证据的支持,因此在确定沼泽型水牛驯化起源地问题上需要考虑更多因素。结合东亚和东南亚的考古学研究,发现沼泽型水牛的迁徙与南岛语系扩散具有很高的重合性,推测其驯化起源地应当位于我国东南沿海一带。沼泽型水牛基因组中受选择的基因解析:通过π、iHS和CLR三种测试相结合的方法共筛选出符合条件的沼泽型水牛候选基因共801个。其中有82个基因被三种测试同时检出,237个基因被iHS和CLR测试检出,99个基因被iHS和π测试检出,380个基因被CLR和π测试检出。82个被三种测试检出的基因中有77个蛋白表达基因。对沼泽型水牛选择性清除区域内的基因进行KEGG通路富集分析,共得到22个显着富集（P<0.05）的KEGG通路。沼泽型水牛选择性清除区域内基因GO富集分析中显着富集（P<0.05）的GO条目共有153个,部分差异极显着（P<0.01）。通过对比KEGG富集和GO富集的结果,发现沼泽型水牛选择性清除基因集的生物学功能主要集中在骨骼肌和心肌功能、神经传导和行为、能量代谢和免疫等几个方面。骨骼肌的发育与力量和耐力有关,心肌的功能与血氧运输有关,它们都是维持运动机能不可或缺的。沼泽型水牛是以力量强大和耐力持久着称的役用家畜,这些富集条目中的候选基因可能是人们在驯化沼泽型水牛过程中提升力量和耐力的关键因素。河流型水牛基因组中受选择的基因解析:通过π、iHS和CLR测试结合共筛选出符合条件的河流型水牛候选基因共542个。其中有62个基因被3种测试共同检出,147个基因被iHS和CLR测试检出,65个基因被iHS和π测试检出,265个基因被CLR和π测试检出。对河流型水牛选择性清除区域内的基因进行KEGG通路富集分析,其中显着富集（P≤0.05）的通路8个。河流型水牛选择性清除区域内基因GO富集分析中显着富集（P<0.05）的GO条目共有106条,部分基因极显着富集（P<0.01）。将河流型水牛选择性清除基因与牛的QTL进行比较后,发现其中62个基因具有数量性状注释。结合KEGG和GO富集分析、PPI分析和QTL关联分析的结果,发现河流型水牛选择性清除基因主要涉及的生物学功能集中在役用功能、泌乳、抗热应激等几个方面。本研究从全基因组水平深入探讨了水牛种群结构、演化迁徙、基因流、驯化和重要经济性状等问题的遗传学基础,重新解构了水牛的迁徙演化和驯化过程。本研究获得的水牛高质量群体基因组数据,也为挖掘水牛特有的遗传信息资源、解析水牛重要经济性状的遗传机理、探究水牛驯化起源与表型地理差异的分子机制和水牛的遗传改良和重要经济性状的开发利用提供了宝贵的数据资源。
二、基因与免疫的关系（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、基因与免疫的关系（论文提纲范文）
（2）BIRC5基因在非小细胞肺癌中的表达及与免疫细胞浸润和预后的关系（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 GEPIA数据库分析 |
| 1.2 TIMER数据库分析 |
| 1.3 Kaplan-Meier plotter数据库分析 |
| 1.4 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 BIRC5基因在NSCLC中的表达 |
| 2.2 BIRC5基因表达与NSCLC中免疫细胞浸润水平的关系 |
| 2.3 BIRC5及免疫浸润细胞对NSCLC预后的生存分析及多因素COX回归分析 |
| 2.4 BIRC5与免疫浸润细胞表面标记物的相关性分析 |
| 2.5 BIRC5基因与NSCLC患者预后的关系 |
| 3 讨论 |
（3）选择信号分析在羊功能基因挖掘中的研究进展（论文提纲范文）
| 1 不同选择信号检测方法的比较 |
| 2 选择信号分析挖掘羊重要经济性状功能基因的研究进展 |
| 2.1 影响羊产奶性状的基因 |
| 2.2 影响羊绒毛性状的基因 |
| 2.3 影响羊肉品质性状的基因 |
| 2.4 影响羊免疫功能的基因 |
| 2.5 影响羊对环境适应性的基因 |
| 2.6 影响羊繁殖性状的基因 |
| 2.7 影响羊其他性状的基因 |
| 3 总结与展望 |
（4）胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 胃癌组织与周围正常组织DEGs筛选 |
| 1.2.2 胃癌组织与周围正常组织DEGs基因本体论(genetic ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析 |
| 1.2.3胃癌组织与周围正常组织DEGs编码蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络的构建及模块分析 |
| 1.2.4 与胃癌发病相关的核心基因筛选 |
| 1.2.5 作用于胃癌发病过程中关键基因靶点的中药活性成分分析 |
| 1.2.6 胃癌发病过程中关键基因表达高低与患者预后情况相关性分析 |
| 1.2.7 胃癌发病过程中关键基因表达值与免疫细胞浸润程度相关性分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 数据均一化处理结果 |
| 2.2 胃癌组织与周围正常组织DEGs筛选 |
| 2.3 胃癌组织与正常组织显着性DEGs GO功能富集分析 |
| 2.4 胃癌组织与正常组织显着性DEGs的KEGG通路分析 |
| 2.5 与胃癌发病密切相关的基因靶点网络构建 |
| 2.6 靶向作用于胃癌发病密切相关基因的中药活性成分筛选 |
| 2.7 与胃癌发病相关的核心基因对疾病预后意义的分析 |
| 2.8 胃癌核心致病基因与免疫细胞浸润相关性分析 |
| 3 讨论 |
（5）基于公共数据库构建肺腺癌肿瘤干性评分模型预测免疫治疗疗效（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 资料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 筛选差异表达的肿瘤干细胞相关基因并进行肿瘤干细胞相关的肺腺癌亚型鉴定 |
| 1.2.2 不同肿瘤干细胞相关亚型的免疫浸润和功能富集分析 |
| 1.2.3 鉴定肺腺癌独立预后因素 |
| 1.2.4 构建肺腺癌肿瘤干性评分模型 |
| 1.2.5 肿瘤干性评分与免疫治疗疗效相关性的评估与验证 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结 果 |
| 2.1 肺腺癌肿瘤干细胞相关基因亚型 |
| 2.2 不同肿瘤干细胞相关亚型的免疫浸润分析和功能富集分析 |
| 2.3 独立预后因子的鉴定 |
| 2.4 肿瘤干性评分模型 |
| 2.5 免疫检查点抑制治疗的疗效分析 |
| 3 讨 论 |
（6）PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及其体内安全性评价的临床前研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 研究背景及立题依据 |
| 一、转移性结直肠癌的治疗现状及研究进展 |
| 二、靶向PD-1肿瘤细胞免疫治疗的机制及发展现状 |
| 三、大肠癌发生与肿瘤免疫治疗的关系研究进展 |
| 四、本研究的目的及意义 |
| 参考文献 |
| 第一章、小鼠PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及其机制研究 |
| 第一部分、小鼠PD-1基因敲除T细胞的建立及其体外抑制肿瘤的作用 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 实验方法 |
| 本部分结果 |
| 1. 靶向PD1基因sgRNA的设计构建及鉴定 |
| 2. PCR扩增和T7E1酶切鉴定 |
| 3. PD-1基因敲除T细胞亚群比例检测 |
| 4. PD-1基因敲除T细胞体外抑制肿瘤细胞生长 |
| 5. PD-1基因敲除T细胞与CT-26细胞株共培养的体外抗肿瘤效应 |
| 6. PD-1基因敲除T细胞与CT-26细胞株共培养的体外细胞因子分泌 |
| 本部分讨论 |
| 本部分结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分、小鼠PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及可能机制 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 本部分结果 |
| 1. 结直肠癌小鼠模型中CD8~+细胞中PD-1表达显着升高 |
| 2. 小鼠结直肠癌移植瘤模型的建立 |
| 3. 小鼠CT-26结直肠癌移植瘤模型体内抗肿瘤效应 |
| 4. 小鼠CT-26结直肠癌模型体内抗肿瘤效应可能机制 |
| 本部分讨论 |
| 本部分结论 |
| 参考文献 |
| 第二章、食蟹猴PD-1基因敲除T细胞的体内安全性评价 |
| 第一部分、食蟹猴PD-1基因敲除T细胞的建立及其生物学特性 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 实验方法 |
| 本部分结果 |
| 1. 食蟹猴外周血T细胞的培养 |
| 2. 食蟹猴PD-1敲除T细胞载体的构建及敲除效率的检测 |
| 3. 食蟹猴PD-1基因敲除对T细胞增殖的影响 |
| 4. 食蟹猴PD-1基因敲除对T细胞亚群的影响 |
| 5. 食蟹猴PD-1基因敲除对T细胞周期的影响 |
| 6. 食蟹猴PD-1基因敲除对T细胞死亡殖的影响 |
| 7. 食蟹猴PD-1基因敲除对T细胞细胞因子分泌的影响 |
| 8. 混合淋巴细胞反应 |
| 本部分讨论 |
| 本部分结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分、食蟹猴PD-1基因敲除T细胞的体内安全性评价 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 实验方法 |
| 本部分结果 |
| 1. 食蟹猴一般情况 |
| 2. 食蟹猴PD-1基因敲除T细胞体内持续时间的检测 |
| 3. 食蟹猴PD-1基因敲除T细胞体内安全性的评价 |
| 4. PD-1基因敲除T细胞回输对食蟹猴各组织器官的影响 |
| 本部分讨论 |
| 本部分结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 综述 PDH/PD-L1信号通路及其相关抗肿痛免疫疗法在结直肠癌中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（7）IL10在牛副流感病毒3型感染中的作用及其调控机制（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写词表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 牛呼吸道疾病病原及其固有免疫应答 |
| 1.1 牛呼吸道病原识别病原的分子基础 |
| 1.2 气道和肺上皮细胞对牛呼吸系统疾病的抵抗能力 |
| 1.3 固有免疫系统的效应细胞 |
| 第二章 牛副流感病毒3 型感染及其逃避宿主免疫的研究进展 |
| 2.1 宿主范围与传播特点 |
| 2.2 流行病学与基因型 |
| 2.3 BPIV3 编码基因与蛋白特征 |
| 2.4 牛副流感的临床症状与病理变化 |
| 2.5 病原分离与鉴定 |
| 2.6 BPIV3 造成的经济损失 |
| 2.7 BPIV3 的治疗与预防 |
| 2.8 副黏病毒拮抗Ⅰ型干扰素的研究概况 |
| 第三章 IL10 的信号转导与其在病毒致病中的作用 |
| 3.1 白细胞介素-10 的来源细胞与基本作用 |
| 3.2 IL10 的受体与信号转导 |
| 3.3 IL10 的相关家族与病毒编码的IL10 |
| 3.4 IL10 在病毒致病中的作用 |
| 3.5 IL10 重要产物SOCS3 在病毒感染中的作用 |
| 3.6 病毒诱导IL10 产生的信号通路 |
| 3.7 阻断IL10 清除病毒感染的新策略 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 犊牛BPIV3 血清抗体调查与BPIV3 A的分离鉴定 |
| 1 材料 |
| 1.1 细胞、菌株与质粒 |
| 1.2 血清与病料采集 |
| 1.3 主要培养基及试剂 |
| 1.4 主要试剂配制 |
| 1.5 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 呼吸道症状的犊牛BPIV3 抗体调查 |
| 2.2 鼻棉拭子中的BPIV3 鉴定与分离培养 |
| 2.3 病毒的鉴定与纯化 |
| 3 结果 |
| 3.1 呼吸道症状的犊牛BPIV3 抗体调查 |
| 3.2 BPIV3 分离培养 |
| 3.3 BPIV3 的特性鉴定 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二章 BPIV3 感染C57BL/6 小鼠与巨噬细胞的转录组分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 主要动物、细胞与毒株 |
| 1.2 主要试剂与耗材 |
| 1.3 主要试剂配制 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 BPIV3对C57BL/6 鼠的致病性 |
| 2.2 转录样本的制备 |
| 2.3 转录组测序 |
| 2.4 qPCR验证转录组测序结果 |
| 3 结果 |
| 3.1 BPIV3对C57BL/6 鼠的致病性 |
| 3.2 BPIV3 感染鼠巨噬细胞后细胞因子的变化 |
| 3.3 BPIV3 感染C57 小鼠后肺组织的转录组分析 |
| 3.4 BPIV3 感染原代巨噬细胞转录组测序与分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 牛IL10、IL10R1、SOCS3 的重组表达及特性分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 细胞、菌株与质粒 |
| 1.2 抗体 |
| 1.3 主要培养基及试剂 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 牛IL10、IL10R1、SOCS3 的克隆与生物信息学分析 |
| 2.2 牛IL10、IL10R1、SOCS3 的原核表达与多抗制备 |
| 2.3 牛IL10、SOCS3 的真核表达 |
| 2.4 牛IL10、IL10R1 腺病毒制备及蛋白表达 |
| 2.5 牛IL10 启动子双荧光素酶载体的构建 |
| 2.6 构建牛IL10、IL10R1、SOCS3 干扰载体 |
| 2.7 牛IL10 的生物学活性及信号通路研究 |
| 2.8 牛SOCS3 对I型干扰素表达的负调控 |
| 3 结果 |
| 3.1 牛IL10、IL10R1、SOCS3 的克隆 |
| 3.2 牛IL10、IL10R1、SOCS3 的原核表达与多抗制备 |
| 3.3 牛IL10、SOCS3 的真核表达 |
| 3.4 牛IL10、IL10R1 胞外区的腺病毒感染细胞与表达蛋白鉴定 |
| 3.5 牛IL10 启动子双荧光素酶载体的构建与活性分析 |
| 3.6 牛IL10、IL10R1、SOCS3 干扰载体的构建 |
| 3.7 牛IL10 和IL10R的生物学活性 |
| 3.8 牛IL10 的信号通路 |
| 3.9 牛SOCS3 对I型干扰素表达的负调控 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第四章 IL10 在牛副流感病毒3 型感染中的作用 |
| 1 材料 |
| 1.1 细胞与质粒 |
| 1.2 抗体和抑制剂 |
| 1.3 主要培养基及试剂 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 BPIV3 感染细胞表达IL10 并发挥其活性 |
| 2.2 IL10/IL10R1对BPIV3 感染与细胞因子表达的影响 |
| 3 结果 |
| 3.1 BPIV3 感染细胞诱导IL10 的转录与表达 |
| 3.2 BPIV3 感染对STAT3 表达的影响 |
| 3.3 BPIV3 感染对SOCS3 转录的影响 |
| 3.4 BPIV3 感染对其他细胞因子表达的影响 |
| 3.5 IL10对BPIV3 感染与细胞因子表达的影响 |
| 3.6 IL10 受体阻断对BPIV3 复制与细胞因子表达的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第五章 IL10 与牛副流感病毒3 型感染的相互调控 |
| 1 材料 |
| 1.1 细胞与质粒 |
| 1.2 抗体和抑制剂 |
| 1.3 主要培养基及试剂 |
| 1.4 主要溶液的配制 |
| 1.5 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 BPIV3 感染诱导IL10 产生的信号通路 |
| 2.2 调控IL10 相关通路对BPIV3 复制与细胞因子表达的影响 |
| 3 结果 |
| 3.1 BPIV3 诱导IL10 产生所依赖的信号通路 |
| 3.2 调控IL10 相关通路对BPIV3 复制与细胞因子表达的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（9）节气变化对大学生过敏性鼻炎患者过敏免疫应答及外周血SLFN12基因相关水平影响的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词表 |
| 前言 |
| 研究思路及方法 |
| 1 过敏性鼻炎发病机制 |
| 2 过敏性鼻炎发病与季节变化密切相关 |
| 3 大学生群体的选择 |
| 4 试验分组设计及节气点的选择 |
| 5 试验方案图 |
| 参考文献 |
| 试验一 不同节气变化对人体血清中 IgE、HIS、IL-17、LTC_4含量的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 试验二 不同节气变化对人体鼻粘膜分泌物中EOS、LYM含量的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 试验三 不同节气变化对人体外周血中SLFN12基因mRNA及蛋白水平的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 试验四 不同节气下过敏免疫相关指标与SLFN12基因mRNA及蛋白水平关联性的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 讨论 |
| 1 过敏性鼻炎季节性发病与节气变化相关性的理论探讨 |
| 2 人体血清中IgE、HIS、IL-17、LTC_4含量六节气变化趋势探讨 |
| 3 人体鼻粘膜中EOS、LYM含量六节气变化趋势探讨 |
| 4 人体外周血中SLFN12基因mRNA及蛋白水平含量六节气变化趋势探讨 |
| 5 不同节气SLFN12基因mRNA及蛋白水平与过敏免疫指标的相关性探讨 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 不足与展望 |
| 附录 过敏性鼻炎评分量表(SFAR) |
| 综述近十年季节变化与过敏性鼻炎发病相关性研究进展 |
| 1.理论研究 |
| 2.实验角度 |
| 3.流行病学调查研究 |
| 4.总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）基于全基因组重测序的水牛演化历史、不同驯化特征和基因组选择区研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 水牛的种群概况 |
| 1.2 水牛的主要品种介绍 |
| 1.2.1 沼泽型水牛品种简介 |
| 1.2.2 河流型水牛品种简介 |
| 1.3 我国杂交水牛研究概况 |
| 1.4 水牛驯化起源研究进展 |
| 1.5 本研究的内容及目的意义 |
| 1.5.1 研究内容 |
| 1.5.2 目的及意义 |
| 第二章 不同类型和品系水牛群体全基因组重测序研究 |
| 2.1 实验材料和方法 |
| 2.1.1 水牛样品采集 |
| 2.1.2 水牛基因组重测序 |
| 2.1.3 水牛基因组文库构建和测序 |
| 2.1.4 重测序数据分析 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 水牛样本采集 |
| 2.2.2 DNA的质量 |
| 2.2.3 重测序数据质量评估 |
| 2.2.4 水牛重测序数据与参考基因组的比对 |
| 2.2.5 SNP检测结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 水牛群体遗传结构分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 水牛群体系统发生树的绘制 |
| 3.1.3 主成分分析 |
| 3.1.4 群体遗传结构分析 |
| 3.1.5 水牛种群基因流分析 |
| 3.1.6 水牛群体遗传多样性分析 |
| 3.1.7 连锁不平衡衰减分析 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 水牛群体系统发生树 |
| 3.2.2 主成分分析结果 |
| 3.2.3 群体遗传结构分析结果 |
| 3.2.4 基因流分析结果 |
| 3.2.5 水牛种群遗传多样性结果 |
| 3.2.6 连锁不平衡衰减分析结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 沼泽型水牛在驯化过程中的选择印记 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 选择性清除分析 |
| 4.1.3 候选基因的功能分析 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 沼泽型水牛的选择性清除候选基因 |
| 4.2.2 沼泽型水牛选择性清除基因的KEGG富集结果 |
| 4.2.3 沼泽型水牛选择性清除基因的GO富集结果 |
| 4.3 分析与讨论 |
| 4.3.1 与心肌和骨骼肌相关的基因 |
| 4.3.2 与温顺相关的基因 |
| 4.3.3 与糖代谢相关的基因 |
| 4.3.4 与免疫相关的基因 |
| 4.3.5 腺苷酸环化酶基因是以上生理活动的关键节点 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 河流型水牛在驯化过程中的选择印记 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 河流型水牛的选择性清除候选基因 |
| 5.2.2 河流型水牛选择性清除基因的KEGG富集分析结果 |
| 5.2.3 河流型水牛选择性清除基因的GO富集结果 |
| 5.2.4 河流型水牛选择性清除基因的PPI分析和QTL关联分析 |
| 5.3 分析与讨论 |
| 5.3.1 与役用功能相关的基因 |
| 5.3.2 与泌乳相关的基因 |
| 5.3.3 与热适应性相关的基因 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 6.3 主要创新点 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附表1 水牛重测序数据概况 |
| 附表2 沼泽型水牛的选择性清除基因 |
| 附表3 河流型水牛的选择性清除基因 |
| 附表4 沼泽型水牛选择性清除基因显着富集的GO条目 |
| 附表5 河流型水牛选择性清除基因显着富集的GO条目 |
| 附表6 沼泽型水牛选择性清除基因与牛QTL的交集 |
| 附表7 河流型水牛选择性清除基因与牛QTL的交集 |
四、基因与免疫的关系（论文参考文献）
- [1]基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析[J]. 赵莹,赵丹玉,刘超. 吉林大学学报(医学版), 2022
- [2]BIRC5基因在非小细胞肺癌中的表达及与免疫细胞浸润和预后的关系[J]. 郑浩然,蒋爱民,史楚楚,傅潇,姚煜. 现代肿瘤医学, 2022
- [3]选择信号分析在羊功能基因挖掘中的研究进展[J]. 刘文轩,刘倩薇,陈冲,王琬婷,罗军,李聪. 农业生物技术学报, 2021(12)
- [4]胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究[J]. 宋厚盼,刘恒铭,仇婧玥,冯瑶,吴嫚婷,喻昶,熊萌,曾梅艳. 中草药, 2021(22)
- [5]基于公共数据库构建肺腺癌肿瘤干性评分模型预测免疫治疗疗效[J]. 庞兆飞,柳勇,赵小刚,闫涛,陈效伟,杜贾军. 山东大学学报(医学版), 2021(11)
- [6]PD-1基因敲除T细胞治疗结直肠癌的有效性及其体内安全性评价的临床前研究[D]. 高嫦娥. 昆明医科大学, 2021(01)
- [7]IL10在牛副流感病毒3型感染中的作用及其调控机制[D]. 高明春. 吉林大学, 2021
- [8]加权基因共表达网络分析鉴别与老年肺腺癌免疫相关的关键基因筛选[J]. 刘小川,于江泳,张萍,武晓楠,李琳. 中华老年医学杂志, 2021(08)
- [9]节气变化对大学生过敏性鼻炎患者过敏免疫应答及外周血SLFN12基因相关水平影响的研究[D]. 张炬. 天津中医药大学, 2021(01)
- [10]基于全基因组重测序的水牛演化历史、不同驯化特征和基因组选择区研究[D]. 周宇. 广西大学, 2021(01)