一、鲤科鱼类二个属级名称的地位（论文文献综述）
黄燕[1]（2014）在《长江上游特有鱼类DNA条形码研究》文中研究说明长江上游是我国天然的淡水鱼类种质资源基因库,共有鱼类261种,其中特有鱼类107种。在长江上游特有鱼类中,鲤形目种类最多,共93种,占特有鱼类总数的86.92%,因而其在长江上游特有鱼类中具有非常重要的地位。在全球范围内,鲤形目物种丰富,拥有6科321属共约3,268种鱼类,主要分布于东南亚。近几十年来,水利工程兴修、水环境污染及过度捕捞等人为因素使得我国淡水鱼类资源受到严重威胁。同时,鱼类存在表型可塑性和遗传变异性等特征,致使经典分类学方法在鱼类的物种鉴定中存在一定困难。因此快速地获取鱼类的基因信息,建立全面准确的基因序列数据库,对其物种多样性和遗传多样性保护至关重要。DNA条形码（DNA barcoding）是一种快速准确的物种鉴定技术,通过将某段基因的DNA序列与数据库中标准序列进行比对,以此实现物种的快速鉴定,在生态、环境、食品安全、海关检疫、疾病防控和生物多样性保护等领域中得到了广泛应用。以往的DNA条形码研究中,常采用CAOS （Characteristic attributes organization system）实现特征诊断位点（Nucleotide-diagnostic sites）的预测,以辅助物种鉴定,但该软件操作过程复杂,且对文件格式要求高。自组织神经网络模型（Self-organizing maps, SOM）是一种基于非线性原则的人工神经网络模型,与其他线性模型相比,SOM模型预测能力更强、可信度更高且视觉效果更美观。本研究基于线粒体COI基因序列,以长江上游特有鱼类和多数鲤形目鱼类为例开展DNA条形码研究,验证COI基因序列在长江上游特有鱼类物种鉴定中的有效性,并探讨SOM模型在鱼类DNA条形码特征诊断位点预测中的可行性,旨在为长江上游特有鱼类和鲤形目鱼类的快速鉴定提供参考依据。本研究的主要结论如下：1.本研究测定了长江上游特有鱼类的242条COI序列,结合GenBank和BOLD下载的长江上游特有鱼类的59条COI序列,共分析了4目8科29属45个物种的301条COI序列。基于Kimura双参数替代模型（Kimura2-parameter, K2P）的统计结果显示,长江上游特有鱼类的种内平均遗传距离为0.47%,属内种间平均遗传距离为2.60%,科内属间和目内科间的平均遗传距离分别为16.32%和21.76%。NJ树拓扑结构显示,本研究29属长江上游特有鱼类中,有28个属的鱼类（占本研究总数的96.55%）分别聚为了属的单系支,但有4个属内的物种未各自形成种的单系支,无法有效区分：（1）裂腹鱼属（Schizothorax）的细鳞裂腹鱼（S. chongi）、隐鳞裂腹鱼（S. cryptolepis）、重口裂腹鱼（S. davidi）、四川裂腹鱼（S. kozlovi）、昆明裂腹鱼（S. grahami）、齐口裂腹鱼（S. prenanti）、中华裂腹鱼（S. sinensis）和短须裂腹鱼（S. wangchiachii）等8个物种；（2）沙鳅属（Sinibotia）的中华沙鳅（S. superciliaris）与宽体沙鳅（S. reevesae）;（3）金沙鳅属（Jinshaia）的短身金沙鳅（J. abbreviate）与中华金沙鳅（J. sinensis）;以及（4）鮡属（Pareuchiloglanis）的中华鮡（P.sinensis）与前臀鮡（P. anteanalis）。此外,四川华鳊（Sinibrama taeniatus）和达氏鲟（Acipenser dabryanus）也未形成种的单系支。造成这种现象的主要原因可能是物种快速形成、渐渗杂交（Introgressive hybridization）或不完全世系分选（Incomplete lineage sorting）等。45种长江上游特有鱼类中,有40个种（占本研究总数的88.89%）的最小种间遗传距离大于其最大种内遗传距离,形成了条形码间隙（Barcoding gap）。综上所述,COI基因能够准确地鉴定本研究大部分长江上游特有鱼类,表明基于COI基因的DNA条形码是该区域鱼类物种鉴定的有效手段；SOM模型在长江上游特有鱼类科级水平的特征诊断位点的预测中具有可行性,预测所得的特征诊断位点可用于指导物种的区分鉴定。2.通过测序及GenBank和BOLD共获得了6科274属989种鲤形目鱼类的3434条COI序列。基于K2P替代模型的统计结果显示,种内遗传距离在0-13.85%之间,其中小于2%的占90.20%。在2%阈值范围内,鲤形目鱼类的种内平均遗传距离为0.21%；属内种间、科内属间以及目内科间平均遗传距离分别为11.34%、16.15%和18.44%；属内种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的54倍。进一步分析比较了鲤形目各科的遗传距离差异：种内平均遗传距离最大（0.23%）的为鲤科（Cyprinidae）,种间平均遗传距离最小（6.13%）的为胭脂鱼科（Catostomidae）;平鳍鳅科（Balitoridae）、花鳅科（Cobitidae）和条鳅科（Nemacheilidae）均分别形成了种内种间遗传距离的条形码间隙。Kruskal-Wallis非参秩和检验（Kruskal-Wallis nonparametric rank rums tests）表明各科鱼类的属内种间平均遗传距离和科内属间平均遗传距离均存在显着差异（P<0.0001）。基于SOM模型预测鲤形目科级、属级和种级水平的特征诊断位点,结果显示：本研究鲤形目科级水平的特征诊断位点不明显,可能是鲤科样本量大、变异位点多而减少了科级水平的特征诊断位点；SOM模型成功地预测了鲤形目属级和种级水平的特征诊断位点,表明SOM模型在鲤形目属级和种级水平上特征诊断位点的预测中具有可行性,建议推广SOM模型在DNA条形码研究中的应用,指导鲤形目物种的快速鉴定。
唐琼英[2]（2005）在《鳅超科鱼类分子系统发育研究》文中进行了进一步梳理鳅超科（Cobitoidea）是鲤形目（Cypriniformes）鱼类的重要组成部分。鳅超科中的鳅科（Cobitidae）和平鳍鳅科（Balitoridae）鱼类统称鳅类（Loach）,二者间以及二者和鲤科（Cyprinidae）鱼类间的系统发育关系至今仍存在较大争议。中国是鳅类种类最为丰富的国家,有很多属、种为我国特有。鳅类是较为复杂的类群。目前,有关鳅类系统发育关系的报道较少,这就使鳅类的生物地理学过程研究变得较为困难。鳅类的分类及系统发育研究也直接影响到鲤形目鱼类的分类和系统发育研究。有关鳅超科鱼类系统发育的报道也较少,尤其从分子水平上来研究鳅超科鱼类系统发育关系目前还未见报道。因此,本研究采用鳅超科鱼类的线粒体细胞色素b基因（cyt b）和控制区（d-loop）序列作为分子标记,对鳅超科鱼类的分子系统发育关系进行研究,并依据得到的系统发育关系,推测鳅超科鱼类主要分支事件的发生和部分形态特征的演化。本研究得到如下主要结果: 1.选择了鳅超科鱼类共93尾标本,代表67个种,并以鲤科鱼类的鲤鱼（Cyprinus carpio）和斑马鱼（Danio rerio）作为外类群,测定了线粒体cyt b基因和控制区序列,比较了这两个序列在碱基组成和进化速率上的差异情况。结果表明,所有个体的cytb基因全长为1140bp,平均核苷酸组成为:A=28.1%,T=28.7%,C=28.2%,G=15.0%。转换数（Ti）明显大于颠换数（Tv）,其平均Ti/Tv的值为2.093。控制区序列长度变异为834 bp到944 bp,有许多插入缺失存在于序列中。序列的平均碱基组成为:A=34.5%,T=31.9%,C=19.8%,G=13.8%。与cyt b基因的平均碱基组成相比,控制区表现出了强烈的A和T含量的偏倚。其平均Ti/Tv的值为1.096。进化速率的比较结果显示,总体上控制区的变异大于cyt b基因的变异（d-loop/cytb=1.83）。但是,若只考虑亲缘关系较近的类元之间的变异,即当cyt b的变异小于0.10的情况下,则控制区的变异小于cyt b基因的变异（d-loop/cyt b=0.78）。部分同质性检验显示研究中所用的两个序列片段间不存在显着差异（P=0.07>0.01）,因此采用这两个片段的组合数据,通过最大简约法（MP）、邻接法（NJ）和贝叶斯法（BI）来重建鳅超科鱼类的分子系统发育关系。三种方法分析得到的系统树拓扑结构基本一致。鳅超科鱼类的
杨金权[3]（2005）在《鮈亚科鱼类分子系统发育、演化过程及生物地理学研究》文中认为鮈亚科（Gobioninae）是一群集中分布东亚水系,仅个别属跨欧亚分布的中小型淡水鱼类,有近30 个属和亚属,190 余种及亚种,是鲤科（Cyprinidae）中最大的亚科之一。由于种类颇多,形态、生态和行为差异极大,因此,该亚科的单系性、系统位置、属间系统发育关系和部分属的有效性等问题,至今仍然存在着争议。本研究以线粒体细胞色素b 基因（cyt b）和控制区序列（d-loop）为分子标记,对鮈亚科鱼类进行了较为全面的分子系统发育研究。另外,还以cyt b基因序列构建分子钟,分析了鮈亚科鱼类在不同地史时期的的演化过程和规律,以及部分代表属、种的生物地理学过程。最后,还结合得到的分子系统发育关系,推测了鮈亚科鱼类形态特征的演化过程。研究得到的主要结果如下: 1. 测定了鮈亚科鱼类23 属55 种61 尾样本以及其他鲤科9 属9 种鱼类样本的cyt b 基因的全序列,另外从GenBank 下载了鮈亚科鱼类4 属4 种以及分属于雅罗鱼系各亚科的8 属8 种鱼类的cyt b 基因的全序列,以鲃系的Barbus barbus、Cyprinus carpio 和Discogobio tetrabarbatus 为外类群,总计82 条序列,采用最大简约法（MP）、最大似然法（ML）、邻接法（NJ）和Bayesian 法分别构建系统发育树。结果表明,鮈亚科是一个包括鳅鮀鱼类和稀有鮈鲫在内的单系群,应归于雅罗鱼系;鮈亚科鱼类可划分为四个类群——鱼骨群、鳈群、鮈群以及似鮈群;罗马尼亚鮈属、胡鮈属、片唇鮈属和突吻鮈属应作为有效属而存在,似鱼骨属和似白鮈属为无效属,分别为鱼骨属和颌须鮈属的同物异名。2. 以分别来自相同个体的鮈亚科鱼类样本20 属34 种37 尾的控制区序列和cyt b 基因的全序列进行两个基因进化速率比较和控制区的结构分析,并讨论了控制区序列在鮈亚科鱼类系统发育上的意义。对鮈亚科鱼类两个基因进化速率比较和控制区的结构分析表明,总体上控制区序列的进化速率比cyt b 基因进化要快,但是在近缘物种间控制区序列的进化速率却比cyt b 基因要慢;鮈亚科鱼类控制
郭宪光[4]（2006）在《骨鳔鱼类若干类群的分子系统发育和分化时间估算》文中指出骨鳔总目鱼类（Ostariophysi）隶属于鲱形亚部（Clupeocephala）,是真骨鱼中的第二大总目,由非耳鳔系（Anotophysi）和耳鳔系（Otophysi）组成;其中非耳鳔系指鼠鱚目,耳鳔系包括鲤形目、脂鲤目、鲇形目、电鳗目。解决骨鳔鱼类及其相关类群的高阶系统发育关系有助于解决基部真骨鱼的分化,而且为主要的淡水类群——世界性分布的耳鳔系鱼类的历史生物地理学分析奠定基础。然而,骨鳔鱼类的系统发育关系和历史生物地理学分析尚有较大空白和争议。我们选择四个类群,从不同的分类阶元来研究其分子系统发育和估算分化时间。因此,本论文主要分为四个部份。其主要的研究结论如下:1. U17 snoRNA是H/ACA纲的snoRNA,参与rRNA的加工成熟。我们测定了49种鱼类、67条rpS7 intron6序列,得到U17 snoRNA f copy,共计55个单倍型,包括42种骨鳔鱼类,7种外类群。综合从GenBank下载的4条U17 snoRNA基因序列,总计59条序列,采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和Bayesian系统发育分析。采用approximately unbiased test （AU test）、Kishino-Hasegawa test （KH test）和Shimodaira-Hasegawa test （SH test）检验相互竞争的拓扑树或系统育假设。并运用松散分子钟方法,估算骨鳔鱼类分化时间。结果
邢迎春[5]（2011）在《基于GIS的中国内陆水域鱼类物种多样性、分布格局及其保育研究》文中指出在经济快速发展、自然环境持续遭到破坏的背景下,中国内陆水域鱼类多样性的保护面临着严峻考验。本研究收集了相关鱼类学文献中的鱼类采集信息（1758—2010）,国内各主要鱼类标本馆馆藏标本信息（1920—2010）以及作者及所在团队近年的野外工作记录（2008—2011）,构建了数个与中国内陆水域鱼类有关的数据库;利用GIS地理信息系统软件将物种分布信息地图化,并结合对其它环境数据（包括气温、降水和人口密度分布信息）的分析,对我国内陆水域鱼类的物种多样性、特有性和濒危性进行了系统分析;同时,提出了我国内陆水域鱼类的热点地区,对保护区建设和相关保护工作进行了评述。本论文的结果主要体现在以下几个方面:（1）考证了我国鱼类学研究的中外文历史文献,构建了内陆水域鱼类文献数据库,对中国近、现代基础鱼类学研究（内陆水域鱼类部分）的发展历史进行了回顾与断代分析。我国近、现代内陆水域鱼类研究历史可以分为5个主要阶段,分别是外国学者研究时期、中国学者起步时期、战争影响时期、恢复时期和加速发展时期。每个时期都有代表性研究和时期特点。（2）考证了我国内陆水域鱼类的物种多样性,构建了鱼类物种数据库。截至2010年底资料统计,我国内陆水域鱼类现有1283种（包括亚种）,含引入种29种,隶属于16目49科291属;去除引入种,原生种类1254种（亚种）,包括洄游种类16种,隶属于15目42科279属;特有种828种（亚种）,隶属于7目23科176属,占内陆水域鱼类总种数的66.03%;特有属46个,包括22个单型属;濒危鱼类245种,隶属于10目28科108属,约占已知内陆水域鱼类的20%,特有种占濒危种总数的80%以上。这一工作是近年来较为精确地对我国内陆水域鱼类进行的统计,也是本研究的创新和特色之一。另外,还在不同分类阶元上对物种多样性进行了详细分析。目级水平,鲤形目物种数最高,共952种,占内陆水域鱼类总数的75.92%;其次是鲇形目和鲈形目。科级水平,鲤科物种数最多,共636种,占物种总数的70.52%。属级水平,高原鳅属物种数位居第一,共89种,占总数的7.10%。特有性水平最高的3个科分别是长臀鮠科、长吻鲟科和钝头鮠科。濒危程度最高的是鲟形目,全部已知种均为濒危种。（3）基于分布信息数据库,利用GIS技术揭示了中国内陆水域鱼类的分布格局。在GIS系统环境下,将相关分布信息地图化,进而对中国内陆水域鱼类物种多样性、特有种和濒危种的分布格局进行深入比对与研究。长江上游的四川盆地、长江中下游及其邻近水体、珠江水系及海南岛是物种多样性水平最高的4个区域。特有种数最多的区域分布在金沙江与雅砻江交汇处、长江上游、长江中游洞庭湖及其附近河流以及西江水系的红水河流域（南盘江、红水河和柳江段）。黄河、长江、澜沧江、怒江和珠江等水系的上游,塔里木河和雅鲁藏布江流域,以及台湾的特有鱼类所占比例高。而濒危种最多的区域包括长江上游和西江水系红水河流域（南盘江、红水河和柳江段）。黄河、长江、珠江、澜沧江和怒江等水系的上游、额尔齐斯河、塔里木河、雅鲁藏布江、黑龙江下游和台湾东部,这些区域濒危种所占比例比较高。之前,缺乏整体上对中国内陆水域鱼类分布的量化描绘,本研究利用栅格法将不同区域物种多寡反映在地图上,不仅使多样性分布格局直观化,也便于同其它环境信息进行叠加分析,这也是本研究的一个重要特点。在分布格局上,物种多样性、特有种和濒危种之间既有共同点,也具差异性。特有种分布格局与物种多样性格局基本一致,特有种数多的地区,物种多样性水平往往也较高。但两者也存在差异,表现在长江下游及其邻近水域和海南岛的物种多样性水平最高,但却不是特有种数最高的区域,这可能与其地理环境和地质历史有关。黑龙江、鸭绿江和澜沧江下游的特有种数最少,但物种多样性水平却不是最低的,这可能与这几个河段处于国界位置,为国际河流有关。濒危种分布格局与特有种分布格局较一致,特有种数多的地区,濒危种数往往也高。（4）探讨了鱼类物种多样性分布格局与气温、降水等环境因素的关系,特别是与人口密度的关系。人口密度指标在一定程度上间接反映了一地区对环境的压力水平,对于讨论内陆水域鱼类物种多样性与人类之间的关系有重要意义。物种多样性水平表现出随气温、降水的升高而升高的趋势。物种多样性与人口密度的关系表现为在人口密度低时,物种多样性水平也较低;随着人口密度的增加,物种多样性水平逐渐升高;但人口密度超过环境可容纳量后,随着人口密度的增加,物种多样性水平逐渐下降。（5）确定了中国内陆水域鱼类物种多样性、特有种和濒危种的热点地区。根据对这3类热点地区的重叠区分析,3类热点地区的重叠区位于长江上游的岷江及其和长江干流的交汇处、嘉陵江与长江干流交汇处,长江中游的宜昌与洞庭湖之间江段,以及西江水系红水河流域（包括南盘江、红水河、柳江和浔江段）等。除3类热点地区重叠区外,物种多样性和特有种热点地区的重叠区还分布在长江上游的嘉陵江、长江中游的洞庭湖、长江下游的鄱阳湖;物种多样性和濒危种热点地区的重叠区还分布在澜沧江下游;特有种和濒危种热点地区的重叠区还分布在金沙江与雅砻江交汇处。这些热点地区对今后保护工作的开展具有重要的指导意义。（6）评述了我国鱼类多样性保护工作现状,提出了优先保护建议。研究对我国已经建设的338个涉及濒危珍稀鱼类的自然保护区现状进行了分析,发现存在“东西部布局不平衡、保护区规划不够合理、保护区级别有待提高、资源保护仍存在不足”等问题。已建的水生生物自然保护区已涉及了除海南岛外的所有热点地区。海南岛已建立了森林生态自然保护区,保护措施已涉及此地。此外,已建的水生生物自然保护区没有涉及相对特有性和相对濒危性均最高的黄河、澜沧江和怒江等水系的上游、雅鲁藏布江中下游;相对特有性较高的塔里木河上游以及相对濒危性高的额尔齐斯河和台湾中南部等地区,但这些地区均建立了国家级或省级森林生态、野生动植物或内陆湿地等类型的自然保护区。建议在仍没有建立自然保护区的相对特有性和相对濒危性均最高的金沙江上游、相对特有性最高的雅鲁藏布江上游、相对濒危性最高的塔里木河中游等水域的适当位置优先建立自然保护区。
袁乐洋[6]（2005）在《中国光唇鱼属鱼类的分类整理》文中研究指明对中国光唇鱼属鱼类进行了分类整理。对目前鉴定出的光唇鱼属21个种和亚种403尾鱼类标本的的18个可量性状和9个可数性状进行了测量和计数;对分类上存在疑问的种或亚种的测量数据进行了主成分分析。结合测量、计数以及主成分分析的结果,并应用系统发育物种概念,评价光唇鱼属鱼类物种的有效性。主要结论如下: 1、光唇鱼属有一个独特的性状,其下唇与下颌分离,为两个瓣状结构,两者中央有间隔,籍此特征光唇鱼属可与鳃亚科（Barbinae）其它属级类群完全区分开来。光唇鱼属其它的鉴别特征有:体延长,侧扁。有吻褶,吻皮止于上唇基部。唇肉质,上唇包于上颌外表,上下唇在口角处相连。两对须。背鳍最后不分支鳍条骨化,后缘光滑或有锯齿,分枝鳍条8。臀鳍分枝鳍条5。 2、分布于浙江灵江水系的厚唇光唇鱼（Acrossocheilus labiatus）和台湾光唇鱼（A.formosanus）是同一物种,有效名称为台湾光唇鱼（A.paradoxus）;两者口唇结构的差别可能是两性异形。 3、目前被鉴定为两个亚种的半刺光唇鱼和带半刺光唇（Acrossocheilus hemispinus hemispinus和A.h.cinctus）差异显着,应该是两个不同的物种:A. hemispinus和A.cinctus。 4、吉首光唇鱼（A.jishouensis）和武夷光唇鱼（A.wuyiensis）是两个有效的物种。 5、目前被鉴定为温州光唇鱼（A.wenchowensis）的福建闽江水系的标本是一个未被描述的物种,命名为Acrossocheilus spinifer sp.nov.（厚刺光唇鱼）。 6、目前被鉴定为薄颌光唇鱼（A.kreyenbergii）的福建闽江水系的标本可能是另外一个未被描述的物种,暂时定名为A.aff.kreyenbergii（似薄颌光唇鱼）。 7、虹彩光唇鱼的三个亚种虹彩光唇鱼（A.iridescens iridescens）、长鳍光唇鱼（A.i.longipinnis）和元江虹彩光唇鱼（A.i.yuanjiangensis）被认为是它的三个地理居群（海南岛、珠江水系和元江水系）,三者形态上存在差别,但不显着,将三个亚种合并描述,记录为虹彩光唇鱼（A.iridescens）;窄条光唇鱼（A.stenotaeniatus）是虹彩光唇鱼（A.iridescens）的幼鱼,记录为虹彩光唇鱼的同物异名。 8、宽口光唇鱼（A.monticola）和多耙光唇鱼（A.clivosius）的口唇结构较为特殊,可能不属于光唇鱼属。
赵海涛[7]（2016）在《野鲮亚科一新属一新种的建立及其群体遗传学研究》文中提出生物多样性是维持地球生态系统稳定和持续生产的物质基础,在生命科学研究领域是最基础的。生物多样性的研究包括遗传多样性、物种多样性、生态系统多样性和景观多样性4个层次。长江流域中纯淡水鱼类达到了338种,受胁物种达到了全国鱼类受胁物种比例的1/4以上,甚至有些鱼类还没有被发现就已经灭绝。一个物种就是一份宝贵的财富,为了相关学科发展和生物资源持续开发利用,首先要了解物种的分类地位、形态、分布、数量、生物学、生态学及其遗传多样性特点,获得系统、深入的基础资料。2013年,我们在长江上游支流乌江和赤水河野外调查时,发现了野鲮亚科的一个新物种,其分类特征不能归入现有野鲮亚科任何属,因此我们以条纹异黔鲮（Paraqianlabeo lineatus Zhang,Peng et Zhao,sp.nov）为模式物种,建立了野鲮亚科的一个新属—异黔鲮属（Paraqianlabeo Zhang,Peng et Zhao,gen.nov）。据此,采用形态学、分子生物学等实验手段,围绕新属及其模式种进行了以下4个方面的研究工作:1.异黔鲮属的建立及其鉴别特征该新属的鉴别特征如下:吻皮较短,吻皮不能完全覆盖上唇和上颌,吻皮边缘不呈流苏状,边缘仅有极小的乳突;上唇发达,裸露在外;下唇分为三叶,中间叶发达,下唇中叶乳突较发达,形成吸盘雏形。口下位,唇后沟较短,有明显的颏沟。下咽齿三行。身体有明显的黑色纵条纹。该新属所具有的形态特征可以与野鲮亚科其它已知属相区别。基于线粒体COI基因的DNA条形码分析结果显示,乌江上游的香树湾（XS）、赤水河支流的代家沟（DJ）和赤水河上游的菁门（JM）三个地理种群形成单系与野鲮亚科其它属明显分开,新属与泉水鱼属的遗传距离最小（6.9%）。传统分类性状和DNA条形码技术分析均支持该新属的有效性。2.基于线粒体cytb基因的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析开展条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构研究将为其遗传资源的保护利用提供科学根据。我们采用了cytb对三个种群的遗传多样性和种群遗传结构进行了研究。152个条纹异黔鲮个体的cytb基因序列鉴定出了22个单倍型。三个种群的平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为（h=0.7530;π=0.0071）。菁门种群具有最低的单倍型多样性（h=0.113）,香树湾种群具有最低的核苷酸多样性（π=0.0001）,菁门种群和香树湾种群的单倍型多样性和核苷酸多样性（0.000,0.113;0.000,0.122）都极为匮乏;代家沟种群的单倍型多样性和核苷酸多样性（h=0.496,π=0.0012）是最高的。采用kimura双参数模型（k2p）计算条纹异黔鲮三个种群的遗传距离,总的平均遗传距离为0.007;三个种群间的遗传距离在0.005-0.015之间,种群内平均遗传距离最大的是代家沟种群（0.001）,最小的是菁门和香树湾种群（0.000）;种群间的遗传距离明显大于种群内的遗传距离。对所有单倍型构建的系统发育树显示,赤水河上游的代家沟种群和菁门种群具有更近的亲缘关系,然后再与乌江上游支流的香树湾种群构成姐妹群关系。分子变异方差分析（amova）表明,遗传差异主要发生在种群间（95.73%）,少部分发生在种群内（4.27%）。种群间的遗传分化指数（fst）显示,三个种群间的遗传分化水平在0.869-0.988之间,且差异极显着（p<0.001）,显示三个种群具有非常明显的种群结构。基因流估算显示,三个种群间的基因流在0.006-0.076之间,显着小于1,表明条纹异黔鲮各种群间的基因交流受到了明显限制。种群间的遗传距离明显大于种群内部的遗传距离,这些都表明条纹异黔鲮三个种群间具有非常高的遗传分化水平和明显的地理结构,其种群间已发生隔离。错配分布分析、tajima’sd检验和fu’sfs检验表明,条纹异黔鲮在整体水平上没有经历过瓶颈效应,但代家沟种群发生过种群扩张现象。基因的高度同质性和bsp（bayesianskylineplots）分析显示的种群规模变化都显示菁门种群和香树湾种群在近期没有种群扩张现象。通过贝叶斯聚类分析和分子钟估算分析可以看出,三个种群各自聚在一起,香树湾种群单独聚为一支,菁门和代家沟种群聚为一支。乌江支流（香树湾种群）和赤水河支流（代家沟和菁门种群）发生分化的时间在3.61百万年前,代家沟和菁门种群发生分化的时间在3.25百万年前。香树湾种群由于和另外两个种群有较大的遗传距离、较高的遗传分化系数、最小的基因流和较早的分化年代,其差异达到了亚种甚至是种的水平。3.基于微卫星分子标记的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析采用新一代“miseq”测序技术获得了大量的条纹异黔鲮微卫星序列,从中筛选了多态性微卫星分子标记21对。选用了其中10个多态性较好的微卫星位点,采用双重pcr技术进行荧光分型检测,对条纹异黔鲮3个种群的遗传多样性进行了评估,并对种群结构进行了分析。结果表明,3个种群的平均等位基因数的变化范围在5.8-10.8,代家沟种群的等位基因数最多,香树湾种群的等位基因数最少。3个种群中,遗传多样性指数（平均等位基因数、平均等位基因丰富度、平均观测杂合度、平均期望杂合度和多态信息含量）最大的是代家沟种群,最低的是香树湾种群。amova分析结果显示,条纹异黔鲮种群间的遗传变异大,占总变异量的66.63%,种群内的遗传变异占33.37%,条纹异黔鲮的遗传变异主要还是来源于种群间。三个种群在10个微卫星位点的基因流基本小于1,平均基因流水平也仅为0.6071。根据nei’s无偏估计获得的3个种群的遗传距离,香树湾与代家沟种群的遗传距离最大（2.8180）,最小的为代家沟与菁门种群为1.2769。基于微卫星数据,在混合模型下运用structure软件对3个种群进行种群结构的贝叶斯聚类分析,根据所得lnp（d）平均数进行分配测试和Δk检验,结果显示,当k=3时,lnp（d）达到最大,表明条纹异黔鲮应该分为三个不同的谱系。结合cytb的数据分析结果,三个种群需要作为不同的遗传管理单元进行保护。根据三个种群各自的遗传多样性水平、种群间的遗传距离、遗传分化系数、基因流及生境状况,三地的条纹异黔鲮保护顺序是香树湾种群>菁门种群>代家沟种群。4.条纹异黔鲮香树湾种群部分个体口唇结构变化研究乌江上游香树湾条纹异黔鲮种群中极少量个体的口唇结构和典型的条纹异黔鲮明显不同,表现为:（1）吻皮较长,完全覆盖上唇和上颌（vs.吻皮短,不完全覆盖上唇和上颌）;（2）吻皮边缘呈流苏状（vs.不呈流苏状）;（3）上唇退化或消失（vs.上唇存在且发达）;（4）下唇中叶前缘和两侧显着隆起（vs.下唇中叶前缘和两侧轻微隆起）;（5）下唇中叶乳突发达（vs.下唇中叶乳突不发达）。这种口唇结构的改变是同一种群内部的畸形、年龄、性别或不同倍型造成的,还是地理种群间出现了明显的分化?围绕这个问题我们开展了3个方面的研究并得出结果如下:（1）通过年龄和性别分组比较可以看出,香树湾种群口唇结构的变化和年龄、性别无直接关系;（2）核型和dna含量测定结果显示香树湾种群没有出现染色体倍性变化;（3）香树湾种群与代家沟、菁门种群间的dna条形码的遗传距离为1.5%,接近鱼类常用的种间遗传距离大于等于2%分类临界值。再综合考虑以下两点:a.线粒体cytb和微卫星检测结果表明香树湾种群和另外两个种群间的遗传距离和遗传分化系数较大,种群间基本没有基因交流,具有强烈的种群结构;b.口唇形态结构是重要的具有稳定性的野鲮亚科分类性状,具有分类学上的鉴定意义。故香树湾条纹异黔鲮种群已具备了新物种的部分特征或具备形成新物种的潜力,若单纯考虑物种的形态学标准,此一支或应描述为一个新物种;若结合遗传学物种的概念,该类群或应为一个正在形成中的种或亚种。通过以上研究,得到如下结论:1.基于性状特征的传统形态学分类方法和基于dna条形码技术的现代物种研究手段均支持异黔鲮属的有效性。2.基于线粒体cytb和微卫星的结果均显示,香树湾和菁门种群的遗传多样性水平较低,三个种群显示出明显的种群遗传结构,香树湾种群分化时间更早。3.DNA条形码、cytb和微卫星结果显示香树湾种群（口唇结构有较大变异的一支）与另外两个种群间的遗传分化较大,且少量个体已经在分类性状上出现差异,该种群应是异黔鲮属一个正在形成中的物种。
张丽霞[8]（2021）在《基于线粒体基因组对澜沧江和元江部分流域段鱼类单殖吸虫的分子系统学研究》文中提出云南六大水系中的澜沧江及元江均具有丰富的鱼类多样性,其中以澜沧江居首位,且该水系鱼类寄生单殖吸虫Monogenea系统分类学研究已有一定成果及记录,而元江水系鱼类单殖吸虫研究记录相对较少。本研究开展云南澜沧江和元江部分流域段鱼类寄生单殖吸虫的传统分类学及分子系统学研究。通过形态学分类鉴定物种,提取并测定其线粒体全基因组,采用比较基因组学的方法对本研究中及数据库查阅的单殖吸虫线粒体全基因组进行特征分析,并重建单殖吸虫的系统发育,主要研究结果如下:1.采集或在集市购买获得澜沧江及元江鱼类4目10科17属18种,共233尾。经形态分类鉴定检获单殖吸虫4科6属14种,其中已记录种13种,未定种1种,宿主新纪录1种。2.获得云南拟双身虫Paradiplozoon yunnanesis、?拟双身虫P.hemiculteri、日本真双身虫Eudiplozoon nipponicum、三代虫属未定种Gyrodactylus sp.共4种单殖吸虫的线粒体全基因组,其36个标准基因（除atp8基因）均测试获得。数据库37种及本研究4种线粒体全基因组的比较分析表明:（1）本研究涉及的41种单殖吸虫中,三代虫属未定种序列最大,达18165 bp;（2）多钩亚纲Polyonchoinea的AT含量为60.0～82.6%,体现了单殖吸虫纲类群的AT含量变化范围;（3）单殖吸虫相关同义密码子（RSCU）具有AT碱基的使用偏好,而双身虫科Diplozoidae偏向于使用富含GT碱基的密码子;（4）基于平均遗传距离分析,编码基因中nad2基因的进化速率表现比cox1基因快,rrn S基因的进化速率表现比rrn L基因快,nad2和rrn S基因可作低阶元的分子系统发育研的分子标记;（5）寡钩亚纲Oligonchoinea与多钩亚纲Polyonchoinea之间发生了较大规模的基因重排事件,在低阶元间,真双身虫属与拟双身虫属之间仅有1个trn G基因的移位,而在三代虫属（胎生三代虫）与Aglaiogyrodactylus（卵生三代虫）间则发生了较大规模的重排事件,因此基因顺序对于单殖吸虫的系统发育研究并不一定完全适用。3.基于线粒体基因组及核糖体部分序列（28S r DNA、5.8S+ITS2+28S r DNA和18S+ITS1+5.8S+ITS2 r DNA）的系统发育重建表明:（1）目级阶元:铗钩虫目Mazocraeidea、指环虫目Dactylogyridea、分室目Capsalidea、三代虫目Gyrodactylidea 4个目中铗钩虫目为最早分化的类群,指环虫目与分室目的系统发育关系较三代虫目更近;（2）科级阶元:指环虫科Dactylogyridae嵌入锚首虫科Ancyrocephalidae中并与锚盘虫科Ancyrocephalidae聚为一支,因此支持Boeger&Kritsky的分类观点将这三科并为指环虫科。另指环虫科与分室科Capsalidae的系统发育关系较鳞盘虫科Diplectanidae更近;（3）属级阶元:真双身虫属为并系群,在双身虫科表现为最早分化类群,此外真双身虫属和和双身虫属Diplozoon在不同系统重建中始终聚为一支,倡导增加物种数进一步研究这两属的分类地位。我国未记录的Aglaiogyrodactylus较三代虫属表现更早起源。由于单殖吸虫线粒体基因组数据资料少,而单殖吸虫的物种多样性极显着,目前基于线粒体基因组构建的系统发育树只能反映出研究中涉及的物种及分类阶元的进化关系,因此亟待加强研究,添补更多的研究数据和更多物种及分类单元的线粒体基因组数据,以进一步分析单殖吸虫各分类单元的系统发育关系、寄生起源、物种形成及早期适应辐射等协同进化的问题。
尤翠平[9]（2012）在《不同倍性鱼线粒体全基因组及肝脏转录组中线粒体相关基因分析》文中研究指明杂交和多倍化是基因组进化的重要驱动力,是物种多样化和产生新物种的重要途径。人工多倍体鱼的研究不仅在水产育种上具有重要的研究价值,在生物学基础理论研究方面也具有重要的意义,对不同倍性鱼的分子生物学研究可以帮助理解进化中物种发生多倍化或基因组复制的遗传机理以及物种在多倍化发生早期的分子遗传状况,同时由于杂交多倍体鱼含有不同的基因组,使其成为很好的研究线粒体母性遗传和核质互作的模型。线粒体是真核生物的能量工厂,具有自己的遗传系统—线粒体基因组（mitochondrial DNA, mtDNA）,其正常功能的运行需要线粒体基因组和核基因组的协同作用。线粒体DNA具有小型性、自主性和多态性等特点。对线粒体DNA的研究除了能揭示线粒体DNA的结构、基因表达及其功能外,还在核质互作、分子进化规律、物种起源与分化等方面具有重要的意义。本文应用多种分子生物学技术,结合相关的生物信息学知识对不同倍性鲫鲂的线粒体基因组和四倍体鲫鲤及其亲本肝脏转录组中的线粒体相关核基因进行了较系统的探讨和研究,并对两种鲤科鱼类翘嘴鲌和黄尾鲴的线粒体DNA全序列进行了系统分析。本论文的主要研究内容如下：1.对天然雌核发育红鲫、三倍体鲫鲂和四倍体鲫鲂的线粒体基因组全序列进行了测序,研究充分利用各种生物信息学软件,系统详细的阐明了这些不同倍性杂交鱼线粒体DNA的分子结构、碱基组成、基因组成和排列等特点。天然雌核发育红鲫、三倍体鲫鲂和四倍体鲫鲂线粒体基因组序列全长均为16580bp,与母本红鲫的线粒体基因组序列长度一致。通过与亲本红鲫和团头鲂线粒体基因组全序列的比较,我们发现无论是在线粒体基因组的结构还是全序列的同源性比较上,三种鲫鲂不同倍性杂交鱼的线粒体全基因组均与母本红鲫更相似,研究表明尽管经历了杂交和多倍化,不同倍性鱼的线粒体DNA仍然遵循母性遗传规律。同时结果也说明在线粒体基因组水平不能体现出不同倍性杂交鱼与父本团头鲂具有亲缘关系,这一点提示我们在利用线粒体基因组对鱼类特别是杂交鱼类进行系统关系研究时应该注意其有效性。2.以四倍体鲫鲂为母本以团头鲂为父本进行了四倍体鲫鲂的回交实验,在检测的三尾回交子代中有两尾三倍体鲫鲂和一尾五倍体鲫鲂。采用一对引物我们克隆了回交子代及母本四倍体鲫鲂的线粒体ND2基因,通过全序列比对和同源性分析,我们发现线粒体基因组的母性遗传方式在鲫鲂回交中仍然具有很强的稳定性,同时分别在一尾三倍体鲫鲂和五倍体鲫鲂中各发现两个A→G碱基替换,与其他16种鲤科鱼类相应位点的比较中我们发现这是两个容易发生碱基变异的位点,并且变异的形式多为A和G之间的替换。该研究进一步证实了雌性四倍体鲫鲂可以产生两种倍性的卵子,同时说明在杂交鱼线粒体DNA中不会发生大规模的变异,但是受杂交和多倍化的影响可能会在容易发生变异的位点发生少量的碱基变异。3.异源四倍体鲫鲤在线粒体DNA的遗传上遵循严格的母性遗传规律。本研究在四倍体鲫鲤及其亲本红鲫和鲤鱼的肝脏转录组数据库中,筛选出了四倍体鲫鲤94个contigs对应41个基因、红鲫136个contigs对应46个基因、鲤鱼86个contigs对应37个基因与线粒体呼吸链的四个蛋白复合物相关。将红鲫和鲤鱼的线粒体呼吸链蛋白相关基因建立数据库,在数据库中搜索四倍体鲫鲤的线粒体呼吸链蛋白相关基因,寻找与四倍体鲫鲤每个基因最匹配的亲本基因。结果表明,在搜索的最佳匹配基因中即有红鲫的基因又有鲤鱼的基因,说明两个亲本的核基因组都参与了线粒体复合物蛋白的合成,并根据所搜索到的各亲本基因的数目,初步判定红鲫基因组和鲤鱼基因组线粒体呼吸链相关核基因在四倍体鲫鲤中的表达没有明显的偏好性。采用相同的方法分析其他16种线粒体相关的蛋白和酶基因得到了相似的结果。以上分析表明红鲫线粒体基因组、红鲫核基因组和鲤鱼核基因组三个基因组都参与了线粒体功能的运作。同时,我们发现在筛选的所有四倍体鲫鲤的线粒体相关基因中与亲本红鲫和鲤鱼的线粒体相关核基因以及三种鱼与斑马鱼的线粒体相关核基因大部分并不是一对一的关系,基因树和氨基酸比对分析揭示这些基因很多都是多拷贝基因。此外,对10个基因的核苷酸分歧率分析和8个基因编码区的氨基酸序列同源性分析表明线粒体呼吸链相关核基因在红鲫、鲤鱼和斑马鱼之间都具有较高的同源性,说明和能量代谢相关的基因在鱼类中比较保守,这些基因的保守性可能是四倍体鲫鲤各基因组之间可以正常协调并相互适应的一个重要原因,从而确保其正常的生长发育,并能够稳定地繁殖后代。对四倍体鲫鲤、红鲫和鲤鱼肝脏转录组中线粒体相关基因的分析对杂交鱼类的核质互作和杂交衰败等研究具有重要的参考价值。4.通过PCR扩增测序获得了翘嘴鲌和黄尾鲴的线粒体基因组全序列,序列全长分别为16622bp和16630bp,翘嘴鲌和黄尾鲴的线粒体基因组的大部分区段与GenBank中现有的序列具有较高的同源性。其结构组成也与其他脊椎动物较为一致,包括13个蛋白编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因和2个非编码区（1个控制区和1个轻链复制起始区）。在数据分析中我们对翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体全基因组的碱基组成、蛋白质密码子利用情况以及tRNA和rRNA的二级结构进行了详细分析,并通过与其他几种鲌亚科和鲴亚科鱼类线粒体控制区的比较识别了翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体控制区的3个保守区域。同时,基于翘嘴鲌和黄尾鲴连同另外40种鲤科鱼类的线粒体全基因组以虹鳟鱼为外群建立了NJ系统树,系统树初步显示了翘嘴鲌和黄尾鲴在鲤科鱼类中的分类地位。本文得到的翘嘴鲌和黄尾鲴的线粒体全基因组序列均是两种鱼类在GenBank中的第一条序列数据,为鲤科鱼类系统分类学研究增添了新的数据,为以两种鱼类为亲本的杂交子代的线粒体基因组研究及其线粒体相关基因的研究奠定了基础。
汪曦[10]（2019）在《河南省鱼类DNA条形码数据库构建及隐存种挖掘》文中研究表明河南省位于我国七大地理分区的华中地区,地处中原,境内具有长江、黄河、淮河及海河四水系,水系发达,大小河流数量共计约1500余条,其中大部分河流发源于西部、西北以及西南部的山区,并且受到地势和山脉走向的影响,使其呈现由西部往东南和东北部放射性分流的格局,据1984版《河南鱼类志》及《河南鱼类补遗》记载,共记载河南省鱼类种类116种隶属8目16科68属。由于特殊的地理位置,加上多变的气候环境导致河南省鱼类资源丰富、种类较多,因此,全面评估河南省鱼类资源具有重要的生态及科学意义,而鱼类鉴定工作是评价鱼类资源多样性的基础。传统分类学由于依赖形态差异进行物种鉴别,但常会因人为因素、地理隔离、两性异性等一系列原因导致鉴定发生误差,DNA条形码技术由于能够减少这些因素所带来的鉴定误差而逐渐应用于物种鉴定,该技术通过一段具有足够变异的标准化短基因片段来对物种进行快速、准确识别及鉴定物种,作为传统形态学鉴定方法的补充及校正工具,DNA条形码技术注重同传统的形态学分类方法相结合,且具有高效、廉价、规范、便捷等巨大优势,成为能够在“种水平”上对物种进行有效鉴别的常用技术,随着技术及方法不断完善该技术还经常并用于探索物种隐存种质资源的挖掘和种群遗传多样性等方面的研究,本文通过构建河南省DNA条形码数据库,探究了河南省鱼类物种多样性,并结合分析结果对花鳅属新种进行了描述,主要结果如下:1.对河南省的89种鱼类的COI基因进行了扩增,获得1069条序列,并基于目前所获得的数据构建了河南省鱼类DNA条形码数据库,物种覆盖度达到全省已知鱼类物种的80%。通过研究结果表明,其中绝大多数物种能够各自形成单系集群并具有较高的支持率,但可能由于系统发育信号不足等原因个别物种存在互相交叉的现象。在NJ系统发育树中,物种互相交叉的现象主要出现在鱊亚科鱼类和鮈亚科鱼类中,高原鳅属鱼类的各种之间的关系也存在少数个体互相交叉的现象,主要集中在黄河高原鳅与粗壮高原鳅之间。本研究,通过分析COI基因序列我们对河南省鱼类资源状况进行了评估,以期能够为后期河南省的鱼类资源研究提供一定的参考数据。另外本研究所获得的测序数据能够为河南省鱼类资源库的构建提供支持,有利于特色鱼类的保护及隐存种质资源的挖掘。2.利用DNA条形码技术对河南省鱼类资源调查中发现的花鳅属疑似新种进行了系统的描述与分析,实验结果表明,通过对DNA条形码技术数据结果结合传统形态学分析,两种鱼都存在不同于已描述花鳅属鱼类的噶氏斑纹,其中双排花鳅（Cobitis duplexmacula sp.nov.）新种身体表面的具有独特的色素沉积噶氏斑纹中L3和L5区域的格局是呈锯齿状整齐交错排布;而线斑花鳅（Cobitis margaritatus sp.nov.）新种中雄性,有四条噶氏斑纹可见,一般情况下不存在L2。L1区域具有是13-19个不等间隔较窄的马鞍状褐色斑块,在我们发现的该样品中雄性在L3区域为一条贯穿身体纵轴的黑色带纹,而在雌性中L3区域在背鳍之前为一条成黑色条纹,此后以一些不规则的形状向后延伸并且与L1区域交叉在一起。且两种鱼与其近缘种建立的系统发育树的结果均显示其单独分出具有高支持率的一支,从而验证了形态学的鉴定结果。
二、鲤科鱼类二个属级名称的地位（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、鲤科鱼类二个属级名称的地位（论文提纲范文）
（1）长江上游特有鱼类DNA条形码研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 DNA条形码研究综述 |
| 1.1.1 DNA条形码的产生及发展 |
| 1.1.2 DNA条形码工作原理 |
| 1.1.3 DNA条形码标记基因 |
| 1.1.4 DNA条形码数据库 |
| 1.1.5 DNA条形码的研究方法 |
| 1.1.6 DNA条形码在生物分类中的应用 |
| 1.1.7 DNA条形码的优势及争议 |
| 1.2 自组织神经网络模型 |
| 1.3 长江上游特有鱼类概况 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第2章 长江上游特有鱼类DNA条形码研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 长江上游特有鱼类名录整理 |
| 2.1.2 样品采集 |
| 2.1.3 实验器材 |
| 2.1.4 实验试剂 |
| 2.1.5 基因组DNA提取 |
| 2.1.6 PCR扩增 |
| 2.2 数据分析 |
| 2.2.1 COI序列整理 |
| 2.2.2 遗传距离分析 |
| 2.2.3 长江上游特有鱼类科级水平特征诊断位点的SOM模型预测 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 COI序列特征 |
| 2.3.2 遗传距离分析 |
| 2.3.3 邻接聚类分析 |
| 2.3.4 DNA条形码间隙 |
| 2.3.5 长江上游特有鱼类的科级水平特征诊断位点 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 DNA条形码在长江上游特有鱼类物种鉴定中的有效性 |
| 2.4.2 长江上游特有鱼类中遗传分化异常的类群 |
| 2.4.3 长江上游特有鱼类总体遗传分化 |
| 2.4.4 长江上游特有鱼类科级水平特征诊断位点的SOM模型预测可行性 |
| 2.5 结论 |
| 附表 |
| 附图 |
| 第3章 鲤形目鱼类DNA条形码研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 序列收集 |
| 3.2 数据分析 |
| 3.2.1 COI序列整理 |
| 3.2.2 遗传距离分析 |
| 3.2.3 各科遗传距离比较分析 |
| 3.2.4 鲤形目科属种级水平特征诊断位点的SOM模型预测 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 COI序列特征 |
| 3.3.2 鲤形目鱼类的遗传距离 |
| 3.3.3 鲤形目鱼类的条形码间隙 |
| 3.3.4 鲤形目各科鱼类的遗传距离比较 |
| 3.3.5 鲤形目鱼类的科级水平特征诊断位点 |
| 3.3.6 鲤形目鱼类的属级水平特征诊断位点 |
| 3.3.7 鲤形目鱼类的种级水平特征诊断位点 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 COI序列在鲤形目鱼类DNA条形码研究中的有效性 |
| 3.4.2 鲤形目鱼类的DNA条形码遗传分化 |
| 3.4.3 鲤形目各科鱼类的遗传分化比较 |
| 3.4.4 鱼类科属种级水平特征诊断位点的SOM模型预测可行性 |
| 3.5 结论 |
| 附表 |
| 附图 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 发表论文和参加科研项目 |
（2）鳅超科鱼类分子系统发育研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 系统发育系统学 |
| 1.1 系统发育系统学的概念和基本原理 |
| 1.2 与系统发育系统学相关的概念 |
| 1.3 系统发育系统学的发展 |
| 1.4 系统发育系统学中性状的选取和极化 |
| 1.4.1 性状的选取 |
| 1.4.2 性状的极化 |
| 2 分子进化 |
| 2.1 分子进化的研究领域及分子进化的动力 |
| 2.2 分子数据对系统发育研究的影响 |
| 3 分子系统学 |
| 3.1 分子标记的选择 |
| 3.2 分子系统发育的推断方法 |
| 3.3 系统树的统计检验 |
| 3.4 分子系统发育的分析软件 |
| 4 鳅超科鱼类的分类及系统发育研究进展 |
| 4.1 鳅超科的系统位置及类群划分的研究 |
| 4.2 鳅超科中鳅科和平鳍鳅科的研究历史 |
| 4.3 鳅科及平鳍鳅科亚群的系统学研究 |
| 4.3.1 沙鳅亚科 |
| 4.3.2 花鳅亚科 |
| 4.3.3 条鳅亚科及平鳍鳅科 |
| 5 本研究的目的意义 |
| 第二章 鳅超科鱼类线粒体细胞色素b基因和控制区序列进化研究及其系统发育意义 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验所用标本 |
| 1.2 实验器材 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 基因组 DNA的提取 |
| 1.3.2 PCR扩增 |
| 1.3.3 PCR产物回收 |
| 1.3.4 基因测序 |
| 1.4 数据分析方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 序列变异情况 |
| 2.2 序列变异与目前鳅超科鱼类分类之间的关系 |
| 2.3 鳅超科鱼类系统发育关系的分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 控制区序列的进化机制 |
| 3.2 线粒体 DNA cyt b基因和控制区序列的系统发育意义 |
| 3.3 鳅超科的系统分类 |
| 3.4 鳅类各类群内部的系统发育关系 |
| 第三章 基于线粒体cyt b基因的沙鳅科鱼类系统发育关系分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 基因组 DNA的提取、PCR扩增 |
| 1.3 PCR产物的纯化和测序 |
| 1.4 数据处理及分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 沙鳅科cyt b基因序列的变异 |
| 2.2 系统发育分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 沙鳅鱼类的单系性 |
| 3.2 沙鳅科内属的有效性 |
| 3.3 沙鳅科内属间系统发育关系 |
| 3.4 下一步的研究 |
| 第四章 沙鳅科鱼类控制区序列结构分析及其系统发育意义 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 基因组 DNA的提取、PCR扩增 |
| 1.3 PCR产物的纯化和测序 |
| 1.4 数据处理及分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 沙鳅科鱼类线粒体DNA控制区序列及变异 |
| 2.2 终止序列区(ETAS) |
| 2.3 中央保守区(CD) |
| 2.4 保守序列区(CSB) |
| 2.5 系统发育关系分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 沙鳅科控制区特点及用于系统发育研究的可行性 |
| 3.2 沙鳅科的系统发育关系 |
| 第五章 花鳅科鱼类系统发育研究及花鳅属生物地理学初探 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 基因组 DNA的提取、PCR扩增 |
| 1.3 PCR产物的纯化和测序 |
| 1.4 数据处理及分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 花鳅科鱼类cyt b基因序列的变异 |
| 2.2 分子系统发育关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 花鳅属的单系性及类群划分 |
| 3.2 花鳅科的系统发育关系 |
| 3.3 花鳅属鱼类的生物地理学过程 |
| 第六章 鳅超科鱼类主要类群的演化过程及形态特征的分化 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与讨论 |
| 2.1 鳅超科鱼类主要类群的分化时间 |
| 2.2 鳅超科鱼类形态特征的分化及生态适应 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（3）鮈亚科鱼类分子系统发育、演化过程及生物地理学研究（论文提纲范文）
| 目录 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 生物系统学研究进展 |
| 1.1 系统发育系统学 |
| 1.2 分子系统学 |
| 2 生物地理学 |
| 2.1 历史生物地理学 |
| 2.2 分子系统发育地理学 |
| 3 鮈亚科的研究进展 |
| 3.1 分类学历史 |
| 3.2 系统发育研究进展 |
| 3.3 地理分布 |
| 3.4 生物地理学研究进展 |
| 3.5 生态学研究概况 |
| 4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 基于细胞色素b 基因序列变异的鮈亚科鱼类系统发育研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 标本的采集 |
| 2.2 外类群的选择 |
| 2.3 实验器材 |
| 2.4 基因组 DNA 的提取 |
| 2.5 PCR 扩增 |
| 2.6 PCR 产物的回收 |
| 2.7 序列测定 |
| 3 数据分析 |
| 4 结果 |
| 4.1 Cytb基因序列变异 |
| 4.2 系统发育分析结果 |
| 4.3 可选拓扑结构的检验 |
| 5 讨论 |
| 5.1 鮈亚科的单系性与系统位置 |
| 5.2 鮈亚科鱼类的类群划分 |
| 5.3 鮈亚科争议属的有效性 |
| 6 小结 |
| 第三章 鮈亚科鱼类线粒体控制区序列和细胞色素b 基因进化速率的比较及其系统发育意义 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 标本的采集 |
| 2.2 DNA 的提取与 PCR 扩增 |
| 2.3 PCR 产物的纯化与测序 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 序列变异及控制区序列的结构 |
| 3.2 系统发育分析结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 控制区序列的进化机制 |
| 4.2 控制区序列系统发育意义 |
| 4.3 鮈亚科鱼类的系统发育关系 |
| 第四章 地史时期鮈亚科鱼类的演化过程与规律 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 鮈亚科鱼类在不同地史时期的分化情况 |
| 3.2 鮈亚科鱼类谱系数目的增加规律 |
| 3.3 鮈亚科谱系数的增长率 |
| 3.4 鮈亚科谱系数的净增长率 |
| 3.5 鮈亚科种上阶元的寿命 |
| 3.6 鮈亚科现存物种的寿命 |
| 3.7 鮈亚科四大类群现存的物种数 |
| 4 讨论 |
| 4.1 鮈亚科的起源与分化过程 |
| 4.2 鮈亚科鱼类的演化规律 |
| 4.3 鮈亚科各类群的进化 |
| 第五章 鮈亚科鱼类的生物地理学研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 麦穗鱼的系统发育与种群间地理分布格局 |
| 3.2 棒花鱼属的系统发育与种间地理分布格局 |
| 3.3 蛇鮈属的系统发育与种间地理分布格局 |
| 3.4 鳈属的系统发育与种间地理分布格局 |
| 4 讨论 |
| 4.1 晚近时期鮈亚科鱼类生物地理格局的形成 |
| 4.2 大时间尺度下鮈亚科鱼类的生物地理学过程 |
| 4.3 鮈亚科及东亚淡水鱼类的生物地理学过程 |
| 第六章 鮈亚科鱼类的形态演化过程及其生态适应性初探 |
| 1 引言 |
| 2 方法 |
| 3 结果与讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录:在学期间完成论文 |
（4）骨鳔鱼类若干类群的分子系统发育和分化时间估算（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 分子系统学 |
| 1.1 生物分类观念与方法的演变 |
| 1.2 分子生物学技术与系统分类学的融合 |
| 1.3 分子系统学研究进展 |
| 1.3.1 分子序列数据的特点 |
| 1.3.2 系统发育重建 |
| 1.3.3 分子钟与分歧时间估算 |
| 2 生物地理学 |
| 2.1 生物地理学的发展 |
| 2.2 历史生物地理学的分析方法 |
| 2.3 祖先分布区的重建:DIVA简介 |
| 3 骨鳔鱼类的系统学研究进展 |
| 4 snoRNA与U17 snoRNA研究进展 |
| 4.1 snoRNA的结构与功能 |
| 4.2 脊椎动物U17 snoRNA的结构、进化与系统发育意义 |
| 5 本研究的目的意义 |
| 第二章 U17 snoRNA基因序列变异与骨鳔鱼类分子系统发育及分化时间估算 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 标本采集与实验样品 |
| 2.2 实验器材 |
| 2.3 实验步骤 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取及检测 |
| 2.3.2 PCR扩增 |
| 2.3.3 PCR产物回收 |
| 2.3.4 目的DNA克隆 |
| 2.3.5 基因测序 |
| 2.4 数据分析 |
| 2.4.1 序列的比对排列 |
| 2.4.2 序列的初步分析 |
| 2.4.3 系统发育分析 |
| 2.4.4 分歧时间估算 |
| 3 结果 |
| 3.1 序列变异及二级结构特征 |
| 3.2 系统发育关系 |
| 3.3 分歧时间估算 |
| 4 讨论 |
| 4.1 U17 snoRNA基因序列变异及其系统发育意义 |
| 4.2 骨鳔鱼类的系统发育关系 |
| 4.3 化石记录与分化时间 |
| 第三章 基于RAG1和RAG2基因序列的耳鳔鱼类分子系统发育与分化时间估算 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 标本采集与实验样品 |
| 2.2 基因组DNA的提取、PCR扩增与克隆测序 |
| 2.3 数据分析 |
| 2.3.1 序列的比对排列 |
| 2.3.2 序列的初步分析 |
| 2.3.3 系统发育分析 |
| 2.3.4 分歧时间估算 |
| 3 结果 |
| 3.1 序列变异 |
| 3.1.1 RAG1基因序列 |
| 3.1.2 RAG2基因序列 |
| 3.2 耳鳔系鱼类系统发育关系 |
| 3.2.1 RAG1基因 |
| 3.2.2 RAG2基因 |
| 3.3 分歧时间估算 |
| 3.3.1 RAG1基因 |
| 3.3.2 RAG2基因 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列变异及其系统发育意义 |
| 4.2 耳鳔系鱼类的系统发育关系 |
| 4.3 分歧时间估计的可靠性及意义 |
| 第四章 S7 核糖体基因内含子6序列变异与鲤形目鱼类分子系统发育及分化时间估算 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 标本采集与实验样品 |
| 2.2 基因组DNA提取、PCR扩增与克隆测序 |
| 2.3 数据分析 |
| 2.3.1 序列的比对排列 |
| 2.3.2 序列的初步分析 |
| 2.3.3 系统发育分析 |
| 2.3.4 分歧时间估算 |
| 3 结果 |
| 3.1 rpS7 intron6 序列变异 |
| 3.2 鲤形目鱼类的系统发育关系 |
| 3.3 分歧时间估算 |
| 4 讨论 |
| 4.1 rpS7 intron6 序列变异及其系统发育意义 |
| 4.2 鲤形目鱼类的系统发育关系 |
| 第五章运用cyt b和165 rRNA基因序列重建鮡科鱼类的系统发育和历史生物地理学 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样品采集 |
| 2.2 基因组DNA的提取、PCR扩增与测序 |
| 2.3 数据分析 |
| 2.3.1 序列的比对排列 |
| 2.3.2 序列的初步分析 |
| 2.3.3 系统发育分析 |
| 2.3.4 分歧时间估算 |
| 2.4 初级BPA、DIVA和WAAA分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 序列变异 |
| 3.1.1 cyt b 基因序列 |
| 3.1.2 16S rRNA基因序列 |
| 3.2 鮡科鱼类的系统发育关系 |
| 3.3 分歧时间估算 |
| 3.4 历史生物地理学 |
| 4 讨论 |
| 4.1 鮡科鱼类的系统发育关系 |
| 4.2 鮡科鱼类的历史生物地理学过程 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表论文 |
| 致谢 |
| 附录Ⅰ地质时间表 |
| 附录Ⅱ分子系统发育与进化相关大事简表 |
| 附录Ⅲ个人简历 |
（5）基于GIS的中国内陆水域鱼类物种多样性、分布格局及其保育研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 中国近、现代内陆水域鱼类研究历史回顾 |
| （一） 外国学者研究时期（1758—1927 年） |
| （二） 中国学者起步时期（1927—1937 年） |
| （三） 战争影响时期（1937—1949 年） |
| （四） 恢复时期（1949—1980 年） |
| （五） 加速发展时期（1980 年至今） |
| 1.2 GIS 技术在研究物种多样性格局上的应用 |
| 1.3 本项研究的意义与目的 |
| 1.4 本研究所涉及的几个重要概念 |
| 1.5 本研究的创新点 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 物种信息的收集 |
| 2.1.2 GIS 数据的获得 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 物种多样性组成的研究方法 |
| 2.2.2 利用GIS 对物种多样性格局的研究方法 |
| 2.2.3 相关生态因子的选择和处理方法 |
| 2.2.4 热点地区的确定 |
| 2.2.5 保护区分布格局的分析方法 |
| 2.2.6 优先保护区域的确定 |
| 第3章 结果与讨论 |
| 3.1 中国内陆水域鱼类物种多样性及其分布格局 |
| 3.1.1 研究结果 |
| 3.1.1.1 内陆水域鱼类物种多样性 |
| 3.1.1.2 基于GIS 的各阶元多样性格局 |
| 3.1.1.3 物种多样性与环境因子分布格局的比对 |
| 3.1.2 分析与讨论 |
| 3.1.2.1 内陆水域鱼类物种多样性组成特点 |
| 3.1.2.2 内陆水域鱼类物种多样性分布特点 |
| 3.1.2.3 物种多样性格局与环境因子的关系 |
| 3.2 中国内陆水域鱼类特有性及其分布格局 |
| 3.2.1 研究结果 |
| 3.2.1.1 内陆水域鱼类特有种组成 |
| 3.2.1.2 基于GIS 的内陆水域特有鱼类分布格局 |
| 3.2.2 分析与讨论 |
| 3.2.2.1 内陆水域鱼类特有性特点 |
| 3.2.2.2 特有种分布格局与物种多样性格局的关系 |
| 3.3 中国内陆水域鱼类濒危性及其分布格局 |
| 3.3.1 研究结果 |
| 3.3.1.1 内陆水域鱼类濒危物种组成 |
| 3.3.1.2 基于GIS 的内陆水域濒危鱼类分布格局 |
| 3.3.1.3 内陆水域鱼类濒危种数与人口密度的相关性 |
| 3.3.2 分析与讨论 |
| 3.3.2.1 内陆水域鱼类濒危性特点 |
| 3.3.2.2 内陆水域鱼类的濒危原因 |
| 3.3.2.3 濒危种分布格局与物种多样性、特有种分布格局的关系 |
| 3.4 中国内陆水域鱼类热点地区及优先保护区 |
| 3.4.1 研究结果 |
| 3.4.1.1 热点地区 |
| 3.4.1.2 基于GIS 的保护区分布格局 |
| 3.4.2 分析与讨论 |
| 3.4.2.1 物种多样性、特有种和濒危种热点地区的重叠区分析 |
| 3.4.2.2 已建保护区的保护现状及评价 |
| 3.4.2.3 内陆水域鱼类优先保护区建议 |
| 第4章 结论 |
| 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 博士期间发表文章目录 |
（6）中国光唇鱼属鱼类的分类整理（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩略语表 |
| 目录 |
| 一 文献综述 |
| 1.1 系统分类学 |
| 1.1.1 什么是分类学 |
| 1.1.2 早期动物分类学的发展历史 |
| 1.1.3 系统学沿用理论 |
| 1.1.3.1 进化系统学 |
| 1.1.3.2 数值系统学 |
| 1.1.3.3 分支系统学 |
| 1.1.4 分子系统学 |
| 1.2 物种概念 |
| 1.2.1 早期的物种概念 |
| 1.2.2 本质论者的物种概念 |
| 1.2.3 唯名论的物种概念 |
| 1.2.4 达尔文的物种概念 |
| 1.2.5 二十世纪以来的物种概念 |
| 1.2.6 物种概念最新研究进展 |
| 1.3 鱼类分类学和系统学 |
| 1.3.1 多变量形态度量学 |
| 1.3.2 鱼类系统学 |
| 1.3.3 物种概念在鱼类系统学中的应用 |
| 1.4 光唇鱼属鱼类研究历史 |
| 1.5 本论文研究目的和意义 |
| 二 中国光唇鱼属鱼类的分类整理 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.2.1 形态度量学方法 |
| 2.1.2.2 分析方法 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 物种描述和物种有效性讨论 |
| 台湾光唇鱼 Acrossocheilus paradoxus(Gunther，1868) |
| 光唇鱼 Acrossocheilus fasciatus(Steindachner，1892) |
| 半刺光唇鱼 Acrossocheilus hemispinus(Nichols，1925) |
| 带半刺光唇鱼 Acrossocheilus cinctus(Lin，1931) |
| 侧条光唇鱼 Acrossocheilus parallens(Nichols，1931) |
| 吉首光唇鱼 Acrossocheilus jishouensis Zhao，Chen & Li，1997 |
| 武夷光唇鱼 Acrossocheilus wuyiensis Wu and Li，1981 |
| 温州光唇鱼 Acrossocheilus wenchowensis Wang，1935 |
| 厚刺光唇鱼 Acrossocheilus spinifer sp.nov. |
| 薄颌光唇鱼 Acrossocheilus kreyenbergii(Regan,1908) |
| 似薄颌光唇鱼 Acrossocheilus cf.kreyenbergii |
| 北江光唇鱼 Acrossocheilus beijiangensis Wu et Lin，1977 |
| 虹彩光唇鱼 Acrossocheilus iridescens(Nichols et Pope，1927) |
| 大鳞光唇鱼 Acrossocheilus ikedai(Harada，1943) |
| 河口光唇鱼 Acrossocheilus xamensis Kottelat，2000 |
| 软鳍光唇鱼 Acrossocheilus malacopterus Zhang，2005 |
| 云南光唇鱼 Acrossocheilus yunnanensis(Regan，1904) |
| 2.2.2 光唇鱼属种的检索表 |
| 2.2.3 小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）野鲮亚科一新属一新种的建立及其群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 物种的概念 |
| 1.2 淡水鱼类物种形成方式 |
| 1.3 DNA条形码在物种鉴定中的作用 |
| 1.4 野鲮亚科鱼类口唇结构及研究 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 第2章 异黔鲮属(Paraqianlabeo)的建立 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 标本采集 |
| 2.1.2 形态学研究 |
| 2.1.3 DNA条形码研究 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 形态描述 |
| 2.2.2 DNA条形码分子鉴定结果 |
| 2.3 结论 |
| 2.4 查看和检视的标本 |
| 第3章 基于线粒体cytb基因的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 标本采集 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 数据分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 序列多态性 |
| 3.3.2 遗传多样性 |
| 3.3.3 系统发育分析 |
| 3.3.4 种群结构和基因流 |
| 3.3.5 种群动态分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 遗传多样性 |
| 3.4.2 种群结构 |
| 3.4.3 种群动态 |
| 3.4.4 三地条纹异黔鲮的保护顺序 |
| 第4章 基于微卫星分子标记的条纹异黔鲮遗传多样性和种群结构分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 数据分析 |
| 4.2.1“MiSeq”测序结果分析及微卫星序列筛选 |
| 4.2.2 多态性微卫星位点分析 |
| 4.2.3 条纹异黔鲮种群的微卫星多样性分析 |
| 4.2.4 种群遗传结构分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 条纹异黔鲮基因组DNA的提取质量 |
| 4.3.2“MiSeq”测序结果统计 |
| 4.3.3 微卫星序列筛选结果 |
| 4.3.4 条纹异黔鲮多态性微卫星分子标记的开发 |
| 4.3.5 基于微卫星分子标记的条纹异黔鲮遗传多样性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 新一代“MiSeq”测序技术与微卫星分子标记的开发 |
| 4.4.2 条纹异黔鲮遗传多样性水平 |
| 4.4.3 条纹异黔鲮的种群结构 |
| 第5章 香树湾种群口唇结构变化的相关研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 数据分析 |
| 5.2.1 年龄与性别 |
| 5.2.2 染色体核型与DNA含量 |
| 5.2.3 DNA条形码 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 年龄与性别 |
| 5.3.2 染色体核型与DNA含量 |
| 5.3.3 DNA条形码 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 香树湾种群口唇结构变化与年龄、性别之间的关系 |
| 5.4.2 香树湾种群染色体核型与DNA含量 |
| 5.4.3 香树湾种群的分类地位 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间科研实践情况 |
| 已发表文章目录 |
| 待发表文章目录 |
| 参加项目研究 |
| 参加学术活动 |
（8）基于线粒体基因组对澜沧江和元江部分流域段鱼类单殖吸虫的分子系统学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 单殖吸虫分类学研究概述 |
| 1.1.1 单殖吸虫及其分类系统综述 |
| 1.1.2 单殖吸虫形态学研究概述 |
| 1.1.3 鱼类单殖吸虫宿主特异性(host specificity)及适应性辐射(adaptive radiation) |
| 1.2 分子系统学研究概述 |
| 1.2.1 分子序列的扩增及测序技术 |
| 1.2.2 分子系统发育中常用的分子标记 |
| 1.3 线粒体基因组学在单殖吸虫分子系统发育分析中的应用 |
| 1.4 单殖吸虫系统发育学研究存在的主要问题 |
| 第2章 澜沧江水系及元江水系单殖吸虫形态分类学研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 试剂与仪器 |
| 2.2.2 实验材料采集 |
| 2.2.3 单殖吸虫水封片制作 |
| 2.2.4 单殖吸虫整体装片制作 |
| 2.2.5 形态学分类鉴定及虫体形态结构测量 |
| 2.3 澜沧江水系及元江水系14 种单殖吸虫形态学分类结果 |
| 2.3.1 指环虫科Dactylogyridae |
| 2.3.2 锚首虫科Ancyrocephalidae |
| 2.3.3 三代虫科Gyrodactylidae |
| 2.3.4 双身虫科Diplozoidae |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 指环虫属Dactylogyrus的形态学分类 |
| 2.4.2 锚首虫科Ancyrocephalidae的形态学分类 |
| 2.4.3 三代虫属Gyrodactylus的形态学分类 |
| 2.4.4 双身虫科Diplozoidae的形态学分类 |
| 第3章 基于核糖体部分序列的澜沧江及元江部分流域段鱼类单殖吸虫系统发育学研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 基于核糖体部分序列鱼类单殖吸虫的分子系统发育研究结果 |
| 3.3.1 基于28S r DNA部分序列指环虫属系统发育分析 |
| 3.3.2 基于28S r DNA部分序列指环虫目系统发育分析 |
| 3.3.3 基于28S r DNA部分序列锚首虫科系统发育分析 |
| 3.3.4 基于5.8S+ITS2+28S r DNA联合序列双身虫科系统发育分析 |
| 3.3.5 基于18S+ITS1+5.8S+ITS2 r DNA联合序列三代虫属系统发育分析 |
| 3.4 基于核糖体部分序列的鱼类单殖吸虫系统发育研究讨论 |
| 3.4.1 指环虫属Dactylogyrus的系统发育研究 |
| 3.4.2 四锚虫属Bychowskyella的系统发育研究 |
| 3.4.3 嗜丽鱼虫属 Cichlidogyrus及盾形片虫属 Scutogyrus的系统发育研究 |
| 3.4.4 双身虫科Diplozoidae的系统发育研究 |
| 3.4.5 三代虫属Gyrodactylus的系统发育研究 |
| 第4章 澜沧江及元江部分流域段双身虫科和三代虫科的线粒体基因组特征 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 线粒体基因组提取与测序 |
| 4.2.3 线粒体基因组组装和注释 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 三代虫科Gyrodactylidae的线粒体基因组特征 |
| 4.3.2 双身虫科Diplozoidae的线粒体基因组特征 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 三代虫科Gyrodactylidae的线粒体基因组 |
| 4.4.2 双身虫科Diplozoidae的线粒体基因组 |
| 第5章 鱼类单殖吸虫线粒体比较基因组学研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 鱼类单殖吸虫线粒体比较基因组学研究的实验材料与方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 实验方法 |
| 5.3 鱼类单殖吸虫线粒体比较基因组学研究结果 |
| 5.3.1 单殖吸虫线粒体基因组特征 |
| 5.3.2 蛋白编码基因和密码子使用 |
| 5.3.3 t RNA和 r RNA |
| 5.3.4 基因排列 |
| 5.4 鱼类单殖吸虫比较基因组学研究讨论 |
| 5.4.1 鱼类单殖吸虫线粒体基因组的大小及多样性比较 |
| 5.4.2 鱼类单殖吸虫线粒体基因组编码基因的组成及atp8 基因的比较 |
| 5.4.3 鱼类单殖吸虫线粒体基因组的碱基组成及密码子偏好比较 |
| 5.4.4 蛋白编码基因的起始密码子和终止密码子比较 |
| 5.4.5 鱼类单殖吸虫线粒体基因组的基因进化速率比较 |
| 5.4.6 鱼类单殖吸虫线粒体基因排列顺序比较 |
| 第6章 基于线粒体基因组的鱼类单殖吸虫系统发育研究 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 实验材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 实验方法 |
| 6.3 基于线粒体基因组的鱼类单殖吸虫系统发育研究结果 |
| 6.4 基于线粒体基因组的鱼类单殖吸虫系统发育研究讨论 |
| 第7章 主要研究结果和结论 |
| 第8章 研究展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（9）不同倍性鱼线粒体全基因组及肝脏转录组中线粒体相关基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 鱼类多倍体的研究进展 |
| 1.1.1 鱼类多倍化现象 |
| 1.1.2 人工多倍体鱼的研究 |
| 1.2 线粒体及线粒体DNA研究进展 |
| 1.2.1 线粒体DNA |
| 1.2.2 核质互作与线粒体功能 |
| 1.2.3 鱼类线粒体DNA研究进展 |
| 1.3 转录组研究进展 |
| 1.4 本研究的目的和内容 |
| 第二章 不同倍性鲫鲂线粒体全基因组研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验鱼 |
| 2.1.2 实验材料和总DNA的提取 |
| 2.1.3 引物设计和PCR扩增 |
| 2.1.4 全序列的拼接和分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同倍性鲫鲂和天然雌核发育红鲫的染色体数目 |
| 2.2.2 不同倍性鲫鲂和天然雌核发育红鲫线粒体全基因组测序 |
| 2.2.3 不同倍性鲫鲂和天然雌核发育红鲫线粒体基因组结构 |
| 2.2.4 不同倍性鲫鲂和天然雌核发育红鲫mtDNA的碱基含量分析 |
| 2.2.5 鲫鲂杂交子代鱼与其父母本线粒体全基因组的比较分析 |
| 2.2.6 系统进化树分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 四倍体鲫鲂回交子代及其亲本线粒体ND2基因分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 序列比对和分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 四倍体鲫鲂回交子代倍性检测 |
| 3.2.2 PCR扩增结果 |
| 3.2.3 四倍体鲫鲂回交子代及其母本线粒体ND2基因序列分析 |
| 3.2.4 四倍体鲫鲂回交子代与亲本线粒体ND2基因的相似率比较 |
| 3.2.5 四倍体鲫鲂回交子代变异研究 |
| 3.2.6 三倍体鲫鲂和五倍体鲫鲂变异位点在其他鱼类中的情况 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 四倍体鲫鲤及其亲本肝脏转录组线粒体相关核基因的数据分析 |
| 4.1 数据与方法 |
| 4.1.1 实验数据 |
| 4.1.2 目的基因的筛选 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.1.4 序列分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 线粒体呼吸链相关基因的筛选 |
| 4.2.2 亲本红鲫和鲤鱼转录组中呼吸链相关基因在四倍体鲫鲤中的表达分析 |
| 4.2.3 四倍体鲫鲤及其亲本转录组中8个线粒体相关基因的氨基酸和基因树分析 |
| 4.2.4 线粒体编码蛋白基因及呼吸链相关核基因的同源性和分歧率比较分析 |
| 4.2.5 四倍体鲫鲤及其亲本转录组中其他线粒体相关核基因的分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体全基因组研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 总DNA的提取 |
| 5.1.3 引物设计、PCR扩增和序列测定 |
| 5.1.4 全序列拼接和分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体全基因组序列的测定 |
| 5.2.2 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体全基因组结构分析 |
| 5.2.3 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体基因组非编码区分析 |
| 5.2.4 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体基因组中蛋白质编码基因的分析 |
| 5.2.5 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体基因组中RNA基因及二级结构分析 |
| 5.2.6 翘嘴鲌和黄尾鲴在鲤科鱼类中的系统进化分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 总结 |
| 6.1 天然雌核发育红鲫、三倍体鲫鲂和四倍体鲫鲂与亲本MTDNA的比较研究 |
| 6.2 四倍体鲫鲂回交子代与亲本线粒体ND2基因的比较研究 |
| 6.3 四倍体鲫鲤及其亲本肝脏转录组中线粒体相关核基因的研究 |
| 6.4 翘嘴鲌和黄尾鲴线粒体全进组研究 |
| 6.5 有待进一步深入研究的问题 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 缩略词表 |
| 实验主要试剂及配制方法 |
| 主要仪器 |
| 主要生物信息学软件 |
| 博士学习期间发表的主要论文及获奖情况 |
| 致谢 |
（10）河南省鱼类DNA条形码数据库构建及隐存种挖掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 物种的概念 |
| 1.2 鱼类分类中物种的概念的应用 |
| 1.3 当前分类学所面临过的困境及转机 |
| 1.4 条形码的提出及原理 |
| 1.4.1 DNA条形码的提出 |
| 1.4.2 DNA条形码技术原理 |
| 1.4.3 条形码应用及优点 |
| 1.4.4 鱼类条形码技术研究进展 |
| 1.4.5 鱼类条形码分析技术及整合分析 |
| 1.5 河南省自然条件及鱼类资源 |
| 1.5.1 河南省鱼类自然条件 |
| 1.5.2 河南省鱼类资源组成 |
| 1.6 本研究的目的 |
| 第二章 河南省鱼类DNA条形码数据库构建及在物种鉴定中的应用 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 研究方法 |
| 2.2.3 数据分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 形态学鉴定结果 |
| 2.3.2 DNA条形码分析结果 |
| 2.3.3 不同分类阶元的遗传距离 |
| 2.3.4 分子系统树 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 河南省鱼类现状 |
| 2.4.2 DNA条形码在鱼类鉴定中的运用 |
| 第三章 基于DNA条形码鉴别两种河南省鱼类新种 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 双排花鳅(Cobitis duplexmacula sp.nov.)实验材料 |
| 3.2.2 线斑花鳅(Cobitis margaritatus sp.nov.)实验材料 |
| 3.2.3 实验步骤与方法 |
| 3.2.4 双排花鳅(Cobitis duplexmacula sp.nov.)数据分析 |
| 3.2.5 线斑花鳅(Cobitis margaritatus sp.nov.)数据分析 |
| 3.3 双排花鳅(Cobitis duplexmacula sp.nov.)结果与讨论 |
| 3.3.1 双排花鳅(Cobitis duplexmacula sp.nov.)分子系统发育树 |
| 3.3.2 双排花鳅(Cobitis duplexmacula sp.nov.)系统发育分析 |
| 3.4 线斑花鳅(Cobitis margaritatus sp.nov.)的结果与讨论 |
| 3.4.1 线斑花鳅(Cobitis margaritatus sp.nov.)形态学证据 |
| 3.4.2 线斑花鳅(Cobitis margaritatus sp.nov.)分子生物学及分子系统学结果 |
| 3.5 比较材料 |
| 3.6 讨论 |
| 第四章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
四、鲤科鱼类二个属级名称的地位（论文参考文献）
- [1]长江上游特有鱼类DNA条形码研究[D]. 黄燕. 西南大学, 2014(10)
- [2]鳅超科鱼类分子系统发育研究[D]. 唐琼英. 华中农业大学, 2005(03)
- [3]鮈亚科鱼类分子系统发育、演化过程及生物地理学研究[D]. 杨金权. 中国科学院研究生院（水生生物研究所）, 2005(01)
- [4]骨鳔鱼类若干类群的分子系统发育和分化时间估算[D]. 郭宪光. 中国科学院研究生院（水生生物研究所）, 2006(10)
- [5]基于GIS的中国内陆水域鱼类物种多样性、分布格局及其保育研究[D]. 邢迎春. 上海海洋大学, 2011(05)
- [6]中国光唇鱼属鱼类的分类整理[D]. 袁乐洋. 南昌大学, 2005(04)
- [7]野鲮亚科一新属一新种的建立及其群体遗传学研究[D]. 赵海涛. 西南大学, 2016(01)
- [8]基于线粒体基因组对澜沧江和元江部分流域段鱼类单殖吸虫的分子系统学研究[D]. 张丽霞. 云南师范大学, 2021(08)
- [9]不同倍性鱼线粒体全基因组及肝脏转录组中线粒体相关基因分析[D]. 尤翠平. 湖南师范大学, 2012(11)
- [10]河南省鱼类DNA条形码数据库构建及隐存种挖掘[D]. 汪曦. 河南师范大学, 2019(07)