一、猪六号病病原特性研究（论文文献综述）
袁观强,梅贤钦,吴正利,包慧芳,万中义,陈云峰,王会良,黄树民,闵勇,龙同[1]（2021）在《通山县枇杷病虫害调查初报及其防治策略》文中进行了进一步梳理为全面了解通山县枇杷病虫害发生及为害情况,2019—2021年在湖北省枇杷主产区通山县进行了系统调查。结果表明,通山县枇杷共有19种病虫害,其中,病害9种,虫害10种;根据危害程度及长期观察综合分析,提出了当前湖北省通山县枇杷防治对象为枇杷黄毛虫、天牛、木虱、枇杷灰蝶、叶斑病、腐烂病,此外冻害危害也较重,对上述主要病虫害的危害和防治进行了概述。
吴旭东[2]（2021）在《安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定》文中研究指明安庆六白猪是我国着名的地方猪种之一,其肉质鲜美、抗病性强是一座宝贵的种质资源库。但长期以来,安庆六白猪在小群体下出现一定的近交退化,生长速度较慢、瘦肉率低、繁殖力优势不明显、肉品质的稳定性差。本研究通过SSR标记对安庆六白猪现存种猪进行遗传距离梳理,选择亲缘关系较远的24头安庆六白猪与6头亚洲野猪进行10X深度基因组重测序。通过检测两种猪基因组内遗传变异情况,分析安庆六白猪基因组受选择区域及纯合区域,解析其种质特性形成的遗传基础并鉴定种质优异基因。本研究主要结果如下:（1）本研究所选择的14个微卫星位点均在安庆六白猪群体中检测出多态性,各位点平均等位基因数为8.5,有效等位基因数处于3.1927-7.1078之间,S0155等八个位点未达到Hard-Weinberg动态平衡,SW240等六个位点达到了Hard-Weinberg动态平衡,14个微卫星位点累积排除概率达99%。微卫星的遗传距离结果与后续基因组亲缘关系鉴定相符,用于重测序研究的样本两两间均不存在亲缘关系。（2）在30头猪中共发现49,289,052个SNP位点及6,186,123个Indel变异。遗传变异多数存在于基因间区内,以同义突变为主。结合FST及πratio两种计算方法并以1%为筛选阈值对安庆六白猪基因组受选择区域进行鉴定,共发现275个受选择区域,包含85个基因。基因功能注释结果表明参与猪机体免疫伪狂犬、蓝耳病毒的SMPD4、DDX18基因,参与了免疫T细胞及吞噬细胞的生物学调控的BCL6、P2RX6基因,与猪繁殖性能相关的SLC7A4、SPACA4基因,与猪脂肪沉积及肌肉发育相关MSTN及HIF1A基因在安庆六白猪选育过程中受到了正向选择。（3）安庆六白猪基因组中ROH数目、长ROH比例及FROH值均高于亚洲野猪,说明人工选择对基因组ROH分布及基因组近交水平存在影响。在安庆六白猪及亚洲野猪基因组中分别检测出307、205个ROH高频区域,对ROH岛内基因进行功能富集后发现,安庆六白猪ROH岛内基因显着富集于炎症免疫反应、细胞免疫因子调节、宿主防御等机体免疫代谢通路中。（4）安庆六白猪基因组受选择区域与ROH岛共有138个重合区域,所映射到的QTL位点所关联性状多为猪背膘厚,猪肉肉色、PH值、脂肪酸含量,猪机体免疫细胞数、寄生虫免疫、细菌免疫。选择SLC7A4与INSIG2基因的三个外显子区域错义突变位点进行安庆六白猪大群体的多态性检测,发现三个位点在安庆六白猪群体中均出现碱基突变,个体突变情况与重测序结果一致。本研究通过SSR标记技术完成安庆六白猪保种核心群的家系梳理,并根据遗传距离远近确定了重测序样本的选择。以亚洲野猪为参考群对安庆六白猪的选择信号进行研究,发现安庆六白猪基因组受选择区域内存在多个与其种质特性相关的候选基因。安庆六白猪及亚洲野猪基因组ROH检测结果显示,ROH的分布与选择压力相关,受选择程度高的安庆六白猪基因组内ROH丰度、长度及基因组近交系数均高于受选择程度低的亚洲野猪。结合基因功能富集分析及QTLs映射对安庆六白猪受选择区域、ROH岛及区域内所含基因进行研究,进一步揭示安庆六白猪抗病性强、肉质好等优良种质特性形成的分子遗传基础,为促进安庆六白猪种质资源保护与育种分子标记开发等方面提供了参考依据。
王顺喜[3]（2020）在《玉米抗病相关小肽和蛋白的挖掘及功能研究》文中研究表明植物病害严重降低作物产量,进而威胁粮食安全,因此培育抗病品种成为作物育种的重要目标之一。挖掘与病害免疫相关的小肽和蛋白对作物改良具有重要的理论意义和应用价值。小肽是一类由2～100个氨基酸组成的小分子物质,在生物体的多种生命活动中具有重要的功能,同时也具有很高的开发应用价值。以往的研究大多集中在来源于传统编码区的传统肽（CPs）,最新的研究表明来源于传统认为不翻译的区域的非传统肽（NCPs）在生物体的多种生命活动中也发挥着关键的作用,包括生长发育和免疫调控。而在植物领域,由于NCPs大规模提取及鉴定方法的缺乏,极大的限制了植物NCPs的研究,也严重约束了人们对植物NCPs的认知和利用。该研究围绕大规模挖掘植物NCPs的需求,首次建立了植物多肽基因组学的方法,并利用该方法在单子叶植物玉米和双子叶植物拟南芥中进行了NCPs的大规模挖掘。在建立的多肽基因组学方法的基础上,构建了比较多肽基因组学技术体系,在玉米中研究了受病原相关分子模式（PAMP）诱导的NCPs。进一步的功能研究首次证实了NCPs在调控玉米天然免疫反应及抗病中的积极作用。另外,采用比较蛋白质组学方法,挖掘了与P.polysora抗性相关的蛋白,并对其中一个候选蛋白（Zm REM1.3）进行了功能研究,证实了其在P.polysora抗性中的作用,并探讨了其作用机制。主要研究结果如下:1、该研究首次建立了植物多肽基因组学的方法。该方法利用水浴加热结合添加植物蛋白酶抑制剂来避免内源肽提取过程中大分子蛋白和内源肽自身的降解,并利用10 KDa超滤管对内源肽进行富集。对富集后的内源肽进行高通量的质谱检测,质谱结果分别搜索Ensembl蛋白数据库和自建的多肽基因组数据库。将得到的高可信度内源肽进行合并后匹配到对应的基因组位置,并去除多基因组匹配位点的内源肽。最后根据基因组注释将来源于传统编码区的内源肽定义为CPs,将来源于传统认为不翻译的区域（包括基因间区、UTRs区、内含子区和跨基因元件的区域）的内源肽定义为NCPs。2、利用建立的植物多肽基因组学的方法,在玉米中鉴定到1993个NCPs和844个CPs。分析研究发现,NCPs的肽段长度显着短于CPs的肽段长度,NCPs的分子量也小于CPs的分子量,说明NCPs和CPs具有不同的分子特征。通过分析NCPs和CPs的基因组分布发现,NCPs呈现出和CPs不一样的分布特征,CPs在染色体上偏向于端粒分布,而NCPs在染色体上均匀分布。进一步分析NCPs的来源发现,NCPs的来源比较广泛,可以来源于基因间区、内含子区、UTRs区,甚至可以跨越不同的基因元件。该结果在蛋白翻译水平上用直接的证据揭示了植物基因组中有大量以前认为不翻译的区域其实是可以翻译的。3、采用三种不同的实验手段对我们建立的植物多肽基因组学方法进行了验证。首先,利用合成实验的方法对实验质谱和合成肽质谱进行了比较,结果表明,实验质谱和对应的合成肽质谱高度一致。接下来,进行了包括m RNA、circ RNA、lnc RNA和small RNA在内的转录组学分析,结果表明,1806（90.62%）个NCPs有转录数据支持。最后,通过核糖体印记测序（ribo-seq）的结果进行验证,结果表明,732个NCPs可以被ribo-seq结果验证。这些结果证明了我们建立的植物多肽基因组学方法的可靠性。为了进一步研究所建立的植物多肽基因组学的适用性,进一步将建立的植物多肽基因组学方法成功应用到了双子叶模式植物拟南芥中,在拟南芥中鉴定到1860个NCPs和2363个CPs。分析研究发现,在拟南芥中鉴定到的NCPs的肽段长度也显着短于CPs的肽段长度,并且拟南芥中鉴定到的NCPs也可以来源于基因间区、内含子区、UTRs区,甚至可以跨越不同的基因元件。结果表明,在单子叶植物和双子叶植物中,以前认为不翻译区域的翻译是普遍存在的,尽管它们可能有不同的翻译模式。以上结果表明,该植物多肽基因组学方法可应用于双子叶植物拟南芥和单子叶植物玉米,证明了所建立的植物多肽基因组学方法的广泛适用性。4、利用全基因组关联分析（GWAS）进一步分析研究发现,NCPs在控制玉米相关数量性状（籽粒性状和抗病性）的区域和驯化区间显着富集,暗示了NCPs在玉米进化和复杂数量性状（尤其是抗病性）中的重要作用。为了进一步研究玉米NCPs与抗病的关系,建立了比较多肽基因组学技术体系。采用植物天然免疫诱导物flg22（PAMP）处理玉米,研究了PAMP诱导后的玉米内源肽变化情况。共鉴定到662个差异表达的内源肽,其中CPs 451个,NCPs 211个。在处理后30分钟和24小时,分别鉴定到428个差异表达的内源肽,其中共有的差异表达内源肽有194个。在这些差异表达的内源肽中,6个NCPs在处理后30分钟和24小时均上调表达,7个NCPs均诱导表达。通过对玉米PAMP诱导的差异表达NCPs的鉴定,为NCPs在植物天然免疫反应中的功能研究奠定了基础。5、为了进一步研究PAMP诱导的NCPs在玉米天然免疫反应以及玉米抗病中的作用,对13个诱导或上调表达的NCPs进行免疫相关参数检测,共筛选到2个NCPs在植物天然免疫反应中起着重要作用,其中1个NCP对玉米病害具有广谱抗性,我们命名为NCP-1。研究表明,NCP-1可以促进活性氧（ROS）的积累、胼胝质的沉积及防御相关基因的表达。最后,通过对玉米小斑病、根腐病和新月弯孢菌的抗性进行鉴定发现,NCP-1可以显着提高玉米对多种病害的抗性。上述结果表明,NCP-1可以作为植物免疫信号分子调控植物的天然免疫反应,进而诱导植物的抗病性。该研究是NCPs在植物天然免疫反应中的首次报道,为植物NCPs的功能研究和植物抗病研究提供了新的思路和候选分子。6、为了筛选南方锈病抗性相关蛋白,对玉米感病自交系（Lx9801）和抗病自交系（P178）接种玉米南方锈病病原多堆柄锈菌（P.polysora）及对照缓冲液的叶片进行了比较蛋白质组学分析。采用同位素标记相对和绝对定量（i TRAQ）的方法共鉴定到了6612个蛋白质。其中,1489个蛋白在抗病自交系中差异表达,1035个蛋白在感病自交系中差异表达。GO富集分析表明这些差异表达的蛋白质富集在多个生物学过程,抗病组主要富集在代谢过程、细胞代谢过程和刺激响应;感病组主要富集在代谢过程、细胞代谢过程、生物调节和刺激响应。KEGG富集分析表明,这些差异表达的蛋白质在抗病组主要富集在碳固定途径、核糖体代谢和光合作用;感病组主要富集在光合作用、代谢途径和碳固定途径。7、从这些差异表达的蛋白中,筛选了到3个防御相关候选蛋白进行了后续研究,证实了一个候选蛋白（Zm REM1.3）在玉米南方锈病抗性中起到重要作用。q RT-PCR分析发现,Zm REM1.3的表达不仅受P.polysora的诱导,而且还受植物激素水杨酸（SA）和茉莉酸（JA）的诱导。进而采用转基因技术将Zm REM1.3在玉米中过表达,q RT-PCR和western blot分析发现Zm REM1.3在转基因阳性株系中的表达量显着高于对应的阴性株系。对转基因材料接种P.polysora后发现,过表达Zm REM1.3的转基因阳性株系对P.polysora的抗性显着增强,通过Mu转座子插入突变体证实了Zm REM1.3在P.polysora抗性中的积极作用。进一步研究发现,P.polysora侵染后,过表达Zm REM1.3的阳性株系的SA和JA含量显着提高,同时,防御相关基因在过表达Zm REM1.3阳性株系中的表达水平也显着高于对应的阴性株系。以上结果表明,Zm REM1.3可能通过SA/JA介导的防御信号通路,诱导防御相关基因的表达来正向调控玉米对P.polysora的抗性。综上所述,本研究建立了植物多肽基因组学的方法,为植物NCPs的挖掘提供了新的方法,为植物NCPs的研究提供了新的思路。对单子叶植物和双子叶植物进行大规模NCPs的鉴定表明,植物基因组中有很大一部分以前认为不翻译的区域其实是可以翻译的,这在功能基因组学研究中具有重要意义,并将为植物功能基因组学的研究提供新的着力点。通过对NCPs在玉米天然免疫反应中的功能研究,首次证实了NCPs在玉米天然免疫反应中的重要作用,为植物抗病研究及抗病育种提供了新的思路和方向。另外,通过蛋白质组学技术鉴定了与南方锈病抗性相关的蛋白——Zm REM1.3,并通过实验证实了其在P.polysora抗性中的积极作用以及潜在的作用机制。为玉米抗病育种提供了新的抗性资源。
张龙,范咏梅[4]（2020）在《豇豆链格孢叶斑病病原菌鉴定》文中研究说明2015年初,在海南省乐东县豇豆主产区发现一种豇豆新病害——豇豆叶斑病,主要危害豇豆叶片。为了明确病害病原菌,为农户今后开展田间防治提供科学有效的依据,笔者拟通过观察豇豆田间发病特征,并对病菌进行分离纯化、致病性测定,结合形态学观察及分子生物学鉴定确定病原菌。结果表明:豇豆叶斑病发病初期,在叶片中央产生豌豆大小的灰色或者浅褐色病斑,病斑中央呈灰白色,叶片边缘伴有一定面积的枯萎,后期病斑连接成片,造成叶片枯萎坏死,将其rDNA-ITS和rDNA-28S序列进行BLAST比对,结合形态学观察,初步鉴定该病害致病菌为链格孢（Alternaria.sp.）。
聂福平[5]（2020）在《牛结节性皮肤病检测新方法与ORF132基因表达及鉴定研究》文中指出牛结节性皮肤病（Lumpy skin disease,LSD）又称牛结节性皮炎或块状皮肤病或牛疙瘩皮肤病,是由羊痘病毒属（Capripoxvirus）的牛结节性皮肤病病毒（Lumpy skin disease virus,LSDV）引起牛的一种急性、亚急性接触性传染病。各种品种和年龄的牛均易感,发病率在2%～45%,死亡率达10%,甚至更高,给经济带来较大的损失。该病被世界动物卫生组织（OIE）列为必须通报的传染病,《中华人民共和国进境动物检疫疫病名录》I类传染病,因此,在该病流行的国家和地区,其易感动物及动物源性产品出口将受到世界各贸易国的严格限制,极大的影响畜牧业和国际贸易的发展。针对该病主要采用疫苗防治,尚无药物可治疗,且该病原现有的检测方法单一或不能较好的鉴别检测。本研究基于LSDV的ORF001、ORF101和ORF126基因,建立了羊痘病毒属病毒的LAMP检测方法,牛结节性皮肤病病毒通用型Taq Man MGB实时荧光定量PCR方法和牛结节性皮肤病病毒野毒株与疫苗株双重Taq Man MGB实时荧光定量PCR方法,并应用建立的方法,对重庆、新疆、黑龙江、云南等地区的牛、羊进行羊痘病毒流行病学调查研究,试验从LSDV核酸阳性的媒介生物中成功分离出1株牛结节性皮肤病病毒。研究针对LSDV ORF005和ORF132蛋白分别构建了真核表达载体和重组穿梭载体,以Cellfectin Reagent介导下,转染Sf9昆虫细胞,并在Sf9昆虫细胞中获得成功表达,为牛结节性皮肤病血清学方法的建立和疫苗研究奠定了基础。（1）建立了CaPV-LAMP检测方法,可特异、敏感的检测羊痘病毒属病毒。该方法对LSDV的最低检出限为14.7TCID50,比常规PCR高100倍,比荧光定量PCR法略低,CaPV-LAMP检测方法具有良好的稳定性和重复性,其可视法不需要特殊仪器,可肉眼直接判读结果,适用于临床上CaPV的现场快速筛查。（2）建立了牛结节性皮肤病病毒通用型Taq Man MGB实时荧光定量PCR方法,方法最低检出量为21.6拷贝/μL,可特异、敏感的鉴别检测羊痘病毒属病毒,重复性较好,扩增效率为95.3%。在临床样本中,最低可检出3.8 pg/m L的病毒DNA。研发的试剂盒稳定性好,储存于4℃可保存6个月,-20℃至少可保存14个月。应用于临床样本的检测,显示该方法可特异地检测牛羊血液、皮肤、淋巴结等样品中的LSDV核酸,适用于牛结节性皮肤病的诊断和流行病学调查。（3）建立了牛结节性皮肤病病毒野毒株与疫苗株的双重Taq Man MGB实时荧光定量PCR方法,可特异、敏感地鉴别LSDV野毒株与疫苗株,对山羊痘病毒、绵羊痘病毒、牛痘病毒、羊口疮病毒等均无特异扩增,方法对野毒株和疫苗株病毒核酸的最低检出量分别为22.6拷贝/μL和19.7拷贝/μL,扩增效率为99.5%,并研发了相应的标准化诊断试剂盒。对试验感染LSDV野毒株的牛EDTA抗凝血进行检测,最低检出限为9 DPI。方法特异、敏感、简便、快速,可为牛结节性皮肤病的疫情监测和弱毒疫苗免疫监控提供鉴别技术手段。（4）针对LSDV的ORF005和ORF132基因进行系统分析,密码子优化,设计引物,扩增目的基因,将目的基因回收、连接到p Fast Bac-HTB载体上,转化,构建真核表达载体p Fast Bac-HTB-ORF005和p Fast Bac-HTB-ORF132。分别将重组质粒p Fast Bac-HTB-ORF005、p Fast Bac-HTB-ORF132转入E.coli DH10Bac感受态细胞,构建重组穿梭质粒r Bacmid-ORF005和r Bacmid-ORF132,以Cellfectin Reagent介导,在Sf9昆虫细胞中进行了真核表达。经Western blot分析和IFA鉴定,ORF005和ORF132蛋白在Sf9昆虫细胞中均获得成功表达,为新型疫苗的研制和抗体诊断方法的建立奠定了基础。（5）应用本研究建立的实时荧光定量PCR方法、CaPV-LAMP方法及OIE推荐的常规PCR方法,分别对新疆、云南、黑龙江、重庆等地区牛、羊的羊痘病毒属病毒流行情况进行调查研究。从新疆伊犁边境地区牛结节性皮肤病病毒核酸检测阳性的媒介生物中进行病毒分离,接种MDBK细胞,盲传3代后,成功分离出1株牛结节性皮肤病病毒,命名为XJ1917株,经测序分析,本次分离的牛结节性皮肤病病毒与LSDV Neethling疫苗株同源性为99%,并在ORF126区域存在27个碱基缺少,3个位点的突变。经TCID50测定,XJ1917株第5代细胞病毒液的滴度为3.65×106TCID50/mL。
徐太东,梁巧兰,吴琼,李嘉明,张强艳,康甲余,连芸芸,安贤[6]（2019）在《甜瓜叶斑病病原鉴定及室内药剂筛选》文中研究指明明确近年来引起甘肃大棚甜瓜叶斑病的病原,为该病害的有效防治提供参考依据。试验分别采用组织分离法、单孢分离法和生长速率法,对甜瓜叶斑病病原菌及其物学特性和室内药剂筛选进行研究。将引起甜瓜叶斑病病原菌鉴定为多隔链格孢（Alternaira peponicola）和瓜链格孢（Alternaria cucumerina）;2种链格孢生长的最适温度为30℃,适宜多隔链格孢生长的培养基和光照条件分别为甜瓜煎汁培养基、完全光照,适宜瓜链格孢生长的培养基和光照条件分别为PDA培养基、完全黑暗;室内药剂筛选发现不同药剂对不同病原菌抑菌率不同,其中10%苯醚甲环唑、40%氟硅唑、50%福美双、70%代森锰锌对多隔链格孢菌抑菌率均在84%以上,分别为96.66%、94.46%、90.82%、84.37%,其EC50分别为17.89、3.41、44.27、42.34μg/mL;50%醚菌酯、43%戊唑醇、40%腈菌唑对瓜链格孢抑菌作用较好,抑菌率均在85%以上,分别为98.20%、90.82%、85.43%,其EC50分别为3.45、21.35、5.21μg/mL。研究结果可为甜瓜叶斑病的有效防治提供依据。
杨伟[7]（2019）在《种公猪精液传播的主要病毒性疫病监测及mPCR方法的建立》文中认为随着集约化规模化养猪业的快速发展,许多国家越来越广泛运用猪的人工授精技术（AI）进行配种繁殖。种公猪在养猪业生产中的地位十分重要,关系到母猪的受孕、妊娠与分娩以及仔猪的健康,而精液是否携带病毒则关系到猪场相关疫病的传播与否;虽然用于人工授精的精液里出现的病毒不一定导致母猪感染疫病,但精液仍然是传播病毒性疫病的一大风险。国内外许多研究表明种公猪精液是导致病毒性疫病传播的媒介,这些病毒既有DNA病毒又有RNA病毒,其中猪瘟病毒（CSFV）、猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪日本乙脑炎病毒（JEV）、猪口蹄疫病毒（FMDV）、猪伪狂犬病毒（PRV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和猪细小病毒（PPV）是种公猪精液中最为常见的导致母猪繁殖障碍性的病原,种公猪精液如果携带这些病毒会导致猪繁殖障碍类等疫病的发生,引起妊娠母猪流产、产死胎或木乃伊胎或新生仔猪带毒,给养猪业健康生产造成了巨大的损失。由于这些猪病毒通常会引起非常相似的临床症状,且常伴随着混合感染,对混合感染的病原体进行单独检测往往比较费时,为实现在种猪精液多病原混合感染的快速诊断,本研究建立了针对CSFV、PRRSV、FMDV、JEV、PRV、PCV-2和PPV这七种病原体的七重PCR鉴别诊断方法,为种猪精液传播常见疫病的快速诊断和防控提供了理论和技术支撑。主要研究方法和研究内容如下:1、种公猪精液传播的CSFV、PRRSV、JEV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV单一PCR/RTPCR方法的建立及检测参照GenBank中CSFV E2（NC002657）、PRRSV ORF7（NC001961）、JEV E（AF315119）、FMDV VP1（KU204893.1）、PRV gB（GQ325658）、PCV-2 ORF2（NC005148）和PPV VP2（NC001718）等保守基因序列,应用相应软件设计了7对PCR引物,分别用于扩增CSFV E2、PRRSV ORF7、JEV E、FMDV VP1、PRV gB、PCV-2 ORF2和PPV VP2等基因的部分序列,扩增的目的片段大小分别为516 bp、224 bp、721 bp、331 bp、187 bp、282 bp和947 bp。通过对目的基因的测序鉴定以及反应的条件优化,建立了CSFV、PRRSV、FMDV、JEV、PRV、PCV-2和PPV的单一PCR/RT-PCR方法,为摸索建立种公猪精液多重PCR方法的条件打下基础。单一PCR/RT-PCR诊断方法的建立结果表明:单一PCR最佳反应体系:CSFV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV上下游引物各1.0μL,JEV、PRRSV上下游引物各1.5μL;各种病毒的模板都为1μL;反应体系为25μL最佳。单一PCR最佳反应条件:CSFV、PRRSV、PRV、和PPV最佳退火温度为54.5℃;JEV、FMDV、PCV-2最佳退火温度为56.5℃。敏感性和特异性实验表明:单一PCR对7种病毒的最低核酸检测量都达到了pg级,分别为CSFV 3.2 pg、PRRSV 8.5 pg、JEV 8.7 pg、FMDV 2.6 pg、PRV 0.15pg、PCV-2 9 pg和PPV 5.4 pg,建立的种公猪精液单一PCR检测方法对PEDV、SIV和E.coli的检测结果均呈阴性,表明成功建立种公猪精液传播的主要病毒性疫病单一PCR/RT-PCR快速诊断方法,该研究为临床种公猪精液传播的主要病毒性疫病流行病学调查奠定了基础。应用建立的单一PCR对713精液样本进行CSFV、PRRSV、JEV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV等7种常见病毒PCR检测,在713份样品中PCV2的阳性检出率（含单一与混合感染）是最高的,为7.57%（54/713）;其次为PRRSV,阳性检出率为6.73%（48/713）,CSFV、JEV、PRV和PPV的阳性检出率分别为2.95%（21/713）、1.26%（9/713）、4.77%（34/713）和2.81%（20/713）;713份精液样本的单一PCR检测结果显示:未检测到FMDV的感染情况,出现了多种病毒之间混合感染的情况。2、种公猪精液传播七种常见病毒多重PCR方法的建立与初步应用研究在建立的CSFV、PRRSV、JEV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV目的基因单一PCR/RTPCR方法扩增结果的基础上,通过对多重PCR反应条件的优化,成功建立了能同时检测CSFV、PRRSV、FMDV、JEV、PRV、PCV-2和PPV七种病毒的多重PCR方法。结果表明:七重PCR最佳反应体系在50μL反应体系条件下最佳,其中7对引物上下游引物浓度JEV各0.5μL,CSFV、PRRSV、PRV、PCV-2和FMDV各1.0μL,PPV各1.5μL;退火温度为54.5℃时多重PCR扩增效果最佳,每个靶基因均能出现特异性条带,且无特异性扩增;七重PCR最佳反应条件:50℃40 min;95℃5 min;94℃30 s,54.5℃30 s,72℃45 s,35 cycles;72℃10 min。敏感性试验表明:建立的多重PCR最低核酸检测量均达到pg级,各种病毒的最低检测量分别为CSFV 33 pg、PRRSV 56 pg、JEV59.1 pg、FMDV 13.9 pg、PRV 11.5 pg、PCV-2 61 pg和PPV 18.7 pg,特异性结果表明均只能检测出目的条带,对SIV、PEDV、E.coli和正常组织扩增结果均呈阴性。表明成功建立种公猪精液传播的主要病毒性疫病七重PCR快速诊断方法,该七重PCR可用于临床精液样品的快速诊断和流行病学调查。3、种公猪精液传播的七种病毒性疫病多重PCR诊断方法的临床初步应用应用建立的种公猪精液传播的七种病毒性疫病多重PCR诊断方法对713份种公猪精液样品检测的结果表明:种猪场、规模化猪场和人工授精站存在不同程度的混合感染现象;其中在713份公猪精液样品中未检测到FMDV阳性样品,其他病毒单一感染率为10.1%;来自9个种猪场的314份精液样品的混合感染率为7.0%（22/314）,其中PCV-2+PRRSV、JEV+CSFV和PRV+PCV-2的二重感染阳性率达4.5%（14/314）,PRV+CSFV+PCV-2的三重感染率为0.9%（3/314）,PPV+PRV+PCV-2+PRRSV和PPV+PRV+CSFV+PRRSV的四重感染率为1.3%（4/314）,PPV+PRV+PCV-2+PRRSV+CSFV的五重感染率为0.3%（1/314）;来自6个规模化猪场的241份精液样品的混合感染率为7.46%（18/241）,其中PCV-2+PRRSV、PPV+PRV和CSFV+JEV二重感染阳性率达4.98%（12/241）,PRV+PCV-2+CSFV三重感染率为1.24%（3/241）,PPV+PRV+PCV-2+PRRSV的四重感染率为0.41%（5/241）,PPV+PRV+PCV-2+PRRSV+CSFV五重感染率为0.83%（1/241）;来自6个人工授精站的158份精液样本的混合感染率为5.06%（8/158）,其中PCV2+PRRSV、CSFV+PCV-2和PPV+PCV-2的二重感染阳性率达4.43%（7/158）,三重感染率为0（0/158）,PPV+PRV+PCV-2+PRRSV四重感染率为0.63%（1/158）,五重感染率为0（0/158）。通过应用建立的七重PCR对精液样品进行检测,然后应用建立的单一PCR方法进行验证,结果与单一PCR方法检测结果符合。通过应用建立的七重PCR对精液样品进行检测,然后应用建立的单一PCR方法进行验证,结果与单一PCR方法检测结果符合。由此可见,本研究建立的七重PCR方法不仅实现了上述七种病毒的同时检测,也能够对CSFV、PRRSV、FMDV、JEV、PRV、PCV-2和PPV单个或混合感染的精液临床样本进行快速鉴别诊断。
黄宇飞[8]（2019）在《胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种全基因组解析及致病相关基因功能研究》文中研究表明胡萝卜软腐果胶杆菌（Pectobacterium carotovorum）是引起植物软腐病的重要病原物,寄主范围十分广泛,在世界各地均有发现,由该致病菌引起的病害给农业经济带来严重的损失。随着DNA测序技术的进步和普及,加快了基因组学的发展,为探索病原微生物的遗传规律和致病机理提供了丰富的数据和行之有效的方法。目前,对于胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种（Pectobacterium carotovorum subsp.brasiliense）的基因组信息及致病性调控机理鲜有报道。本研究采用DNA测序技术对胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种BZA12菌株进行了全基因组测序,并通过生物信息学的方法从基因组水平分析病原菌的致病相关基因特征,筛选出该病原菌与致病相关的候选效应蛋白基因,并初步探索其功能。取得主要结果如下:1.本研究对采自辽宁省不同地区的黄瓜和茄子细菌性软腐病样进行分离培养,并进行细菌生理生化和分子生物学鉴定及致病力测定。结果表明,在黄瓜病样中分离出的病原菌鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种,茄子病样中分离出的病原菌鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种为辽宁省设施茄子生产上新发现病害。所有菌株在菌落形态上无明显差异。生理生化分析表明,两种病原物在α-甲基葡萄糖苷的利用,对麦芽糖产酸,蔗糖还原能力和D-山梨醇利用上存在差异。分子生物学分析表明,黄瓜上分离的菌株在Pcb特异性引物的扩增下可以产生320bp的条带,而茄子上分离的菌株不能,但在Pcc特异性引物的扩增下可以产生550bp的条带。ITS-RFLP引物扩增及基于16Sr DNA序列构建的系统发育树分析均可将茄子和黄瓜上分离的菌株区分为两种不同的病原菌。致病力测定结果显示菌株编号为BZA的菌株致病力最强。2.本研究基于二代测序Hiseq 2500 Illumina和三代测序Pacbio RSII两种DNA测序技术结合的方法对Pcb BZA12菌株进行全基因组测序,对该病原菌的基因组组分,基因功能注释和比较基因组三个方面进行了系统分析。结果表明,Pcb BZA12基因组大小为4924705 bp,GC含量51.97%,含有4508个编码基因;共预测到串联重复序列192个,小卫星序列139个和微卫星序列10个;预测出非编码RNA tRNA 76个,rRNA 22个和sRNA 26个;功能注释结果表明这些基因在细胞组分、膜组分、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、膜转运和信号传导等功能注释的基因较多。致病相关基因分析结果显示,该病原菌共预测出细胞壁降解酶类相关基因54个,细菌ⅠⅥ型分泌系统相关基因215个,毒素相关基因16个。比较基因组分析出胡萝卜软腐果胶杆菌三个亚种所共有的基因家族数量为3107个,Pcb BZA12,Pco BC S7和Pcc PC1特有基因家族数量分别为36,22和11个。Pcb BZA12菌株的共有基因数量为3859个,特有基因数量为649个。果胶杆菌系统进化树分析表明,Pcb BZA12菌株与另外两个Pcb菌株遗传距离最近,与其他同属不同种的菌株亲缘关系相对较远。3.本研究通过三种细菌Ⅲ型分泌效应蛋白序列预测软件来预测Pcb BZA12菌株的效应蛋白,结合基因功能注释信息,选取了五个注释为假定蛋白的候选效应蛋白,并在烟草上进行基因的亚细胞定位和过敏性坏死分析,最后对产生过敏性坏死反应的基因进行生物信息学分析。结果表明只有PCB2483的候选效应蛋白基因能引起烟草的过敏性坏死反应,亚细胞定位仅被定位在细胞核上。生物信息学分析结果显示,PCB2483基因与已知的Pcb SX309和Pcc PCC21菌株的基因相似度在98%左右,由305个氨基酸组成,碱性氨基酸所占比例最大,发现1个可能与之存在互作关系的蛋白,二级结构中α螺旋和无规则卷曲结构所占比例较大,是一种具有亲水性,含脂类较高的蛋白。4.本研究利用T线性化自杀载体p LP12与目的基因的上下同源臂融合基因构建了PCB2483基因的缺失突变体菌株,同时构建了该突变菌株的功能互补菌株,并连同野生菌株一起对三个菌株的致病性,过敏性和一些生物学特性进行比较分析。结果显示,突变菌株的致病性、生长速率、游动性、生物膜的形成,与野生型和互补菌株存在一些差异。对细菌的沉降性,胞外酶的水解能力,烟草的过敏性反应方面未产生明显差异。
许泽芳,谢永兴,郭树源,赵翠,常维山[9]（2015）在《巴氏杆菌诊断技术研究进展》文中研究表明本文主要对巴氏杆菌当前比较流行的诊断技术进行了汇总,并且引用了当前国内外的一些研究成果并进行了分析。对该菌的分子生物学诊断技术的灵敏度和特异性进行了介绍,对此病原菌的实验室研究提供了多种方法,最后展望了其分子生物学方法应用于实践的前景和存在的问题,为进一步开展基础研究提供了思路。
柳凤[10]（2014）在《杧果畸形病病原遗传多样性及其与杧果互作机制研究》文中研究说明由镰刀菌引起的杧果畸形病是杧果生产上的重要病害之一,迄今为止未发现抗病品种及根治杧果畸形病的有效方法。因而进行病原菌种群分析及其与寄主互作机制的研究,挖掘寄主耐抗病的有效基因,无疑会为抗病育种工作奠定理论基础。本研究通过营养亲和群和ISSR技术分析了我国杧果畸形病病原菌的遗传多样性,通过生理生化测定、转录组学信息分析探索了杧果与Fusarium mangiferae的互作机制,主要取得以下结果。1、从我国杧果畸形病发病地采集病组织进行分离,柯赫氏法则验证后共获得38个致病菌,经形态学和EF-α延伸因子序列分析鉴定为F mangiferae。运用VCG和ISSR标记技术对获得的38个畸形病病原菌进行遗传多样性分析。VCG研究结果表明,通过在含KClO3培养基（KPS）上诱导筛选,共获得抗氯酸盐、不能利用硝酸盐营养突变体（nit）455株,通过MM、NM和HM3种不同氮源培养基划分出nit A、nit B、 nit C、nit D四种突变类型,其中nit A出现频率最高,占总体的78.02%；nit B和nit C其次,分别占7.91%和13.63%；nit D最少,仅占0.44%。采用nit突变体互补型配对技术,将获得的突变菌株进行配对培养,测得不同的营养体亲合群（VCGs）数为5个,其中VCG1内包含30个菌株,3个菌株分布在yCG2内，VCG3和VCG4内各含有2个菌株,菌株MG33单独形成VCG5。ISSR分子标记结果显示,供试的38个菌株经14条特异性引物共扩增出72条带,产物条带介于300-2000bp,其中52条带具有多态性,多态性比率为72.22%。38个菌株的相似系数值为0.5972-0.9862,其中菌株MG16和MG17之间的相似系数最大,为0.9862,菌株MG07和MG33的遗传相似系数最小,为0.5972。利用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数为0.76水平上分为5类,33个菌株分布在第V类中,MG25和MG35聚合在一起（Ⅳ）,菌株MG36（Ⅲ）. MG07（Ⅱ）和MG33（Ⅰ）分别形成单一分支。2、杧果畸形病病原菌生物学特性测定结果表明：供试的38个菌株对杧果的致病力存在一定的差异。病原菌在燕麦培养基上生长速度最快,在液体马铃薯葡萄糖培养基中生长量最大,最佳产孢培养基为马铃薯蔗糖培养基；菌丝生长、孢子产生和萌发的最佳温度均为25℃-28℃；光照和pH4-10的酸碱度对F. mangiferae菌丝生长速度、孢子产生及萌发的影响不明显。F. mangiferae生长的最好碳氮源分别为蔗糖和酵母提取物。菌丝和分子孢子的致死温度分别是53℃和57℃。毒力测定结果表明：25%咪鲜胺乳油对病原菌菌丝生长的抑制效果最好,EC50和EC95分别为1.2004μg·mL-1和2.6239μg·mL-1;25%嘧菌酯悬浮剂能够强烈抑制病原菌分生孢子的萌发,EC5o和EC95分别为0.5312μg·mL-1和2.9741μg·mL-1。3、杧果与F. mangiferae互作生理机制研究结果表明,①接种病菌后,杧果顶芽内光合色素含量、可溶性总糖、还原性糖、蔗糖和葡萄糖含量均先上升后下降；淀粉和纤维素含量随着接种时间的延长而不断下降。在接种病菌初期,中性转化酶和蔗糖合成酶（合成方向）的活性上升。接种病菌后期,中性转化酶、蔗糖合成酶（合成方向）和蔗糖磷酸合成酶活性下降,而蔗糖合成酶（分解方向）活性不断上升。②病菌的侵染能够引起杧果体内矿质元素含量发生改变,其中N、K、Fe和Mn的含量随着接种时间的延长不断上升,且上升幅度较大,其次是P、Mg、B和Zn, Cu和S的含量变化不明显,Ca随着接种时间的延长其含量不断降低。③可溶性蛋白和RNA含量均呈现先上升后下降的趋势,接种病菌45d时达到最大。DNA含量呈现不断上升的趋势。④F. mangiferae侵染促进杧果顶芽O2产生速率、H2O2和MDA含量的增加；在F. mangiferae侵染杧果后,谷胱甘肽含量急剧下降,POD、CAT、SOD和GR的活性迅速上升,且在整个测试过程中始终维持在较高水平,而APX活性呈现先上升后下降的变化趋势。⑤接种病菌后,杧果顶芽内赤霉素和生长素含量急速上升,且在整个试验阶段明显高于对照处理,脱落酸含量在试验后期不断升高。⑥病菌侵染对杧果顶芽的酚类代谢也产生了一定的影响,接种病菌45d内,杧果顶芽总酚、类黄酮含量及PAL酶活性均明显提高,随后急速下降,PPO活性初期变化不大,后期不断上升。4、基于Illumina HiSeqTM2000平台,对健康与感病杧果顶芽的转录组进行了测序,采用BLAST软件将获得的Unigene与nr、Swiss-Prot、KEGG和COG数据库进行比对,基因功能注释后分析杧果病健组织的差异表达基因（DEGs）,并对DEGs进行GO和Pathway富集分析。结果表明,①2个样品共获得119,815条Unigene, N50为1546,平均片段长度880bp。经RPKM法分析后共获得29,878个DEGs。以corrected-pvalue≤0.05为阈值的代谢途径有22条,其中大多数代谢途径与植物的抗逆响应密切相关。②153个DEGs参与了淀粉和蔗糖代谢途径,DEGs主要是编码糖类异构酶、水解酶和转移酶等,参与葡糖糖水解、细胞碳水化合物、丙酮酸盐和核苷酸代谢等生物进程。③在抗氧化生物过程中,编码活性氧代谢相关酶且差异倍数在5倍以上的DEGs有24个,19个属上调表达。表明活性氧代谢在杧果与病原互作过程中起到重要的调解作用。④F. mangiferae侵染杧果后,以差异倍数在10倍以上为筛选条件,共获得酚类代谢相关差异表达基因53个,其中40个DEGs上调表达,推测杧果可能是通过合成加固细胞壁的木质素或生成抑菌作用的酚类化合物来提高对病原菌的抵抗能力。⑤杧果与F. mangiferae互作过程中,钙信号传导、SA信号途径和丝裂原活化蛋白信号传导途径相关基因表达下调,造成了下游植物抗病基因RPM1的表达受到抑制,这可能是杧果感病的主要原因之一。
二、猪六号病病原特性研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、猪六号病病原特性研究（论文提纲范文）
（1）通山县枇杷病虫害调查初报及其防治策略（论文提纲范文）
| 1 调查研究方法 |
| 1.1 调查时间与地点 |
| 1.2 调查方法 |
| 1.3 病虫害鉴定 |
| 1.3.1 病害鉴定 |
| 1.3.2 害虫鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 湖北省通山县枇杷主要病害种类 |
| 2.2 湖北省通山县枇杷主要虫害种类 |
| 3 主要病虫害的防治策略 |
| 3.1 主要病害的发生特点及其防治策略 |
| 3.1.1 枇杷叶斑病 |
| 3.1.2枇杷腐烂病 |
| 3.1.3 枇杷冻害 |
| 3.2 主要虫害的发生特点及其防治策略 |
| 3.2.1 枇杷瘤蛾（枇杷黄毛虫） |
| 3.2.2 粒肩天牛（桑天牛、黄褐天牛） |
| 3.2.3 枇杷燕灰蝶（枇杷小灰蝶、枇杷蕾蝶） |
| 3.2.4 枇杷木虱 |
（2）安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 安庆六白猪简介 |
| 1.1.1 安庆六白猪产区分布 |
| 1.1.2 安庆六白猪种质特性 |
| 1.1.3 安庆六白猪保种现状 |
| 1.2 测序技术及猪基因组研究 |
| 1.2.1 基因组遗传变异检测方法 |
| 1.2.2 猪基因组学研究进展 |
| 1.3 选择信号简述 |
| 1.3.1 选择信号检测方法 |
| 1.3.2 选择信号在猪育种中的研究 |
| 1.4 基因组长纯合子片段(ROH)研究进展 |
| 1.4.1 ROH介绍及其检测方法 |
| 1.4.2 ROH应用进展 |
| 1.4.3 基因组近交系数 |
| 1.5 基因多态性与性状之间的关联分析 |
| 1.5.1 QTL定位 |
| 1.5.2 全基因组关联分析 |
| 1.5.3 expression QTL |
| 1.6 研究目的及意义 |
| 第二章 基于SSR标记的安庆六白猪遗传多样性分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验动物 |
| 2.2.2 仪器及试剂 |
| 2.2.3 DNA提取 |
| 2.2.4 DNA完整性、纯度及浓度检测 |
| 2.2.5 安庆六白猪群体14 个微卫星座研究 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 安庆六白猪DNA电泳检测 |
| 2.3.2 安庆六白猪14 个微卫星位点等位基因及基因型频率 |
| 2.3.3 安庆六白猪14 个微卫星位点遗传信息分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 安庆六白猪基因组选择信号研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样本来源 |
| 3.2.2 猪基因组DNA文库构建及测序 |
| 3.2.3 基因组内遗传变异信息检测及基因组亲缘关系计算 |
| 3.2.4 SNP质控 |
| 3.2.5 选择信号检测 |
| 3.2.6 受选择区域候选基因GO及 KEGG功能分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 安庆六白猪及亚洲野猪重测序结果分析 |
| 3.3.2 安庆六白猪及亚洲野猪基因组遗传变异研究 |
| 3.3.3 选择信号参数设置 |
| 3.3.4 F_(ST)及πratio值计算 |
| 3.3.5 安庆六白猪基因组受选择区域内基因功能分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 安庆六白猪基因组长纯合子片段(ROH)研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样本来源及基因组重测序 |
| 4.2.2 安庆六白猪、亚洲野猪基因组ROH检测 |
| 4.2.3 安庆六白猪基因组近交系数计算 |
| 4.2.4 安庆六白猪基因组ROH岛区域捕获及基因功能注释 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 两种猪基因组ROH统计 |
| 4.3.2 安庆六白猪与亚洲野猪基因组近交系数 |
| 4.3.3 安庆六白猪与亚洲野猪高频ROH区域鉴定 |
| 4.3.4 安庆六白猪与亚洲野猪ROH岛基因功能分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.2.2 PCR引物设计与合成 |
| 5.2.3 PCR反应体系及反应条件 |
| 5.2.4 PCR产物检测及数据计算 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.3.2 安庆六白猪候选基因多态性检测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点与特色 |
| 6.3 下一步工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
（3）玉米抗病相关小肽和蛋白的挖掘及功能研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小肽的概念及分类 |
| 1.2 小肽的功能研究进展 |
| 1.3 非传统肽(NCPs)的研究进展 |
| 1.3.1 NCPs在动物中的研究进展 |
| 1.3.1.1 来源上游ORFs(u ORFs)的NCPs |
| 1.3.1.2 来源非编码RNA的 NCPs |
| 1.3.2 NCPs在植物中的研究进展 |
| 1.3.3 NCPs数据库 |
| 1.4 NCPs的鉴定 |
| 1.4.1 生物信息学的方法 |
| 1.4.2 核糖体印记测序(Ribo-seq)技术 |
| 1.4.3 质谱技术 |
| 1.4.3.1 多肽组学 |
| 1.4.3.2 多肽基因组学 |
| 1.5 玉米主要病害 |
| 1.5.1 小斑病 |
| 1.5.2 南方锈病 |
| 1.5.3 弯孢叶斑病 |
| 1.5.4 根腐病 |
| 1.6 植物天然免疫 |
| 1.6.1 病原相关分子模式触发的免疫反应(PTI) |
| 1.6.2 效应蛋白触发的免疫反应(ETI) |
| 1.6.3 植物天然免疫和抗病性 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 第二章 植物多肽基因组学方法的建立 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料种植 |
| 2.1.2 内源肽提取 |
| 2.1.3 液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析 |
| 2.1.4 多肽基因组数据库构建 |
| 2.1.5 内源肽鉴定 |
| 2.1.6 传统肽(CPs)和NCPs的鉴定 |
| 2.1.7 内源肽在基因组水平上的分布 |
| 2.1.8 利用合成肽验证NCPs |
| 2.1.9 RNA-seq和 ribo-seq分析 |
| 2.1.10 NCPs与玉米数量性状及驯化选择的相关性分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 植物多肽基因组学方法的建立 |
| 2.2.2 玉米CPs和 NCPs的大规模鉴定 |
| 2.2.3 玉米NCPs的验证 |
| 2.2.4 玉米CPs和 NCPs在基因组上的分布模式 |
| 2.2.5 玉米NCPs可以来源于编码序列和非编码序列 |
| 2.2.6 玉米NCPs的功能分析 |
| 2.2.7 植物多肽基因组学方法在拟南芥NCPs挖掘中的应用 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 第三章 PAMP诱导的差异表达内源肽的鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料种植及处理 |
| 3.1.2 内源肽提取 |
| 3.1.3 LC-MS/MS |
| 3.1.4 多肽基因组数据库构建 |
| 3.1.5 内源肽鉴定 |
| 3.1.6 CPs和 NCPs的鉴定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 比较多肽基因组学分析 |
| 3.2.2 差异表达内源肽的鉴定 |
| 3.2.3 CPs和 NCPs的鉴定 |
| 3.2.4 差异表达内源肽的表达模式 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 第四章 NCPs在玉米天然免疫反应中的功能研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 内源肽合成 |
| 4.1.2 培养基配制 |
| 4.1.3 禾谷镰刀菌培养及根腐病抗性鉴定 |
| 4.1.4 玉蜀黍平脐蠕孢菌培养及小斑病抗性鉴定 |
| 4.1.5 新月弯孢菌培养及新月弯孢菌抗性鉴定 |
| 4.1.6 活性氧(ROS)相关成分染色及含量测定 |
| 4.1.6.1 二氨基联苯胺(DAB)染色 |
| 4.1.6.2 氯化硝基四氮唑蓝(NBT)染色 |
| 4.1.6.3 ROS含量测定 |
| 4.1.7 胼胝质染色 |
| 4.1.8 免疫防御相关基因的表达分析 |
| 4.1.8.1 RNA提取及检测 |
| 4.1.8.2 cDNA第一链的合成和检测 |
| 4.1.8.3 实时荧光定量PCR(q RT-PCR) |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 NCP-1 促进ROS的积累 |
| 4.2.2 NCP-1诱导免疫防御相关基因的表达 |
| 4.2.2.1 RNA的提取与c DNA第一链的合成、检测 |
| 4.2.2.2 免疫防御相关基因的q RT-PCR |
| 4.2.3 NCP-1诱导胼胝质的沉积 |
| 4.2.4 NCP-1提高玉米对根腐病的抗性 |
| 4.2.5 NCP-1提高玉米对小斑病的抗性 |
| 4.2.6 NCP-1提高玉米对新月弯孢菌的抗性 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 第五章 玉米南方锈病抗性相关蛋白的鉴定及功能研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.1.2.1 材料种植 |
| 5.1.2.2 病原繁殖 |
| 5.1.2.3 多堆柄锈菌(P.polysora)接种及取样 |
| 5.1.2.4 蛋白提取 |
| 5.1.2.5 蛋白酶解和iTRAQ标记 |
| 5.1.2.6 强阳离子交换色谱法(SCX)分级 |
| 5.1.2.7 LC-MS/MS |
| 5.1.2.8 序列数据库搜索和数据分析 |
| 5.1.2.9 RNA提取 |
| 5.1.2.10 cDNA第一链的合成及检测 |
| 5.1.2.11 qRT-PCR |
| 5.1.2.12 DNA提取 |
| 5.1.2.13 玉米原生质体提取及亚细胞定位 |
| 5.1.2.14 Western blot |
| 5.1.2.15 转基因玉米构建与检测 |
| 5.1.2.16 突变体筛选 |
| 5.1.2.17 激素含量测定 |
| 5.1.2.18 石蜡切片 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 抗、感玉米自交系接种P.polysora后的表型比较 |
| 5.2.2 iTRAQ分析抗、感自交系接种P.polysora前后的蛋白质组变化 |
| 5.2.3 差异蛋白质的GO富集分析和KEGG富集分析 |
| 5.2.4 ZmREM1.3的序列和表达分析 |
| 5.2.4.1 ZmREM1.3的序列分析 |
| 5.2.4.2 ZmREM1.3的表达分析 |
| 5.2.5 ZmREM1.3的亚细胞定位 |
| 5.2.6 过表达ZmREM1.3 增强玉米对P.polysora的抗性 |
| 5.2.6.1 ZmREM1.3在转基因玉米中的表达分析 |
| 5.2.6.2 过表达ZmREM1.3 增强玉米对P.polysora的抗性 |
| 5.2.7 ZmREM1.3 突变体分析证实ZmREM1.3在P.polysora抗性中的积极作用 |
| 5.2.8 过表达ZmREM1.3促进激素的积累及防卫基因的表达 |
| 5.3 结论与讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一 玉米中鉴定到的NCPs |
| 附录二 玉米中鉴定到CPs |
| 附录三 拟南芥中鉴定到的NCPs |
| 附录四 拟南芥中鉴定到CPs |
| 附录五 Flg22处理30分钟后差异表达的内源肽 |
| 附录六 Flg22处理24小时后差异表达的内源肽 |
| 附录七 本研究所用引物 |
| 附录八 DNA提取方法及相关试剂配制 |
| 附录九 原生质体提取及转化相关试剂配制 |
| 附录十 Western blot免疫印迹相关试剂配制 |
| 英文摘要 |
（4）豇豆链格孢叶斑病病原菌鉴定（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 病原菌的分离纯化及形态学鉴定 |
| 1.2.2 病原菌致病性的测定[8] |
| 1.2.3 病原菌的分子鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 豇豆叶斑病田间症状 |
| 2.2 豇豆叶斑病病原菌的致病性 |
| 2.3 豇豆叶斑病病原菌的形态学鉴定 |
| 2.4 豇豆叶斑病病原菌的分子生物学鉴定[11] |
| 3 讨论 |
（5）牛结节性皮肤病检测新方法与ORF132基因表达及鉴定研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩略词表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 问题的提出与研究意义 |
| 1.1.1 问题的提出 |
| 1.1.2 研究意义 |
| 1.2 国内外研究进展 |
| 1.2.1 羊痘病毒的病原学特性 |
| 1.2.2 羊痘病毒基因组学 |
| 1.2.3 牛结节性皮肤病病毒基因的组成及其功能 |
| 1.2.4 牛结节性皮肤病病毒的形态学和生物学特性 |
| 1.2.5 牛结节性皮肤病的流行病学 |
| 1.2.6 牛结节性皮肤病的临床症状 |
| 1.2.7 牛结节性皮肤病诊断方法研究进展 |
| 1.3 研究的目的和研究内容 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 主要研究内容 |
| 2 CaPV-LAMP检测方法的建立 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与试剂 |
| 2.2.1 准菌(毒)株 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 主要仪器 |
| 2.3 研究方法 |
| 2.3.1 序列分析与引物设计 |
| 2.3.2 羊痘病毒的增殖 |
| 2.3.3 病毒DNA的提取 |
| 2.3.4 CaPV LAMP检测体系的优化 |
| 2.3.5 特异性试验 |
| 2.3.6 敏感性试验 |
| 2.3.7 重复性和稳定性试验 |
| 2.3.8 LAMP可视法的建立 |
| 2.3.10 CaPV-LAMP方法的应用 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 CaPV序列分析及LAMP引物设计 |
| 2.4.2 CaPV的增殖 |
| 2.4.3 CaPV-LAMP方法的建立 |
| 2.4.4 CaPV-LAMP特异性 |
| 2.4.5 CaPV-LAMP敏感性 |
| 2.4.6 重复性和稳定性试验 |
| 2.4.7 LAMP可视法的建立 |
| 2.4.8 可视法与仪器法检测敏感性比较分析 |
| 2.4.9 可视法特异性 |
| 2.4.10 CaPV-LAMP方法的应用 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 3 牛结节性皮肤病病毒通用型TaqMan MGB实时荧光定量PCR方法的建立及试剂盒研制 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与试剂 |
| 3.2.1 标准菌(毒)株 |
| 3.2.2 主要试剂 |
| 3.2.3 主要仪器 |
| 3.3 研究方法 |
| 3.3.1 引物探针设计 |
| 3.3.2 实时荧光定量PCR方法的建立 |
| 3.3.3 特异性试验 |
| 3.3.4 敏感性试验 |
| 3.3.5 重复性试验 |
| 3.3.6 稳定性试验 |
| 3.3.7 临床样品的检测 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 目的基因扩增及阳性质控的制备 |
| 3.4.2 反应条件的优化 |
| 3.4.3 特异性试验 |
| 3.4.4 敏感性试验 |
| 3.4.5 标准曲线 |
| 3.4.6 重复性试验 |
| 3.4.7 试剂盒稳定性试验 |
| 3.4.8 临床样品检测 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 4 LSDV野毒株与疫苗株双重TaqMan MGB实时荧光定量PCR方法的建立 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与试剂 |
| 4.2.1 标准菌(毒)株 |
| 4.2.2 主要试剂 |
| 4.2.3 主要仪器 |
| 4.3 研究方法 |
| 4.3.1 引物与探针的设计 |
| 4.3.2 重组质粒标准品的构建 |
| 4.3.3 反应条件的优化及标准曲线的建立 |
| 4.3.4 特异性试验 |
| 4.3.5 敏感性试验 |
| 4.3.6 重复性试验 |
| 4.3.7 临床样品的检测 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 目的基因扩增及阳性质控制备 |
| 4.4.2 反应条件的优化 |
| 4.4.3 标准曲线的建立 |
| 4.4.4 特异性试验 |
| 4.4.5 敏感性试验 |
| 4.4.6 重复性试验 |
| 4.4.7 临床样品检测 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 本章小结 |
| 5 ORF005和ORF132蛋白在昆虫细胞中的表达及鉴定 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与试剂 |
| 5.2.1 主要生物材料 |
| 5.2.2 主要试剂 |
| 5.2.3 主要仪器 |
| 5.2.4 主要试剂配制 |
| 5.3 研究方法 |
| 5.3.1 PCR引物设计 |
| 5.3.2 氨基酸理化性质分析 |
| 5.3.3 蛋白信号肽与跨膜结构分析 |
| 5.3.4 蛋白结构预测 |
| 5.3.5 B细胞表位预测 |
| 5.3.6 氨基酸同源性分析 |
| 5.3.7 基因的扩增及鉴定 |
| 5.3.8 重组质粒的构建 |
| 5.3.9 重组供体质粒的构建及鉴定 |
| 5.3.10 重组穿梭载体r Bacmid的构建与鉴定 |
| 5.3.11 重组杆状病毒的制备 |
| 5.4 结果与分析 |
| 5.4.1 ORF005氨基酸的理化性质 |
| 5.4.2 蛋白信号肽与跨膜结构分析 |
| 5.4.3 蛋白结构预测 |
| 5.4.4 抗原表位分析 |
| 5.4.5 氨基酸同源性分析 |
| 5.4.6 ORF132基因PCR扩增结果 |
| 5.4.7 克隆质粒双酶切鉴定 |
| 5.4.8 重组穿梭质粒rBacmid的鉴定 |
| 5.4.9 转染后的细胞病变 |
| 5.4.10 rBacmid-ORF132重组病毒感染后的CPE观察 |
| 5.4.11 重组杆状病毒感染后的IFA鉴定 |
| 5.4.12 不同代次重组病毒rBacmid-ORF132滴度测定 |
| 5.4.13 蛋白表达及鉴定 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 本章小结 |
| 6 我国边境地区牛结节性皮肤病调查及XJ1917株的分离与鉴定 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与试剂 |
| 6.2.1 细胞株 |
| 6.2.2 主要试剂 |
| 6.2.3 主要仪器 |
| 6.2.4 样本来源 |
| 6.3 研究方法 |
| 6.3.1 样本前处理 |
| 6.3.2 抗体水平检测 |
| 6.3.3 病毒核酸检测 |
| 6.3.4 病毒分离 |
| 6.4 结果与分析 |
| 6.4.1 抗体水平检测结果 |
| 6.4.2 病毒核酸检测结果 |
| 6.4.3 LSDV新疆分离株(XJ1917株)CPE结果 |
| 6.4.4 LSDV新疆分离株(XJ1917株)PCR扩增结果 |
| 6.4.5 LSDV(XJ1917株)EEV基因测序结果分析 |
| 6.4.6 LSDV(XJ1917株)ORF132 基因测序结果分析 |
| 6.4.7 实时荧光定量PCR检测病毒增值情况 |
| 6.4.8 XJ1917分离株TCID_(50)滴度测定结果 |
| 6.5 讨论 |
| 6.6 本章小结 |
| 7 结论与展望 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 本研究的创新点 |
| 7.3 后续研究工作的展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| A.作者在攻读学位期间发表的论文目录 |
| B.作者在攻读学位期间承担的科研项目及成果目录 |
| C.学位论文数据集 |
| 致谢 |
（6）甜瓜叶斑病病原鉴定及室内药剂筛选（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 供试材料 |
| 1.1.2 仪器 |
| 1.1.3 供试药剂 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 病原菌的分离鉴定 |
| 1.2.2 病原菌生物学特性研究 |
| 1.2.3 甜瓜叶斑病室内药剂筛选 |
| 1.3 数据统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 病原菌的为害症状 |
| 2.2 病原菌的鉴定 |
| 2.2.1 分离纯化 |
| 2.2.2分离物致病性测定及鉴定 |
| 2.3 病原菌生物学特性研究 |
| 2.3.1 培养基种类对病原菌菌丝生长的影响 |
| 2.3.2 温度对病原菌菌丝生长的影响 |
| 2.4 药剂对甜瓜叶斑病病原菌抑菌作用及毒力测定 |
| 3结论与讨论 |
（7）种公猪精液传播的主要病毒性疫病监测及mPCR方法的建立（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 种公猪传播病毒性疫病的研究进展 |
| 1.1 种公猪精液传播的常见病毒性疫病 |
| 1.2 种公猪精液传播的其他病毒 |
| 2 猪病毒性疫病单一PCR和多重PCR方法研究进展 |
| 2.1 单一PCR/RT-PCR方法 |
| 2.2 二重PCR/RT-PCR方法 |
| 2.3 三重PCR/RT-PCR方法 |
| 2.4 四重PCR/RT-PCR方法 |
| 2.5 五重PCR/RT-PCR方法 |
| 2.6 六重PCR/RT-PCR方法 |
| 3 研究目的及意义 |
| 第二章 种公猪精液传播的CSFV、PRRSV、JEV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV的检测及其单一PCR/RT-PCR方法的建立 |
| 1 材料 |
| 1.1 病毒、病料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要溶液的配制 |
| 1.4 主要实验仪器 |
| 1.5 引物设计与合成 |
| 2 方法 |
| 2.1 病料处理 |
| 2.2 核酸提取 |
| 2.3 病毒核酸的PCR/RT-PCR扩增 |
| 2.4 CSFV、PRRSV、JEV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV目的基因的鉴定 |
| 2.5 单一PCR/RT-PCR诊断方法的建立 |
| 2.6 单一PCR/RT-PCR诊断方法对临床样本的检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 CSFV、PRRSV、JEV、FMDV、PRV、PCV-2和PPV目的基因的鉴定 |
| 3.2 单一PCR/RT-PCR诊断方法的建立 |
| 3.3 单一PCR/RT-PCR诊断方法对临床样本的检测 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三章 种公猪精液传播七种常见病毒多重PCR方法的建立与初步应用研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 病毒、细胞及病毒基因质粒 |
| 1.2 病料 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要溶液的配制 |
| 1.5 主要实验仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 病毒核酸提取 |
| 2.2 引物设计与合成 |
| 2.3 七重PCR诊断方法的建立 |
| 2.4 七重PCR诊断方法对种公猪精液临床病料的检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 种公猪精液携带七种病毒七重PCR诊断方法的建立 |
| 3.2 七重PCR诊断方法对种公猪精液临床病料的检测 |
| 4 鉴别种公猪精液常见病毒七重PCR试剂盒的组装 |
| 4.1 对照的制备 |
| 4.2 mPCR Mix的制备 |
| 4.3 试剂盒的成分及组装 |
| 4.4 试剂盒操作说明 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 主要参考文献 |
| 致谢 |
| 附录一 攻读硕士学位期间参与发表的学术论文 |
| 附录二 本文用到的部分英文缩写及含义说明 |
（8）胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种全基因组解析及致病相关基因功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 胡萝卜软腐果胶杆菌、基因组学及细菌致病因子研究进展 |
| 1.1 胡萝卜软腐果胶杆菌研究进展 |
| 1.1.1 胡萝卜软腐果胶杆菌的危害 |
| 1.1.2 胡萝卜软腐果胶杆菌分类地位 |
| 1.1.3 果胶杆菌属生态学研究 |
| 1.2 基因组学研究进展 |
| 1.2.1 微生物基因组学研究进展 |
| 1.2.2 基因组测序技术研究进展 |
| 1.2.3 生物信息学研究进展 |
| 1.2.4 全基因组测序在果胶杆菌属中的应用 |
| 1.3 植物病原细菌的致病因子研究进展 |
| 1.3.1 黏附素和胞外多糖 |
| 1.3.2 胞外酶 |
| 1.3.3 毒素 |
| 1.3.4 植物病原细菌分泌系统 |
| 1.3.5 果胶杆菌属致病因子研究进展 |
| 1.4 本文的硏究目的及意义 |
| 第二章 胡萝卜软腐果胶杆菌鉴定及致病力测定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 黄瓜和茄子细菌病害症状 |
| 2.2.2 病原菌的分离纯化 |
| 2.2.3 柯赫氏法则验证 |
| 2.2.4 病原菌生理生化测定 |
| 2.2.5 病原菌分子生物学鉴定 |
| 2.2.6 病原菌基于16S rDNA序列的系统发育树构建 |
| 2.2.7 病原菌致病力测定 |
| 2.3 小结 |
| 第三章 胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种BZA12全基因组测序及比较基因组分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 Pcb BZA12 全基因组测序原始数据处理结果统计 |
| 3.2.2 Pcb BZA12 基因组完成图组装结果 |
| 3.2.3 Pcb BZA12 基因组组分分析 |
| 3.2.4 Pcb BZA12 基因功能注释 |
| 3.2.5 Pcb BZA12 致病相关基因分析 |
| 3.2.6 比较基因组分析 |
| 3.3 小结 |
| 第四章 胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种BZA12 Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测及生物信息学分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 Pcb BZA12 Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测 |
| 4.2.2 Pcb BZA12 候选效应蛋白亚细胞定位 |
| 4.2.3 Pcb BZA12 候选效应蛋白诱导植物细胞坏死能力的鉴定 |
| 4.2.4 PCB_2483 基因生物信息学分析 |
| 4.3 小结 |
| 第五章 胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种PCB_2483 基因功能分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 PCB_2483 基因上下游同源臂序列的扩增及融合 |
| 5.2.2 重组自杀质粒构建 |
| 5.2.3 PCB_2483 基因缺失突变菌株的构建 |
| 5.2.4 PCB_2483 片段及载体片段扩增 |
| 5.2.5 回补重组质粒构建 |
| 5.2.6 PCB_2483 回补菌株构建 |
| 5.2.7 生长曲线测定 |
| 5.2.8 游动性检测 |
| 5.2.9 沉降性检测 |
| 5.2.10 生物膜检测 |
| 5.2.11 胞外酶检测 |
| 5.2.12 烟草过敏检测 |
| 5.2.13 致病性检测 |
| 5.3 小结 |
| 第六章 结论与讨论 |
| 6.1 胡萝卜软腐果胶杆菌鉴定及致病力测定 |
| 6.2 胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种BZA12 全基因组序列测定及分析 |
| 6.3 Pcb BZA12 Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测及生物信息学分析 |
| 6.4 PCB_2483 基因功能分析 |
| 6.5 本文创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文 |
（9）巴氏杆菌诊断技术研究进展（论文提纲范文）
| 1病原学诊断 |
| 2血清学诊断技术 |
| 3 DNA指纹技术 |
| 4基因芯片技术在巴氏杆菌诊断中的应用 |
| 5其它PCR技术在巴氏杆菌诊断中的应用 |
| 6展望 |
（10）杧果畸形病病原遗传多样性及其与杧果互作机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 杧果畸形病研究进展 |
| 1.1.1 杧果畸形病的症状 |
| 1.1.2 杧果畸形病的病原学 |
| 1.1.3 病原菌的传播模式和侵染过程 |
| 1.1.4 杧果畸形病的致病机制 |
| 1.1.5 杧果畸形病的防治 |
| 1.2 病原菌与寄主植物互作机制研究概况 |
| 1.2.1 病原菌与寄主互作的组织病理学和细胞学研究 |
| 1.2.2 病原菌与寄主互作过程中糖代谢研究 |
| 1.2.3 病原菌与寄主互作过程中活性氧代谢研究 |
| 1.2.4 病原菌与寄主互作过程中酚类物质代谢研究 |
| 1.2.5 病原菌侵染对内源激素的影响 |
| 1.3 高通量测序技术在植物病理学中的应用 |
| 1.3.1 高通量测序技术概论 |
| 1.3.2 RNA测序技术的简介 |
| 1.3.3 高通量测序在植病研究中的应用 |
| 1.4 本研究目的与意义 |
| 第二章 病原菌的分离、鉴定和收集保存 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试培养基 |
| 2.1.2 样品的采集和分离 |
| 2.1.3 分离物致病性测定 |
| 2.1.4 分离物的鉴定 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 分离物的获得及致病性测定 |
| 2.2.2 分离物的形态学观察 |
| 2.2.3 分离物分子鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 Fusarium mangiferae遗传多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试菌株 |
| 3.1.2 供试培养基 |
| 3.1.3 F.mangiferae营养体亲和性研究 |
| 3.1.4 F.mangiferae的ISSR分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 F.mangiferae的营养体亲和性研究 |
| 3.2.2 F.mangiferae的ISSR分析 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 3.3.1 F.mangiferae的营养亲和性研究 |
| 3.3.2 F.mangiferae的遗传多样性分析 |
| 第四章 Fusarium mangiferae生物学特性测定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试菌株及药剂 |
| 4.1.2 供试培养基 |
| 4.1.3 F.mangiferae的致病力测定 |
| 4.1.4 环境条件对病原菌菌丝生长及产孢的影响 |
| 4.1.5 环境条件对病原菌孢子萌发的影响 |
| 4.1.6 病原菌致死温度的测定 |
| 4.1.7 杀菌剂对病原菌室内毒力的测定 |
| 4.1.8 试验数据的统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 F.mangiferae致病力分析 |
| 4.2.2 环境条件对病原菌菌丝生长及产孢的影响 |
| 4.2.3 环境条件对病原菌孢子萌发的影响 |
| 4.2.4 病原菌致死温度测定 |
| 4.2.5 杀菌剂对病原菌室内毒力的测定结果 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 第五章 杧果与Fusarium mangiferae互作生理机制研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试材料 |
| 5.1.2 主要试剂 |
| 5.1.3 试验设计 |
| 5.1.4 杧果体内叶绿素含量测定 |
| 5.1.5 杧果体内糖含量及其代谢相关酶活性测定 |
| 5.1.6 杧果体内矿质元素含量变化测定 |
| 5.1.7 杧果体内蛋白质和核酸含量测定 |
| 5.1.8 杧果体内活性氧代谢研究 |
| 5.1.9 杧果体内内源激素含量测定 |
| 5.1.10 杧果体内酚类代谢研究 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 杧果体内叶绿素含量测定 |
| 5.2.2 杧果体内糖类含量及相关酶活性测定 |
| 5.2.3 杧果体内矿质元素含量测定 |
| 5.2.4 杧果体内蛋白质和核酸含量测定 |
| 5.2.5 杧果体内活性氧代谢研究 |
| 5.2.6 杧果体内内源激素含量测定 |
| 5.2.7 杧果体内酚类代谢研究 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 接种病原菌对杧果糖类代谢的影响 |
| 5.3.2 接种病原菌对杧果体内矿质元素的影响 |
| 5.3.3 接种病原菌对杧果活性氧代谢的影响 |
| 5.3.4 接种病原菌对内源激素的影响 |
| 5.3.5 接种病原菌对杧果酚类物质代谢的影响 |
| 第六章 杧果与F.mangiferae在转录水平上的互作机制 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 供试材料 |
| 6.1.2 RNA的提取 |
| 6.1.3 RNA质量及浓度检测 |
| 6.1.4 转录组Mumina HiSeq~(TM) 2000测序 |
| 6.1.5 数据预处理及序列拼接 |
| 6.1.6 序列比对 |
| 6.1.7 Unigene差异表达分析 |
| 6.1.8 差异基因功能注释 |
| 6.1.9 差异基因的GO分类和Pathway代谢通路分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 RNA质量检测 |
| 6.2.2 Illumina HiSeqTM 2000测序与拼接 |
| 6.2.3 Unigene基因蛋白数据库比对 |
| 6.2.4 杧果病健组织内差异表达基因(DEGs)分析 |
| 6.2.5 DEGs的GO功能注释 |
| 6.2.6 差异表达基因Pathway分析 |
| 6.2.7 杧果与病原互作DEGs分析 |
| 6.2.8 杧果体内糖代谢DEGs分析 |
| 6.2.9 杧果体内抗氧化作用DEGs分析 |
| 6.2.10 杧果体内激素介导的信号途径DEGs分析 |
| 6.2.11 杧果体内酚类代谢DEGs分析 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 杧果转录组测序及功能注释的评价 |
| 6.3.2 杧果与F mangiferae的互作机制 |
| 第七章 总结 |
| 7.1 全文总结 |
| 7.2 论文创新点 |
| 7.3 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的论文目录 |
四、猪六号病病原特性研究（论文参考文献）
- [1]通山县枇杷病虫害调查初报及其防治策略[J]. 袁观强,梅贤钦,吴正利,包慧芳,万中义,陈云峰,王会良,黄树民,闵勇,龙同. 湖北农业科学, 2021
- [2]安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定[D]. 吴旭东. 安徽农业大学, 2021
- [3]玉米抗病相关小肽和蛋白的挖掘及功能研究[D]. 王顺喜. 河南农业大学, 2020(04)
- [4]豇豆链格孢叶斑病病原菌鉴定[J]. 张龙,范咏梅. 热带农业科学, 2020(08)
- [5]牛结节性皮肤病检测新方法与ORF132基因表达及鉴定研究[D]. 聂福平. 重庆大学, 2020
- [6]甜瓜叶斑病病原鉴定及室内药剂筛选[J]. 徐太东,梁巧兰,吴琼,李嘉明,张强艳,康甲余,连芸芸,安贤. 中国农学通报, 2019(20)
- [7]种公猪精液传播的主要病毒性疫病监测及mPCR方法的建立[D]. 杨伟. 贵州大学, 2019(09)
- [8]胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种全基因组解析及致病相关基因功能研究[D]. 黄宇飞. 沈阳农业大学, 2019(02)
- [9]巴氏杆菌诊断技术研究进展[J]. 许泽芳,谢永兴,郭树源,赵翠,常维山. 水禽世界, 2015(03)
- [10]杧果畸形病病原遗传多样性及其与杧果互作机制研究[D]. 柳凤. 广西大学, 2014(01)