一、Karyotype differentiation and reproductive isolation among natural populations of Drosophila lacertosa（论文文献综述）
张清[1]（2021）在《甘蔗割手密种起源与演化的基因组学研究》文中认为甘蔗被誉为是改变世界的四大作物之一,其种植推动了世界范围内的大规模的人口迁徙,深刻地影响了近代人类的文明史。甘蔗属于禾本科、甘蔗属,为全球贡献了80%的糖和40%的乙醇,是重要的糖料作物和能源作物。甘蔗割手密种是形成现代栽培种甘蔗育种过程中的两个原始种之一,它与热带种进行杂交得到的后代与热带种进行多代回交得到了现代栽培种甘蔗,提供了现代栽培种甘蔗抗逆、多分蘖等生物学性状的遗传背景。因此,甘蔗割手密种的遗传血缘使现代甘蔗杂种几乎成为了全世界所有的甘蔗种植品种。然而,甘蔗的遗传背景高度复杂,并且是多倍体,其基因组的解析相较于其他大宗作物具有更大的挑战,甘蔗属的基因组学研究相对滞后。前期,本课题组对染色体基数为X=8的同源四倍体割手密AP85-441基因组进行了解析,研究了甘蔗割手密种的演化和重要生物学性状（如抗逆、高光合和糖分积累等）的遗传基础,但对包括割手密种在内的甘蔗属起源与演化尚不清楚,特别是对割手密染色体结构的重组与不同染色体基数的基因组学均没有深入研究。为此,本研究对保持祖先染色体重组前的染色体基数为X=10的自然同源四倍体割手密Np-X基因组进行了测序组装分析,并系统分析了割手密种在甘蔗属与禾本科的演化地位。为了探究割手密种的起源和不同遗传背景的种群演化,本研究对102份重测序的割手密材料进行群体基因组学分析,揭示了割手密种的起源和不同遗传背景的割手密群体的演化规律。主要结果如下:解析保持祖先染色体重组前的割手密基因组是研究割手密系统演化和群体遗传学的基础。为了获得高质量的割手密Np-X基因组,本研究利用三代Pac Bio Sequal II平台的环形一致性测序技术（Circular Consensus Sequencing,CCS）对甘蔗割手密种Np-X进行了全基因组测序,结合全染色质构象捕获技术（High-throughput Chromosome Conformation Capture,Hi-C）和多倍体组装软件ALLHi C将割手密Np-X基因组组装完成并挂载到了染色体水平,获得了40条染色体的高质量的自然同源四倍体割手密Np-X基因组,组装得到的基因组大小为2.76 Gb,占预估基因组大小的97.50%,其Contig和Scaffold的N50分别为404 Kb和66 Mb,全基因组的挂载率为99.12%,远高于之前发表的甘蔗基因组。在这40条染色体中,分别有82.5%和65.0%的染色体有完整的着丝粒和端粒。BUSCO和CEGMA的评估表明,割手密Np-X基因组的完整度达到了95%以上,说明其基因组组装的质量较高。进一步对割手密Np-X基因组进行注释,共得到了35,830个基因,这些基因共包含122,945个等位,其中有90%以上的基因至少含有两个等位。在这些注释的基因中,约有93.67%的基因能在主要的数据库中注释到功能信息,与之前发表的割手密基因组相比,割手密Np-X基因组的组装和注释均有显着的提高。高质量等位水平的同源四倍体割手密Np-X基因组为后续的割手密系统演化和群体遗传学分析奠定了研究基础。为了揭示割手密的系统演化关系,首先,本研究系统地比较了割手密与其它包括高粱、芒草在内的近缘物种的基因组共线性,明确了染色体基数为X=10的割手密是割手密种的祖先形态,并揭示了5号和8号染色体的断开后重组是割手密种由基础染色体基数为X=10到染色体基数为X=8演化的基因组学基础,进一步明确了甘蔗割手密种的核型演化历史。而且,X=8与X=10的割手密的基因组结构比较表明了割手密祖先的5号和8号染色体的断裂重组是发生在这两条染色体的着丝粒区域,它们断裂后的着丝粒在重组的染色体上发生了失活并逐渐退化。其次,本研究也利用了同义碱基替换率（Synonymous base substitution rate,Ks）来探究甘蔗割手密种与近缘物种的系统演化关系,Ks的结果表明,割手密Np-X（X=10）与种内的割手密AP85-441（X=8）分化的时间约为0.8百万年,与甘蔗属内的热带种的分化时间约为1.6百万年,而甘蔗属与芒草属的分化时间约为4.0百万年,与高粱属的分化时间约为6.4百万年,并揭示了甘蔗属的全基因组复制事件是独立发生的。本研究进一步通过比较割手密种内（Np-X、AP85-441）及近缘物种（热带种、芒草、高粱）的长末端重复（Long terminal repeats,LTR）类型转座子（Transposon element,TE）的爆发时间来解析割手密种的系统演化关系,结果表明LTR类型TE的爆发时间与这几个物种的分化时间紧密相关,进一步确认了基于基因组共线性和Ks计算推测的割手密种的系统演化关系的结论。这些研究结果首次全面地解析了割手密种系统演化关系,为甘蔗种质资源的遗传多样性评价和新种质资源的发掘提供了重要的参考依据。甘蔗育种界关注的生物学性状主要有生物量、光合作用、糖分代谢和抗逆等。为了研究这些重要生物学性状的遗传基础,本研究对割手密的基因家族在禾本科演化中的收缩与扩张情况进行了分析,并重点关注了糖分代谢、糖分转运、C4光合以及NBS等相关基因家族,结果显示,这些基因家族的亚家族基因在割手密中均存在不同程度的扩张,其中有6个家族的扩张只发生在割手密Np-X中,而有10个家族的扩张程度在割手密Np-X和割手密AP85-441中存在差异,说明这些基因家族扩张可能与割手密的种内分化有关。另外,糖分转运是甘蔗糖分积累过程中的重要环节。为了研究甘蔗糖分转运的遗传基础,本研究利用比较基因组学手段在割手密基因组中鉴定到了105个糖分转运蛋白基因（Sugar transporter,ST）,这些糖分转运蛋白基因可以分为8个亚家族,进一步与近缘物种比较,发现多醇转运蛋白（Polyol transporter,PLT）亚家族和己糖转运蛋白（Hexose transporter,STP）亚家族基因在割手密种中发生了成员扩张,并发现这种扩张现象是由串联复制导致的,揭示了甘蔗属糖分积累的早期演化规律。为了研究甘蔗ST基因潜在的功能,本研究利用来自高糖的热带种和低糖的割手密种的226个样本的转录组进行表达谱分析,发现有50个STs在两个甘蔗种的叶片组织中呈现不同的时空表达模式,有10个STs分别在茎中特异表达和响应昼夜节律。综合代谢数据推测STP7可能是一个糖饥饿诱导的基因;STP13可能在衰老组织中介导糖分的回收;PLT11、PLT11＿T1、TMT3和TMT4可能对突破库组织的存储糖分能力的极限具有重要作用。SUT1、SUT1＿T1、PLT11、TMT4、p Glc T2和VGT3在两个甘蔗种中行使不同的功能。甘蔗重要生物学性状相关的基因家族的演化与功能的解析,为甘蔗未来的分子育种提供了证据支持。研究表明染色质的三维空间结构参与了基因表达的精确调控,并且基因组的演化会影响其三维结构的变化。而同源多倍体三维基因组学研究尚属一片空白。为了研究同源四倍体甘蔗割手密的三维基因组学特征,本研究利用Hi-C数据分析了甘蔗割手密Np-X的染色质三维结构特征,并根据一维向量（First Principal Component,PC1）对每条染色体进行A/B隔间的划分和同源染色体之间的三维结构保守性分析,结果显示,同源四倍体割手密Np-X中3-保守和2-保守的区域分别占59.9%和26.4%,而全保守的区域只占13.7%,表明了同源多倍体的同源染色体之间虽然高度相似,但是空间结构存在不保守性,可能是由于同源多倍体需要利用变化的空间结构来调控主效基因的表达进而克服多个等位引起的冗余现象。为了进一步探究重组染色体三维结构在割手密的演化过程中的变化,本研究也比较了在割手密Np-X和割手密AP85-441中发生重组的染色体（2、5、6、7、8、9）的三维结构在水稻、高粱、割手密Np-X和割手密AP85-441的演化过程中的保守性,结果显示,2、5、7和9号染色体在这几个物种中有74%～87%的同源区域的三维结构较为保守,表明了这几条染色体可能对禾本科物种的演化具有重要的意义。而且,割手密Np-X的5号和8号染色体在两个割手密材料的比较中表现出高比例的A到B隔间的转换,说明染色体的断裂重组可能促进了它们三维结构由激活状态向非激活状态的转变,进而影响了基因的表达调控和促进了割手密种内的形态特征的分化。这部分研究首次解析了同源多倍体的三维结构特征,并揭示了重组染色体三维结构在割手密及其近缘物种中的演化规律,为同源多倍体的三维基因组学研究奠定了基础。甘蔗割手密自然群体的染色体数量为36～128,具有非常丰富的多样性。为了解析甘蔗割手密种的起源与群体演化历史,本研究对采自世界各地的102份割手密材料进行重测序分析,共鉴定到了13,140,400个单碱基多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）变异集,利用鉴定到的SNP变异集进行主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）和系统演化树分析揭示了割手密可以分为四个亚群（Group I-IV）,其中Group I的割手密多样性最丰富,位于印度北部,毗邻喜马拉雅山脉,是割手密最有可能的起源地。群体结构分析明确了这四个亚群是独立起源和演化的。为了进一步研究染色体基数为X=8,9和10的割手密群体的演化历史,本研究利用这三个割手密群体的二代数据比对到割手密Np-X的基因组上,发现它们的基因组结构差异主要集中在5号和8号染色体的着丝粒区域,揭示了不同染色体基础割手密的基因组演化特征,同时也为割手密遗传背景的鉴定提供了新的思路。另外,染色体基数为X=8、9、10的割手密群体的连锁不平衡分析（Linkage Disequilibrium,LD）显示,三个群体的衰减速度为群体X=8>群体X=9>群体X=10,表明相比较而言,X=8的割手密群体具有较高频率的遗传重组。三个割手密群体的Tajima’s D值分析的结果显示,X=9和X=10的割手密群体的Tajima’s D值为负值,表明这两个群体中存在大量的低频等位基因位点,说明它们受到了自然选择。而X=8的割手密群体的Tajima’s D值为正值,可能是由于存在群体瓶颈效应。最后,本研究综合割手密群体遗传学分析的结果,首次提出了不同倍性下的染色体基数为X=8、9、10的割手密种群体的演化假说,为割手密种的群体遗传学研究提供了新的知识。综上所述,本研究获得了高质量的染色体基数为10的割手密Np-X基因组,揭示了割手密种的基因组演化以及不同染色体基数的割手密群体之间的演化,明确了割手密种的演化对基因家族的扩张与收缩和三维基因组结构的影响,并解析了甘蔗割手密种的起源及自然群体的演化。
胡伟华[2]（2020）在《杂交黄颡鱼“黄优1号”遗传特性及母本繁殖性能改善的研究》文中研究表明黄颡鱼是我国一种重要的淡水经济鱼类,其雄性比雌性生长快1.5-2倍。我国学者开拓出了一条X和Y染色体连锁标记辅助的全雄鱼培育技术路线,并培育出全雄黄颡鱼,显着提高了黄颡鱼养殖经济效益,推动了黄颡鱼产业的快速发展。近年来,由于亲本超雄鱼繁育系经过多代自交之后发生了退化,自交系在生长和抗病等性能方面呈现减弱的趋势,此时需要对全雄黄颡鱼进行品种改良或开发出其它黄颡鱼新品种。本团队采用杂交育种的方法,选择梁子湖水域采捕并经连续3代选育的黄颡鱼为母本、长江河段中采捕并经连续2代选育的瓦氏黄颡鱼为父本（黄颡鱼P.fulvidraco♀×瓦氏黄颡鱼P.vachelli♂）,再经人工杂交获得F1代即为杂交黄颡鱼“黄优1号”。本研究对黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”的体型、生长和遗传特性进行了系统的比较研究,并分析了黄颡鱼母本繁育过程中所存在的问题及提供解决方案。首先,选取相同养殖条件下的10月、22月和34月龄的黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”进行形态及性腺发育的比较研究。通过形体指标测量发现“黄优1号”生长性能显着优于黄颡鱼;在22月和34月龄黄颡鱼中,雄性的体重是雌性的2倍左右,雄性生长速度显着高于雌性,而在“黄优1号”中,两性生长异形现象被显着减弱。基于性腺解剖形态分析发现雌性“黄优1号”卵巢完全退化,呈细线状结构且没有卵子产生,故“黄优1号”雌鱼完全不育;雄鱼“黄优1号”精巢组织呈现透明状和退化状态。精巢组织切片H&E染色发现10月龄“黄优1号”的精小囊为空腔状几乎没有精子产生,22月和34月龄“黄优1号”的精小囊内出现极少量精子。计算机辅助分析系统（CASA）分析发现,相比于黄颡鱼,“黄优1号”精巢中精子量非常少,有效活力低下,经繁殖能力测试,22月龄“黄优1号”雄鱼不具备繁殖能力。“黄优1号”在生长性能提高上显现杂交优势,具有推动黄颡鱼产业发展的潜力。为探究“黄优1号”杂交不育遗传机制,对“黄优1号”和黄颡鱼早期性腺发育过程进行了比较分析。通过组织学H&E染色发现,雌性黄颡鱼在各发育时期（20日龄、2月龄和8月龄）均发育正常,而“黄优1号”卵巢则完全退化,20日龄无卵原细胞,2月龄和8月龄无卵母细胞;与雄性黄颡鱼正常发育相比,40日龄“黄优1号”精巢可观察到精原细胞,但2月龄和8月龄呈性腺呈退化状态。半定量RT-PCR结果显示,8月龄“黄优1号”性腺中生殖细胞分化相关基因（vasa、piwi1、dnd和dazl）和性腺体细胞发育相关基因（卵巢:wnt4、esr2和foxl2;精巢:dmrt1、star和cyp17a1）均降低。Vasa蛋白免疫组化染色检测显示其在“黄优1号”卵巢和精巢切片中的信号明显弱于黄颡鱼;“黄优1号”精巢组织中,减数分裂标记物Sycp3和有丝分裂标记物PH3的信号也都明显降低。有趣的是,4-细胞期,“黄优1号”中母源生殖质特异性基因vasa、dnd、piwi1和dazl的表达明显低于黄颡鱼,而且“黄优1号”胚胎卵裂沟中vasa mRNA的表达极大减少。“黄优1号”性腺发育呈异常状态且杂交不育,母源mRNA表达减少,生殖细胞有丝分裂和减数分裂均严重受损。在黄颡鱼苗种繁育过程中,使用人工合成的传统激素进行催产,而引起雌性黄颡鱼出现较高比例的产卵失败或产卵不完全现象导致的死亡。可重复多次繁殖的母本对种群长期稳定和水产养殖育种计划制定有着重要作用。本研究旨在比较人绒毛膜促性腺激素（h CG）,促黄体激素释放激素（LHRH）,多潘立酮（DOM）和鲤鱼垂体提取物（CPE）的不同组合对黄颡鱼催产的效果影响,发现了外源激素的最佳策略,即第一针注射LHRH/CPE和第二针注射LHRH/CPE/DOM的混合物,可以大大提高产卵成功率、产卵重量和产卵后存活率。生殖管缺陷的雌性黄颡鱼中卵黄蛋白原和雌二醇水平显着降低。有趣的是,对生殖管缺陷的雌性黄颡鱼使用hCG/LHRH/DOM组合催产时,无法排卵并有高死亡率,而使用hCG,LHRH,DOM和CPE的协同组合可有效诱导产卵并降低产后死亡率。本研究发现了有效的外源激素组合,可改善雌性黄颡鱼的产卵性能和产后存活率。目前,多数黄颡鱼繁育场的母本存在内脏脂肪沉积过度的问题,为了研究母本内脏脂肪沉积过度与繁育性能的关系,我们选取野生黄颡鱼群体（group 1）,肠系膜脂肪较少的黄颡鱼养殖群体（group 2）,肠系膜脂肪较多的2个黄颡鱼养殖群体（group 3和4）。结果显示肠系膜脂肪体重比与性腺指数呈负相关,进行人工繁殖试验,group 1和group 2的产卵率、受精率和单尾母鱼出苗量无显着性差异,均显着高于group 3和group 4。苗种畸形率上group 1和2的显着低于group3和4。血清中促黄体生成素（LH）和卵黄蛋白原（VTG）的水平随着肠系膜脂肪沉积量的增大而降低;相反,肝脏和卵子中的油脂和糖原含量随着肠系膜脂肪沉积量的增大而升高。总而言之,黄颡鱼母本肠系膜脂肪过度沉积对其生理和繁殖性能产生了较大的负面影响。本研究发现杂交黄颡鱼“黄优1号”新品种的生长速度显着高于黄颡鱼,具有杂交不育的特性,主要是由于生殖细胞及性腺发育缺陷造成的。发现了改善母本繁殖性能的催产方法,有效提高母本产卵率和产后存活率;减少肠系膜脂肪沉积能够显着改善繁殖性能,为培育优质亲本和提高苗种质量提供了思路。
任秀娟[3]（2020）在《基于马属动物家系基因组研究异种杂交不相容的遗传基础》文中研究表明马和驴是马属动物两个极为重要的物种,其共同祖先出现于上新世时期。直到230万年前仍然存在从马向驴的基因流。马和驴的物种分离是在极短的时间内快速完成的,这促使其形成了染色体间剧烈的结构变异和基因组序列间的高度相似。马和驴两个独立的物种杂交能够产骡,母骡甚至具有产驹的能力。这些突出的特点,使得马、驴和骡成为研究大型哺乳动物异种杂交的遗传基础,以及异源基因组不相容调控的分子机制,非常有价值的模型。为了在基因组和转录组水平评估马、驴杂交对骡机体适应性的影响,同时探索骡协调马和驴基因组不协调的分子机制。第一,我们利用Illumina测序平台对1个马属动物家系的全血样品进行全基因组测序,并以纯血马基因组为参考,以马和驴双亲基因组序列信息为辅助,分析骡SNP的遗传多样性;采用深度测序的方法,分析骡CNV的遗传多样性,并对相关基因进行富集分析。第二,利用Illumina测序平台对3个马属动物家系的全血样品进行RNA-Seq测序,并利用PacBio测序平台对该家系骡的全血样品进行全长转录组测序,分析骡在全长转录本水平发生的突变、基因间嵌合、物种间嵌合等结构变异,并对相关基因进行富集分析。第三,利用RNA-Seq数据,对马、驴和骡的基因表达量进行比较,分析骡特异性表达、亲本显性表达和非加性表达等表达模式的多样性,并对相关基因进行富集分析。第四,利用RNA-Seq数据,以马和驴双亲基因组序列信息为辅助,识别骡遗传自马或驴的SNP标签,并利用这些SNP标签,分析骡转录组中马和驴同源基因的表达偏移情况。经研究获得如下结果:1.通过家系1的基因组序列比较分析,识别了骡在基因组水平发生的31108个 MIE SNPs（Mendelian inheritance Error SNP）和 799个de novo SNPs。相关基因功能富集分析,发现骡遗传自马的16987个纯合MIE SNPs主要和同种异体移植排斥等机体“排异”途径相关;遗传自驴的1412 1个纯合MIE SNPs主要和癌症途径相关。骡基因组水平发生的这些点突变,可以降低马和驴基因组进化累积的异质性,从而提高其机体的适应性。2.以纯血马基因组为参考,借助SNP标签,用基于覆盖深度的方法,识别了骡经遗传获得的180个CNVs。对这些CNVs进行相关基因的功能富集分析,发现主要和嗅觉等性状相关。嗅觉性状的基因组剂量差异与致癌和“排异”等过程相比,一般不会引起致死,因此骡正常继承这些拷贝数的差异,可能只造成剂量上影响。3.整合PacBio和Illumina测序数据,以马、驴双亲基因组序列信息为辅助,在骡全长转录本水平进行结构变异分析,识别了 345个基因间嵌合体基因至少在1个个体中发生;21个物种间嵌合体基因至少在1个个体中发生;以及不同数量的骡特异性突变基因。对这些基因进行功能富集分析,发现基因间嵌合体基因主要和核糖体等相关;而骡特异性突变基因以及物种间嵌合体基因主要和机体的“排异”以及癌症过程相关。骡转录组水平发生的这些结构变异改变了基因的原本结构,从而影响其正常的表达过程,使其功能效能减弱,从而增强骡其机体的适应性。4.利用RNA-Seq数据,以纯血马基因组为参考,对3个马属动物家系转录组进行表达模式分析。识别了 666个骡特异性表达基因,这个数要明显高于马（403）和驴（187）。对骡特异性表达基因进行功能富集分析,发现主要和DNA修复及细胞生命活动相关。同时,在3个家系的骡转录组中,我们还分别识别到了 1805、2285和350个非加性表达基因。功能富集分析,发现主要和癌症途径以及基础修复过程直接相关。马和驴杂交的合成效应会对骡造成基因结构及表达模式的损伤。这些损伤会促发骡DNA损伤修复、基础修复以及细胞周期调控相关基因的大量表达、以及这些过程之间复杂的相互作用。从而来修复这些不利于其适应性的损伤。5.利用RNA-Seq数据,以纯血马基因组为参考,以马、驴双亲基因组序列信息为辅助,针对3个家系骡,我们分别筛选了 20443、9190和7126个HEB（Homoeolog expression bias）SNPs标签。利用这些HEB SNPs标签进行基因注释和同源表达偏移分析。我们共识别了 1136个基因至少在一个个体中为同源表达偏移基因。对这些基因进行功能富集分析,发现有3条显着富集的通路和机体的“排异”途径相关。而且这些基因,通过在马骡中显着偏向于表达驴的等位基因,在驴骡中显着偏向于表达马的等位基因,来降低机体对父本遗传特性（抗原物质）的排斥,从而增强其适应性。
韩红梅[4]（2020）在《马X驴杂交后代基因组结构特征研究》文中进行了进一步梳理骡子为马和驴的杂交后代,属于种间杂交和远缘杂交后代。远缘杂种同近缘杂种相比,除了具有综合父、母双亲的遗传特性外,还能产生重组类型及出现后代性状分离等杂种的基本特征。杂交后代正反交外表和生理特征也存在很多差异,驴骡和马骡也如此。驴骡和马骡外表、性格和生理特征有很大差异,如马骡身高比驴骡高,马骡尾长驴骡短,马骡耳短驴骡长。驴骡力气与耐力不如马骡。驴骡和马骡共有的杂种优势有抗病力强,耐粗饲,长寿等。本研究通过对分析驴骡和马骡基因组遗传变异差异与相同,试图从基因组水平解释驴骡和马骡生理特征差异和杂种优势可能的关联性。本研究为远缘杂交后代的基因组研究及正反交模型提供理论基础和实验依据。结果如下:1.对2头母驴骡和2头母马骡进行基因组进行二代测序,过滤后共获得380Gb的骡子基因组数据,每个个体获得89.9-104Gb Clean bases。四个个体GC含量平均43.54%。以马为参考基因组时,四个个体clean reads与马基因组平均比对率为97.91%,唯一比对率平均86.89%。以驴为参考基因组时,四个个体clean reads与驴基因组总比对率平均为92.30%,唯一比对率平均85.89%。由于骡子基因组大小未知,以马和驴基因组大小为参考时,测序深度约27.5×和27.6×。驴骡-1、驴骡-2、马骡-1和马骡-2基因组比对到马参考基因组的百分比平均49.08%,比对到驴参考基因组的百分比平均50.93%,骡子基因组比对到驴基因组的百分比比马基因组高1.85%。2.以马为参考基因组时驴骡-1、驴骡-2、马骡-1和马骡-2中发现了29,515,796、29,515,095、29,565,310和29,398,065个SNP,2,958,398、2,944,246、2,945,901和2,935,480个INDEL,12,270、9,078、10,783和10,955个CNVR。统计骡子中马染色体上的SNP和INDEL密度及CNVR富集率,结果驴骡-1、驴骡-2、马骡-1和马骡-2中SNP和INDEL均在12号和31号染色体上的密度最高,X染色体上最低。CNVR富集率在12号染色体上最高,17号染色体上最低。与SNP,INDEL和CNVR相关的驴骡特有变异基因分别365,1378和484个,马骡特有变异基因分别365,1,376和417个,这些基因均有非同义突变SNP或移码突变INDEL。驴骡-马骡共有SNP,INDEL和CNVR相关基因分别9,990,9,989和1,282个。SNP,NDEL和CNVR相关基因合并后对其进行功能富集分析,发现驴骡特有变异基因,马骡特有变异基因和驴骡-马骡共有变异基因三者均主要富集到代谢与免疫相关通路,另外还富集到长寿相关通路。3.以驴为参考基因组时驴骡-1、驴骡-2、马骡-1和马骡-2基因组SNP数目分别为28,973,545、29,103,121、29,024,024和28,899,727,InDel数目分别为3,009,808、3,019,841、3,006,103和2,986,902,CNVR数目分别为27,486、24,377、27,010和24,518个。与SNP,INDEL和CNVR相关的驴骡特有变异基因分别为1,225,1,709和1,009,马骡特有变异基因分别为1,224,1,661和1,143个。驴骡-马骡共有变异基因分别9,985,9,985和2,896。同样,驴骡特有变异基因,马骡特有变异基因和驴骡-马骡共有变异基因三者均主要富集到代谢与免疫相关通路,另外还富集到长寿相关通路。4.将马和驴参考基因组合并后作为骡子参考基因组,利用BreakDancer与骡子二代测序数据进行比对后获得骡子结构变异。文中主要分析马-驴染色体间易位（CTX）,驴骡-1、驴骡-2、马骡-1和马骡-2中分别获得了293、321、388和502个CTXR（CTX region）,统计骡子中马染色体上的CTX富集率,发现3号染色体上富集率最高。四个个体中10个来自马CTXR相关基因和15个来自驴CTXR相关基因是共有的。对CTXR相关进行功能富集分析后主要富集到代谢相关条目。5.将驴骡特有,马骡特有和驴骡-马骡共有SNP、INDEL、CNVR相关基因汇总并NCBI下载驴骡和马骡转录组数据,对这些候选基因进行差异表达及蛋白互作网络分析,结果位于基因网络调控核心区域的基因主要与代谢和免疫相关,驴骡和马骡特有变异差异基因在蛋白互作网络中的核心基因GAPDH与糖酵解/糖异生相关,马骡特有变异差异基因APOA1与脂质代谢相关,CXCL1与免疫相关,ALDOA是糖酵解酶,与肌肉维持与和平滑肌收缩相关,APOE与长寿相关。综上,无论是驴骡特有变异基因还是马骡特有变异基因,和驴骡-马骡共有变异基因一样主要与代谢和免疫相关,同时也富集到长寿相关通路。骡子代谢,免疫和长寿相关的变异基因可能与骡子耐粗饲,抵抗力强和长寿等生理特征相关。骡子基因组遗传变异丰富了马属动物基因组数据,为远缘杂交后代基因组研究提供理论基础,对研究正反交杂交后代遗传特征研究具有重要意义。
苗颖[5]（2018）在《蝎蛉科和蚊蝎蛉科细胞分类学和染色体演化研究（长翅目）》文中认为长翅目Mecoptera是全变态类昆虫中唯一在幼虫期具有复眼的类群,其化石记录可以追溯到早泥盆纪,被认为是联系全变态类与半变态类昆虫的重要纽带,在昆虫纲占据独特的地位。依据长翅目目前的分类体系,科间系统发育关系争议较大,尤其是形态最为特化的蚊蝎蛉科Bittacidae,其系统发育位置始终不明确。另外,用于分类的特征多局限于外部形态,使得种内变异现象突出的蝎蛉科Panorpidae物种划分困难并且属间系统发育关系长期存有争议,亟需引入和利用新的特征。真核生物的染色体chromosome可以为分类学研究提供独特的特征,并且由于其高度的进化保守性可能有助于揭示种或更高单元间的演化关系。染色体数目提供了大量与系统发育和演化相关的信息;不同的分带技术能够帮助鉴别一些可能有助于物种形成的染色体结构突变。染色体对分类和演化研究的重要作用在许多昆虫类群中都有记载,但是在长翅目中鲜有报道。本研究利用C-带技术、DAPI（4’-6-二氨基-2-苯基吲哚）和吉姆萨Giemsa染色研究了蝎蛉科和蚊蝎蛉科的减数分裂和核型。此外,我们还利用分子和细胞遗传学联合法,确定了蝎蛉科染色体演化过程中的系统发育关系。结果显示,蝎蛉科昆虫均具有非交叉型减数分裂模式和X0（♂）/XX（♀）型性别决定机制,其中前者是蝎蛉科的自有衍征,而后者可能是蝎蛉科的祖征。在粗线期,我们观察到大量的非同源端对端联合,这可能与端粒的功能或异染色质片段之间的相互吸引有关。基于染色体数目的比较,蝎蛉属Panorpa Linnaeus,1758的变化最大,从n=18（蝎蛉Panorpa sp2）到n=24（昆明蝎蛉P.kunmingensis Fu&Hua,2009）,再次证实了蝎蛉属为并系群。在淡黄蝎蛉P.fulvastra Chou,1981中观察到由B染色体引起的种内变异现象,这是B染色体在长翅目中的首次报道。新蝎蛉属Neopanorpa Weele,1909的染色体数目有变化,其中绝大多数的染色体数目为n=21,但在黎坪新蝎蛉N.lipingensis Cai&Hua,2009和申氏新蝎蛉N.sheni Hua&Chou,1997中,骤减为n=17,初步揭示了新蝎蛉属的异质性。单角蝎蛉属Cerapanorpa Gao,Ma&Hua,2016具有两种不同的染色体数目,其中分布于中国中部的种为n=22,而东北亚的种为n=23,表明属内已经产生了高度的遗传分化,需要进一步修订。华蝎蛉属Sinopanorpa Cai&Hua,2008和双角蝎蛉属Dicerapanorpa Zhong&Hua,2013的染色体数目均为n=23,但叉蝎蛉属Furcatopanorpa Ma&Hua,2011的却为n=21。染色体数目在属间的差异性,支持各属分类地位的确立。基于带型分析,我们发现蝎蛉科昆虫的粗线期二价体经显带处理后均能呈现明显的异染色质条带,该条带的大小、数量和分布在属间、种间、甚至近缘种间差异巨大,表明该特征在蝎蛉科分类学中的潜在应用价值。蚊蝎蛉科昆虫具有交叉型减数分裂和X0（♂）/XX（♀）型性别决定机制,这两个特征可能均是蚊蝎蛉科的祖征。基于核型分析,我们发现蚊蝎蛉均属具有典型的单着丝粒染色体。地蚊蝎蛉属Terrobittacus Tan&Hua,2009的染色体数目最高,为n=21;其核型为非对称型,以端着丝粒和近端着丝粒染色体为主。蚊蝎蛉属Bittacus Latreille,1805的染色体数目相对较低且变化显着,从n=8（中国蚊蝎蛉B.sinicus Issiki,1931）到n=19（乌苏里蚊蝎蛉B.ussuriensis Plutenko,1985）不等;其核型为对称型,以中着丝粒和亚中着丝粒染色体为主。减数分裂行为分析的结果显示,在地蚊蝎蛉属昆虫中,每个细胞核中交叉的数目从11到20不等,每个核的平均交叉频率为15.3,每个二价体的平均交叉频率为0.8;在蚊蝎蛉属昆虫中,每个细胞核中交叉的数目从17到21不等,每个核的平均交叉频率为19.5,每个二价体的平均交叉频率为1.1。细胞遗传学特征在属间和种间的显着变化,表明它们适用于蚊蝎蛉科的物种界定和系统发育分析。分子系统发育分析支持蝎蛉科的单系性,并显示蝎蛉科可分成两个主单系群。主单系群I包括新蝎蛉属和长腹蝎蛉属Leptopanorpa MacLachlan,1875,其单倍体染色体数目不超过21且C-带型多样。主单系群II由单角蝎蛉属、双角蝎蛉属、叉蝎蛉属、蝎蛉属和华蝎蛉属组成,其单倍体染色体数目不低于21（蝎蛉1 Panorpa sp1除外）且C-带型保守。新蝎蛉属首次被证实并系于长腹蝎蛉属。单角蝎蛉属为并系群,需要进一步修订。叉蝎蛉属独特的系统发育地位可能归因于频繁的染色体重排。细胞遗传学分析表明,染色体融合和易位可能在蝎蛉科的染色体进化中起重要作用,引起染色体数目的减少和带型的复杂化。基于系统发育关系的染色体祖征重建显示,非整倍体化,尤其是下降非整倍体化是染色体数目变化的主要类型,这对蝎蛉科内的谱系分化有重要的作用。基于以上研究,我们认为,染色体变异不仅是分类研究和系统发育分析的可靠特征,而且对长翅目内类群的分化起到了重要作用。分子和细胞遗传学的整合分类能为一些缺乏较高支持度的模糊系统发育关系提供更多的证据。
莫文洲[6]（2017）在《两种果蝇求偶中“伸展双翅”及其翅斑的关系研究》文中认为尼泊尔果蝇（D.nepalensis）和三黄果蝇（Drosophila trilutea）是takahashii物种亚群中的两个近缘种。它们除了翅斑上有区别外,外部形态及雄性外生殖器等特征没有区别,D.nepalensis具有翅斑,而D.trilutea不具翅斑。为了解这两个近缘种的物种分化程度,尤其是翅斑在性选择中所扮演的角色,本论文基于杂交和回交实验了解了杂交后代的可育性、翅斑大小和性比;以配偶选择实验判断性选择在两个物种中的存在情况;录制大量求偶视频,观察并分析这两个近缘种的求偶行为及其行为要素;分析求偶歌的类型及参数;并探讨翅斑与求偶中“伸展双翅”行为之间的关系及其在性选择中的意义性选择。获得如下实验结果。1)求偶高峰、杂交、回交及其后代翅斑大小:D.nepalensis和D.trilutea羽化后第2天开始观察到求偶行为,到第6天出现求偶高峰。杂交和回交结果显示,D.nepalensis雌蝇与D.trilutea雄蝇杂交可产生可育的F1雌蝇,不育的F1雄蝇。F1雄蝇翅斑显着小于母本雄蝇,回交后代雄蝇翅斑小于母本雄蝇,但没有显着性差异。而D.trilutea雌蝇与D.nepalensis雄蝇存在明显的交配前隔离,无法达成交配。2)性选择及翅斑的影响:配偶选择和翅斑改造实验结果显示,攀爬前和攀爬后均为雌蝇选择占主导。对于没有翅斑的D.trilutea雄蝇,人工添加翅斑后雄蝇与同种雌蝇的交配成功率明显低于无处理组,显示D.trilutea雌蝇与D.nepalensis雄蝇杂交时所存在的强烈交配前隔离现象可能很大程度上由D.nepalensis雄蝇上的翅斑所致。3)求偶行为:不具翅斑的D.trilutea及具有翅斑的D.nepalensis具有相似的求偶行为程序,均展示出定向（orientation）、触碰（tapping）、跟随（following）、振动单翅（wing vibration）、环绕（circling）、双翅剪刀式运动（scissoring）+身体摆动（body swing）的伸展双翅（wings display）、尝试攀爬（attempt to mount）等行为要素。两者明显不同的是“伸展双翅”行为要素:不具翅斑的D.trilutea以大幅度摆动双翅（?90-180?）,而具有翅斑的D.nepalensis以小幅度摆动双翅（?90-180?）,导致单位时间内的摆动次数比D.trilutea多,具有更多机会向雌蝇展示翅斑。4)求偶歌分析结果显示,两个物种均产生不连续的脉冲歌和连续的脉冲歌。D.trilutea产生的不连续脉冲歌因脉冲长度（pulse length,PL）不同分为两种,连续脉冲歌因脉冲内循环波数（cycle number,CN）不同也分两种,共有四种脉冲歌。D.nepalensis则分别只产生一种PL较长的不连续脉冲歌和一种CN较多的连续脉冲歌。5)翅斑与求偶中“伸展双翅”行为要素之间的关系及其在性选择中的意义:求偶中,具有翅斑的D.nepalensis雄蝇对雌蝇展示的小幅度频繁的“伸展双翅”行为,对于不具翅斑的D.trilutea雌蝇是一种负面的行为。对于翅斑消失的D.trilutea虽然仍具“伸展双翅”的行为,但展示这种行为的个体数量降低,且伴随着大幅度慢速的“伸展双翅”行为。D.trilutea的“伸展双翅”行为可能伴随着翅斑消失在进化中正在改变并慢慢丢失。对于D.nepalensis,翅斑所伴随的是快速小幅度的“伸展双翅”行为,展示该行为的个体数较高,但它并不是必须的,在求偶中它可能是居于求偶歌之下的备选策略。另外,当求偶时有竞争对手的情形下,展示“伸展双翅”的求偶成果往往容易被其他雄蝇所窃取,翅斑可能给予D.nepalensis雄蝇在种内或种间竞争中的优势,从而获得交配的权利。本论文所获得的研究成果为解析近缘种的物种形成机制以及翅斑和“伸展双翅”求偶要素在性选择中的作用提供了新的数据,在物种形成和进化遗传学研究中具有重要的意义。
叶占峰[7]（2017）在《棉铃虫PBP1功能鉴定及不同地理种群性信息素通讯系统的比较研究》文中提出蛾类昆虫的性信息素通讯具有高度的灵敏性和种特异性,除人工仿生合成的性信息素被开发应用于害虫防治外,性信息素感受相关的蛋白（基因）有望作为靶标被用于新型害虫行为调控技术的开发。性信息素结合蛋白（Pheromone binding protein,PBP）是存在于触角嗅觉感器中的一类小分子水溶性蛋白,组织表达谱及体外研究推测,其主要功能是运输脂溶性的性信息素分子穿过感器腔中的水溶性淋巴液到达感受神经树突膜表面的受体（Olfactory receptor,OR）,因而在性信息素的感受中起重要作用,但由于技术限制,很少有活体功能研究予以证实。CRISPR/Cas9系统是近年发展起来的一种高效的基因编辑技术,已成功应用于一些昆虫基因的功能研究,为PBP的活体功能研究提供了可能。此外,性信息素作为一种重要的绿色防治技术,已在棉铃虫的种群测报和防治中得到应用,但效果在不同地理区域间往往不大稳定。这种不稳定的原因可能是多方面的,包括生物因素（如害虫地理种群、发生代次、寄主植物类型等）和非生物因素（温、湿、光照）,而在生物因素中,地理种群间的差异值得重点研究。针对上述两个问题,本文首先将CRISPR/Cas9系统应用于棉铃虫PBP活体功能研究,成功获得了 PBP1被敲除的棉铃虫突变个体,并发现PBP1突变个体对棉铃虫性信息素组分的EAG反应显着降低（幅度达40%以上）,首次活体证实了 PBP1在棉铃虫性信息素感受中的重要作用。在不同地理种群性信息素通讯系统的比较研究中,从雌蛾腺体中各性信息素组分的含量及比例、雄蛾对不同比例性信息素二元诱芯的行为反应（诱蛾量）两方面进行分析,发现棉铃虫性信息素通讯系统在不同地理种群间基本稳定,但比较而言,新疆地区的雄蛾引诱量与诱芯中组分比例的关系和其他种群不同。为进一步探讨雄虫感受性信息素差异的分子机制,对不同地理种群PBP基因（PBP1和PBP2）的核苷酸多样性和遗传分化进行了分析,分子差异度和核酸聚类分析表明PBP基因在种群间没有明显分化,但基于遗传距离进行的PCoA分析显示新疆沙湾种群同其他种群明显分开。本文结果对于深入研究棉铃虫性信息素通讯的机制及相关基因的遗传分化,从而更好地利用性信息素进行害虫防治,具有重要的指导意义。主要结果总结如下:1.棉铃虫性信息素结合蛋白PBP1的功能研究同其他蛾类昆虫一样,棉铃虫存在3个不同的PBP基因,且组织表达谱及体外配体结合实验表明PBP1的作用更为重要,因此我们选取PBP1基因对其进行活体功能研究。首先利用软件在PBP1基因上筛选获得一个靶标位点,据此设计并体外转录合成sgRNA,同时合成Cas9mRNA。然后利用显微注射技术,将Cas9-mRNA和PBP1-sgRNA的混合液注射到新产的棉铃虫卵中（产后4h内）,24h后随机抽取20粒卵进行限制性内切酶酶切检测,结果发现突变率达到36.9%（后续对成虫个体DNA测序,突变率高达86.7%）;进一步对DNA的TA克隆和测序发现,PBP1基因靶位点发生多种插入或缺失突变类型,其中有一个突变类型是插入两个碱基,这导致PBP1蛋白整个氨基酸翻译提前终止,最终只翻译10个氨基酸（完整的PBP1蛋白有143个氨基酸）。对该突变类型进行单对系筛选,获得稳定遗传的突变个体,并用EAG检测方法测定了 PBP1突变个体在性信息素感受中的作用。结果显示,纯合突变雄虫对棉铃虫3种性信息素组分（Z11-16:Ald、Z9-16:Ald和Z9-14:Ald）的EAG反应均显着降低,降低幅度在40%以上;杂合突变个体同样对3种性信息素组分的反应显着降低,但幅度低于纯合突变雄虫。本研究首次在活体内证明了棉铃虫PBP1在3个性信息素组分感受中的重要作用,同时为利用CRISPR/Cas9基因编辑技术对其他基因的功能研究提供了方法参考。2.棉铃虫不同地理种群性信息素通讯系统的比较为探讨棉铃虫性信息素诱芯在不同地区间不稳定的原因,2013-14年,我们采集河南安阳、江苏大丰、山东惠民、湖北荆州、河北南皮、山东汶上和高阳、河南夏津及新疆沙湾共9个地理种群的棉铃虫,利用腺体浸泡法提取棉铃虫腺体的性信息素组分,用气相色谱检测2个主要性信息素组分（Z11-16:Ald和Z9-16:Ald）的含量和比例（Z11/Z9）。结果表明,虽然2个性信息素组分的含量在不同地理种群间变化较大,但两者间比例基本稳定。根据雌蛾腺体中Z11/Z9的变动范围并结合田间防治中使用的Z11/Z9比例,配制99:1到90:10共4个不同比例的诱芯,在河南安阳、山东惠民和新疆昌吉进行田间雄蛾诱捕实验。结果发现,安阳和惠民种群的诱捕量在不同比例诱芯间均没有显着差异,但昌吉种群的诱蛾量随Z11/Z9比例的降低而增高,且90:10比例诱芯的诱蛾量显着高于99:1比例的诱芯。综合分析认为,不同棉铃虫种群间的性信息素通讯系统基本一致,地理种群差异并非性信息素田间效果不稳定的主要原因。3.棉铃虫不同地理种群PBP基因的多态性分析为探索不同地理种群在性信息素感受方面的遗传变异,采集自冀、鲁、豫、鄂、新的6个棉铃虫田间种群及1个室内种群,针对性信息素感受中起重要作用的PBP基因,就基因编码区序列的核苷酸多样性和遗传分化进行了分析。其中,单倍型网络遗传关系显示,除个别单倍型（PBP1有6个,PBP2有4个）为两个种群共享外,其他单倍型（PBP1有77个,PBP2有45个）只存在于某一个种群,且一个种群的单倍型四散分布,没有形成明显的地理种群簇。分子差异度结果（AMOVA）表明,PBP在种群内的差异度明显高于种群间,其中PBP1种群间差异度为10.13%,种群内差异度为89.87%,分化系数Fst为0.1013;PBP2种群间差异度为18.77%,种群内差异度为81.23%,分化系数Fst为0.1877。核苷酸序列聚类分析结果显示,来自同一种群的个体并未聚集在一起（室内种群除外）。上述结果说明,6个田间种群间没有形成明显的遗传分化。然而,根据种群遗传距离进行主坐标分析（PCoA）显示,虽然PBP2在种群间分组不明显,但PBP1被明显分为3组（室内种群和沙湾种群分别为一组,其他5个种群为一组）,说明新疆种群和其他田间种群间形成了一定的遗传分化,该结果与各种群的地理分布一致。
张得芳[8]（2017）在《染色体重排与物种分化》文中研究说明染色体重排和人类的一些遗传性疾病有很大的关系,同时也是一些动植物的物种形成和分化的重要原因。随着近年来在二代测序技术基础上的比较基因组学的发展,近缘物种间的染色体重排的研究越来越受到关注。本评述总结了染色体重排产生的方式,基本类型及各自的细胞学和遗传学效应,举例说明了染色体重排在物种分化和新物种形成中的作用并介绍了染色体重排事件的研究方法和进展。通过这些信息,我们想为物种进化和分子标记辅助育种方面的研究人员提供参考和借鉴。
姜德纯[9]（2016）在《额河杨杂交起源和群体遗传组成研究》文中研究说明额尔齐斯河流域是我国杨属物种分布最多的地区之一,分布有欧洲山杨、银白杨、银灰杨、欧洲黑杨、苦杨、额河杨等多个树种和天然杂种,是野生杨属的重要基因资源库,具有独特的生态和遗传学研究价值。本论文重点研究额尔齐斯河流域额河杨的杂交起源与群体遗传组成。促进杂交带形成和维持杂交带稳定的因素是多种多样的,这取决于杂种的起源性质、杂交带的组成成分及其适应性。研究杂交带的起源和群体遗传组成对于理解杂交带的适应性具有重要意义。额河杨是两个高度分化的杨属物种欧洲黑杨和苦杨的天然杂种,主要分布于两个亲本邻域分布区的河谷泛滥平原地区。本研究以额河杨为研究对象,收集了额河杨、欧洲黑杨、苦杨共45个种群的566个个体,共测定一个叶绿体DNA片段、8个核基因位点片段和20个SSR位点。叶绿体DNA数据构建的单倍型谱系关系表明:欧洲黑杨和苦杨两个亲本种分成两大支,额河杨单倍型在两个分支中都有分布。除去PhytoA核基因片段,其余核基因片段等位基因的基因型都没有在两个亲本种中共享。额河杨的核基因片段单倍型分别与欧洲黑杨和苦杨有共享,并且会出现独立于亲本种的单倍型,这可以推测额河杨的两个等位基因可能一个来自欧洲黑杨,一个来自苦杨,而且这些位点的进化速率都比较快。基于核基因片段和SSR位点数据的STRUCTURE分析结果显示,K=2时,额河杨的遗传组份为欧洲黑杨和苦杨的混合组成;K=3时,三个种聚类成种为主导的三个类群。种间遗传距离检验结果表明额河杨与亲本的遗传距离小于亲本之间的遗传距离。ABC模型检验结果支持额河杨的杂交起源。额河杨种群主要由杂交F1代组成,部分个体为F2代或与某个亲本的回交。额河杨生境土壤的全氮含量比亲本生境的土壤全氮含量偏低,额河杨与亲本相比对贫瘠土壤适应性较强。本研究结果表明额河杨起源于欧洲黑杨和苦杨的杂交,其种群是典型的F1代个体为主导的杂交带;此外,额河杨生境土壤相对亲本生境土壤更为贫瘠。这些研究结果共同表明额河杨杂交带的形成与维持机制,符合环境依赖性边界杂种优势假说。此外,我们也以额河杨的亲本之一,边缘分布区的欧洲黑杨种群为研究对象,收集了仅分布于我国西部新疆额尔齐斯河流域的10个欧洲黑杨的种群共117个个体,利用SSR标记技术分析它们的遗传多样性和种群分化程度,评估欧洲黑杨是否符合之前的研究假说。本研究结果表明,欧洲黑杨种群的平均观察杂合度Ho为0.337,平均期望杂合度He为0.446,与中央分布区种群相比遗传多样性较低。种群间的遗传分化较低,平均Fst值为0.0745,与中央分布区种群相比相差不大。AMOVA分析结果表明仅有9.2%的分化处于种群间,其他90.8%的分化都处于种群内部。欧洲黑杨种群体现了普遍的远交,只有很低水平的近交,遗传距离和地理距离没有相关性。以下三种假设能够很好地说明这种结果,首先,欧洲黑杨花粉和种子的风力传播速度快、分布广,这导致了广泛的基因流;第二,欧洲黑杨连续分布区产生有限的局部适应和遗传分化;第三,可能是由于冰期后扩张产生的奠基者效应导致了这种边缘种群的独特遗传分化式样。本研究为保护欧洲黑杨中国自然种群的多样性提供了理论依据。
袁志军[10]（2013）在《基于线粒体基因、核糖体基因和遗传杂交的茶尺蠖不同地理种群遗传分化的研究》文中指出本研究以mtDNACOI和rDNAITS2基因为分子标记，对分布在我国的8个省17不同地区的茶尺蠖种群的遗传结构进行了分析；基于分子系统发育分析的结果，选取茶尺蠖部分地理种群进行杂交实验。主要研究结果如下：1.测定了17个地理种群的173个茶尺蠖的线粒体COI部分序列，比较其同源性，序列多态性，计算核苷酸组成，并分别用Bayesian法、Maximum Likelihood（ML,最大似然法）和Maximum Parsimony（MP,最大简约法）构建单倍型分子系统发育树。结果表明：在获得的茶尺蠖657bp的序列中A+T含量占70.6%，其中有77个突变位点；茶尺蠖173个个体mtDNA COI基因序列共检测出50种单倍型，其中单倍型多样性指数（Hd）为0.7315，核苷酸多样性指数（Pi）为0.01818；分子系统发育树显示的17个地理种群间产生显着的遗传分化，平均基因流（Nm）为0.05，基因交流程度低；总群体的固定系数Fst为0.877。基于Bayesian法、ML法和MP法，利用茶尺蠖亲缘关系较近的油桶尺蠖和茶银尺蠖做外群构建单倍型分子系统发育树。结果表明，17个地理种群的茶尺蠖分别聚为两大类；其中杭州、余杭、宜兴和十字镇地理种群聚在一起为I型；松阳、衢州等13个地理种群聚为II型。遗传距离分析表明，这两大类型的种群间的核苷酸遗传距离为0.0370.042。2.测定了17个地理种群的151个个体的核糖体RNA基因ITS2序列，进行系统发育分析。结果表明：151个体中有145个个体的ITS部分序列长度为484bp，6个的长度为472bp；核苷酸组成中G+C含量占63.2%，其中有52个变异位点。151条序列中共有50个单倍型，其中倍型多样性指数（Hd）为0.789，核苷酸多样性指数（Pi）为0.0055；分子系统发育树显示的17个地理种群间并没有显着的遗传分化，基因交流频繁。利用茶尺蠖亲缘关系较近的油桶尺蠖和茶银尺蠖做外群构建单倍型分子系统发育树和进行遗传距离分析，结果表明在ITS2水平上的遗传分化现象并不明显。3.基于基因分析结果中，从2个组群中的随机挑选了4个种群进行杂交试验。杂交试验结果表明：余杭种群和松阳种群间存在生殖隔离：杂交所得F1代正常羽化的成虫较少，雌雄性比严重失衡，以松阳为母本杂交产生的F1代中没有正常羽化的雌虫。余杭为母本杂交的F1代的自交处理中的卵块均未成功孵化，不能继续产生后代。武义种群和潜山种群间不存在生殖隔离：杂交所得F1代的历期、蛹重、羽化率等均与对照组没有形成显着差异，F1雌雄性比较均衡，表现出较强的生命力和存活率。F1代自交的实验结果表明：F1代均可以正常繁衍后代，F2的幼虫的孵化率正常。
二、Karyotype differentiation and reproductive isolation among natural populations of Drosophila lacertosa（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Karyotype differentiation and reproductive isolation among natural populations of Drosophila lacertosa（论文提纲范文）
（1）甘蔗割手密种起源与演化的基因组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 甘蔗割手密种的研究 |
| 1.1.1 甘蔗的经济价值 |
| 1.1.2 甘蔗割手密种的分布与种质利用 |
| 1.1.3 甘蔗割手密种的遗传多样性 |
| 1.1.4 甘蔗基因组学的研究进展 |
| 1.2 多倍体的研究进展 |
| 1.2.1 多倍体概述 |
| 1.2.2 多倍体的起源与分类 |
| 1.2.3 多倍体演化的意义 |
| 1.2.4 多倍体基因组的研究进展 |
| 1.3 Hi-C技术及其应用 |
| 1.3.1 Hi-C技术概述 |
| 1.3.2 Hi-C技术辅助多倍体基因组组装 |
| 1.3.3 基于Hi-C技术的三维基因组学研究 |
| 1.4 禾本科演化的研究进展 |
| 1.4.1 禾本科的ρ多倍体化事件 |
| 1.4.2 禾本科物种对多倍体化的适应 |
| 1.4.3 禾本科染色体的协同进化 |
| 1.5 研究的目的和意义 |
| 第二章 甘蔗割手密基因组的组装与注释 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 CTAB法提取甘蔗基因组DNA |
| 2.2.3 全基因组测序与组装 |
| 2.2.4 Hi-C文库的构建、测序及辅助组装 |
| 2.2.5 全基因组重复序列和基因模型预测及基因组完整度评估 |
| 2.2.6 基因功能注释 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 割手密种形态学比较 |
| 2.3.2 割手密Np-X基因组测序及组装 |
| 2.3.3 Hi-C辅助割手密Np-X基因组组装 |
| 2.3.4 割手密Np-X基因模型预测及同源组内的结构变异分析 |
| 2.3.5 割手密Np-X基因组质量评估 |
| 2.3.6 割手密Np-X基因组的基因功能注释 |
| 2.3.7 割手密Np-X基因组转座子的注释和分类 |
| 2.4 讨论与小结 |
| 第三章 甘蔗属的演化 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 基因组数据来源 |
| 3.2.2 物种间基因组共线性分析 |
| 3.2.3 串联复制基因鉴定 |
| 3.2.4 着丝粒区域的鉴定 |
| 3.2.5 碱基同义替换率(Ks)的计算 |
| 3.2.6 LTR类型TE插入时间的计算 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 割手密与近缘物种基因组间的共线性比较 |
| 3.3.2 割手密种核型演化分析 |
| 3.3.3 割手密种重组染色体基因串联复制分析 |
| 3.3.4 割手密种与近缘物种间的Ks分布揭示割手密种的演化 |
| 3.3.5 割手密种与近缘物种间转座子分析揭示割手密种的演化 |
| 3.4 讨论与小结 |
| 第四章 甘蔗割手密种基因家族的扩张与收缩 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 直系同源基因的鉴定及基因家族的分类 |
| 4.2.2 物种演化树的构建 |
| 4.2.3 基因家族扩张与收缩分析 |
| 4.2.4 可溶性糖的测定 |
| 4.2.5 基因共表达网络的构建 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 甘蔗割手密种及其近缘物种基因家族的扩张与收缩 |
| 4.3.2 甘蔗割手密种重要性状相关的基因家族在系统演化中的变异 |
| 4.3.3 甘蔗割手密种糖分转运蛋白超家族基因的演化 |
| 4.3.4 甘蔗割手密中糖分转运蛋白超家族成员的扩张 |
| 4.3.5 甘蔗糖分转运蛋白超家族成员的功能分析 |
| 4.3.6 甘蔗糖分转运蛋白超家族成员基因共表达网络的分化 |
| 4.4 讨论与小结 |
| 第五章 甘蔗割手密种重组染色体的三维基因组结构比较 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 数据来源 |
| 5.2.2 生成Hi-C互作图谱 |
| 5.2.3 A/B隔间的鉴定 |
| 5.2.4 物种间共线性的鉴定 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 同源四倍体割手密染色体组之间的Hi-C互作比较 |
| 5.3.2 禾本科中染色体重组对三维基因组结构的影响 |
| 5.4 讨论与小结 |
| 第六章 甘蔗割手密种的起源与群体演化分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 材料来源 |
| 6.2.2 样品DNA提取及重测序 |
| 6.2.3 重测序数据质控及群体变异位点鉴定 |
| 6.2.4 构建群体系统发育树 |
| 6.2.5 群体变异主成分分析 |
| 6.2.6 群体结构分析 |
| 6.2.7 种群连锁不平衡及遗传分化指数Fst分析 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 割手密群体变异位点的鉴定 |
| 6.3.2 割手密群体系统发育树及主成分分析 |
| 6.3.3 割手密群体的群体结构分析 |
| 6.3.4 割手密群体的连锁不平衡分析 |
| 6.3.5 不同染色体基数的割手密群体的演化历史分析 |
| 6.4 讨论与小结 |
| 第七章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与获得的荣誉 |
| 致谢 |
（2）杂交黄颡鱼“黄优1号”遗传特性及母本繁殖性能改善的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 杂交育种研究进展 |
| 1.1 杂交育种概述 |
| 1.2 远缘杂交的概述 |
| 1.3 生物育种技术的发展 |
| 2 杂交不育研究进展 |
| 2.1 杂交不育概述 |
| 2.2 杂交不育的机制 |
| 2.3 杂交不亲和的研究 |
| 3 鱼类性腺形成以及性腺发育研究进展 |
| 3.1 性腺的形成与生殖细胞的关系 |
| 3.2 鱼类性腺发育研究进展 |
| 4 母本繁育性能研究进展 |
| 4.1 母本培育相关因素的研究 |
| 4.2 蛋白水平对母本培育的影响 |
| 4.3 高不饱和脂肪酸对母本培育作用机理的研究 |
| 4.4 HPG轴在母本培育中机理的研究 |
| 5 黄颡鱼产业现状及育种发展方向 |
| 6 研究的目的和意义 |
| 第二章 杂交黄颡鱼“黄优1号”遗传特性的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验鱼来源 |
| 2.2 主要仪器设备 |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.4 基因组DNA提取 |
| 2.5 PCR扩增 |
| 2.6 RNA提取 |
| 2.7 外形特征测量方法 |
| 2.8 染色体组制备 |
| 2.9 杂交黄颡鱼“黄优1号”生长指标测量分析 |
| 2.10 鱼体解剖及形态学观察 |
| 2.11 计算机辅助精子分析系统(CASA) |
| 2.12 “黄优1号”繁殖能力测试 |
| 2.13 免疫荧光(Immunofluorescence) |
| 2.14 半定量RT-PCR |
| 2.15 DNA纯化回收 |
| 2.16 黄颡鱼胚胎整体原位杂交(WISH) |
| 2.17 统计学分析 |
| 2.18 实验所用引物 |
| 3 结果 |
| 3.1 遗传鉴定的改进 |
| 3.2 “黄优1号”外观特征 |
| 3.3 “黄优1号”可数性状和可比性状 |
| 3.4 “黄优1号”染色体核型分析 |
| 3.5 “黄优1号”生长指标测量分析 |
| 3.6 “黄优1号”性腺形态学和组织学观察 |
| 3.7 利用CASA比较分析杂交黄颡鱼“黄优 1 号”精子质量 |
| 3.8 “黄优1号”繁殖能力测试 |
| 3.9 “黄优1号”性腺细胞发育异常 |
| 3.10 “黄优1号”精巢组织细胞的减数分裂和有丝分裂停滞 |
| 3.11 “黄优1号”的生殖系特异性基因母源mRNA的异常和表达降低 |
| 4 讨论 |
| 4.1 “黄优1号”生物学特性 |
| 4.2 “黄优1号”杂交不育机制 |
| 第三章 外源激素协同作用提高黄颡鱼母本产卵率和产后存活率 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验鱼来源 |
| 2.2 主要仪器 |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.4 人工授精和孵化 |
| 2.5 组织学观察 |
| 2.6 激素和卵黄蛋白的检测 |
| 2.7 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 不同外源激素对催产效果分析 |
| 3.2 生殖管道缺陷黄颡鱼的种群特征 |
| 3.3 CPE与其他合成激素的结合可能导致有生殖管缺陷雌鱼产卵 |
| 4 讨论 |
| 第四章 黄颡鱼母本的肠系膜脂肪沉积对繁育性能的影响 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验鱼来源及分组 |
| 2.2 主要仪器设备 |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.4 形体指标测量及解剖观察 |
| 2.5 组织学分析 |
| 2.6 过碘酸-希夫染色(periodic acid-Schiff,PAS) |
| 2.7 血清激素和蛋白水平检测 |
| 2.8 人工繁殖 |
| 2.9 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 黄颡鱼母本肠系膜脂肪指数和性腺指数分析 |
| 3.2 卵巢和肝脏组织学分析 |
| 3.3 人工繁殖结果差异分析 |
| 3.4 苗种畸形分类、畸形率及出苗量统计分析 |
| 3.5 母本激素水平分析 |
| 4 讨论 |
| 结论与创新性 |
| 参考文献 |
| 附录 发表论文 |
| 致谢 |
（3）基于马属动物家系基因组研究异种杂交不相容的遗传基础（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 马属动物进化特征概述 |
| 1.1.1 物种概念和界定 |
| 1.1.2 马属动物物种进化的连续性 |
| 1.1.3 马属动物物种分类的间断性 |
| 1.1.4 马属动物物种分离不完全性 |
| 1.2 异种杂交现象概述 |
| 1.2.1 异种杂交的普遍性 |
| 1.2.2 异种杂交的生物学意义 |
| 1.2.3 异种杂交不相容机制研究概述 |
| 1.2.4 马、驴异种杂交研究进展 |
| 1.3 基因组学的研究领域概述 |
| 1.3.1 De novo基因组研究 |
| 1.3.2 群体基因组研究 |
| 1.3.3 基于家系基因组研究 |
| 1.4 异种杂交个体基因组学研究领域概述 |
| 1.4.1 异种杂交个体基因组研究概述 |
| 1.4.2 马、驴、骡基因组研究进展 |
| 1.5 异种杂交个体转录组学研究领域概述 |
| 1.5.1 异种杂交个体转录组研究概述 |
| 1.5.2 马、驴、骡转录组研究进展 |
| 1.6 本研究的研究内容 |
| 1.7 本研究的选题依据 |
| 1.8 本研究的目的意义 |
| 1.9 本研究的技术路线 |
| 2 研究一 马属动物家系基因组比较研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验动物 |
| 2.1.2 实验数据 |
| 2.1.3 实验主要数据库及分析软件 |
| 2.1.4 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 测序及比对结果 |
| 2.2.2 SNP和InDel结果 |
| 2.2.3 SNP注释 |
| 2.2.4 骡核基因组中孟德尔遗传错误SNPs和de novo SNPs的分析 |
| 2.2.5 家系CNV遗传多样性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 SNPs免疫相关基因富集结果分析 |
| 2.3.2 SNPs癌症相关基因富集结果 |
| 2.3.3 CNVs遗传多样性结果分析 |
| 2.4 小结 |
| 3 研究二 马属动物家系转录结构多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验动物和材料 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.1.4 实验主要数据分析软件 |
| 3.1.5 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 实验动物亲子鉴定结果 |
| 3.2.2 总RNA提取和文库构建的质检结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 研究三 马属动物家系转录组表达模式研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验动物和数据 |
| 4.1.2 实验主要数据分析软件 |
| 4.1.3 骡特异性表达基因注释 |
| 4.1.4 定量及表达水平分析 |
| 4.1.5 差异表达分析 |
| 4.1.6 表达分类分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 骡特异性表达基因结果分析 |
| 4.2.2 定量及差异表达结果 |
| 4.2.3 表达分类和亲本显性表达结果分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5 研究四马属动物家庭转录组表达偏移研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验动物和数据来源 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 同源表达偏移基因识别 |
| 5.2.2 同源表达偏移基因表达趋势分析 |
| 5.2.3 同源表达偏移基因富集分析结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论 |
| 6.1 本研究的总结论 |
| 6.2 本研究的创新点 |
| 7 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（4）马X驴杂交后代基因组结构特征研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 马,驴及其杂交后代基因组研究进展 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 自然界动物杂交后代 |
| 1.2.1 杂交后代遗传优势与劣势 |
| 1.2.2 杂交后代生殖障碍的解释 |
| 1.2.3 杂种优势的解释 |
| 1.3 骡子与亲本外貌和生理特征 |
| 1.3.1 马和驴外貌和生理特征 |
| 1.3.2 骡子外貌和生理特征 |
| 1.4 骡子亲本基因组结构特征 |
| 1.4.1 马基因组研究现状 |
| 1.4.2 驴基因组研究现状 |
| 1.4.3 马和驴基因组比较研究 |
| 1.5 表型与遗传变异的关联性 |
| 1.5.1 遗传变异定义与研究现状 |
| 1.5.2 身高相关基因与变异 |
| 1.5.3 运动、肌肉耐力相关基因与变异 |
| 1.5.4 长寿相关基因与变异 |
| 1.5.5 SV与表型研究 |
| 第二章 骡子基因组遗传变异分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 试剂与仪器 |
| 2.2.3 主要数据库及分析软件 |
| 2.2.4 实验方法 |
| 2.2.5 数据处理及比对 |
| 2.2.6 变异检测及注释 |
| 2.2.7 功能富集分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 数据处理及比对的结果与分析 |
| 2.3.2 与马参考基因组比对时遗传变异分析 |
| 2.3.3 SNP,INDEL和 CNVR在骡子染色体上的分布 |
| 2.3.4 以驴为参考基因组时骡子遗传变异分析 |
| 2.3.5 以马和驴基因组为参考基因组时骡子变异基因比较 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 骡子与马和驴参考基因组比对分析 |
| 2.4.2 马和驴参考基因组比对时SNP,INDEL和 CNVR比较 |
| 2.4.3 骡子中马染色体上SNP,INDEL和 CNVR分布 |
| 2.4.4 马和驴为参考基因组时变异基因比较 |
| 2.4.5 代谢相关基因分析 |
| 2.4.6 免疫相关基因分析 |
| 2.4.7 长寿相关基因分析 |
| 第三章 骡子基因组结构变异 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验动物、试剂、仪器和耗材 |
| 3.2.2 主要数据库 |
| 3.2.3 相关分析软件 |
| 3.2.4 实验方法 |
| 3.2.5 数据处理与比对 |
| 3.2.6 结构变异的检测 |
| 3.2.7 结构变异注释 |
| 3.2.8 PCR验证 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 结构变异种类与统计 |
| 3.3.2 马和驴跨物种染色体间易位的分布 |
| 3.3.3 CTXR相关基因及功能富集分析 |
| 3.3.4 PCR验证结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 骡子结构变异分析方法 |
| 3.4.2 骡子CTXR分布 |
| 3.4.3 CTX相关基因分析 |
| 第四章 骡子转录组研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 主要数据库及分析软件 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.2.3 转录组数据来源 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 候选基因与三代数据比对 |
| 4.3.2 转录组分析 |
| 4.3.3 驴骡和马骡特有变异基因蛋白互作网络分析 |
| 4.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间发表及待发表的论文 |
（5）蝎蛉科和蚊蝎蛉科细胞分类学和染色体演化研究（长翅目）（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 长翅目分类研究概况 |
| 1.1.1 长翅目概况 |
| 1.1.2 分类研究现状 |
| 1.2 细胞分类学概述 |
| 1.2.1 细胞分类学的定义 |
| 1.2.2 染色体的基本特征 |
| 1.2.2.1 个体特征 |
| 1.2.2.2 组型特征 |
| 1.2.2.3 行为特征 |
| 1.2.3 昆虫染色体的研究方法 |
| 1.3 染色体特征在昆虫分类中的应用 |
| 1.3.1 在分类单元鉴别中的作用 |
| 1.3.2 在系统发育分析中的作用 |
| 1.4 染色体与物种形成 |
| 1.4.1 理论基础 |
| 1.4.1.1 杂种-不育模型 |
| 1.4.1.2 抑制-重组模型 |
| 1.4.2 染色体物种形成的证据 |
| 1.5 长翅目细胞分类学研究现状 |
| 第二章 蝎蛉科染色体多样性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 标本采集 |
| 2.2.2 细胞遗传学分析 |
| 2.2.2.1 染色体制片 |
| 2.2.2.2 C-带处理 |
| 2.2.2.3 荧光处理 |
| 2.2.2.4 银染处理 |
| 2.2.2.5 镜检和图像采集 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 蝎蛉属Panorpa Linnaeus |
| 2.3.1.1 刘氏蝎蛉Panorpa liui Hua |
| 2.3.1.2 昆明蝎蛉Panorpa kunmingensis Fu & Hua |
| 2.3.1.3 淡黄蝎蛉Panorpa fulvastra Chou |
| 2.3.1.4 淡色蝎蛉Panorpa decolorata Chou & Wang |
| 2.3.1.5 蝎蛉 1 Panorpa sp1 |
| 2.3.1.6 二枝蝎蛉Panorpa biclada Zhang & Hua |
| 2.3.1.7 双带蝎蛉Panorpa bifasciata Chou & Wang |
| 2.3.1.8 长白山蝎蛉Panorpa changbaishana Hou & Hua |
| 2.3.1.9 郑氏蝎蛉Panorpa chengi Chou |
| 2.3.1.10 秦岭蝎蛉Panorpa qinlingensis Chou & Ran |
| 2.3.1.11 六刺蝎蛉Panorpa sexspinosa Cheng |
| 2.3.1.12 弯曲蝎蛉Panorpa curva Carpenter |
| 2.3.1.13 长蝎蛉Panorpa macrostyla Hua |
| 2.3.1.14 半带蝎蛉Panorpa semifasciata Cheng |
| 2.3.2 新蝎蛉属Neopanorpa Weele |
| 2.3.2.1 路氏新蝎蛉Neopanorpa lui Chou & Ran |
| 2.3.2.2 天平山新蝎蛉Neopanorpa tienpingshana Chou & Wang |
| 2.3.2.3 黎坪新蝎蛉Neopanorpa lipingensis Cai & Hua |
| 2.3.2.4 申氏新蝎蛉Neopanorpa sheni Hua & Chou |
| 2.3.2.5 湖南新蝎蛉Neopanorpa hunanensis Huang & Hua |
| 2.3.2.6 河南新蝎蛉Neopanorpa longiprocessa Hua & Chou |
| 2.3.2.7 莽山新蝎蛉Neopanorpa mangshanensis Chou & Wang |
| 2.3.2.8 黑尾新蝎蛉Neopanorpa nigrocauda Wang & Hua |
| 2.3.2.9 黑斑新蝎蛉Neopanorpa nigrostigma Wang & Hua |
| 2.3.2.10 斜带新蝎蛉Neopanorpa obliquifasia Wang & Hua |
| 2.3.2.11 新蝎蛉 1 Neopanorpa sp1 |
| 2.3.2.12 新蝎蛉 4 Neopanorpa sp4 |
| 2.3.2.13 新蝎蛉 6 Neopanorpa sp6 |
| 2.3.2.14 短瓣新蝎蛉Neopanorpa brevivalvae Chou & Wang |
| 2.3.2.15 爪状新蝎蛉Neopanorpa chelata Carpenter |
| 2.3.2.16 周氏新蝎蛉Neopanorpa choui Cheng |
| 2.3.2.17 拟小新蝎蛉Neopanorpa dubis Chou & Wang |
| 2.3.2.18 小新蝎蛉Neopanorpa minuta Chou & Wang |
| 2.3.2.19 粗毛新蝎蛉Neopanorpa validipennis Cheng |
| 2.3.2.20 新蝎蛉 2 Neopanorpa sp2 |
| 2.3.2.21 点苍山新蝎蛉Neopanorpa diancangshanensis Wang & Hua |
| 2.3.2.22 长杆新蝎蛉Neopanorpa longistipitata Wang & Hua |
| 2.3.3 单角蝎蛉属Cerapanorpa Gao, Ma & Hua |
| 2.3.3.1 太白单角蝎蛉Cerapanorpa obtusa (Cheng) |
| 2.3.3.2 短角单角蝎蛉Cerapanorpa brevicornis (Hua & Li) |
| 2.3.3.3 拜尔斯单角蝎蛉Cerapanorpa byersi (Hua & Huang) |
| 2.3.3.4 拟华山单角蝎蛉Cerapanorpa dubia (Chou & Wang) |
| 2.3.3.5 六盘山单角蝎蛉Carapanorpa liupanshana Gao, Ma & Hua |
| 2.3.3.6 南五台单角蝎蛉Cerapanorpa nanwutaina (Chou) |
| 2.3.3.7 弯曲单角蝎蛉Cerapanorpa sinuata Gao, Ma & Hua |
| 2.3.3.8 任氏单角蝎蛉Cerapanorpa reni (Chou) |
| 2.3.3.9 壮突单角蝎蛉Cerapanorpa protrudens Gao, Ma & Hua |
| 2.3.3.10 华山单角蝎蛉Cerapanorrpa emarginata (Cheng) |
| 2.3.3.11 尖翅单角蝎蛉Cerapanorpa acutipennis (Hua) |
| 2.3.4 华蝎蛉属Sinopanorpa Cai & Hua |
| 2.3.5 双角蝎蛉属Dicerapanorpa Zhong & Hua |
| 2.3.6 叉蝎蛉属Furcatopanorpa Ma & Hua |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 染色体数目变异 |
| 2.4.2 染色体带型变异 |
| 2.4.3 蝎蛉科细胞遗传学特征汇总 |
| 第三章 蚊蝎蛉科染色体多样性 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 标本采集 |
| 3.2.2 昆虫饲养 |
| 3.2.2.1 成虫饲养 |
| 3.2.2.2 幼虫饲养 |
| 3.2.3 细胞遗传学分析 |
| 3.2.3.1 染色体制片 |
| 3.2.3.2 C-带处理 |
| 3.2.3.3 银染处理 |
| 3.2.3.4 荧光处理 |
| 3.2.3.5 镜检和图像采集 |
| 3.2.4 统计分析 |
| 3.2.4.1 染色体核型分析 |
| 3.2.4.2 减数分裂行为分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 地蚊蝎蛉属Terrobittacus Tan & Hua |
| 3.3.1.1 缠绕地蚊蝎蛉Terrobittacus implicatus (Huang & Hua) |
| 3.3.2 蚊蝎蛉属Bittacus Latreille |
| 3.3.2.1 扁蚊蝎蛉Bittacus planus Cheng |
| 3.3.2.2 乌苏里蚊蝎蛉Bittacus ussuriensis Plutenko |
| 3.3.2.3 中国蚊蝎蛉Bittacus sinicus Issiki |
| 3.3.2.4 四边蚊蝎蛉Bittacus trapezoideus Huang & Hua |
| 3.3.2.5 淡黄蚊蝎蛉Bittacus flavidus Huang & Hua |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 蝎蛉科分子系统发育和染色体演化 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 分类单元选取 |
| 4.2.2 基因组总DNA的提取 |
| 4.2.3 PCR扩增及测序 |
| 4.2.4 序列比对及分析 |
| 4.2.5 系统发育树构建 |
| 4.2.6 分歧时间估算 |
| 4.2.7 染色体数目祖征重建 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 单角蝎蛉属系统发育分析 |
| 4.3.1.1 拓扑结构 |
| 4.3.1.2 分歧时间估算 |
| 4.3.2 蝎蛉科系统发育分析 |
| 4.3.2.1 拓扑结构 |
| 4.3.2.2 分歧时间估算 |
| 4.3.3 蝎蛉科染色体数目祖征重建 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 染色体变异与单角蝎蛉属内近缘种的分化 |
| 4.4.2 蝎蛉科染色体的演化 |
| 4.4.3 基于染色体的蝎蛉科系统学关系 |
| 第五章 讨论与结论 |
| 5.1 讨论 |
| 5.1.1 长翅目昆虫的细胞遗传学特征及其分类学意义 |
| 5.1.2 染色体在物种形成中的作用 |
| 5.2 主要创新点 |
| 5.3 结论 |
| 5.4 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 基金支持 |
（6）两种果蝇求偶中“伸展双翅”及其翅斑的关系研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 性选择 |
| 1.2 果蝇求偶行为 |
| 1.3 果蝇求偶歌 |
| 1.4 具有翅斑果蝇物种的求偶行为 |
| 1.5 近缘种D. nepalensis和D. trilutea |
| 1.6 本论文研究意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 果蝇品系 |
| 2.2 处女果蝇的收集 |
| 2.3 果蝇求偶高峰 |
| 2.4 果蝇的杂交和回交 |
| 2.5 雄蝇翅斑的测量 |
| 2.6 配偶选择实验 |
| 2.7 果蝇求偶行为的录制和分析 |
| 2.8 求偶歌的分析 |
| 2.9 雄蝇翅斑的人工添加或删除 |
| 2.9.1 人工添加D. trilutea雄蝇黑色翅斑 |
| 2.9.2 人工删除D. nepalensis雄蝇黑色翅斑 |
| 2.9.3 D. trilutea和D. nepalensis交换配偶实验 |
| 2.9.4 D. trilutea和D. nepalensis雄蝇翅斑切除 |
| 2.9.5 竞争条件下果蝇求偶行为的观察及分析 |
| 3 结果 |
| 3.0 D. trilutea和D. nepalensis的求偶高峰 |
| 3.1 D. trilutea和D. nepalensis杂交及其回交 |
| 3.2 雄蝇翅斑 |
| 3.3 性隔离 |
| 3.3.1 雄性选择 |
| 3.3.2 雌性选择 |
| 3.4 求偶行为 |
| 3.4.1 D. trilutea的求偶行为 |
| 3.4.2 D. nepalensis的求偶行为 |
| 3.4.3 双翅剪刀式运动 |
| 3.4.4 求偶次序 |
| 3.4.5 D. trilutea和D. nepalensis的求偶行为要素 |
| 3.4.6 与求偶交配成功相关的求偶行为要素 |
| 3.5 求偶歌 |
| 3.5.1 D. trilutea的求偶歌 |
| 3.5.2 D. nepalensis求偶歌 |
| 3.6 翅斑处理对求偶和交配的影响 |
| 3.6.1 D. trilutea雄蝇翅斑处理 |
| 3.6.2 D. nepalensis雄蝇翅斑处理 |
| 3.6.3 D. trilutea和D. nepalensis交换配偶处理 |
| 3.7 伸展双翅与交配成功的关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 性别隔离 |
| 4.2 翅斑与求偶行为要素的关系 |
| 4.3 求偶歌的作用 |
| 4.4 翅斑与求偶交配成功的关系 |
| 4.5“伸展双翅”与求偶交配成功的关系 |
| 4.6 翅斑及其“伸展双翅”求偶行为的进化关系 |
| 4.7 翅斑和伸展双翅行为要素的遗传调控 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（7）棉铃虫PBP1功能鉴定及不同地理种群性信息素通讯系统的比较研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略语 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 昆虫性信息素 |
| 1.1.1 昆虫性信息素的结构组成 |
| 1.1.2 昆虫性信息素的合成 |
| 1.1.3 昆虫性信息素的应用 |
| 1.2 昆虫的嗅觉感受及其分子机制 |
| 1.2.1 嗅觉信号传导的分子机制 |
| 1.2.2 嗅觉感受器 |
| 1.2.3 气味结合蛋白 |
| 1.3 鳞翅目昆虫性信息素结合蛋白的研究进展 |
| 1.3.1 性信息素结合蛋白的数量种类和结构特征 |
| 1.3.2 性信息素结合蛋白的表达分布 |
| 1.3.3 性信息素结合蛋白的生理功能 |
| 1.3.4 性信息素结合蛋白对性信息素分子的结合和释放机制 |
| 1.4 种群遗传多样性研究进展 |
| 1.4.1 遗传多样性和种群分化 |
| 1.4.2 遗传多样性的影响因素 |
| 1.4.3 遗传多样性检测 |
| 1.5 基因操作技术研究进展 |
| 1.5.1 RNA干扰研究进展 |
| 1.5.2 CRISPR/Cas系统 |
| 1.5.3 CRISPR/Cas系统的结构特点及作用机理 |
| 1.5.4 CRISPR/Cas系统的应用 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第二章 棉铃虫性信息素结合蛋白PBP1的功能研究 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果和分析 |
| 2.2.1 Cas9/sgRNA注射24h后的突变检测 |
| 2.2.2 PBP1纯合突变个体的筛选 |
| 2.2.3 突变雄蛾的EAG检测 |
| 2.2.4 CRISPR/Cas9系统脱靶位点的检测 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 棉铃虫不同地理种群性信息素通讯系统的比较 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果和分析 |
| 3.2.1 棉铃虫性腺中各组分的含量和比例分析 |
| 3.2.2 雄蛾田间诱捕量分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 棉铃虫不同地理种群PBP基因的多态性分析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果和分析 |
| 4.2.1 核苷酸多态性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录: 攻读博士学位期间发表的学术论文和参加的学术会议 |
| 致谢 |
（8）染色体重排与物种分化（论文提纲范文）
| 1 染色体重排的方式 |
| 2 染色体重排的类型及其细胞学和遗传学效应 |
| 2.1 染色体片段的缺失 (Chromosoma Deletion) |
| 2.2 染色体倒位 (Chromosomal Inversion) |
| 2.3染色体片段易位 (Chromosome Segment Translocation) |
| 2.4 染色体片段重复 (Chromosome Segment dupli-cation) |
| 2.5 染色体的融合和断裂 (Chromosomal Fusion and Fission) |
| 3 染色体重排在物种形成和进化上的重要意义 |
| 3.1 显性不足模型 (Underdominance Model) |
| 3.2 重组模型 (Combination-based Model) |
| 3.3 量子成种模型 |
| 3.4 链或级联模型 (Chain or Cascade Model) |
| 3.5 染色体跳跃模型 (Chromosomal Transiliencemodel) |
| 3.6 单臂融合模型 (The Monobrachial Fusion Model) |
| 3.7 滞域模型 (Hysteresis Model) |
| 3.8 突变模型 (Catastrophic Model) |
| 4 染色体重排的研究进展 |
| 5 染色体重排的研究手段 |
| 作者贡献 |
（9）额河杨杂交起源和群体遗传组成研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 额河杨的杂交起源及其与亲本产生杂交带的组成 |
| 1.1 前言 |
| 1.1.1 杂交概述 |
| 1.1.1.1 隔离机制 |
| 1.1.1.2 杂种（或杂交）优势（Hybrid vigour） |
| 1.1.1.3 渐渗 |
| 1.1.1.4 杂交物种形成（Hybrid speciation） |
| 1.1.2 杂交带（Hybrid zone） |
| 1.1.2.1 杂交带形成 |
| 1.1.2.2 杂交带的适应性 |
| 1.1.3 杨属物种研究概述 |
| 1.1.4 本研究的目的和意义 |
| 1.2 材料方法 |
| 1.2.1 样品采集 |
| 1.2.2 DNA的提取、测序和比对 |
| 1.2.3 数据分析 |
| 1.2.3.1 数据整理 |
| 1.2.3.2 群体遗传学分析 |
| 1.2.3.3 检验额河杨的杂种起源和杂交带成分 |
| 1.2.3.4 不同生境土壤样品采集和氮元素含量分析 |
| 1.3 研究结果 |
| 1.3.1 叶绿体DNA的序列多态性 |
| 1.3.2 种群遗传多样性和结构分析 |
| 1.3.2.1 种群遗传多样性分析 |
| 1.3.2.2 种群结构分析 |
| 1.3.3 额河杨的杂交起源和杂交带组成 |
| 1.3.4 三个分类群典型生态位的土样氮含量分析比较 |
| 1.4 讨论 |
| 第二章 新疆额尔齐斯河流域欧洲黑杨种群多样性研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.1.1 影响种群多样性的因素 |
| 2.1.1.1 遗传漂变 |
| 2.1.1.2 自然选择 |
| 2.1.1.3 植物繁殖系统 |
| 2.1.2 边缘分布种群的遗传多样性研究 |
| 2.1.3 相关分子研究技术 |
| 2.1.3.1 共显性的遗传标记 |
| 2.1.3.2 显性分子标记 |
| 2.1.4 欧洲黑杨研究概况 |
| 2.1.5 本研究的意义与目的 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 居群采样 |
| 2.2.2 SSR多态性的基因型分析 |
| 2.2.3 数据分析 |
| 2.3 研究结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（10）基于线粒体基因、核糖体基因和遗传杂交的茶尺蠖不同地理种群遗传分化的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 茶尺蠖的研究概况 |
| 1.2 昆虫分子系统学概述及研究方法 |
| 1.2.1 昆虫分子系统学的概述 |
| 1.2.2 昆虫分子系统学的研究方法 |
| 1.2.3 系统发育树的构建方法 |
| 1.3 线粒体基因和核糖体基因在昆虫分子系统学当中的应用 |
| 1.3.1 线粒体基因 |
| 1.3.2 核糖体基因 |
| 1.4 物种 |
| 1.4.1 物种的概念 |
| 1.4.2 物种的研究方法 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的技术路线图 |
| 第二章 基于 MTDNA COI 基因的茶尺蠖种群遗传分化的研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 茶尺蠖样品采集 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 |
| 2.1.3 基因组 DNA 的提取 |
| 2.1.4 线粒体 DNA COI 基因片段 PCR 扩增 |
| 2.1.5 茶尺蠖不同地理种群 mtDNA COI 基因片段的克隆 |
| 2.1.6 目的序列的测定 |
| 2.1.7 mtDNA COI 序列的数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 基因组 DNA 检测和线粒体 COI 的扩增结果 |
| 2.2.2 茶尺蠖线粒体 COI 碱基组成及序列分析 |
| 2.2.3 茶尺蠖种群遗传多样性分析 |
| 2.2.4 茶尺蠖不同地理种群间的遗传距离 |
| 2.2.5 茶尺蠖地理种群间的分子系统发育分析 |
| 2.2.6 茶尺蠖不同地理种群间的遗传结构 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 基于核糖体 RNA 基因（RDNA）ITS2 茶尺蠖种群遗传变异研究 |
| 3.1 试验的材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 主要的试剂和仪器 |
| 3.1.3 茶尺蠖总 DNA 的提取 |
| 3.1.4 核糖体基因 ITS2 基因片段的扩增 |
| 3.1.5 目的基因片段的克隆 |
| 3.1.6 目的基因序列的测定 |
| 3.1.7 目的基因序列的分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 rDNA ITS2 基因片段的 PCR 结果 |
| 3.2.2 茶尺蠖不同地理种群的 rDNA ITS2 序列分析 |
| 3.2.3 茶尺蠖不同地理种群的遗传多样性分析 |
| 3.2.4 茶尺蠖不同地理种群遗传距离的分析 |
| 3.2.5 构建系统发育树 |
| 3.2.6 茶尺蠖不同地理种群的遗传结构分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 基于分子系统学分析的茶尺蠖不同地理种群间的遗传杂交 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试昆虫 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果和分析 |
| 4.2.1 松阳(SY)种群和余杭(YH)种群的正反杂交 |
| 4.2.2 松阳种群(SY)和余杭种群(YH)杂交 F1代自交 |
| 4.2.3 武义种群(WY)与潜山种群(QS)间的正反杂交 |
| 4.2.4 武义种群(WY)与潜山种群(QS)杂交 F1代自交 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 全文结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.1.1 基于线粒体 DNACOI 基因序列的茶尺蠖不同地理种群的系统发育分析 |
| 5.1.2 基于核糖体 RNA 基因 ITS2 的茶尺蠖不同地理种群的系统发育分析 |
| 5.1.3 具有遗传分化的茶尺蠖不同地理种群间的遗产杂交 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
四、Karyotype differentiation and reproductive isolation among natural populations of Drosophila lacertosa（论文参考文献）
- [1]甘蔗割手密种起源与演化的基因组学研究[D]. 张清. 福建农林大学, 2021(06)
- [2]杂交黄颡鱼“黄优1号”遗传特性及母本繁殖性能改善的研究[D]. 胡伟华. 华中农业大学, 2020(05)
- [3]基于马属动物家系基因组研究异种杂交不相容的遗传基础[D]. 任秀娟. 内蒙古农业大学, 2020(01)
- [4]马X驴杂交后代基因组结构特征研究[D]. 韩红梅. 内蒙古大学, 2020(01)
- [5]蝎蛉科和蚊蝎蛉科细胞分类学和染色体演化研究（长翅目）[D]. 苗颖. 西北农林科技大学, 2018(12)
- [6]两种果蝇求偶中“伸展双翅”及其翅斑的关系研究[D]. 莫文洲. 华南农业大学, 2017(08)
- [7]棉铃虫PBP1功能鉴定及不同地理种群性信息素通讯系统的比较研究[D]. 叶占峰. 南京农业大学, 2017(08)
- [8]染色体重排与物种分化[J]. 张得芳. 分子植物育种, 2017(01)
- [9]额河杨杂交起源和群体遗传组成研究[D]. 姜德纯. 兰州大学, 2016(08)
- [10]基于线粒体基因、核糖体基因和遗传杂交的茶尺蠖不同地理种群遗传分化的研究[D]. 袁志军. 中国农业科学院, 2013(02)