一、分子生物学技术在感染性疾病中的应用─—感染性疾病(5)（论文文献综述）
邢小微[1]（2019）在《宏基因组高通量测序对中枢神经系统感染性疾病的诊断价值研究》文中指出目的:1.分析宏基因组高通量测序技术诊断病毒性脑（膜）炎、结核性脑膜炎、化脓性脑膜炎和隐球菌性脑膜炎的敏感度和特异度等指标;2.分析不同的Unique reads条数在鉴别中枢神经系统感染性疾病中的作用;3.分析不同检测时间对宏基因组高通量测序检测结果的影响;4.分析感染累及不同部位时,选择不同样本进行宏基因组高通量测序对诊断结果的影响。方法:2016年11月～2019年2月共计201例患者纳入本研究,包括70例病毒性脑（膜）炎、39例结核性脑膜炎、38例化脓性脑膜炎、24例真菌性脑膜炎和30例对照组。在常规诊治操作中留取脑脊液或血液标本,进行DNA提取和文库构建。将质控合格的文库进行BGISEQ-500/50测序,经过生物信息分析后生成测序数据,根据患者临床信息判读致病体。根据患者临床信息及其他辅助检查结果,形成最终诊断。计算高通量测序对中枢神经系统感染性疾病的诊断敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值等指标。比较在不同的Unique reads条数标准下,高通量测序对中枢神经系统感染性疾病的诊断效能。结果:1.在确诊的病毒性脑（膜）炎患者中,当Unique reads≥ 2时,高通量测序诊断病毒性脑（膜）炎的ROC曲线下面积（0.651）最大,NGS诊断的阳性一致百分比,阴性一致百分比和总一致百分比分别为40.8%,89.3%和76.1%。当感染仅累及脑（脊）膜时,脑脊液组高通量测序阳性率（100%）高于血液组（60%）,脑脊液组Unique reads、基因覆盖度均高于血液组,p<0.05。当感染累及脑实质时,脑组织NGS的Unique reads、基因覆盖度均高于脑脊液标本。2.在确诊和很可能的结核性脑膜炎患者中,当种水平序列数≥1时,ROC曲线下面积（0.610）最大,NGS诊断的阳性一致百分比、阴性一致百分比和总一致百分比分别为25.6%,96.3%和82.6%。在金标准确诊的结核性脑膜炎患者中,NGS诊断的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值分别为60%、96.3%、33.3%和98.7%。将高通量测序与常规检测方法结合时,结核性脑膜炎的诊断阳性率为61.54%（24/39）。3.在金标准确诊的化脓性脑炎中,当Unique reads条数≥ 5时,ROC曲线下面积（0.892）最大,NGS敏感度为83.3%,特异度为95.1%,阳性预测值为55.6%,阴性预测值为98.7%。4.当Uniquereads条数≥2时,NGS诊断隐球菌性脑炎的敏感度为75%,特异度为99.47%,阳性预测值为90%,阴性预测值为98.43%。结论:1.（1）建议将Uniquereads≥2作为NGS检测病毒感染的阳性标准;（2）推荐在病毒性脑（膜）炎发病早期进行高通量测序检测;（3）当感染累及脑膜时,选择脑脊液进行NGS诊断价值优于血液。2.（1）当NGS检出结核分枝杆菌复合群时,建议至少一条以上序列可匹配到种或属时,可作为阳性结果;（2）NGS对结核性脑膜炎的诊断能力尚有待进一步提高,目前可作为一种辅助诊断手段,并可作为排他性诊断方法之一。3.（1）建议将Unique reads数≥5定义为NGS检测化脓性脑膜炎的阳性标准;（2）化脓性脑膜炎的NGS结果较为纷繁复杂,对病原菌和背景污染菌的鉴别是目前的难题。4.（1）NGS对隐球菌性脑膜炎的诊断能力低于常规检测方法;（2）NGS可鉴别隐球菌菌种,有助于隐球菌性脑膜炎的诊治管理;（3）建议早期联合墨汁染色、真菌培养、荚膜抗原检测及高通量测序多种方法,以期早期、精准诊断,为抗感染治疗方案及疗程的选择提供依据。5.（1）尽管NGS对病毒性脑（膜）炎和结核性脑膜炎的诊断能力一般,但在目前临床诊断的困境中,无疑是很有意义的检测手段。（2）NGS对化脓性脑膜炎和隐球菌性脑膜炎的诊断能力较好;（3）临床医生应根据临床各方面证据结合高通量测序结果综合判定病原体。
刘德纯[2]（2014）在《感染性疾病的病理学诊断》文中研究指明感染性疾病是由各种病原生物感染引起的炎症性疾病,包括传染病、寄生虫病、流行病[如天花、禽流感、疟疾、肺结核、霍乱、艾滋病（AIDS）、SARS、黄热病、斑疹伤寒等]、热带病（如血吸虫病、疟疾、丝虫病、锥虫病、利什曼病、麻风病等）、人兽共患病、性病、医院感染等。有些疾病可以从不同角度归类,如AIDS可以分别归类于传染病、流行病、热带病、性病、人兽共患病,甚至医院内感染。感染性疾病的病理学检查,对于阐明疾病本质、病变特征、探索感染原因、发病机制,均起重要作用[1-3]。在诊断病理学工作实践中,经常遇
房利利[3]（2020）在《肺泡灌洗液宏基因组二代测序对下呼吸道感染病原学的诊断价值》文中研究指明背景:下呼吸道感染目前仍然是高发病率及高死亡率的疾病,传统病原学检测方法诊断能力不足问题日益突出。随着宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing,mNGS）的发展与成熟,该技术对于下呼吸道感染病原学诊断价值成为当前的研究热点。目的:探讨mNGS对下呼吸道感染病原学的诊断价值,明确mNGS相对于传统病原学检测方法的优势。方法:回顾性分析2018年11月--2020年1月于蚌埠医学院第一附属医院临床初步诊断为下呼吸道感染而就诊的52例患者的临床资料,记录每位患者的病史、体征、影像学资料及实验室辅助检查结果。收集52例患者的肺泡灌洗液（BALF）,样本预处理后,分别送检mNGS及常规培养、细菌、真菌涂片或PCR等传统检测。根据病原学检测及临床综合分析将其分为确定病原体组和非确定病原体组,比较mNGS在下呼吸道感染临床病原学诊断中的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值等指标。统计方法采用McNemar检验,以p<0.05定义有统计学差异,p<0.01定义统计学差异有显着性。结果:1.52例DNA测序（DNAseq）样本中,检测到符合阳性标准的病原体共20种,包括肾脏钩端螺旋体、鼻疽诺卡菌、结核分枝杆菌、烟曲霉菌、新生隐球菌、人类α疱疹病毒1型、EB病毒、肺炎支原体、鹦鹉热衣原体等,其中有12种病原体在传统培养中未被发现。2.52例下呼吸道感染患者中,DNAseq阳性43例,传统培养阳性29例,DNAseq联合传统培养阳性共计45例,DNAseq及传统培养双阳性者27例。DNAseq检测病原菌的阳性率远高于传统培养（86.54%vs.53.85%,p<0.01）,两种检测方法联合检测病原菌的阳性率也远远高于单独使用传统培养检测（90.38%vs.53.85%,p<0.01）。3.52例下呼吸道感染患者中,45例有抗菌药物使用史,7例无抗菌药物使用史。在抗生素使用组中DNAseq阳性率优于传统培养（82.22%vs.53.33%,p<0.05）,且DNAseq阳性率在抗菌药物使用者或不使用者中相当（82.22%vs.85.71%,p>0.05）。4.52例患者中,共有32例患者的BALF同时进行了PCR和DNAseq,其中DNAseq阳性26例,PCR检测阳性14例,DNAseq阳性率显着优于PCR（81.25vs.43.75,p<0.01）。5.29例下呼吸道感染中同时进行了DNAseq和RNA测序（RNAseq）,其中DNAseq阳性25例,RNAseq阳性7例。RNAseq阳性病原体包括:人副流感病毒1型、人冠状病毒229E、甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、?类偏肺病毒等常规检测难以发现的病原体。6.以病原学检测及临床综合分析为“确诊”病原体标准,将52例研究对象分为确定病原体组43例,非确定病原菌体组9例。DNAseq较传统培养的灵敏度更高（95.35%vs.67.44%,p<0.01）。而DNAseq与传统培养的特异度无统计学差异（77.78%vs.100.00%,p>0.05）。DNAseq的阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）分别为95.35%（95%CI,82.94-99.19%）、77.78%（95%CI,40.19-96.05%）。传统培养的PPV和NPV分别为100.00%（95%CI,85.44-100%）、39.13%（95%CI,20.47-61.22%）。结论:mNGS中DNAseq相比传统培养、PCR检测对下呼吸道感染病原学诊断更敏感,尤其是对于少见病原体的阳性率更高,且受抗生素影响更小。RNAseq对临床难以常规检测的RNA病毒感染的诊断优势明显,丰富了对RNA病毒感染诊断手段。
石英,王延军[4]（2014）在《《感染与传染性疾病诊断新技术进展》实验课教学的实践与研究》文中研究指明感染与传染性疾病在人类疾病谱中占有重要地位,在我国该类疾病的流行形势严峻。近年来随着医学生物技术的飞速发展,医学硕士研究生开展感染与传染性疾病诊断新技术实验课程非常有必要。总结2年以来新开实验课的经验,得到了一些提高实验课质量的方法和途径:（1）针对感染性疾病的诊断的临床实践设立实验课教学内容和理论课教学内容;（2）增加先进仪器的讲解和培训;（3）加强基本实验技能训练;（4）加强学生科研思维能力的培养;（5）开放式实验教学。《感染与传染性疾病诊断新技术进展》实验课是一门新开设的课程,对于医学硕士研究生感染性疾病的基本普及和实验技能的提高具有重要的意义。
佟东倪[5]（2020）在《拉曼光谱技术在乙型病毒肝炎血清诊断试验中的应用》文中认为目的:研究应用拉曼光谱技术通过血清检测以筛查感染乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）血清。方法:1.分别选择HBV感染血清和非HBV感染血清各20例,用拉曼光谱仪在不同波长条件下进行检测,以选择最佳实验条件。2.在上述最佳条件下,选择500例研究组血清标本、500例对照组血清标本进行检测,首先将测定的光谱图运用自适应迭代重加权惩罚最小二乘法（adaptive iterative re-weighted penalized least squares,airPLS）进行拉曼光谱中扣除荧光背景,然后运用主成分分析法（Principal Component Analysis,PCA）将处理后的拉曼光谱进行主成分特征提取,接着运用支持向量机（Support Vector Machine,SVM）进行建模和预测,粒子群优化（Particle Swarm optimization,PSO）算法代替传统的网格搜索来优化SVM的参数。最后建立感染HBV血清的诊断模型。3.采用盲法方法按照所建立的模型和运用荧光定量聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）技术检测600例血清进行检验效能验证。4.用PCR-反向点杂交法选择151例感染HBV血清判断是否rtV204基因突变,用拉曼光谱技术检测151例血清标本后,将所测光谱图运用airPLS扣除荧光背景、偏最小二乘法（Partial Least Squares,PLS）特征提取、SVM建模和预测,建立感染HBV且rtV204基因位点突变的诊断模型。结果:1.本实验最佳实验条件时激发波波长为532nm。2.在拉曼光谱谱图中发现,位移509、957、1002、1153、1512、1648、2155、2305cm-1处正常人拉曼峰与乙型病毒肝炎患者存在差异。运用airPLS-PCA-PSO-SVM建立建立感染HBV血清的诊断模型的准确性为93.1%、灵敏度为100%、特异度为88%,ROC曲线下面积为0.942。3.本研究中我们发现感染HBV且rtV204位点基因突变血清标本与未突变的血清标本的拉曼峰值在877、957、1002、1154、1281、1447、1514、1654、2993cm-1处存在着很大的差异。airPLS-PLS-PSO-SVM模型对于感染HBV且rtV204基因位点突变的血清的诊断准确性为84.78%、灵敏度为68.75%、特异度为93.33%,ROC曲线下面积为0.847。4.运用盲法进行两组检验效能验证,第一组:灵敏度:87%,特异度:92%,KAPPA值:0.79;第二组:灵敏度:80%,特异度:79%,KAPPA值:0.59。结论:该初步研究表明,血清拉曼光谱技术结合airPLS-PCA-PSO-SVM模型可用于乙型病毒肝炎筛查。airPLS-PLS-PSO-SVM模型对于HBV的rtV204基因位点突变的诊断具有非常好的灵敏度及特异度。
鄢灯莹[6]（2020）在《基于古籍文献的鳖甲煎丸网络药理学分析》文中研究说明研究目的本研究旨在充分利用鳖甲煎丸传承千年的古籍文献资料,结合现代网络药理学分析技术,阐释经典名方鳖甲煎丸的疾病作用机制、关键药物靶点,揭示鳖甲煎丸传承千年、至今仍在临床广泛应用的机理与奥秘,为经典名方的更进一步临床与基础科研工作提供参考方向,开拓中国古代真实世界研究的新方法,为中医药现代化发展提供新的思路与方法。研究方法通过对古籍文献数据的规范化整理以及中药、病症靶点蛋白的汇总收集,采用模块富集分析、基因功能和通路富集分析以及复杂网络的可视化分析和最短路径等网络药理学分析方法,对鳖甲煎丸治疗古籍病症的关键基因模块、疾病基因通路、关键药物靶点和核心药物组成进行探索性分析,同时将湖北省中医院20172019年间使用鳖甲煎丸的1134位患者临床就诊疾病诊断数据进行了描述性统计分析,与古籍数据分析结果形成对比,对古籍数据研究结果的可靠性进行临床验证分析。研究结果鳖甲煎丸关键基因模块包括M94、M97和M194三大模块,共涉及23条疾病基因通路,集中分布在感染性疾病和免疫系统疾病中,其中疟疾、炎症性肠病基因通路是鳖甲煎丸的主要疾病基因通路,关键药物靶点包括IL6、IL10、IL1B、TNF、IL4、JUN、IL13、IL2、CCL2、TLR4、ARG1、FOS、CSF2、VEGFA、IFNG、MMP9、REN共17个,所对应的中药鳖甲、阿胶、人参、干姜、柴胡、黄芩、半夏、桂枝、白芍、大黄、凌霄花、牡丹皮、桃仁、射干、瞿麦、石韦,构成了鳖甲煎丸核心药物。同时,鳖甲煎丸现代临床用药患者诊断数据分析结果与鳖甲煎丸古籍文献分析结果基本一致,其现代主治疾病还涉及积聚、瘿病、乳癖等多个病种,临床实际适用范围广泛。结论本研究以鳖甲煎丸古籍文献资料为数据来源,通过网络药理学分析发现鳖甲煎丸通过作用于炎症细胞因子,参与人体免疫系统调节,对感染性疾病和免疫系统疾病基因通路发挥作用,其中疟母疾病基因通路为鳖甲煎丸传承千年的历史提供了有力的循证证据,炎症性肠病基因通路这一新的发现可能是其新的作用机制。结合现代临床鳖甲煎丸用药患者疾病诊断数据进行对比分析发现,鳖甲煎丸主治疾病范围不再局限于疟母,对于多种现代疾病均有治疗作用,从分子生物学角度解释了鳖甲煎丸异病同治的临床效用,同时其对比验证分析结果为古籍文献数据网络药理学分析结果的可靠性提供了现代临床依据。本研究也对鳖甲煎丸核心药物的作用机制进行了深入分析讨论,进一步揭示了其组方规律和作用机制,具有一定的临床参考价值。本研究通过对鳖甲煎丸治疗多种疾病复杂机制的梳理分析,从网络药理学角度解释中医异病同治理论,是中医药古籍与现代生物医学结合的示范性研究,对于鳖甲煎丸临床应用的再开发影响深远,为类似的经典名方研究提供了新的方法借鉴,打开了古代中医真实世界研究的大门,为中医药现代化发展提供了新的思路方法。
常玉雪[7]（2020）在《滤泡辅助性T细胞在儿童青少年结核病中的免疫作用研究》文中研究说明目的:通过检测儿童青少年活动性肺结核患者、潜隐感染者和健康对照外周血中Tfh细胞比例及相关细胞因子和转录因子,探讨Tfh细胞在结核免疫中的作用,为儿童青少年结核病诊断、治疗提供依据。方法:采用病例对照研究设计,选取2017年7月至2019年3月在乌鲁木齐市各结核病定点医院就诊的18岁及以下肺结核患者作为病例组,同期选取符合标准的潜隐感染者和健康对照,每组25例,收集纳入对象的人口学资料及血液样本。采用流式细胞仪测定三组人群外周血中CD4+CXCR5+Tfh细胞和CD4+CXCR5+ICOS+Tfh细胞的比例。采用流式液相多重蛋白定量技术测定三组人群血浆中细胞因子IL-4、IL-17A、IL-21、TNF-α和IFN-γ的蛋白表达水平差异。通过实时荧光定量PCR技术检测Tfh细胞相关转录因子Bcl-6、IL-21和CXCL13的mRNA水平。结果:（1）肺结核组男生10例,汉族8例,维吾尔族10例,年龄范围7-18岁,平均年龄（15.88±2.403）岁;潜隐感染组男生14例,汉族10例,维吾尔族12例,年龄范围11-18岁,平均年龄（15.72±1.815）岁;健康对照组男生13例,汉族8例,维吾尔族13例,年龄范围9-18岁,平均年龄（15.00±2.398）岁,三组在年龄、性别和民族间差异无统计学意义（P>0.05）。（2）CD4+CXCR5+Tfh细胞比例在三组间差异有统计学意义（P<0.05）,肺结核患者和潜隐感染者外周血中的Tfh细胞比例较健康对照减少。（3）细胞因子IFN-γ和TNF-α在肺结核患者血浆中显着增加,差异有统计学意义（P<0.05）。IL-21在三组间差异无统计学意义（P>0.05）,在潜隐感染组和肺结核组中有减少趋势。（4）细胞因子IL-21 mRNA水平在肺结核患者中显着升高,差异有统计学意义（P<0.05）。（5）细胞因子IL-21水平与外周Tfh细胞比例呈正相关（r=0.259,P=0.025）。结论:（1）外周血CD4+CXCR5+Tfh细胞通过从外周血向肺实质或纵隔淋巴结转移机制,发挥其在结核免疫中的作用。（2）IL-21 mRNA水平在儿童青少年肺结核中显着高于潜隐感染者和健康对照,提示IL-21可能涉及肺结核的免疫应答机制。（3）儿童青少年肺结核患者、潜隐感染者外周血Tfh细胞频率的减少与血浆细胞因子IL-21水平降低有关。
闫尊强[8]（2019）在《C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪脾脏lncRNA、mRNA和miRNA测序及功能分析》文中研究表明腹泻是导致仔猪死亡的常见传染性肠道疾病,对养猪业造成了极大的经济损失,已成为阻碍养猪业健康发展的绊脚石。C型产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens type C,C.perfringens type C）是引起仔猪细菌性腹泻的常见病原菌之一,该菌经消化道感染仔猪,在其肠道中大量繁殖,所产生的毒素破坏肠道组织并经体液循环系统运输而损害远端器官（如脾脏）,从而引起仔猪腹泻及全身性器官的损伤。接种疫苗和使用抗生素可一定程度上减少并控制仔猪C型产气荚膜梭菌性腹泻的发生,但无抗和绿色健康养殖成为未来养殖业发展的方向之一,养殖过程中需尽可能减少药物对环境的污染以及猪只对疫苗和药物的依耐性。另外,脾脏lncRNA（long non-coding RNA）、mRNA和miRNA（microRNA）在大肠杆菌和沙门氏菌引起仔猪腹泻的过程中起重要调控功能,然而有关脾脏lncRNA、mRNA和miRNA在仔猪感染C型产气荚膜梭菌导致腹泻的调控机制研究较少。因此,从仔猪腹泻的调控机制着手,找出抵抗C型产气荚膜梭菌的相关分子,培育出抵抗C型产气荚膜梭菌的猪品系将成为防治仔猪腹泻的新途径。本研究选取30头7日龄仔猪为研究对象,随机选取5头仔猪作为对照组（SC）,其余25头仔猪进行C型产气荚膜梭菌口服攻毒试验,根据腹泻总评分（由低到高）挑选前5头和后5头仔猪分别作为耐受组（SR）及易感组（SS）,进一步利用RNA-Seq技术对SC、SR和SS三组仔猪脾脏组织进行测序及生物信息学分析,获得SC、SR和SS三组仔猪脾脏差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA分子,并对这些差异表达分子进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,对重要的信号通路和关键分子进行系统研究,以期为揭示lncRNA、mRNA和miRNA在C型产气荚膜梭菌性腹泻过程中的调控机制提供参考。主要研究结果如下:（1）对拼接得到的184539条转录本进行后续筛选,在SC、SR和SS三组中共得到2056个新lncRNA（novel lncRNA）,包括1811个基因间型lncRNA（large intergenic lncRNA,lincRNA）和245个反义型lncRNA（antisenselncRNA）,鉴定到了2144个已知lncRNA（annotated lncRNA）和4324个新mRNA（novel mRNA）。（2）鉴定出的新lncRNA与数据库ALDB中已知lncRNA具有非常相似的基因组特征,与已注释的蛋白编码基因相比较,这些新lncRNA具有更少的外显子数、较长的转录本、更短的开放阅读框、较低的表达量、更低的蛋白编码潜能和序列保守性不强等特点。（3）使用miRNA测序方法在15个脾脏样本中共获得338条已知miRNA成熟体（mature miRNA）,对应295条miRNA前体（Pre-miRNA）,得到514条新miRNA成熟体（novel mature miRNA）,对应257条miRNA前体。（4）SC、SR和SS三组仔猪脾脏差异表达lncRNA、mRNA和miRNA的层次聚类图发现感染C型产气荚膜梭菌的SR和SS两组仔猪聚类在一起,说明两组的表达模式较为相近。（5）仔猪C型产气荚膜梭菌抗性和易感性个体间筛选出了19个差异表达lncRNA（上调9个和下调10个）,基于cis和trans机制对这些差异表达lncRNA的靶基因进行了预测,cis机制预测出C型产气荚膜梭菌抗性和易感性仔猪个体间差异表达lncRNA上下游共存在23个靶基因,trans机制预测出93个与差异表达lncRNA存在显着相关性的靶基因;靶基因富集的GO功能主要有自然杀伤性T细胞的激活（NK T cell activation）、2型免疫反应的调控、（Regulation of type 2 immune response）、抵抗细菌（Defense response to bacterium）等,靶基因富集的KEGG信号通路主要包括自噬调控（Regulation of autophagy）、A型流感（Influenza A）、炎症性肠道疾病（Inflammatory bowel disease）等,差异表达lncRNA靶基因富集的这些GO功能和KEGG信号通路与C型产气荚膜梭菌性腹泻密切相关。（6）仔猪C型产气荚膜梭菌抗性和易感性个体间筛选出了123个差异表达mRNA（上调43个和下调80个）,差异表达mRNA主要富集在与免疫应答、疾病相关的GO功能和KEGG信号通路,如GO功能有免疫系统生物学过程（Immune system process）、防御反应（Defense response）、先天性免疫应答（Innate immune response）、抵抗病毒（Response to virus）;KEGG信号通路有阿米巴病（Amoebiasis）、A型流感（Influenza A）、荨麻疹（Measles）、军团杆菌病（Legionellosis）、细胞核因子酉乙蛋白（NF-kappa B）等,这些GO功能和KEGG信号通路可能与仔猪对C型产气荚膜梭菌的易感性和抗性有关。（7）仔猪C型产气荚膜梭菌抗性和易感性个体间筛选出了56个差异表达miRNA（上调21个和下调35个）,这些miRNA靶基因主要富集在免疫T细胞增殖（Immature T cell proliferation）、防御应答调控（Regulation of defense response）等GO功能,这些差异表达miRNA可能调控靶基因在仔猪感染C型产气荚膜梭菌过程中起关键作用。（8）结合靶基因预测和功能分析,筛选出了2个与C型产气荚膜梭菌抗性相关的重要lncRNA,即ALDBSSCT0000006918和ALDBSSCT0000007366,均位于猪第3号染色体上,属于lincRNA类型,这两个lncRNA靶基因（如GADD45G、IL12A）富集的KEGG信号通路有丝裂原活化蛋白激酶（Mitogenactivated protein kinase,MAPK）、Toll样受体（Toll like receptor）等,说明SR与SS组间差异表达的ALDBSSCT0000006918和ALDBSSCT0000007366靶向调控其靶基因参与这些免疫信号通路来抵抗C型产气荚膜梭感染。（9）结合靶基因预测和功能分析,筛选出了4个与C型产气荚膜梭菌密切相关的关键miRNA,即miR-133b、miR-532-3p、miR-339-5p和miR-331-3p,其中SR组下调表达的miR-133b与上调表达的miR-532-3p能调控其靶基因NFATC4的表达水平,SS组上调表达的miR-339-5p和miR-331-3p能调控靶基因TNFAIP8L2的表达量,miR-339-5p靶向调控基因HTRA3的表达量,进而影响下游免疫基因和细胞因子基因的表达,这些腹泻抗性相关miRNA可能调控C型产气荚膜梭菌引起仔猪腹泻的免疫反应,是仔猪抵抗该病菌的关键靶点。总之,我们研究了C型产气荚膜梭菌抗性和易感性仔猪脾脏中差异表达lncRNA、mRNA及miRNA分子,经过生物信息学预测及功能分析,挖掘出了2个关键lncRNA（ALDBSSCT0000006918和ALDBSSCT0000007366）及4个重要miRNA（miR-133b、miR-532-3p、miR-339-5p和miR-331-3p）,它们与抵抗C型产气荚膜梭菌感染仔猪的生物学过程密切相关,今后需在细胞水平进一步验证它们的具体调控机制,该研究为培育出抵抗C型产气荚膜梭菌的猪品系提供了一定的理论依据。
曾伍姣,张知洪,王贵明,陈令民,李亦明[9]（2020）在《血清淀粉样蛋白A及降钙素原水平在儿童感染性疾病中的诊断价值》文中研究表明目的探讨血清淀粉样蛋白A（SAA）及降钙素原（PCT）水平在儿童感染性疾病中的诊断价值。方法选择2019年7-12月该院儿科住院的儿童感染性疾病患者160例,分为细菌感染组85例和病毒感染组75例,并选取同期体检健康儿童65例为健康对照组,检测各组间血清中SAA、PCT、C反应蛋白（CRP）、白细胞计数（WBC）及淋巴细胞计数（LYMPH）的水平,利用受试者工作特征曲线评价SAA、PCT、CRP、WBC及LYMPH对儿童感染性疾病的诊断价值。结果与健康对照组比较,细菌感染组急性期SAA、PCT、CRP水平及WBC升高（P<0.05）,而病毒感染组急性期SAA、LYMPH升高（P<0.05）。细菌感染组SAA和PCT的mRNA表达水平较病毒感染组和健康对照组升高（P<0.05）。SAA、PCT、CRP、WBC对儿童细菌感染性疾病具有诊断价值（P<0.05）,而SAA、LYMPH对儿童病毒感染性疾病具有诊断价值（P<0.05）。结论 SAA水平在儿童细菌和病毒感染时均升高,而PCT水平在细菌感染时升高,动态监测血清SAA、PCT水平变化,对临床指导用药具有重要的临床意义。
龙海燕,冯萍[10]（2015）在《感染性疾病实验室诊断技术及其研究进展》文中研究表明目前全球感染性疾病现状严峻,应用于感染性疾病诊断的实验室技术种类繁多,为了解感染性疾病实验室诊断技术及其最新进展,帮助临床工作者早期、快速、准确地诊断感染性疾病,降低感染性疾病暴发的危险性,及时启动感染性疾病的正确治疗等,现从病原学检测、免疫学技术、分子生物学技术、生物传感器、流式细胞术这几个方面对感染性疾病诊断技术进行综述。
二、分子生物学技术在感染性疾病中的应用─—感染性疾病(5)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、分子生物学技术在感染性疾病中的应用─—感染性疾病(5)（论文提纲范文）
（1）宏基因组高通量测序对中枢神经系统感染性疾病的诊断价值研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分: 宏基因组高通量测序对病毒性脑(膜)炎的诊断价值研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分: 宏基因组高通量测序对结核性脑膜炎的诊断价值研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分: 宏基因组高通量测序对诊断化脓性脑膜炎的诊断价值研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第四部分: 宏基因组高通量测序对隐球菌性脑膜炎的诊断价值研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 文献综述: 隐球菌性脑膜炎的诊断进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
（2）感染性疾病的病理学诊断（论文提纲范文）
| 1 感染性疾病的主要病变及病理检查作用 |
| 1.1 感染性疾病的主要病变 |
| 1.2 病理检查的主要作用 |
| 1.3 病理学检查对于潜在或隐性感染 (latent infection) 的作用 |
| 2 原位检测病原体的方法和意义 |
| 2.1 病原体培养 |
| 2.2 血清学检查 |
| 3 形态学观察在感染性疾病中的应用 |
| 3.1 有助于病因诊断的特征性病变 |
| 3.1.1 炎细胞的提示 |
| 3.1.2 病变类型的提示 |
| 3.2 某些病原体的形态学特征 |
| 3.2.1 可直接观察的病原体 |
| 3.2.2 可以间接推断病原体的病变 |
| 4 特殊染色在感染性疾病中应用 |
| 5 免疫组化在感染性疾病中作用 |
| 6 分子病理学技术在感染性疾病中作用 |
| 6.1 原位杂交/DNA探针技术 |
| 6.2 PCR |
（3）肺泡灌洗液宏基因组二代测序对下呼吸道感染病原学的诊断价值（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附录A:中英文术语缩略语对照表 |
| 附录B:研究对象临床资料 |
| 附录C:mNGS与传统检测结果 |
| 附录D:个人简历 |
| 附录E:综述 |
| 参考文献 |
（4）《感染与传染性疾病诊断新技术进展》实验课教学的实践与研究（论文提纲范文）
| 1 针对感染性疾病诊断的临床实践设立实验课教学内容和理论课教学内容 |
| 2 增加先进仪器的讲解和培训 |
| 3 加强基本实验技能训练 |
| 4 加强学生科研思维能力的培养 |
| 5 开放式实验教学 |
（5）拉曼光谱技术在乙型病毒肝炎血清诊断试验中的应用（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 研究内容与方法 |
| 1.研究对象 |
| 1.1 研究人群 |
| 1.2 研究组和对照组的纳入标准与排除标准 |
| 1.3 实验标本的制备 |
| 2.实验设备及耗材 |
| 2.1 实验设备 |
| 2.2 实验耗材 |
| 3.实验方法 |
| 3.1 实验原理 |
| 3.2 实验步骤 |
| 4.统计分析 |
| 5.质量控制 |
| 6.技术路线图 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（6）基于古籍文献的鳖甲煎丸网络药理学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分 鳖甲煎丸的古籍文献概述 |
| 1 东汉时期 |
| 2 三国时期 |
| 3 唐朝时期 |
| 4 宋元明时期 |
| 5 清朝至民国时期 |
| 6 小结 |
| 第二部分 鳖甲煎丸的网络药理学分析 |
| 1 研究目标 |
| 2 研究资料 |
| 2.1 古籍文献检索 |
| 2.1.1 检索策略 |
| 2.1.2 检索范围 |
| 2.1.3 检索年限 |
| 2.2 纳排标准 |
| 2.3 文献辑录 |
| 2.4 古籍文献资料特点 |
| 2.4.1 中药类数据特点 |
| 2.4.2 病症类数据特点 |
| 3 研究方法 |
| 3.1 数据规范化处理 |
| 3.1.1 中药类数据 |
| 3.1.2 病症类数据 |
| 3.2 基因数据处理 |
| 3.2.1 鳖甲煎丸中药基因数据 |
| 3.2.2 鳖甲煎丸病症基因数据 |
| 3.3 数据分析方法 |
| 3.3.1 模块富集分析 |
| 3.3.2 基因功能和通路富集分析 |
| 3.3.3 复杂网络构建与分析 |
| 3.3.4 临床数据验证性分析 |
| 3.3.5 技术路线图 |
| 4 研究结果 |
| 4.1 数据规范化及基因数据处理结果 |
| 4.1.1 中药类数据及其基因数据 |
| 4.1.2 病症类数据及其基因数据 |
| 4.2 鳖甲煎丸关键基因模块 |
| 4.3 基因功能和通路富集分析结果 |
| 4.4 复杂网络分析结果 |
| 4.4.1 网络可视化分析结果 |
| 4.4.2 最短路径分析结果 |
| 4.4.3 鳖甲煎丸关键药物靶点和疾病基因通路 |
| 4.5 临床数据验证结果 |
| 讨论 |
| 1 网络药理学为研究经典名方鳖甲煎丸的机理提供可行方法 |
| 2 鳖甲煎丸关键模块的基因通路以感染性疾病和免疫系统疾病为主 |
| 3 鳖甲煎丸主要疾病基因通路和关键药物靶点 |
| 4 鳖甲煎丸主治疾病认识 |
| 5 鳖甲煎丸核心药物 |
| 6 鳖甲煎丸现代临床数据验证 |
| 结语 |
| 1 研究结论 |
| 2 本研究的创新点 |
| 3 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）滤泡辅助性T细胞在儿童青少年结核病中的免疫作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 研究内容与方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.研究内容与方法 |
| 3.质量控制 |
| 4.统计学分析 |
| 5.技术路线图 |
| 结果 |
| 1.研究对象基本资料 |
| 2.流式细胞术检测Tfh细胞 |
| 3.流式液相多重蛋白定量技术检测血浆细胞因子水平 |
| 4.实时荧光定量PCR技术检测目的基因mRNA水平 |
| 5.Tfh细胞与细胞因子IL-21 相关性分析 |
| 6.Tfh细胞与转录因子Bcl-6 mRNA相关性分析 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学位论文 |
| 导师评阅表 |
（8）C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪脾脏lncRNA、mRNA和miRNA测序及功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 仔猪腹泻的危害及主要原因 |
| 2 产气荚膜梭菌简介 |
| 2.1 产气荚膜梭菌的毒素种类及其分型 |
| 2.2 C型产气荚膜梭菌 |
| 2.3 C型产气荚膜梭菌的致病机理 |
| 3 脾脏在产气荚膜梭菌性疾病中的作用 |
| 4 LncRNA测序概述 |
| 4.1 LncRNA简介 |
| 4.2 LncRNA的来源 |
| 4.3 LncRNA的分类 |
| 4.4 LncRNA的作用方式 |
| 4.5 LncRNA参与的生物学过程 |
| 4.6 LncRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究进展 |
| 5 mRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究进展 |
| 6 miRNA测序概述 |
| 6.1 miRNA简介 |
| 6.2 miRNA的特征 |
| 6.3 miRNA的转录和加工 |
| 6.3.1 miRNA的转录 |
| 6.3.2 miRNA的加工 |
| 6.4 miRNA的作用方式 |
| 6.5 miRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究进展 |
| 7 本研究选题背景、研究内容及目的意义 |
| 7.1 选题背景 |
| 7.2 研究内容 |
| 7.3 目的意义 |
| 第二章 脾脏lncRNA和 mRNA测序及功能分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 实验仪器设备与试剂 |
| 1.2.1 主要仪器设备 |
| 1.2.2 主要试剂 |
| 1.2.3 主要溶液配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 C型产气荚膜梭菌培养 |
| 2.2 仔猪攻毒试验 |
| 2.3 样品采集 |
| 2.4 总RNA提取 |
| 2.5 总RNA质量与浓度检测 |
| 2.5.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
| 2.5.2 核酸蛋白检测仪检测 |
| 2.5.3 毛细管电泳检测 |
| 2.6 LncRNA文库构建及测序 |
| 2.6.1 LncRNA文库构建 |
| 2.6.2 LncRNA文库测序 |
| 2.7 LncRNA测序数据处理及生物信息学分析 |
| 2.7.1 LncRNA测序数据质量检测 |
| 2.7.2 基因组比对 |
| 2.7.3 转录本拼接 |
| 2.7.4 已知mRNA鉴定 |
| 2.7.5 LncRNA鉴定 |
| 2.7.6 新mRNA鉴定和可变剪切分析 |
| 2.7.7 LncRNA和 mRNA表达水平分析 |
| 2.7.8 LncRNA基因组特征分析 |
| 2.7.9 LncRNA靶基因预测 |
| 2.7.10 GO功能和KEGG信号通路富集分析 |
| 2.7.11 LncRNA二级结构预测 |
| 2.7.12 腹泻抗性相关lncRNA筛选 |
| 2.8 RT-qPCR实验 |
| 2.8.1 测序结果的RT-qPCR验证 |
| 2.8.2 腹泻抗性相关lncRNA靶基因信号通路关键基因表达量检测 |
| 2.8.3 LncRNA组织表达谱构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 LncRNA文库构建及测序数据处理结果 |
| 3.1.1 总RNA提取及质量检测结果 |
| 3.1.2 测序数据概述 |
| 3.1.3 测序错误率结果 |
| 3.1.4 基因组比对结果 |
| 3.1.5 样品间相关性分析结果 |
| 3.2 LncRNA筛选及其基因组特征分析结果 |
| 3.2.1 LncRNA筛选结果 |
| 3.2.2 LncRNA基因组特征分析结果 |
| 3.3 LncRNA和 mRNA差异表达分析结果 |
| 3.3.1 差异表达lncRNA和 mRNA数量统计结果 |
| 3.3.2 差异表达lncRNA和 mRNA聚类结果 |
| 3.3.3 差异表达lncRNA和 mRNA染色体分布结果 |
| 3.4 差异表达lncRNA和 mRNA功能分析结果 |
| 3.4.1 差异表达lncRNA功能分析结果 |
| 3.4.2 差异表达mRNA功能分析结果 |
| 3.5 腹泻抗性相关lncRNA筛选结果 |
| 3.5.1 潜在腹泻抗性相关lncRNA信息 |
| 3.5.2 潜在腹泻抗性相关lncRNA二级结构的预测结果 |
| 3.5.3 腹泻抗性相关lncRNA的逐步筛选结果 |
| 3.6 测序结果的RT-qPCR验证结果 |
| 3.7 腹泻抗性相关lncRNA靶基因信号通路关键基因表达量检测结果 |
| 3.8 LncRNA组织表达谱结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 测序质量评估 |
| 4.2 LncRNA筛选及其基因组特征 |
| 4.3 LncRNA组织表达谱 |
| 4.4 LncRNA二级结构 |
| 4.5 脾脏组织lncRNA和 mRNA功能富集 |
| 4.6 C型产气荚膜梭菌性腹泻抗性相关lncRNA |
| 5 小结 |
| 第三章 脾脏miRNA测序及功能分析 |
| 1 试验材料 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 C型产气荚膜梭菌培养 |
| 2.2 仔猪攻毒试验 |
| 2.3 样品采集 |
| 2.4 总RNA提取 |
| 2.5 总RNA质量与浓度检测 |
| 2.6 miRNA文库构建及测序 |
| 2.6.1 miRNA文库构建 |
| 2.6.2 miRNA文库测序 |
| 2.7 miRNA测序数据处理及生物信息学分析 |
| 2.7.1 测序数据的质量检测 |
| 2.7.2 参考序列比对获取已知miRNA和新miRNA |
| 2.7.3 small RNA分类注释 |
| 2.7.4 miRNA家族分析 |
| 2.7.5 miRNA表达水平及差异分析 |
| 2.7.6 miRNA靶基因预测 |
| 2.7.7 miRNA靶基因GO功能和KEGG信号通路富集分析 |
| 2.7.8 腹泻抗性相关miRNA筛选 |
| 2.8 miRNA的 RT-qPCR验证及靶基因表达量检测 |
| 2.8.1 miRNA的 RT-qPCR验证 |
| 2.8.2 miRNA靶基因表达量检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序数据质量控制及长度分析结果 |
| 3.1.1 测序数据质量控制结果 |
| 3.1.2 small RNA长度分析结果 |
| 3.2 small RNA基因组定位及分类注释结果 |
| 3.2.1 small RNA基因组定位结果 |
| 3.2.2 small RNA分类注释结果 |
| 3.3 已知miRNA和新miRNA首位碱基及各位碱基偏好性分布结果 |
| 3.4 miRNA家族分析结果 |
| 3.5 miRNA差异表达分析结果 |
| 3.5.1 miRNA表达水平分析结果 |
| 3.5.2 样品间相关性分析结果 |
| 3.5.3 差异表达miRNA统计结果 |
| 3.5.4 差异表达miRNA聚类结果 |
| 3.6 miRNA靶基因预测及富集分析结果 |
| 3.6.1 miRNA靶基因预测结果 |
| 3.6.2 miRNA靶基因GO功能富集分析结果 |
| 3.6.3 miRNA靶基因KEGG信号通路富集分析结果 |
| 3.7 腹泻抗性相关miRNA筛选结果 |
| 3.7.1 潜在腹泻抗性相关miRNA的信息结果 |
| 3.7.2 腹泻抗性相关miRNA的逐步筛选结果 |
| 3.8 miRNA的 RT-qPCR验证及其靶基因表达量检测结果 |
| 3.8.1 miRNA的 RT-qPCR验证结果 |
| 3.8.2 miRNA靶基因表达量检测结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 测序数据质控及small RNA长度 |
| 4.2 猪脾脏miRNA |
| 4.3 猪脾脏miRNA靶基因预测 |
| 4.4 脾脏组织miRNA功能富集 |
| 4.5 C型产气荚膜梭菌性腹泻抗性相关miRNA |
| 5 小结 |
| 第四章 全文结论 |
| 第五章 创新点及展望 |
| 1 创新点 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（9）血清淀粉样蛋白A及降钙素原水平在儿童感染性疾病中的诊断价值（论文提纲范文）
| 1 方法与资料 |
| 1.1 一般资料 |
| 1.2 SAA、PCT及C反应蛋白（CRP）水平检测 |
| 1.3 SAA和PCT的mRNA表达水平测定 |
| 1.4 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 一般临床资料比较 |
| 2.2 3组儿童不同时期SAA、PCT、CRP、WBC及LYMPH水平比较 |
| 2.3 3组儿童急性期SAA和PCT的mRNA表达水平比较 |
| 2.4 SAA、PCT、CRP、WBC及LYMPH对儿童感染性疾病的诊断价值 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（10）感染性疾病实验室诊断技术及其研究进展（论文提纲范文）
| 1 病原学检测 |
| 2 免疫学检测 |
| 3 分子生物学技术 |
| 3.1 核酸的序列分析技术 |
| 3.2 核酸杂交技术 |
| 3.3 核酸扩增技术 |
| 3.3.1 PCR |
| 3.3.2 NASBA |
| 3.3.3 LAMP |
| 3.3.4 信号放大扩增技术 |
| 3.4 生物芯片技术 |
| 4 生物传感器 |
| 5 流式细胞术 |
| 6 结语 |
四、分子生物学技术在感染性疾病中的应用─—感染性疾病(5)（论文参考文献）
- [1]宏基因组高通量测序对中枢神经系统感染性疾病的诊断价值研究[D]. 邢小微. 中国人民解放军医学院, 2019(02)
- [2]感染性疾病的病理学诊断[J]. 刘德纯. 临床与实验病理学杂志, 2014(07)
- [3]肺泡灌洗液宏基因组二代测序对下呼吸道感染病原学的诊断价值[D]. 房利利. 蚌埠医学院, 2020(01)
- [4]《感染与传染性疾病诊断新技术进展》实验课教学的实践与研究[J]. 石英,王延军. 继续医学教育, 2014(12)
- [5]拉曼光谱技术在乙型病毒肝炎血清诊断试验中的应用[D]. 佟东倪. 新疆医科大学, 2020(07)
- [6]基于古籍文献的鳖甲煎丸网络药理学分析[D]. 鄢灯莹. 湖北中医药大学, 2020(10)
- [7]滤泡辅助性T细胞在儿童青少年结核病中的免疫作用研究[D]. 常玉雪. 新疆医科大学, 2020(07)
- [8]C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪脾脏lncRNA、mRNA和miRNA测序及功能分析[D]. 闫尊强. 甘肃农业大学, 2019
- [9]血清淀粉样蛋白A及降钙素原水平在儿童感染性疾病中的诊断价值[J]. 曾伍姣,张知洪,王贵明,陈令民,李亦明. 国际检验医学杂志, 2020(23)
- [10]感染性疾病实验室诊断技术及其研究进展[J]. 龙海燕,冯萍. 华西医学, 2015(05)