一、新药物分子设计的某些理论方法（论文文献综述）
陈军华,王浩,郑阳,程琬滢,李卫星,徐雪芳,勾茜[1]（2021）在《转动光谱研究分子间σ-hole和π-hole非共价相互作用》文中研究表明作为构建宏观物质及维持其结构的重要驱动力,非共价相互作用虽个体较弱,但其协同作用不可忽视。经过多年来对其物理本质及原理的不断探索,非共价键的研究重心已经从传统氢键延伸到其他包含多种多样结构和能量的弱相互作用。在众多的实验手段中,气相分子的转动光谱数据可以提供其他手段无可比拟的高精度,而且避免了凝聚相实验数据中环境因素的干扰,能够揭示各种非共价键相互作用的本质。同时,转动光谱对研究对象的质量分布极其敏感,即使微小的质量分布变化（如同位素取代、异构化等）也会引起其转动光谱谱图的明显变化。因此可以说转动光谱是最准确的高分辨分子光谱技术。首先简要介绍了转动光谱的基本原理和表征非共价相互作用的优势,随后全面综述了转动光谱研究σ-hole和π-hole非共价相互作用的最新成果,展示了转动光谱在评估非共价相互作用体系的结构和能量方面的能力,预示着其从传统基础研究转移到超分子化学和晶体工程等相关领域研究的可能性。
施慧琳,孙学会,许丽,徐萍,王玥[2]（2021）在《人类微生物组发展态势及建议》文中提出近年来,基因组测序与分析技术的进步推动了人类微生物组研究的发展,进一步解析人体微生物组与全生命周期健康、疾病的发生发展、营养/药物功效发挥的关系,并由此带来健康与医疗理念的变革。通过全面分析全球人类微生物组发展趋势,发现当前人类微生物组参考序列解析仍处于起步阶段,由"普查"人类微生物组的构成与分布逐步扩展到解析特定人群的微生物组。随着研究的深入,人类微生物组功能的因果机制解析逐渐成为研究重点,基于人类微生物组重构进行健康干预受到更多关注。中国已经开展了大量人类微生物组基础研究,在粪菌移植等特定应用方向取得了一定的进展,但仍面临缺少对大规模人群样本的长期跟踪分析、研究系统性需进一步加强、高价值微生物组重构产品自主创新能力不足、产品开发存在监管漏洞等问题。提出了推动中国人类微生物组发展的政策建议。
张应莉[3]（2021）在《RG公司引进蛋白检测技术面临的困境与对策研究》文中提出
张野[4]（2021）在《喹喔啉酮类衍生物的设计、合成及抗肿瘤活性的研究》文中进行了进一步梳理
刘妍妍[5]（2021）在《埋地保温管道固体缓蚀剂防腐机理研究》文中认为埋地钢质保温管道由于具有复杂的结构特征,其一旦进水后,可能会导致管道发生较为严重的电化学腐蚀,而添加固体缓蚀剂是对埋地钢质保温管道较为有效的缓蚀剂防腐技术。本文的研究基于Material Studio软件的Discover模块和DMol3模块,对葡萄糖酸钠(C6H11Na O7)、乙二胺四甲叉磷酸钠(C6H12O12N2P4Na8C)、月桂酰肌氨酸钠(C15H28NO3Na)、乙二胺四乙酸二钠(C10H14N2Na2O8)四种不同的缓蚀剂分子进行了模拟计算和理论筛选;通过高温熔融法将筛选出的缓蚀剂制备成固体缓蚀剂,通过固体缓蚀剂的释放率测试、缓蚀效果评价,结合线性极化、动电位极化和交流阻抗图谱（EIS）等电化学测试分析,探讨其缓蚀作用机理及在高温输送管道防护中的适用性。研究结果表明:这四种缓蚀剂分子在水溶液体系和真空体系下的分子动力学模拟实验当中,乙二胺四甲叉磷酸钠分子在Fe表面的吸附能均为最大值,分别为-2850.95 k J·mol-1、-544.65 k J·mol-1;在量子化学计算中,乙二胺四甲叉磷酸钠分子在这四种缓蚀剂分子当中的最高占有轨道能量EHOMO最大且能隙差ΔE最小,分别为-2.044 e V、0.926 e V,并且该缓蚀剂分子的软度最大,为2.160 e V-1。综合分子动力学与量子化学计算的结果分析,乙二胺四甲叉磷酸钠分子应具有最优的缓蚀性能。制备的固体缓蚀剂在管输工况条件下释放时间为33 d。当固体缓蚀剂加药量为5000 mg/L时,缓蚀效率为89.16%。添加固体缓蚀剂后,T/S-52K钢的极化电阻Rp迅速升高,电极反应阻力增大,自腐蚀电位显着正移,腐蚀速率明显降低;固体缓蚀剂的有效成分可在金属表面形成吸附膜层,阻滞腐蚀电化学的阳极反应过程,发挥缓蚀作用,随着腐蚀时间的延长,缓蚀剂吸附膜层的膜阻Rm显着增大。
钟鑫[6]（2021）在《食品添加剂香兰素及其衍生物的太赫兹光谱理论与实验研究》文中研究说明太赫兹（Terahertz,THz）波是指频率在0.1～10 THz（波长30～3000μm）的电磁波,其位于电磁波谱的微波与红外区域之间,具有穿透性强、能量低等独特的优点。太赫兹时域光谱（THz-TDS）技术是THz应用的关键,作为一项新兴的光谱检测技术,其在维护食品质量安全、化学鉴别与表征等方面有着广阔的应用前景。本文以食品添加剂香兰素及其衍生物作为研究对象,结合THz-TDS技术与量子化学计算方法,获取了香兰素及其衍生物的理论与实验THz吸收光谱,在实现快速、无损地鉴别出这类分子结构相似的化合物的同时,还对光谱中吸收峰的形成机理进行了深入的研究,分析了特定分子结构体系对物质光谱、性质的影响。论文主要研究内容和研究成果如下:1.香兰素及其衍生物的THz光谱实验研究。通过THz-TDS系统测量了香兰素及其衍生物在0.4～2.0 THz范围内的特征吸收光谱。实验结果表明,香兰素及其衍生物在0.4～2.0 THz频段均存在多个特征吸收峰,这些强度、位置不一的吸收峰可作为香兰素及其衍生物在该低频段内的特征指纹,用于区分这类结构相似的物质。同时实验研究结果也为使用THz-TDS技术鉴别和研究食品添加剂领域中结构上存在细微差别的化合物提供了有价值的参考。2.香兰素及其衍生物的THz光谱理论研究。分析了各类量子化学理论方法和计算模型的优劣,确立了以密度泛函理论（DFT）和团簇结构作为理论光谱计算的方案。利用可视化建模软件Gauss View和VMD对香兰素及其衍生物的团簇模型进行了构建。通过DFT模拟计算获得了香兰素及其衍生物的理论THz光谱,并对理论光谱与实验光谱存在差异之处进行了详细地分析。结果表明,香兰素及其衍生物的理论计算光谱与实验测量光谱基本吻合。3.香兰素及其衍生物的THz光谱的振动特性研究。为了对光谱中的特征吸收峰进行指认归属,分析特定分子所具有的振动性质,使用振动模式自动相关性确定（VMARD）方法研究了香兰素及其衍生物的振动特性,指认了特征吸收峰对应的振动模式,并给出每个特征振动模式的贡献百分比。VMARD结果表明,香兰素及其衍生物的振动模式主要为二面角扭转。另外,结合Gauss View软件查看各个吸收峰对应的原子振动动画,并利用VMD软件绘制了吸收峰对应的振动模式图。4.香兰素及其衍生物的THz光谱的分子间弱相互作用研究。特定分子结构体系中弱相互作用的存在会对物质在THz波段的吸收响应产生影响,为了在分子层面上更好地理解THz光谱特征吸收峰的成因,使用基于分子密度Hirshfeld划分的独立梯度模型（IGMH）方法对香兰素及其衍生物的分子间弱相互作用进行了分析。IGMH结果表明,香兰素及其衍生物的分子间弱相互作用类型均是由范德华作用主导,部分物质还存在少量氢键作用和位阻效应。这些弱相互作用的存在,对香兰素及其衍生物的物理化学性质、结构的稳定性方面都会有一定程度的影响,同时也是香兰素及其衍生物在THz波段存在吸收特征的关键。IGMH方法为深入分析分子结构中的弱相互作用对物质光谱、性质的影响提供了新的思路。
贺微[7]（2021）在《水杨酸及其衍生物的太赫兹光谱弱相互作用分析》文中提出晶体中分子间存在的氢键、卤键、范德华力以及π···π相互作用等弱相互作用均落在太赫兹（THz）频段,太赫兹时域光谱技术（Terahertz Time-Domain Spectroscopy,THz-TDS）作为一种新型的快速有效无损光谱检测技术,是探测分子间弱相互作用的有效工具。基于密度泛函理论（DFT）的计算可以重现晶体的太赫兹实验光谱,并从微观角度解析太赫兹特征吸收峰的产生机理。然而,目前对物质THz光谱特性的研究大多侧重于实验检测,或只是应用一些浅显的理论进行分析,无法对实验光谱的振动吸收特征的来源进行详细解析。基于此,本文利用THz-TDS实验测试与量子化学理论计算相结合的方法,对水杨酸及其一系列结构相似晶体的太赫兹光谱进行了解析。论文主要工作概括如下:1.采用THz-TDS技术测试了两种同分异构体（水杨酸、2,4-二羟基苯甲醛）在0.8～2.6THz区间内的太赫兹特征吸收谱,采用密度泛函理论中的B3LYP-D3方法,在Gaussian软件中对这两种物质的单分子以及分子团簇分别进行几何优化和频率计算。发现水杨酸单分子的理论模拟计算只出现了一个吸收峰,而2,4-二羟基苯甲醛在0.8～2.6THz区间没有任何特征吸收峰出现,但它们的分子团簇理论模拟计算均出现了4个特征吸收峰,与实验光谱吻合度较高,能较好地重现实验光谱。这说明单分子计算未考虑到分子间弱相互作用影响,不能重现实验光谱,而分子团簇理论模拟计算吸收峰与实验光谱吸收峰的位置基本匹配,且观测到的THz光谱特征大多来源于分子间振动模式。通过势能分布分析（PED）分析方法得到简正振动模式的主要构成和分子团簇振动矢量图,对理论光谱吸收峰的振动模式进行了详细归属。为了可视化分析水杨酸及其同分异构体的分子间弱相互作用,借助Multiwfn和VMD软件对其分别进行了Hirshfeld表面分析,进一步证明了这两种物质在THz波段的吸收峰均主要来源于氢键。2.对水杨酸氯化后得到的两种衍生物（4-氯水杨酸,5-氯水杨酸）晶体进行了太赫兹光谱特性研究,两者结构上仅仅是苯环上氯原子的位置不同,但室温下得到的THz吸收谱图却存在明显差异,这说明THz-TDS技术对晶体结构细微差异很敏感,可以用于鉴别4-氯水杨酸和5-氯水杨酸。为了弄清楚太赫兹特征吸收峰的来源,并重现实验光谱,本文使用DFT对其单分子和分子团簇分别进行理论模拟计算。结果表明,单分子计算不能重现实验光谱,分子团簇计算能较好的预测实验光谱的各吸收峰。通过PED分析并结合Gauss View软件显示的分子振动动画,对4-氯水杨酸,5-氯水杨酸晶体的THz吸收光谱的振动模式进行了指认,发现这些振动模式均与分子间氢键有关。利用Hirshfeld表面分析的dorm图和2D指纹图对这两种物质晶体中氢键等分子间弱相互作用的位置和类型进行了可视化。结果表明,THz-TDS技术与理论计算相结合的方法可以对水杨酸及其衍生物进行有效识别,能对低频THz波段出现的特征吸收峰进行详细指认,不仅促进了THz-TDS技术在医药和化学同分异构体鉴别中的应用,也为检测结构相似晶体中分子间氢键等弱相互作用提供了有效参考。
叶成濠[8]（2021）在《基于CDK2/Cyclin A2蛋白新型抗癌药物分子发现及LQF抗SARS-CoV-2机理理论研究》文中进行了进一步梳理新药的开发是一个非常复杂的过程,它需要大量的时间和经费、人力的投入。而通过计算机辅助药物设计的方法发现先导化合物以及对其进行优化,被广泛应用于制药行业和研究领域,大大提高了药物发现和开发的有效性,加快了药物研发的进展。本文采用高通量虚拟筛选的方法,研究小分子化合物与靶蛋白之间的相互作用,获得先导化合物。具体工作如下:一、为了得到CDK2/Cyclin A2高效抑制剂先导化合物,本文针对CDK2/Cyclin A2靶点蛋白,以实验上报道的10个抑制剂分子作为药效团模型,从Drug Bank、Ch EMBL和TCM@Taiwan三个数据库约90万组数据进行高通量虚拟筛选。所得到的分子进一步进行ADME筛选,分别得到2514,9697,212个苗头化合物,然后采用机器学习模型进行预测和Docking验证,并进行中心为50的聚类分析,优选出各个数据库中与药效团模型具有较小RMSD并且对接打分较高的Top 4分子,得到共12个苗头化合物并通过毒性预测筛选。随后MD动力学模拟分析靶蛋白与苗头化合物的相互作用模式,发现10个分子具有较小的RMSD值。质心分析确定了10个苗头化合物和WXV在CDK2/Cyclin A2靶点中结合位点是一致的。从自由能形貌图发现,候选的10个苗头化合物自由能最低点的Rg值在20.2至20.5（?）范围内,均小于阳性药物WXV的26（?）,说明苗头化合物比WXV与蛋白质结合更紧密。采用MM/PBSA方法计算结合自由能,发现其中8个先导分子,即Drug Bank-2004、Drug Bank583、Ch EMBL-5254、Ch EMBL-7122、Ch EMBL-7613、TCM-29473、TCM-676和TCM-7671具有比目前报道效果最好的阳性实验药WXV更高的结合自由能,主要是由vd W和静电作用贡献,表现出对靶蛋白较强的抑制作用。由于CDK2通过与细胞周期蛋白E/A（cyclin E/cyclin A）形成蛋白酶复合物,调控细胞周期G1期到S期的转变和S期的进行,目前发现其在乳腺癌、口腔癌、食管鳞状细胞癌表达异常增高。但是,CDK2/Cyclin A2复合蛋白的抑制剂结合口袋不同于CDK2单体,至今没有一种靶向CDK2/Cyclin A2蛋白的抑制剂被批准用于临床。希望当前的虚拟工作能为实验研究CDK2/Cyclin A2抑制剂提供理论依据。二、由于连花清瘟方剂对抗SARS-CoV-2病毒的分子机制尚不清楚,因此采用基于计算机辅助药物设计（CADD）的虚拟筛选方法,首先探讨了连花清瘟方剂中对SARS-CoV-2主蛋白酶的产生抑制作用的分子。再通过MM-PBSA方法计算复合物的结合自由能比较,发现Rutin和Forsythoside E与Mpro的结合自由能大于Lopinnavir与Mpro的结合自由能。此外,与Lopinavir不同的是,Rutin和Forsythoside E主要通过静电相互作用而不是通过vd W力与Mpro相互作用。从基于网络药理学方法构建的成分-靶点-信号通路网络可以看出,连花清瘟方剂中的活性成分与人类免疫相关调节的重要信号通路有关,如T细胞、B细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性信号通路以及包括Fc epsilon RI、Erb B、MAPK信号通路等的抗炎途径。目前已报道了连花清瘟方剂在细胞学实验水平上对SARS-CoV-2病毒复制有显着抑制,并能通过激活细胞的抗炎作用来发挥抗冠状病毒活性。本研究结论与实验研究一致,可帮助抑制SARS-CoV-2病毒的药物的发展。
周漫[9]（2021）在《局部麻醉剂类分子表面增强拉曼光谱的理论研究》文中进行了进一步梳理苯佐卡因（ABEE）、普鲁卡因（PRC）,丁卡因（TTC）等作为一种局部麻醉类药物常被违禁添加在化妆品、生计用品、甚至毒品的填充剂中,越来越严重地威胁人类的健康。目前,检测局部麻醉剂的手段大多需要进行预处理,并且检测过程复杂,成本较高。而表面增强拉曼光谱（SERS）作为一种高灵敏度的指纹光谱技术,因其无需要复杂预处理,检测方便,水环境干扰少等优点,所以在药品快速检测和真假药品分析方面越来越受到人们的关注。本论文采用DFT理论和实验主要探讨了三种局部麻醉剂类分子的拉曼光谱,具体内容如下:1.在ABEE分子中,利用密度泛函理论,在B3LYP水平下对Au团簇使用Lanl2dz赝势基组,对C,H,O,N等原子6-311+G（d,p）基组,对ABEE和Au-ABEE的结构进行优化,计算得到的拉曼光谱和实验在金溶胶下测得的SERS光谱基本吻合。分析分子静电势得到:当ABEE分子和金属基底作用时,预测主要通过O、N和苯环与基底发生吸附作用。其中617、855、1034、1604 cm-1可作为SERS快速检测ABEE的特征峰。分析讨论Au-ABEE配合物前线分子轨道得到HOMO和LUMO能级差估计在296-455 nm之间。2.在PRC分子中,利用密度泛函理论,在B3LYP水平下对Au团簇使用Lanl2dz赝势基组,对C,H,O,N等原子6-311+G（d,p）基组,对PRC和Au-PRC的结构进行优化,计算得到的拉曼光谱和实验在金溶胶下测得的SERS光谱基本吻合。分析分子静电势得到:当PRC分子和金属基底作用时,预测主要通过O、N和苯环与基底发生吸附作用。在对SERS光谱进行了详尽的指认中,617、841、1244、1599 cm-1可作为特征峰。分析讨论Au-PRC配合物前线分子轨道得到:HOMO和LUMO能级差估计在254-453 nm之间。3.在TTC分子中,运用DFT理论对TTC分子进行结构优化和频率计算,获得TTC的拉曼光谱和红外光谱,实验和理论计算结果基本一致。对实验和理论计算的谱图中主要特征峰进行了线性拟合,相关系数中红外光谱R=0.999,拉曼光谱R=0.998,两者基本吻合,表明本文运用的DFT理论计算方法是可行的。分析讨论TTC分子前线分子轨道得到HOMO和LUMO能级差为4.78 e V,激发波长λ=259 nm。分析分子静电势得到:当TTC分子和金属SERS基底作用时,预测主要通过O和N与基底发生吸附作用,产生化学增强效果。由Mulliken布局分析得到TTC分子苯环中C原子正负电荷交替分布,形成大的离域π键。三种局部麻醉剂的特征峰639、1175、1282、1605、1682 cm-1附近,为研究局部麻醉剂类药物的检测分析和后续开发提供理论的基础。
曹必发[10]（2021）在《高压环境及分子修饰对有机荧光分子质子转移过程影响的实验与理论研究》文中进行了进一步梳理质子转移过程是原子与分子物理领域一个重要且前沿的研究课题。质子转移过程包含分子间质子转移过程和分子内质子转移过程。分子间质子转移在酸催化以及生物体酶催化等领域内则起着重要的作用;而分子内质子转移在发光材料、抗氧化、药物传递等方面日益展现出重要的发展前景。通过对具备质子转移特性的分子进行修饰,可以调控它们的质子转移过程,从而改变它们的物理化学性质。而通过高压的手段改变具有质子转移特性的分子外部环境则可以产生许多在常压条件下下无法出现的新现象。在本文中,我们借助原位高压对顶砧技术和多种光谱探测手段并结合密度泛函理论探究分子修饰以及高压环境对有机荧光分子的质子转移过程的影响。主要研究内容摘录如下:（1）采用原位高压对顶砧技术结合多种光谱探测手段（飞秒瞬态吸收光谱、共聚焦拉曼荧光光谱和稳态吸收荧光光谱）以及DFT理论,分别从实验和理论上研究了压力对8-hydroxypyrene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium（HPTS）分子间质子转移过程的影响。通过对比HPTS在溶剂为近中性p H值（p H～6.3）时不同压力下的稳态吸收光谱与常压时不同p H值下的稳态吸收光谱,我们证实了压力使得HPTS在基态时便发生了质子转移。原位高压共聚焦拉曼荧光光谱以及非共价相互作用（NCI）分析也证实了在高压条件下HPTS更容易发生分子间质子转移。飞秒瞬态吸收光谱的研究表明,压力同样可以促进处于激发态的HPTS发生分子间质子转移。（2）采用飞秒瞬态吸收光谱技术结合原位高压对顶砧技术研究压力对Quercetin（QC）分子不同质子转移通道聚集诱导发射（AIE）的影响。原位高压稳态荧光光谱表明,QC分子在压力下的Keto1*态荧光以及Keto2*态荧光均表现出AIE的现象。当压力达到溶剂四氢呋喃（THF）相变点以后,此时QC分子的荧光全部来自于Keto2*态。随着压力的增大,原本由Enol*态向Keto1*态发生ESIPT的通道被逐渐关闭,而由Enol*态向Keto2*态发生激发态分子内质子转移（ESIPT）的通道逐渐被打开。根据荧光拍照以及国际照明委员会（CIE）制定的色度图,我们发现QC分子的荧光由Keto1*态占主导地位的青白色逐渐转变为由Keto2*态占主要组分的黄白色荧光。在溶剂THF发生相变后,QC分子展现出完全由Keto2*态发射出的纯黄色荧光。超快动力学拟合结果表明压力能够促进QC分子ESIPT过程的发生,并观测到在溶剂THF相变后由Enol*态向Kero2*态发生的ESIPT速率也随压力的增大而变快。（3）通过使用密度泛函（DFT）以及含时密度泛函（TD-DFT）理论方法,研究了不同吸电子取代基对1-hydroxy-9H-fluoren-9-one（HHF）分子正反向ESIPT过程以及白色荧光发射的影响。计算研究表明,吸电子基团能够有效地降低HHF分子的正向ESIPT势垒高度,同时提高反向ESIPT势垒高度,从而达到调节HHF分子ESIPT过程的效果。通过引入吸电子基团,使得HHF分子的E*态粒子布居数减小而Keto*态的粒子布居数增多,进而导致HHF吸电子基团取代物能够发射出更强的Keto*态荧光。HHF分子及其不同吸电子基团取代物的荧光光谱表明,吸电子基团的引入使得HHF吸电子基团取代物的Keto*态荧光发生大幅度的红移。引入-NO2基团以后的HHF分子Keto*态荧光相比于之前的Keto*态荧光红移了60 nm,即HHF分子荧光谱带范围由420～550 nm拓展到了450～610 nm的更宽的可见光区域。由此,通过在HHF分子上引入吸电子基团从而对其正反向ESIPT过程进行有效地调控,为其能够发射出白色的荧光提供了可能。（4）采用DFT/TD-DFT理论计算方法研究了不同电负性的原子对Myricetin（MYR）分子的ESIPT过程以及抗氧化活性的影响。计算结果表明,原子电负性的降低可以有效促进MYR分子发生ESIPT过程。通过比较MYR及其衍生物（MYR-S和MYR-Se）的荧光光谱,我们发现MYR衍生物的荧光都发生了大幅度的红移。MYR的能隙和电离势计算表明,MYR及其衍生物的能隙和电离势均随着原子电负性的降低而逐渐减小,这表明MYR衍生物的原子电负性越低,其抗氧化活性就会越强。此外,MYR及其衍生物的Keto态抗氧化活性都强于它们的Enol态,而这种现象在MYR衍生物中表现更为显着。
二、新药物分子设计的某些理论方法（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、新药物分子设计的某些理论方法（论文提纲范文）
（1）转动光谱研究分子间σ-hole和π-hole非共价相互作用（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 转动光谱基本原理 |
| 2 σ-hole非共价相互作用 |
| 2.1 卤键 |
| 2.2 氧族σ-hole非非共价相互作用 |
| 2.3 碳族σ-hole非非共价相互作用 |
| 3 π-hole非共价相互作用 |
| 3.1 全卤代π-hole非非共价相互作用 |
| 3.2 sp杂化π-hole非非共价相互作用 |
| 3.3 sp2杂杂化π-hole非非共价相互作用 |
| 4 总结和展望 |
（2）人类微生物组发展态势及建议（论文提纲范文）
| 1 国际人类微生物组发展态势分析 |
| 1.1 人类微生物组参考序列解析仍处于起步阶段 |
| 1.2 人类微生物组功能因果机制解析逐渐成为研究重点 |
| 1.3 基于人类微生物组重构实现健康干预受到关注 |
| 1.3.1 为健康干预提供新靶点 |
| 1.3.2 传统行业获得新的生机 |
| 2 中国人类微生物组发展现状 |
| 2.1 基础研究进展 |
| 2.2 重构产品开发进展 |
| 3 中国人类微生物组发展建议 |
| 3.1 构建反映中国人群特点的人类微生物组参考序列 |
| 3.2 加强人类微生物组研究的系统性，回答研究重点问题 |
| 3.3 打破技术壁垒，开发具有自主知识产权的人类微生物组重构产品 |
| 3.4 制定统一的质量标准和监管规范，规范新产品上市应用 |
（5）埋地保温管道固体缓蚀剂防腐机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 埋地保温管道腐蚀现状 |
| 1.2.1 腐蚀原因分析 |
| 1.2.2 防治措施 |
| 1.3 缓蚀剂研究现状 |
| 1.3.1 缓蚀剂的分类 |
| 1.3.2 缓蚀剂的应用 |
| 1.3.3 缓蚀效率的研究方法 |
| 1.3.4 有机缓蚀剂的作用原理 |
| 1.3.5 有机缓蚀剂的发展趋势 |
| 1.4 缓蚀剂分子的理论筛选 |
| 1.4.1 MS软件对缓蚀剂的研究 |
| 1.4.2 MS软件在本文当中的应用 |
| 1.5 研究内容和技术路线 |
| 1.5.1 研究内容 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 第二章 分子动力学模拟实验 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 水溶液体系下的分子动力学模拟实验 |
| 2.2.1 水溶液体系吸附模型构建 |
| 2.2.2 水溶液体系的模拟结果分析 |
| 2.3 在真空条件下的分子动力学模拟实验 |
| 2.3.1 真空状态吸附模型构建 |
| 2.3.2 真空状态的模拟结果分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 缓蚀剂分子的量子化学研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 量子化学计算方法 |
| 3.2.1 从头计算法 |
| 3.2.2 半经验算法 |
| 3.2.3 密度泛函理论计算 |
| 3.3 计算结果分析 |
| 3.3.1 缓蚀剂分子前线轨道分布图分析 |
| 3.3.2 量子化学参数分析 |
| 3.3.3 反应活性位点分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 固体缓蚀剂的制备及性能评价 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 固体缓蚀剂的制备 |
| 4.2.1 固体缓蚀剂的组成 |
| 4.2.2 固体缓蚀剂的制备方法 |
| 4.3 固体缓蚀剂的性能评价 |
| 4.3.1 评价方法 |
| 4.4 结果分析与讨论 |
| 4.4.1 缓蚀剂释放率 |
| 4.4.2 缓蚀剂加药量 |
| 4.4.3 缓蚀效果 |
| 4.4.4 缓蚀作用机理和界面特性表征 |
| 4.5 固体缓蚀剂的适用性分析 |
| 4.6 本章小结 |
| 第五章 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间参加科研情况及获得的学术成果 |
（6）食品添加剂香兰素及其衍生物的太赫兹光谱理论与实验研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| §1.1 课题研究背景与意义 |
| §1.2 国内外研究现状 |
| §1.3 本文主要研究内容 |
| 第二章 太赫兹光谱实验研究方法 |
| §2.1 太赫兹时域光谱技术概述 |
| §2.2 太赫兹光谱实验数据的获取 |
| §2.2.1 太赫兹时域光谱仪 |
| §2.2.2 样品制备方法 |
| §2.2.3 样品光学参数提取方法 |
| §2.3 本章小结 |
| 第三章 太赫兹光谱理论解析方法 |
| §3.1 量子化学理论计算方法 |
| §3.1.1 量子化学常用理论方法 |
| §3.1.2 计算级别与模型选择 |
| §3.1.3 几何优化和振动光谱计算 |
| §3.2 振动特性分析方法 |
| §3.3 弱相互作用可视化分析方法 |
| §3.4 本章小结 |
| 第四章 香兰素和邻香兰素的太赫兹光谱研究 |
| §4.1 太赫兹光谱理论计算与实验流程 |
| §4.2 理论计算光谱与实验测量光谱对比分析 |
| §4.3 特征振动模式归属分析 |
| §4.3.1 振动分析操作步骤 |
| §4.3.2 香兰素和邻香兰素的振动模式指认 |
| §4.4 太赫兹光谱弱相互作用研究与可视化 |
| §4.4.1 色彩填充的等值面图与散点图绘制 |
| §4.4.2 图形化考察香兰素的分子间弱相互作用 |
| §4.4.3 图形化考察邻香兰素的分子间弱相互作用 |
| §4.5 本章小结 |
| 第五章 香兰素衍生物的太赫兹光谱理论与实验研究 |
| §5.1 研究对象与实验流程介绍 |
| §5.2 理论光谱与实验光谱比较分析 |
| §5.3 香兰素衍生物的振动特性研究 |
| §5.4 甲基香兰素、乙基香兰素以及香草醇的弱相互作用研究 |
| §5.5 香兰素及其衍生物的太赫兹光谱理论与实验结果分析 |
| §5.6 本章小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| §6.1 总结 |
| §6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者在攻读硕士期间的主要研究成果 |
（7）水杨酸及其衍生物的太赫兹光谱弱相互作用分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| §1.1 研究背景及意义 |
| §1.2 国内外研究现状 |
| §1.3 论文研究内容及创新点 |
| §1.3.1 论文研究内容 |
| §1.3.2 论文研究路线 |
| §1.3.3 论文创新点 |
| 第二章 实验和理论研究方法 |
| §2.1 太赫兹光谱技术概述 |
| §2.2 太赫兹时域光谱系统 |
| §2.3 光谱实验和数据处理 |
| §2.3.1 实验样本制备 |
| §2.3.2 光谱数据采集 |
| §2.3.3 光谱数据处理 |
| §2.4 分子间弱相互作用的类型 |
| §2.5 分子间弱相互作用的量子化学计算方法 |
| §2.5.1 从头算方法 |
| §2.5.2 半经验方法 |
| §2.5.3 密度泛函理论 |
| §2.6 本章小结 |
| 第三章 水杨酸及其同分异构体的太赫兹实验与理论研究 |
| §3.1 水杨酸及其同分异构体的太赫兹实验光谱 |
| §3.2 水杨酸及其同分异构体的理论计算光谱 |
| §3.2.1 理论计算细节 |
| §3.2.2 理论计算结果与分析 |
| §3.3 水杨酸及其同分异构体的简正振动分析 |
| §3.3.1 简正振动模式简介 |
| §3.3.2 振动模式分析与指认 |
| §3.4 弱相互作用分析与可视化 |
| §3.4.1 Hirshfeld表面分析简介 |
| §3.4.2 指纹图和Dorm表面图的绘制 |
| §3.4.3 Hirshfeld表面分析水杨酸分子晶体的弱相互作用 |
| §3.4.4 Hirshfeld表面分析2,4-二羟基苯甲醛分子晶体的弱相互作用 |
| §3.5 本章小结 |
| 第四章 水杨酸衍生物的太赫兹实验与理论研究 |
| §4.1 水杨酸衍生物的太赫兹实验光谱 |
| §4.2 水杨酸衍生物的理论计算光谱结果与分析 |
| §4.2.1 单分子模拟计算结果 |
| §4.2.2 分子团簇模拟计算结果 |
| §4.3 振动模式分析与指认 |
| §4.4 弱相互作用分析与可视化 |
| §4.4.1 Hirshfeld表面分析4-氯水杨酸分子晶体的弱相互作用 |
| §4.4.2 Hirshfeld表面分析5-氯水杨酸分子晶体的弱相互作用 |
| §4.5 本章小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| §5.1 总结 |
| §5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者在攻读硕士期间的主要研究成果 |
（8）基于CDK2/Cyclin A2蛋白新型抗癌药物分子发现及LQF抗SARS-CoV-2机理理论研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 计算机辅助药物设计 |
| 1.2 癌症与CDK2 的关系 |
| 1.3 CDK2 抑制剂研究现状 |
| 1.4 虚拟筛选CDK2 抑制剂研究进展 |
| 1.5 SARS-CoV-2 主蛋白酶抑制剂的研究进展 |
| 1.6 本文工作 |
| 参考文献 |
| 第二章 计算方法 |
| 2.1 计算化学在药物设计中的应用 |
| 2.1.1 药效团模型 |
| 2.1.2 力场 |
| 2.1.3 分子对接 |
| 2.1.4 分子动力学模拟 |
| 2.1.5 系综 |
| 2.2 结合自由能的计算 |
| 2.3 机器学习中的聚类分析 |
| 参考文献 |
| 第三章 基于分子模拟方法高通量虚拟筛选CDK2/Cyclin A2 靶点抑制剂 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 计算细节 |
| 3.2.1 蛋白质的选择与预处理 |
| 3.2.2 分子数据集的准备 |
| 3.2.3 已知抑制剂的药效团模型的构建及筛选 |
| 3.2.4 ADME类药性筛选 |
| 3.2.5 机器学习模型的应用 |
| 3.2.6 毒性分析 |
| 3.2.7 分子动力学(MD)模拟 |
| 3.2.8 MM/PBSA结合自由能计算及能量分解 |
| 3.2.9 aNCI分析 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 基于已知抑制剂的药效团模型构建 |
| 3.3.2 吸收/分布/代谢/排泄的药代动力学(ADME)分析 |
| 3.3.3 分子对接 |
| 3.3.4 筛选化合物的聚类分析 |
| 3.3.5 毒性分析 |
| 3.3.6 分子动力学(MD)模拟 |
| 3.3.7 MM/PBSA结合自由能计算及能量分解分析 |
| 3.3.8 aNCI弱相互作用分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 理论研究连花清瘟方(LQF)抗SAR-CoV-2 机理 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 计算细节 |
| 4.2.1 分子对接 |
| 4.2.2 分子动力学(MD)模拟 |
| 4.2.3 结合自由能分解 |
| 4.2.4 成分-靶点-信号通路网络的构建 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 连花清瘟方剂中入血成分与主蛋白酶之间的相互作用 |
| 4.3.2 MD模拟及MM/PBSA结合自由能计算 |
| 4.3.3 SARS-CoV-2 Mpro与配体结合的关键残基 |
| 4.4 成分-靶点-信号通路网络分析 |
| 4.5 主要有效成分的验证 |
| 4.6 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第五章 展望 |
| 攻读硕士学位期间已发表和已投稿论文 |
| 致谢 |
（9）局部麻醉剂类分子表面增强拉曼光谱的理论研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 表面增强拉曼光谱的简介 |
| 1.1.1 拉曼光谱和表面增强拉曼光谱的发展 |
| 1.1.2 表面增强拉曼光谱的增强机理 |
| 1.2 局部麻醉剂的简介 |
| 1.3 局部麻醉剂的检测常用方法 |
| 1.4 SERS技术在医药检测的研究 |
| 1.5 论文的研究目的与研究内容 |
| 第2章 苯佐卡因的表面增强拉曼光谱的密度泛函理论研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 理论计算和实验部分 |
| 2.3 ABEE的结果与讨论 |
| 2.3.1 ABEE及其金配合物的几何构型分析 |
| 2.3.2 ABEE及其金配合物的实验拉曼光谱和理论拉曼光谱 |
| 2.3.2.1 ABEE分子的拉曼光谱分析 |
| 2.3.2.2 Au-ABEE配合物的实验和理论拉曼光谱 |
| 2.3.3 AEBB分子和金溶胶的紫外可见吸收光谱 |
| 2.3.4 分子静电势分析 |
| 2.3.5 前线分子轨道分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 普鲁卡因的表面增强拉曼光谱的密度泛函理论研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 理论计算和实验 |
| 3.3 PRC的结果与讨论 |
| 3.3.1 PRC及其金配合物的几何构型分析 |
| 3.3.2 PRC及其金配合物的实验拉曼光谱和理论拉曼光谱 |
| 3.3.3 前线分子轨道分析 |
| 3.3.4 分子静电势分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 丁卡因振动光谱的密度泛函理论研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 理论计算和实验 |
| 4.3 TTC的结果和讨论 |
| 4.3.1 TTC分子的几何构型分析 |
| 4.3.2 TTC分子的振动光谱分析 |
| 4.3.2.1 TTC分子的拉曼光谱分析 |
| 4.3.2.2 TTC分子的红外光谱分析 |
| 4.3.3 前线分子轨道分析 |
| 4.3.4 分子静电势分析 |
| 4.3.5 马利肯布局分析 |
| 4.3.6 三种局部麻醉剂拉曼光谱特征峰分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（10）高压环境及分子修饰对有机荧光分子质子转移过程影响的实验与理论研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 质子转移 |
| 1.1.1 分子间质子转移 |
| 1.1.2 分子内质子转移 |
| 1.2 分子间质子转移在酸催化领域中的应用 |
| 1.3 分子内质子转移在AIE材料中的研究进展 |
| 1.4 分子内质子转移在发光材料中的研究进展 |
| 1.5 分子内质子转移在抗氧化性中的应用 |
| 1.6 本论文的主要工作及结构安排 |
| 第二章 实验仪器和理论方法 |
| 2.1 飞秒时间分辨瞬态吸收系统 |
| 2.1.1 光源 |
| 2.1.2 飞秒瞬态吸收光谱探测系统 |
| 2.1.3 数据处理 |
| 2.2 原位高压对顶砧技术 |
| 2.2.1 金刚石压砧 |
| 2.2.2 金属密封垫片 |
| 2.2.3 传压介质 |
| 2.2.4 红宝石标压 |
| 2.3 共聚焦激光拉曼光谱仪 |
| 2.4 理论研究方法 |
| 2.4.1 密度泛函理论 |
| 2.4.2 含时密度泛函理论 |
| 第三章 压力驱动光酸分子HPTS质子转移 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验与理论方法 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 稳态吸收光谱 |
| 3.3.2 原位高压共焦拉曼位移光谱 |
| 3.3.3 非共价相互作用分析 |
| 3.4 瞬态吸收光谱 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 压力诱导Quercetin产生质子转移新通道的AIE |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 高压稳态荧光光谱 |
| 4.3.2 QC分子原位高压荧光成像及CIE色度分析 |
| 4.3.3 三维瞬态吸收光谱 |
| 4.3.4 超快动力学拟合 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 吸电子基团对1-hydroxy-9H-fluoren-9-one正反向ESIPT过程影响的理论研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 计算方法 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 构型优化以及红外振动光谱 |
| 5.3.2 非共价相互作用分析 |
| 5.3.3 HOMO-LUMO轨道分析与静电势 |
| 5.3.4 势能曲线 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 调节原子电负性以提升Myricetin的 ESIPT效率及其抗氧化活性 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 理论方法 |
| 6.3 结果与讨论 |
| 6.3.1 分子构型优化以及振动光谱 |
| 6.3.2 非共价相互作用分析 |
| 6.3.3 前线分子轨道分子 |
| 6.3.4 势能曲线以及电子光谱 |
| 6.3.5 抗氧化活性 |
| 6.4 本章小结 |
| 第七章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 攻读博士期间的研究成果 |
| 致谢 |
四、新药物分子设计的某些理论方法（论文参考文献）
- [1]转动光谱研究分子间σ-hole和π-hole非共价相互作用[J]. 陈军华,王浩,郑阳,程琬滢,李卫星,徐雪芳,勾茜. 量子电子学报, 2021(06)
- [2]人类微生物组发展态势及建议[J]. 施慧琳,孙学会,许丽,徐萍,王玥. 科技导报, 2021(14)
- [3]RG公司引进蛋白检测技术面临的困境与对策研究[D]. 张应莉. 西南大学, 2021
- [4]喹喔啉酮类衍生物的设计、合成及抗肿瘤活性的研究[D]. 张野. 南华大学, 2021
- [5]埋地保温管道固体缓蚀剂防腐机理研究[D]. 刘妍妍. 西安石油大学, 2021(09)
- [6]食品添加剂香兰素及其衍生物的太赫兹光谱理论与实验研究[D]. 钟鑫. 桂林电子科技大学, 2021
- [7]水杨酸及其衍生物的太赫兹光谱弱相互作用分析[D]. 贺微. 桂林电子科技大学, 2021
- [8]基于CDK2/Cyclin A2蛋白新型抗癌药物分子发现及LQF抗SARS-CoV-2机理理论研究[D]. 叶成濠. 汕头大学, 2021
- [9]局部麻醉剂类分子表面增强拉曼光谱的理论研究[D]. 周漫. 牡丹江师范学院, 2021(08)
- [10]高压环境及分子修饰对有机荧光分子质子转移过程影响的实验与理论研究[D]. 曹必发. 吉林大学, 2021(01)