一、鲤鱼的遗传连锁图谱(初报)（论文文献综述）
陈军平,胡玉洁,王磊,田雪,李学军[1]（2020）在《鱼类遗传连锁图谱构建及QTL定位的研究进展》文中指出随着水产养殖业的快速发展,其已成为我国农业的重要组成部分,全国鱼类养殖产量呈不断上升态势。但是,近些年随着鱼类野生资源的减少和长期人工繁殖,养殖品种出现了种质资源退化、生长速度慢、饲料转化率低、抗逆性差等现象[1]。针对这些问题,通过遗传育种手段,选育出优良品种,提高品质是解决此问题的重要手段之一[2]。随着分子生物学和基因组学的快速发展,构建高密度的遗传连锁图谱,有效利用与数量性状相关的分子标记,并结合标记辅助育种从而选育出生长速度快、品质优、抗逆性好的新品种可以有效地促进鱼类养殖产业的健康可持续发展。
刘洋[2]（2016）在《大黄鱼SNP捕获测序试剂盒的研制及在构建遗传图谱中的应用》文中研究说明以大黄鱼雌鱼基因组为参考,利用重测序技术深度挖掘候选SNP位点,以此为基础研制大黄鱼SNP捕获测序试剂盒,应用到2个家系中进行基于捕获测序的高密度遗传连锁图谱的构建,具体结果如下:1、利用100尾大黄鱼优质成鱼基因组重测序数据挖掘出的高通量分子标记信息为基础,设计一款大黄鱼个性化捕获测序试剂盒。捕获目标片段5万个:含2.5万个位于基因编码区的片段、近2.5万个非编码区片段及重测序获得的全部miRNA序列。选取2011年秋季构建的大黄鱼家系中的LG和RY家系作为实验群体,应用个性化捕获测序技术对两个家系共108个个体进行高通量测序,获得测序总量88.67Gb,其中最小测序量325.68Mb,最大测序量2076.51Mb。通过GATK软件进行SNP检测,共得到52542个变异位点,包含SNP标记50132个,indel标记2410个,分布于大黄鱼雌鱼基因组的702个scaffold上。其中,LG家系共检出34873个分子标记,RY家系共检出标记位点39582个,两家系间相同标记数21913个。2、各家系利用捕获测序分别构建的遗传图谱结果:LG家系大黄鱼雄性遗传连锁图谱含有1509个标记,图谱总长1915.676cM;雌性遗传连锁图谱含有1830个标记,图谱总长2508.006cM;性别平均图谱由24个连锁群组成,标记总数2814个,分布于502个大黄鱼基因组scaffold上,图谱总长度3193.289cM,标记间平均间隔1.145cM。RY家系构建的性别平均遗传图谱含有24个连锁群,标记数量2056个,所有标记分布于427个scaffold,图谱总长2733.945cM,标记间平均间距1.345cM;雄性遗传连锁图谱总长1748.458cM,由1212个标记组成;雌性遗传连锁图谱总长1703.706cM,含有1222个标记。3、大黄鱼高密度整合遗传图谱结果:两家系整合的遗传连锁图谱总长3870.894cM,标记间平均间距1.007cM,总含有3869个分子标记,分布于571个scaffold上,占基因组总scaffolds的65.86%,图谱由24个连锁群组成,单个连锁群标记数从106到225个不等,整合图谱中来自LG家系的标记2383个、RY家系的标记有1791个,家系间锚定标记305个并分布于140个scaffold上。
黄智慧[3]（2014）在《大菱鲆耐高温性状选育及遗传机理研究》文中研究表明大菱鲆（Scophthalmus maximus）是原产欧洲沿海的一种特有的名贵低温经济鱼类。黄海水产研究所于1992年―跨洋引种‖将其引入我国，目前已成为我国北方沿海工厂化养殖业的主导品种之一。由于目前环境改变，以及养殖区域不断扩大，因此对大菱鲆的耐温性状进行遗传改良，选育出生长性能优良的耐高温新品种已成为节能环保、提高养殖效益和健康化养殖水平的当务之急。本课题在此背景下，采用传统家系选育与分子标记辅助育种相结合的选育策略，对大菱鲆开展了耐温性能分析，耐温性状相关的分子标记筛选，分子标记辅助育种的初步探究，以及通过实验室的遗传连锁图谱进行了耐温性状的QTL定位工作，为今后利用这些大量的遗传学数据，进行耐温品种培育提供了丰富的理论与实践依据。相关具体内容如下：1.开展大菱鲆耐高温性状选育，2007年基于所收集的不同遗传背景的选育基础群体，构建并成功培育了56个全同胞家系。从56个全同胞家系中，选择生长发育良好的32个父母本来自不同群体组合的F1家系，于2008年进行大规模耐高温筛选工作。通过对F1家系间生长性能及耐温性能进行测定，并利用bCOX回归分析各家系间的耐温性优势比，筛选出4个耐高温性较强的优良家系。2010年从耐高温候选家系中各挑选个体作为亲本，构建12个F2耐高温家系组，通过耐温性能验证发现：27℃条件下，F2耐高温家系组的平均死亡率仅为10.26%，非耐温家系组为50.95%，而F1家系为49%，F2耐温性显着高于F1；28℃条件下，F2耐高温家系组平均死亡率为32.83%，低于F1在27℃时的平均死亡率50.1%。根据以上分析判定F2耐受温度增加了1-2℃；并根据F2家系组之间的耐温性能及优势比的分析评估，筛选出4个F2的耐高温家系。2.本研究采用微卫星及单核苷酸分子标记技术分析大菱鲆（Scophthalmusmaximus L.）耐高温相关特性，为大菱鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记。利用本实验室开发的多态性较好的129对SSR和21个SNP位点进行大菱鲆耐温性状遗传差异分析：最终有3个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在负相关性，它们分别是Sma-USC38,3/9CA15, HLJDLP33,有4个微卫星位点与其耐高温性状为正相关， Saml-125INRA, Sam-USC86, L12144, Sma-USC81,其中Saml-125INRA, Sam-USC86相关性极其显着，相关系数分别为0.333和0.544（p<0.01）；通过HRM小片段法分析获得1个在两个群体中表型频率差异显着的SNP位点基因型，并呈现正相关性，相关性及其显着，相关系数0.32（8p<0.01）。3.本章实验利用两个与耐温相关的分子标记Sam-Usc27和saml-125INRA设计配种方案，从分子遗传角度出发，最终构建了遗传背景相对清晰的第三代耐温品系，并对其耐温性能，遗传性能进行评估，对MAS在大菱鲆育种工作中的应用进行了初步探讨。结果显示，在高温28℃条件下，耐高温子二代的平均死亡率为32.83%，而耐高温子三代的平均死亡率15.93%，这说明利用分子标记对二代耐温品系亲本筛选是有效的，经过筛选提高后代的整体耐温性能是显着的；通过对两对引物在连续三代的耐温品系中的基因频率分析发现，随着选育的进行，目的条带的基因位点频率趋于升高，两对引物在后代的遗传是相对稳定。4.本研究结合实验室已构建的遗传图谱，利用WinQTLCart2.5复合区间作图软件对大菱鲆的耐温相关性状进行QTL分析，研究性状在连锁群上的位置及效应。最终定位了一个与耐温相关的QTL区间，分布于第9连锁群上的QTL TC9（Sma-USC65）LOD=2.64，可解释的表型变异为14.1%，置信区间为12cM。5.开展温度-盐度-鱼体规格交互实验，采用响应面分析法（RSM）根据Box-Behneken design （BBD）原理，设计一系列养殖实验，通过对各因子的二次效应及其交互作用进行研究，建立因子与响应间关系的曲面模型。结果显示：特定生长率SGR的决定系数R2=0.9991，饵料转换率FCR的决定系数R2=0.9817， p值<0.0001,说明该回归模型是显着的；另外，通过对三者的交互效应分析发现，特定生长率在温度-盐度，温度-规格的交互作用是显着的（P<0.05），而饵料转化率仅在温度-规格交互作用显着（P<0.05）。确定最佳养殖环境：温度在20.88°C，盐度为24.07‰，体重为263.81g，其SGR和FCR值最大，分别为3.69%day-1and0.869。
王军[4]（2013）在《鲢鳙相关形态性状数量性状定位分析》文中认为鲢（Hypophthalmichthys molitrix）和鳙鱼（Hypophthalmichthys nobilis）是我国特有的四大家鱼的两个重要成员，在我国淡水养殖业中占有重要的地位。但近年来，由于人口的增长和人类经济活动以及对于鲢鳙鱼不完善的遗传管理方法和使用方法等原因，使得这两种鱼的生长表现、抗病抗逆和遗传多样性都明显降低。随着分子生物学的快速发展，采用分子育种与传统育种相结合的方式选育性状优良品种，是保持鲢鳙养殖业健康发展与种质资源的可持续利用的有效途径。本研究以鲢鳙作为主要研究对象，构建了鲢鳙全微卫星标记的连锁图谱，并首次对鲢鳙杂交子代相关的11个形态性状进行了QTL定位分析，为推动鲢鳙分子遗传育种工作的开展奠定了基础。1.鲢鳙遗传连锁图谱的构建本研究采用拟测交策略，以捕捞自长江流域的野生鳙鱼（♀）和野生鲢鱼（♂）为父母本，通过人工授精产生的176个F1个体作为作图群体。采用包括实验室开发的各种来源的微卫星引物共882对，在群体中进行基因分型。筛选得到297个多态性标记，用于遗传连锁图谱的构建。构建鲢鳙性别平均连锁图谱，鲢雄性连锁图谱以及鳙雌性连锁图谱。鲢鳙性别平均连锁图谱共定位247个微卫星标记（其中15个标记为实验室自己开发的，但在之前研究中未定位到鲢鱼连锁图谱上的标记），这些标记分布于25个连锁群（包括2个三联体和2个连锁对）。图谱总长度1010.4cM,图谱覆盖率达81.0%。233个座位间最大间隔24.8cM，平均间隔4.4cM，连锁群长度1.2cM到67.5cM，平均每个连锁群长度40.4cM。每个连锁群标记数2到19个，平均每个连锁群上标记数为9.9个。鳙雌性连锁图谱共定位180个微卫星标记，分布于30个连锁群中（4个三联体9个连锁对）。图谱长度960.0cM,图谱覆盖率68.4%。148个座位间最大间隔为29.5cM，平均间隔6.4cM。各连锁群长度在1.2-108.1cM之间，平均连锁群长度为32.0cM。每个连锁去标记数从2-平均每个连锁群标记数为6.0个。鲢雄性连锁图谱共定位167个微卫星标记，分布于32个连锁群（5个三联体9个连锁对）。图谱长度为803.1cM，图谱覆盖率为66.4%。133个座位间最大间隔为30.6cM，平均间隔为5.9cM。各连锁群长度在2.3cM-99.9cM之间，连锁群平均长度25.1cM。每个连锁群标记数为2-11个，平均每个连锁群标记数为5.2个。2.鲢鳙相关形态性状的QTLs定位初步研究利用已经构建的鲢鳙性别平均连锁图谱，采用MapQTL5.0软件对，对鲢鳙杂种的体重、体长、体宽、体厚、头长、头高、腹棱长、胸鳍长、腹鳍长、尾鳍长和胸鳍到腹鳍之间的距离总共11个重要的形态性状进行了QTL定位分析，这11个表型相关系数均达到了极显着水平（P＜0.001），Person相关系数从0.950到0.996。该11个形态性状QTLs被定位到鲢鳙性别平均连锁图谱的总共6个连锁群上，每个形态性状定位QTL数目在1-6个之间，单个QTL的可释方差在9.1%到23.8%之间。研究发现许多性状QTL被定位到同一连锁群的同一位置，以连锁群19为例，11个形态性状的QTL都被在标记Hym435和Hym145之间区域内。另外如连锁群10和连锁群17，也各自定位了8个形态性状，而连锁群4、5、9,各自定位的性状数目为2-4。
宋文涛[5]（2012）在《半滑舌鳎、牙鲆微卫星遗传连锁图谱的构建》文中研究说明半滑舌鳎、牙鲆是我国重要的海水养殖鱼类，与另外三种鲆鲽鱼大菱鲆、圆斑星鲽、条斑星鲽一起，成为北方海水鱼养殖业的主导。目前，这两种鲆鲽鱼的野生资源正在减少，其资源状况处于非常严峻的形势。同时，养殖场的增多、养殖规模的扩大促进了养殖业的快速发展，然而养殖环境的日益恶化导致了养殖病害频发，生长速度也大大降低。在造成巨大经济损失的同时，还制约了其他相关产业的持续发展。相对于依靠表型进行选育的传统方法，分子标记辅助选育受环境因素的影响较少，尤其是对于某些与生长、抗病等相关的数量性状，能增强其选择效率，提高选选育的准确性，缩短育种的周期。本文通过半滑舌鳎和牙鲆基因组测序获得的大量的微卫星DNA序列分别构建了半滑舌鳎和牙鲆的雌、雄高密度遗传连锁图谱。主要的研究结果如下：1.半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建对父母本和92个子代个体进行遗传分析，共定位1023个微卫星标记和1个SCAR标记，雌性图谱包括845个标记，包括21个连锁群，标记密度为1.89cM，图谱覆盖长度为1526.7cM；雄性图谱包括818个标记，也包括21个连锁群中，标记密度为2.03cM，图谱覆盖长度为1584.0cM。雌、雄性基因组估算长度分别为1608.4和1671.5cM，图谱覆盖率分别达到94.9%和94.8%。每个连锁群长度变动在38.7-101.7cM之间，连锁群上的标记数在23-74之间。通过合并同源连锁群的方法构建了半滑舌鳎整合图谱，包括21个连锁群，有效位点数位1003个，每个连锁群含30-87个标记，连锁群长度在42.5-110.6cM之间，所有标记平均间隔为1.70cM，图谱长度为1667.3cM。此外，共筛选出性别连锁微卫星标记159个，其中5个标记被鉴定并定位在连锁群上。该图谱能够进行精确的QTL定位分析和基因定位相关研究，为开展半滑舌鳎基因和QTL的精细定位及分子标记辅助育种（MAS）等提供更有效的依据。2.牙鲆遗传连锁图谱的构建利用09年建立的10号家系为作图群体，对父母本和80个子代个体进行遗传分析，共筛选出可分离标记947并用于连锁图谱的构建。雌雄图谱分别由24个连锁群组成，其中雌性图谱标记713个，图谱总长度1597.3cM，标记平均间隔为2.39cM。雄性图谱定位标记672个，图谱总长度1608.1cM，标记平均间隔为2.56cM。雌、雄性基因组估算长度分别为1716.3cM和1735.8cM，图谱覆盖率分别达到93.1%和92.6%。每个连锁群长度变动在34.9～86.4cM之间，连锁群上的标记数在10～46个之间。整合图谱总长度为1733.8cM，标记间平均间隔为2.22cM，覆盖率为94.0%。雌性的重组率略高于雄性，重组率比值为1.1：1。本研究利用两种鲆鲽鱼基因组测序获得的大量微卫星序列，构建了半滑舌鳎和牙鲆微卫星遗传连锁图谱。图谱的密度可以满足两种鱼类的精确地数量性状和重要目的基因的定位。
王宣朋,孙效文,李文升,张天奇,李超[6]（2011）在《鲤遗传连锁图谱的构建》文中指出利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）为主要作图标记,以微卫星（Simple Sequence Repeats,SSR）和表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）为辅助标记,采用CP（CrossPollinators）模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记（174个SSR标记、41个EST-SSR标记和345个SNP标记）,分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩（centimorgan,cM）,最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种（MAS）打下基础。研究亮点:首次以新型分子标记SNP为主要作图标记并以SSR标记为辅助标记构建鲤遗传连锁图谱;有来自表达基因编码区的41个EST-SSR标记分布在图谱上;构建的图谱标记类型丰富,数量大,密度高,为进一步的鲤重要经济性状的QTL定位和分子标记辅助育种打下基础。
李文升[7]（2011）在《相关鲤科鱼类微卫星的分离及体重、眼径、眼间距的QTL定位》文中指出本研究采用磁珠富集法、通过质粒检测法结合同位素杂交检测获得草鱼三、四核苷酸阳性克隆1 378个,测序705个,共得到846个微卫星座位,其中完美型632个（占74.7%）,非完美型114个（占13.48%）,混合型100个（占11.82%）。根据微卫星侧翼序列设计并合成100对微卫星引物,检测结果显示35对（35%）引物在邗江野生群体中表现出多态性。选择其中20对多态性稳定的引物进行遗传多样性分析,结果显示,20个位点共检测到212个等位基因,平均观察杂合度（Ho）为0.6811,平均期望杂合度（He）为0.7975,平均多态信息含量为0.7777。利用217个微卫星标记和336个SNPs标记对德国镜鲤F2代68个个体基因组DNA进行基因型检测,使用JoinMap 4.0软件构建镜鲤的遗传连锁图谱。其中507个标记（微卫星标记186个,SNPs标记321个）共组成62个连锁群,其余46个标记未能定位到连锁群上。图谱总长度为2805.85 cM,标记间平均距离为6.31 cM。构建的连锁群中最大的为第11连锁群,由19个标记组成,图距为119.5 cM,标记间平均距离为6.64 cM;最小的为第21、52、53、61、62五个连锁群,图距仅为1.5 cM。利用软件MapQTL 4.0采用区间作图法对体重、眼径、眼间距三种性状进行QTL定位分析。结果显示:⑴共检测到14个与体重性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中BW-5-1有最大的LOD值,为4.46;BW-1-1的LOD值最小,为2.25。单个QTL平均解释表型变异介于14.10%～45.50%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有9个;⑵共检测到10个与眼径性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中EL-37-2有最大的LOD值,为2.88;EL-11-1的LOD值最小,为2.22。单个QTL平均解释表型变异介于15.83%～34.93%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有4个;⑶共检测到10个与眼间距性状有关的QTLs,分布于8个连锁群。其中WBL-1-2有最大的LOD值,为3.66;WBL-35-1的LOD值最小,为2.16。单个QTL平均解释表型变异介于13.50%26.60%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有4个。利用已有的生物信息学工具,将与体重相关的SNPs标记与斑马鱼蛋白质序列数据库进行同源搜索分析,取期望值≤1e-05的基因注释,结果发现:SNP1480、SNP1103、SNP1067、SNP0919标记分别与斑马鱼的ACADM protein、Pancreatic amylase alpha 2、Apoeb protein、Gapdh protein相匹配。ACADM protein为特异性中链（C4-C12）酰基辅酶A脱氢酶蛋白,催化线粒体脂肪酸β氧化途径第一步。Alpha 2 pancreatic amylase为α-2胰淀粉酶,水解低聚糖和多聚糖中的α-1,4-糖苷键,是生物体细胞内糖代谢过程的重要酶。Apoeb protein参与脂质运输和脂蛋白的代谢。Gapdh protein为甘油醛-3-磷酸脱氢酶蛋白,参与糖酵解反应。本研究构建了一相对饱和的连锁图谱,并对鲤体重、眼径、眼间距QTLs进行检测,旨在为鲤鱼分子标记辅助育种提供理论基础。
王宣朋[8]（2011）在《鲤鱼遗传连锁图谱的构建及饲料转化率性状的QTL定位》文中进行了进一步梳理以在饲料转化率（Feed conversion ratio,FCR）性状上具有明显差异的德国镜鲤选育系的F2代为作图群体,采用第3代遗传标记,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）为主要作图标记,以筛选出的能够在鲤鱼基因组中稳定扩增和具有多态性的多个微卫星标记、表达序列标签标记为辅助标记构建鲤鱼遗传连锁图谱并对鲤鱼饲料转化率性状进行了QTL检测。研究的主要结果如下:1.鲤鱼SNP标记的开发及SSR、EST-SSR标记的筛选利用鲤鱼454测序结果及NCBI上的EST数据库开发了大批的SNP序列,筛选其中置信度高的1536个SNP标记合成illumina基因芯片,由上海基因芯片公司完成基因型分析工作。从272个微卫星标记﹑80个EST标记及363个SNP标记中共筛选出612个具有多态性的标记,多态性比例为85.6%,其中符合孟德尔遗传规律的有560个标记（包括1:2:1﹑3:1和1:1）,偏分离有52个,偏分离比例为0.08%2.遗传连锁图谱的构建利用JoinMap 4.0软件对筛选出的612个多态性标记进行连锁分析,构建出一个鲤鱼连锁图谱。鲤鱼连锁图谱有560个标记（174个SSR,41个EST-SSR,345个SNP）定位到50个连锁群上,其余52个标记没有定位到连锁群上。最大连锁群包含60个标记,平均每个连锁群有11.2个标记,图谱总长度为3295.92cM,最长连锁群的图距为198.1cM,最小的图距为1.5cM,标记间平均间距为7.21cM,41个EST标记分别分配在25个连锁群上。3.EST-SSR、SNP标记对饲料转化率性状的单表记回归分析HLJE014等27个座位与该性状连锁现象显着（P<0.05）,解释了表型变异的6.00%～16.00%,其中HLJE014、SNP0041、SNP0044、SNP0094、SNP0137、SNP0723、SNP1167等7个座位与该性状相关极显着（P<0.001）,分别解释了表型变异型的11.00%、15.00%、16.00%、9.00%、10.00%、16.00%、10.00%。说明这6个座位可能与影响鲤鱼饲料转化率性状的主效基因连锁,可作为分子标记辅助育种应用的选择对象。这27个与饲料转化率显着相关的标记分布在LG1等10个连锁群上,其中6个标记分布在LG26连锁群上,SNP0157、SNP0723、SNP0799与其它标记未发生遗传连锁。利用已有的生物信息学工具NCBI上的Blast,将与饲料转化率性状相关的EST-SSR、SNP标记与公共数据库中的核酸序列以及已知蛋白序列进行同源搜索分析,结果有5个SNP标记找到相应功能注释。4.鲤鱼饲料转化率性状的QTL区间检测在对饲料转化率性状的QTL区间定位中,共检测到15个QTLs区间,分布在9个连锁群上,解释表型变异范围为17.70%～52.20%。在第25个连锁群上检测到4个QTLs区间,解释表型变异分别为38.30%、33.50%、35.00%、30.40%。第24连锁群、第1连锁群分别有3个、2个QTLs。解释表型变异最大的QTLs在第48连锁群上,为52.20%。HLJE314-SNP0919（LG25）区间标记覆盖的图距最小为0.164cM,最大的是HLJ1439-HLJ1438（LG39）区间,覆盖图距为24.922cM。区间HLJ1439-HLJ1438﹑ HLJ922-SNP0711解释表型变异超过50.00%,是影响饲料转化率性状的主效QTLs区间。与饲料转化率相关的15个QTLs的加性效应方向并不一致,有3个区间具有负向加性效应,平均为-0.027;12个正向加性效应平均值为0.06,可见饲料转化率性状由多个基因控制。本研究构建的鲤鱼遗传图谱为中等密度的图谱,能够实现对鲤鱼经济性状的初步QTL定位,为进一步的实现经济性状的精细定位,分子标记辅助选择育种和比较基因组作图打下基础。
乔慧[9]（2010）在《青虾分子标记的开发应用及遗传连锁图谱的构建》文中提出青虾,学名日本沼虾（Macrobrachium nipponense）,隶属十足目（Decapoda）,长臂虾科（Palaemonidae）、沼虾属（Macrobrachium）,广泛分布于全国各地。青虾养殖年产量约20.5万吨,养殖年产值近100亿元,是我国重要的淡水养殖虾类。我国青虾养殖规模大、发展快、潜力大,但近年来普遍出现了品种退化现象,而相应的遗传育种研究工作起步很晚且相对落后,离产业发展需求还有较大距离。因此,加强青虾遗传背景研究,建立起适合于青虾的育种技术,培育青虾优良品种显得尤为重要。为此,本文拟开展如下三个方面的研究：1.青虾微卫星标记的开发与筛选微卫星标记由于其具有多态性好、共显性遗传等特点,在遗传学和遗传育种研究中备受青睐。已报道的青虾微卫星标记数量很少,不能满足青虾遗传学研究的需要。本文采用FIASCO （fast isolation by AFLP of sequences containing repeats）方法构建了青虾基因组富集文库（（GT）n+（AG）n）,测序140个克隆,含有重复次数5次以上的微卫星序列克隆123个,阳性率达到87.8%；其中,完美型微卫星序列共有82个,占66.7%；非完美型的25个,占20.3%；复合型的16个,占13.0%。采用Primer Premier5.0共设计出75对微卫星引物,其中共有54对引物能够扩增出目的产物,具有多态性的共有28对引物。将此28个微卫星序列连同本实验室之前开发的12个具有多态性微卫星序列整理编号,共40个位点已登录GenBank （注册号：GU189600-GU189639）。采用野生太湖青虾群体（THW）和野生太湖青虾在池塘养殖的第三代（TH3）进行多态性的比较分析,40个位点在两个青虾群体中均呈多态性,等位基因数量为2-10个,多态信息含量PIC值从0.186到0.900不等,其中高度多态位点31个（PIC>0.5）,中度多态位点8个（0.25<PIC<0.5）,低度多态位点1个（PIC<0.25）。THW群体的观测杂合度和期望杂合度值分别为0.536和0.650,平均等位基因数为5.5,其中3个位点（WXM08. WXM10和WXM19）显着偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）；TH3群体的观测杂合度和期望杂合度值分别为0.417和0.571,平均等位基因数为4.8,其中9个位点（WXM01、WXM08、WXM10、WXM16WXM18、WXM19、WXM20、 WXM37和WXM38）显着偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）。采用上述40个青虾微卫星标记对同属不同种的海南沼虾（Macrobrachium hainanense）基因组DNA进行通用性检测,有24对（60%）能在海南沼虾中稳定扩增,其中19对（47.5%）呈现多态性,每个位点的等位基因数量从2到7个不等,说明在海南沼虾中具有较高的通用性。2.长江不同江段青虾遗传多样性研究长江是青虾的优良种质资源库,也是我国青虾养殖的重要亲本库,长江野生青虾种质资源状况的研究对于青虾种质资源保护和科学利用均具有重要意义。本文采用20个微卫星分子标记对长江不同江段共6个青虾群体进行了遗传多样性分析,采样点包括重庆、万州、宜昌、武汉、九江和江阴。结果表明：6个青虾群体平均等位基因数（A）为5.25,平均有效等位基因数（Ne）为3.4622；20个位点平均多态信息含量PIC为0.5894；6个群体期望杂合度平均值为0.6296,表明长江青虾遗传多样性丰富；期望杂合度由高到低依次为：江阴群体（0.6308）、九江群体（0.6096）、宜昌群体（0.5945）、武汉群体（0.5934）、万州群体（0.5844）、重庆群体（0.5821）.分子方差分析（AMOVA）结果表明长江青虾6群体间遗传变异6.92%来自群体间,93.08%来自群体内部,两两群体间Fst值在0.0253-0.0838之间,表明群体间已明显出现分化（P<0.05）,但分化程度中等。Hardy-Weinberg平衡检验表明,6群体均出现杂合子缺失现象,可能是由于稀有等位基因缺失或无效等位基因造成；6群体间遗传距离在0.0620-0.1809之间,UPGMA聚类分析表明,江阴群体单独聚为一类,其余5个群体聚为另一类,其中九江和武汉群体最先聚到一起,其次万州、宜昌和重庆群体聚为一类。3.利用微卫星和SRAP标记构建青虾遗传连锁图谱遗传连锁图谱是具有重要价值的遗传背景资料,而青虾作为我国重要的淡水养殖品种,尚未见遗传连锁图谱构建方面的报道。本文采用微卫星和SRAP标记构建青虾的遗传连锁图谱。共采用青虾微卫星位点136个,其中40个来自本文第一章,其余均由Genbank下载青虾微卫星序列设计获得。经筛选,有52个位点在亲本中表现分离。共有38个位点在亲本和作图群体中呈现孟德尔分离,其中母本标记有11个,占分离标记总数的28.9%；父本标记有10个,占分离标记总数的26.3%；剩余44.7%的标记为双亲共有标记。100对SRAP引物组合共扩增出2724条片段,平均每个引物组合扩增出27.2个片段。其中有493个条带在父母本中呈现多态,平均每个引物组合产生4.9个多态标记。344个多态标记符合孟德尔分离,其中309个标记符合1：1分离,母本标记132个占多态标记总数的38.4%；父本标记177个,占多态标记总数的51.4%。将符合孟德尔分离的38个微卫星标记和符合1：1分离的309个SRAP标记进行连锁分析,构建青虾的遗传连锁图谱。共有175个标记（含25个微卫星、150个SRAP标记）分布在53个连锁群上。每个连锁群含2-8个标记,其中不少于3个标记的连锁群有35个,连锁对18个,平均每个连锁群的标记数为3.3个；连锁群长度在6.7-91.2cM之间,15号连锁群的平均间隔最大,为30.4cM,36号连锁群的平均间隔最小,仅为6.7cM。青虾框架图谱长度为997.2cM；青虾连锁图谱观察总长度为2270.5cM,平均间隔为13.1cM；根据估算,青虾遗传连锁图谱预期长度为4380.6cM,图谱的覆盖率51.83%。本文开发了青虾微卫星位点,为青虾遗传学研究提供了新的分子标记；对长江不同江段野生青虾种质状况和遗传多样性进行了研究,积累了青虾遗传背景资料,可为长江青虾资源的保护和科学利用提供指导；构建了第一张青虾遗传连锁图谱,可为青虾QTL定位、基因克隆、分子标记辅助育种等提供参考,并为进一步构建高密度的遗传连锁图谱奠定了基础。
张立楠[10]（2010）在《鲢遗传连锁图谱的构建及精子竞争对性别间重组率差异的影响》文中进行了进一步梳理鲢（Hypophthalmichthys molitrix）是我国传统的淡水经济养殖鱼类,在我国淡水养殖业中占有重要地位。随着分子生物学的飞速发展,分子育种与传统选育相结合的育种方式既能快速选育性状优良的品种,又能保护种质资源的可持续利用,已逐步成为鱼类遗传育种的发展趋势。本研究以鲢作为主要研究对象,构建了以微卫星DNA标记为主的鲢遗传连锁图谱,并探讨了精子竞争对性别重组率差异的影响以及精子竞争消失造成养殖个体性状衰退的可能性,为推动鲢分子遗传育种工作的开展奠定了基础。1.鲢微卫星DNA标记的开发利用FIASCO方法构建了鲢微卫星DNA序列富集文库（GT/AC重复）。通过三步PCR法筛选出863个阳性克隆进行测序,共获得640个含有微卫星DNA序列的克隆以及725个微卫星DNA重复序列。测序得到的725个微卫星DNA完整序列中,完美型微卫星序列共有508个,占70.0%；非完美型的142个,占19.6%；复合型的75个,占10.4%。重复单元类型统计结果显示两碱基重复序列最多（707个）,其中GT/AC重复类型为656个,两碱基重复单元拷贝数在10-19之间的分布最广。没有发现六碱基重复序列。根据以上725个微卫星DNA序列设计并合成497对鲢微卫星DNA引物。经过反应条件优化,共获得422对稳定性和特异性均较高的微卫星DNA引物,为鲢遗传连锁图谱构建提供了候选标记。2.鲢遗传连锁图谱的构建本研究首次构建了鲢微卫星DNA标记性别平均连锁图谱。该图谱共定位233个微卫星DNA标记（本研究新开发159个）,分布于30个连锁群中（包括3个三联体和4个连锁对）。图谱总长812.5cM,覆盖率为77.6%。207个座位间最大间隔21.7cM,平均间隔3.9cM。连锁群的长度在1.8cM到66.1cM之间,连锁群上标记的数目在2个到22个之间,平均每个连锁群上7.7个微卫星标记。选用通量较高的AFLP标记来快速提高连锁图谱的密度和质量。利用微卫星DNA和AFLP标记分别构建了鲢性别平均连锁图谱以及雌、雄性连锁图谱。其中,鲢性别平均连锁图谱含483个标记（245个微卫星DNA标记,238个AFLP标记）,排列成33个连锁群（包括2个三联体及4个连锁对）,图谱总长1352.2cM,覆盖率为86.4%,420个座位间最大间隔21.5cM,平均间隔3.2cM。连锁群的长度在3.6cM到98.5cM之间,连锁群上标记的数目在2个到44个之间,平均每个连锁群上14.6个标记。雌性连锁图谱含42个连锁群（包括5个三联体及5个连锁对）,共285个标记（167个微卫星DNA标记,118个AFLP标记）,图谱总长1404.4cM,覆盖率为75.8%。雄性连锁图谱含26个连锁群（包括1个三联体及1个连锁对）,共299个标记（175个微卫星DNA标记,124个AFLP标记）,图谱总长859.1cM,覆盖率为83.0%。雌、雄图谱中,共用微卫星DNA标记131个,分布在雌性连锁图谱的31个连锁群和雄性连锁图谱的21个连锁群上。雌、雄图谱上相同微卫星DNA标记总间隔分别为755.4cM和345.5cM。通过共线性比较,初步推测雄性图谱连锁群LG12上的一个重组抑制区可能与性别决定有关。3.精子竞争对性别重组率差异的影响通过人工受精和自然受精的方法分别构建作图群体A（母本为鳙,父本为鲢）、作图群体B（父母本都为鲢）。利用微卫星DNA和AFLP标记对两个作图群体分别构建雌、雄性连锁图谱。作图群体A雌、雄图谱长度分别为965.8cM、904.7cM,相同微卫星DNA标记总间隔分别为333.7cM、328.7cM,雌、雄图谱重组率差异不显着（P=0.7436）。作图群体B雌、雄图谱长度分别为1404.4cM、859.1cM,相同微卫星DNA标记总间隔分别为755.4cM、345.5cM,雌、雄图谱重组率差异极显着（P=0.0001）。初步推测自然受精条件下的精子竞争是导致性别间重组率产生差异的原因,精子竞争的消失可能对养殖个体性能产生影响。虽然根据本研究的结果不能就性别间重组率差异及养殖个体性能衰退的问题的解释形成完整的理论,但从精子竞争和图谱构建的角度所做的新的尝试为以上问题的解决提供了新的证据。
二、鲤鱼的遗传连锁图谱(初报)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、鲤鱼的遗传连锁图谱(初报)（论文提纲范文）
（1）鱼类遗传连锁图谱构建及QTL定位的研究进展（论文提纲范文）
| 1 遗传连锁图谱构建 |
| 1.1 DNA分子标记 |
| 1.2 连锁图谱的作图群体 |
| 1.3 鱼类遗传图谱研究进展 |
| 1.3.1 褐牙鲆 |
| 1.3.2 虹鳟 |
| 1.3.3 鲤鱼 |
| 1.3.4 其他重要鱼类 |
| 1.4 简化基因组技术在鱼类基因组学中的应用 |
| 2 鱼类QTL定位研究进展 |
| 2.1 鱼类QTL定位的主要性状 |
| 2.1.1 罗非鱼 |
| 2.1.2 褐牙鲆 |
| 2.1.3 鲤鱼 |
| 2.1.4 其他重要养殖鱼类 |
| 2.2 QTL作图方法 |
| 3 展 望 |
（2）大黄鱼SNP捕获测序试剂盒的研制及在构建遗传图谱中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 SNP的研究概述 |
| 1.1.1 SNP及其特点 |
| 1.1.2 SNP的发现 |
| 1.1.3 SNPs的检测方法 |
| 1.1.4 SNP标记在水产生物中的应用 |
| 1.2 遗传连锁图谱的构建和应用 |
| 1.2.1 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2.2 遗传连锁图谱的应用 |
| 1.3 研究的立论依据及目的意义 |
| 1.3.1 鱼类遗传连锁图谱的研究现状 |
| 1.3.2 本研究的目的和意义 |
| 第2章 SNP捕获测序试剂盒的研制 |
| 2.1 捕获测序试剂盒和捕获测序实验 |
| 2.1.1 捕获测序试剂盒设计流程 |
| 2.1.2 捕获测序和SNP标记开发 |
| 2.1.3 分子标记质量控制方法 |
| 2.2 捕获测序及SNP挖掘结果 |
| 2.2.1 DNA质量检测 |
| 2.2.2 捕获测序和SNP标记开发结果 |
| 2.2.3 分子标记质控结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 大黄鱼捕获测序技术 |
| 2.3.2 分子标记的开发及质控 |
| 第3章 LG和RY家系遗传图谱构建 |
| 3.1 实验材料及方法 |
| 3.1.1 家系构建材料及方法 |
| 3.1.2 偏分离检验及数据统计 |
| 3.1.3 连锁群分群依据及检验 |
| 3.1.4 各家系性别图谱、性别平均图谱构建 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 家系构建 |
| 3.2.2 偏分离检验及标记分离方式 |
| 3.2.3 各家系连锁群分群结果 |
| 3.2.4 两家系遗传图谱构建结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 家系标记混养,采集 |
| 3.3.2 构图策略 |
| 3.3.3 连锁群与单倍染色体对应关系 |
| 3.3.4 两个家系遗传连锁图谱 |
| 3.3.5 标记分离不平衡的检测 |
| 第4章 大黄鱼整合高密度遗传图谱 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 构图群体 |
| 4.1.2 构图标记选择及统计分析 |
| 4.1.3 高密度遗传图谱的构建 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 作图标记分离信息 |
| 4.2.2 高密度遗传图谱构建结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 作图亲本和群体的选择 |
| 4.3.2 作图标记的选择 |
| 4.3.3 大黄鱼高密度遗传图谱分析 |
| 第5章 总结 |
| 5.1 研究结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间科研成果情况 |
（3）大菱鲆耐高温性状选育及遗传机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 0 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 我国大菱鲆产业发展 |
| 1.1.1 大菱鲆引种概述 |
| 1.1.2 大菱鲆养殖现状及存在问题 |
| 1.1.3 大菱鲆耐温选育的重要性 |
| 第二节 鱼类现代遗传育种技术及进展 |
| 1.2.1 分子标记辅助育种 |
| 1.2.2 以 BLUP 为核心的多性状复合育种 |
| 1.2.3 全基因组选择育种技术 |
| 1.2.4 细胞工程育种和性控育种 |
| 1.2.5 基因工程育种 |
| 1.2.6 分子设计育种技术（MDB） |
| 第三节 分子标记技术在遗传学研究中的应用 |
| 1.3.1 遗传标记分类 |
| 1.3.2 分子标记的种类 |
| 1.3.3 分子标记技术在鱼类中的应用 |
| 第四节 SNP 标记研究进展 |
| 1.4.1 SNP 标记的检测方法 |
| 1.4.2 SNP 在水产动物遗传育种中的应用 |
| 第五节 鱼类遗传连锁图谱的应用和意义 |
| 1.5.1 遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.5.2 QTL 定位及标记辅助育种（MAS）研究 |
| 第六节 鱼类耐温选育研究进展 |
| 第二章 大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温品系选育及耐温性能评估 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 选育一代耐高温家系初步筛选 |
| 2.1.2 选育二代耐高温家系筛选 |
| 2.1.3 数据处理与统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 选育一代家系高温胁迫后死亡历时及存活率分析 |
| 2.2.2 不同亲本组合的耐高温能力的差异比较 |
| 2.2.3 大菱鲆各家系耐高温能力与生长性状的相关性分析 |
| 2.2.4 选育一代各家系耐高温性的优势比较 |
| 2.2.5 选育二代家系的耐温性能验证 |
| 2.2.6 耐高温品系筛选分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 耐高温性状选育方法 |
| 2.3.2 耐高温家系分析 |
| 2.3.3 高温胁迫生理学机制分析 |
| 第三章 大菱鲆耐高温性状相关分子标记筛选 |
| 第一节 大菱鲆耐高温相关的 SSR 筛选 |
| 3.1.1 主要仪器、药品及耗材 |
| 3.1.2 实验材料与方法 |
| 3.1.3 实验结果 |
| 3.1.4 讨论 |
| 第二节 大菱鲆耐高温相关的 SNP 筛选 |
| 3.2.1 主要仪器、药品及耗材 |
| 3.2.2 材料与方法 |
| 3.2.3 结果 |
| 3.2.4 讨论 |
| 第四章 耐温大菱鲆分子标记辅助育种及遗传性分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验用亲鱼 |
| 4.1.2 亲鱼 DNA 样品采集 |
| 4.1.3 微卫星引物 |
| 4.1.4 亲鱼交配设计及实验家系的构建 |
| 4.1.5 大菱鲆亲鱼的交配与仔鱼孵化 |
| 4.1.6 大菱鲆子代的培育 |
| 4.1.7 数据统计 |
| 4.1.8 耐温实验 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 总 DNA 提取 |
| 4.2.2 耐温相关的微卫星引物在亲鱼中的扩增结果 |
| 4.2.3 子代的受精率、孵化率及成活率分析 |
| 4.2.4 子代遗传性分析 |
| 4.2.5 高温胁迫实验对各家系组大菱鲆幼鱼的影响 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 子代受精率、孵化率及成活率 |
| 4.3.2 遗传性分析 |
| 4.3.3 耐温性能分析 |
| 第五章 大菱鲆耐温性状 QTL 初步研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 实验设计及耐温性状指标测量 |
| 5.1.3 作图标记 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 耐高温指标分析 |
| 5.2.2 QTL 定位分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 遗传连锁图谱密度对 QTL 定位的影响 |
| 5.3.2 QTL 定位的参考家系 |
| 5.3.3 与耐高温性状相关的指标确定 |
| 5.3.4 与耐高温相关的分子标记在 QTL 中的分析 |
| 5.3.5 QTL 定位存在的问题及展望 |
| 第六章 温度、盐度和规格对大菱鲆生长率和摄食率的互作效应 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料和养殖条件 |
| 6.1.2 最初的实验设计与回归分析 |
| 6.1.3 Box-Behnken design (BBD)实验设计 |
| 6.1.4 BBD 统计分析 |
| 6.2 结果与讨论 |
| 6.2.1 预实验分析 SGR,FCR 与温度、盐度及大菱鲆规格的关联性 |
| 6.2.2 模型分析 |
| 6.3 结论 |
| 第七章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 发表的学术论文 |
（4）鲢鳙相关形态性状数量性状定位分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.遗传连锁图谱概述 |
| 1.1 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.1.1 遗传连锁图谱构建的理论基础和统计学原理 |
| 1.1.2 作图群体 |
| 1.1.3 作图标记 |
| 1.1.4 作图软件 |
| 1.2 遗传连锁图谱的应用 |
| 1.2.1 基因定位和 QTL 定位 |
| 1.2.2 图位克隆（map-based cloning） |
| 1.2.3 比较基因组作图 |
| 1.2.4 分子标记辅助育种(MAS) |
| 2.数量形状定位（QTL 定位） |
| 2.1 QTL 作图的统计方法 |
| 2.1.1 基于标记的分析方法 |
| 2.1.2 基于性状的分析方法 |
| 2.2 动态 QTL 定位 |
| 2.3 QTL 定位常用的分析软件 |
| 2.4 QTL 定位应用 |
| 3.鱼类遗传图谱构建及 QTL 定位研究现状 |
| 3.1 鱼类遗传连锁图谱研究进展 |
| 3.2 鱼类 QTL 定位研究现状 |
| 4.本论文的立论依据及目的意义 |
| 4.1. 立论依据及目的意义 |
| 4.2 技术路线 |
| 第二章 SSR 标记在群体中的基因分型 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 作图群体 |
| 1.2 基因组 DNA 提取以及检测 |
| 1.2.1 主要仪器设备 |
| 1.2.2 相关试剂及配制方法 |
| 1.2.3 基因组 DNA 提取具体步骤 |
| 1.2.4 基因组 DNA 的检测及稀释 |
| 1.3 SSR 标记在群体中的基因分型 |
| 1.3.1 主要仪器设备 |
| 1.3.2 相关试剂及配制方法 |
| 1.3.3 SSR 引物来源 |
| 1.3.4 SSR 引物合成及稀释 |
| 1.3.5 SSR 引物扩增 |
| 1.3.6 PAGE 电泳 |
| 1.3.7 SSR 数据统计及分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 基因组 DNA 的提取 |
| 2.2 SSR 标记扩增结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 标记的选择 |
| 3.2 无效等位基因 |
| 3.3 SSR 标记的跨物种扩增 |
| 3.4 PAGE 电泳分型 |
| 第三章 鲢鳙遗传连锁图谱的构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 作图群体 |
| 1.2 基因组 DNA 提取 |
| 1.3 基因分型 |
| 1.4 连锁图谱的构建 |
| 1.4.1 群体分离模式的选择 |
| 1.4.2 原始分离数据格式转换 |
| 1.4.3 图谱的构建 |
| 1.4.4 遗传连锁图谱相关参数计算 |
| 2 结果 |
| 2.1 鲢鳙性别平均连锁图谱构建 |
| 2.2 鳙雌性连锁图谱构建 |
| 2.3 鲢雄性连锁图谱构建 |
| 3 讨论 |
| 3.1 作图群体和作图策略 |
| 3.2 连锁图谱评价 |
| 3.3 微卫星位点的偏分离 |
| 第四章 形态性状 QTL 定位分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 作图群体 |
| 1.2 表型数据的测量 |
| 1.3 各形态形状的正态分布检测及其相关性分析 |
| 1.4 QTL 定位 |
| 2 结果 |
| 2.1 性状分布及相关分析 |
| 2.2 QTL 定位 |
| 3 讨论 |
| 3.1 鲢鳙形态特征差异 |
| 3.2 QTL 定位策略及亲本选择 |
| 3.3 相关性状 |
| 3.4 QTL 定位存在的问题 |
| 第五章 总结 |
| 1 研究结论 |
| 2 研究创新 |
| 3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 攻读学位期间完成的论文 |
（5）半滑舌鳎、牙鲆微卫星遗传连锁图谱的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 微卫星概述 |
| 1.1.1 微卫星的发展史 |
| 1.1.2 微卫星的组成和分类 |
| 1.1.3 微卫星标记的特点 |
| 1.1.4 微卫星分析 |
| 1.1.4.1 微卫星的获得 |
| 1.1.4.2 引物设计 |
| 1.1.4.3 PCR 扩增 |
| 1.1.4.4 产物的检测 |
| 1.2 微卫星标记技术的应用 |
| 1.2.1 群体遗传学研究 |
| 1.2.1.1 遗传多样性评估 |
| 1.2.2 个体识别与亲缘关系鉴定 |
| 1.2.3 分子标记与性别决定 |
| 1.2.4 分子标记辅助育种 |
| 1.3 遗传连锁图谱构建的构建及应用 |
| 1.3.1 遗传连锁图谱的理论基础 |
| 1.3.2 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.3.2.1 作图标记的选择 |
| 1.3.2.2 作图群体的建立 |
| 1.3.3 连锁分析 |
| 1.3.4 鱼类遗传连锁图谱的研究进展 |
| 1.3.4.1 剑尾鱼(Xiphophorus)遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.2 斑马鱼（Zebrafish）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.3 青鳉鱼（Medaka）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.4 罗非鱼（Tilapia）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.5 虹鳟(Rainbow trout)遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.6 鲤鱼（Common crap）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.7 鲈鱼(Seabass)遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.8 鲶鱼(Catfish)遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.9 大西洋鲑（Atlantic Salmon）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.10 河豚鱼(Pufferfish）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.11 鲆鲽鱼（Flatfish）遗传连锁图谱 |
| 1.3.4.12 其它鱼类的连锁图谱 |
| 1.4 遗传连锁图谱的应用 |
| 1.4.1 定位研究 |
| 1.4.1.1 单标记作图法 |
| 1.4.1.2 区间作图法 |
| 1.4.1.3 复合区间作图法 |
| 1.4.1.4 多区间作图法 |
| 1.4.3 图位克隆 |
| 1.4.4 比较基因组作图 |
| 1.4.5 辅助育种 |
| 1.5 半滑舌鳎、牙鲆的研究现状 |
| 1.5.1 半滑舌鳎遗传学研究进展 |
| 1.5.2 牙鲆遗传学研究进展 |
| 1.6 本研究的选题依据及目的意义 |
| 第二章 半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 作图群体 |
| 2.1.2 试剂和仪器 |
| 2.1.3 基因组 DNA 的提取 |
| 2.1.4 作图标记 |
| 2.1.5 引物设计与筛选 |
| 2.1.6 微卫星分型 |
| 2.1.7 连锁分析与作图 |
| 2.1.7.1 图谱的构建 |
| 2.1.7.2 遗传连锁图谱估算长度和覆盖率的计算 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 微卫星筛选结果 |
| 2.2.2 遗传标记及连锁分析 |
| 2.2.3 性别连锁微卫星标记 |
| 2.2.4 遗传连锁图谱 |
| 2.2.4.1 雌性图谱 |
| 2.2.4.2 雄性图谱 |
| 2.2.5 雌、雄图谱的整合 |
| 2.2.6 图谱覆盖率 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 作图亲本的选择 |
| 2.3.2 作图标记的选择 |
| 2.3.3 性别连锁标记 |
| 2.3.4 连锁分析 |
| 2.3.5 雌、雄图谱的比较与整合 |
| 2.3.6 鲆鲽鱼图谱比较 |
| 第三章 牙鲆遗传连锁图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 作图群体 |
| 3.1.2 试剂和仪器 |
| 3.1.3 作图标记 |
| 3.1.4 引物设计与筛选 |
| 3.1.5 微卫星分型 |
| 3.1.5.1 常规 PCR 产物检测和分型 |
| 3.1.5.2 三引物 PCR 和 TP-M13 自动荧光检测 |
| 3.1.6 连锁分析与作图 |
| 3.1.6.1 图谱的构建 |
| 3.1.6.2 遗传连锁图谱估算长度和覆盖率的计算 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 微卫星筛选结果 |
| 3.2.2 遗传标记及连锁分析 |
| 3.2.3 遗传连锁图谱 |
| 3.2.3.1 雌性图谱 |
| 3.2.3.2 雄性图谱 |
| 3.2.4 雌、雄图谱的整合 |
| 3.2.5 图谱覆盖率 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 作图亲本的选择 |
| 3.3.2 作图标记的选择 |
| 3.3.3 连锁分析 |
| 3.3.4 雌、雄图谱的比较与整合 |
| 3.3.5 牙鲆遗传图谱的比较 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 研究生期间的文章发表情况 |
（6）鲤遗传连锁图谱的构建（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA提取 |
| 1.3 基因型分析 |
| 1.4 JoinMap 4.0 软件包作图以及图谱相关参数的计算 |
| 1.4.1 JoinMap 4.0软件包作图 |
| 1.4.2 图谱相关参数的计算 |
| 2 结果 |
| 2.1 标记的多态性分析结果 |
| 2.2 遗传连锁图谱分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 作图标记的选用 |
| 3.2 遗传连锁图谱的构建 |
（7）相关鲤科鱼类微卫星的分离及体重、眼径、眼间距的QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 本研究所用分子标记及其评价 |
| 1.1.1 微卫星分子标记技术简介 |
| 1.1.2 SNPs 标记技术的介绍 |
| 1.2 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2.1 家系的选择 |
| 1.2.2 基因分型及数据整理 |
| 1.2.3 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2.4 QTL 定位 |
| 第二章 草鱼三、四核苷酸微卫星标记的筛选与特征分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 草鱼基因组微卫星文库的构建和筛选 |
| 2.1.3 测序与引物设计 |
| 2.1.4 数据处理 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 测序结果 |
| 2.2.2 引物设计与筛选及群体遗传结构评估 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 草鱼三、四核苷酸重复微卫星的筛选 |
| 2.3.2 三、四核苷酸重复微卫星的多态性及群体评估效果 |
| 2.3.3 开发意义及应用展望 |
| 第三章 鲤鱼体重、眼径、眼间距的QTL 定位 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 表型值的测量 |
| 3.1.3 基因型分析 |
| 3.1.4 遗传图谱的构建和QTL 分析 |
| 3.1.5 与体重连锁的SNPs 标记的序列比对 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 体重、眼径、眼间距的测量结果 |
| 3.2.2 遗传图谱的构建 |
| 3.2.3 体重、眼径、眼间距的QTL 定位 |
| 3.2.4 体重QTL 连锁的SNPs 标记的BLAST 比对结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 两种分子标记的检出率的对比 |
| 3.3.2 遗传连锁图谱 |
| 3.3.3 QTLs 区间的准确度 |
| 3.3.4 体重、眼径、眼间距的QTL 连锁区间比较 |
| 3.3.5 鲤QTL 定位对于分子育种的意义 |
| 3.4 存在问题及展望 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（8）鲤鱼遗传连锁图谱的构建及饲料转化率性状的QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究的立论依据及目的意义 |
| 1.1.1 水生动物连锁图谱的构建以及QTL 定位研究进展 |
| 1.1.2 研究目的及意义 |
| 1.1.3 用于构建遗传连锁图谱的分子标记及论文的总体设计 |
| 1.2 遗传连锁图谱的构建原理及其应用 |
| 1.2.1 遗传连锁图谱的构建原理 |
| 1.2.2 遗传连锁图谱的应用 |
| 第二章分子标记的开发、筛选及基因型分析 |
| 2.1 创建作图群体 |
| 2.1.1 家系构建 |
| 2.1.2 基因组DNA 的提取 |
| 2.2 分子标记的开发、筛选及基因型分析 |
| 2.2.1 SSR、EST-SSR 的筛选及基因型分析 |
| 2.2.2 SNP 的开发及分型 |
| 2.3 单表记回归分析 |
| 2.3.1 单标记回归分析方法 |
| 2.3.2 结果与讨论 |
| 第三章 鲤鱼遗传图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 分子标记的基因型分析 |
| 3.1.3 数据统计 |
| 3.1.4 遗传图谱的构建 |
| 3.1.5 遗传图谱相关参数的计算 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 遗传连锁图谱 |
| 3.2.2 图谱参数 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 遗传连锁图谱分析 |
| 3.3.2 偏分离现象 |
| 第四章 鲤鱼饲料转化率性状的QTL 检测 |
| 4.1 饲料转化率性状的测定 |
| 4.2 性状分布 |
| 4.3 作图策略与QTL 检测 |
| 4.4 检测结果分析 |
| 4.5 存在的问题及展望 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（9）青虾分子标记的开发应用及遗传连锁图谱的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述：水产动物分子标记的开发应用及遗传连锁图谱的构建 |
| 1 水产动物分子标记的开发和应用 |
| 1.1 几种重要分子标记的原理及特点 |
| 1.1.1 基于未知DNA序列的分子标记 |
| 1.1.2 基于已知DNA序列的分子标记 |
| 1.2 重要分子标记在水产动物研究中的应用 |
| 1.2.1 分子标记在甲壳类中的应用 |
| 1.2.2 分子标记在鱼类中的应用 |
| 1.2.3 分子标记在贝类中的应用 |
| 1.2.4 分子标记在其他水产动物中的应用 |
| 2 遗传连锁图谱构建的原理及方法 |
| 2.1 遗传连锁图谱构建的原理 |
| 2.2 遗传连锁图谱构建的方法 |
| 2.2.1 作图群体选择 |
| 2.2.2 遗传标记的选择 |
| 2.2.3 统计分析 |
| 3 水产动物遗传连锁图谱构建研究进展 |
| 3.1. 水产动物遗传连锁图谱的构建 |
| 3.1.1 甲壳类连锁图谱构建 |
| 3.1.2 鱼类连锁图谱构建 |
| 3.1.3 贝类连锁图谱构建 |
| 3.1.4 其他水产动物连锁图谱构建 |
| 3.2 水产动物遗传连锁图谱的应用 |
| 结语 |
| 第二章 青虾微卫星标记的开发 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA的提取 |
| 1.2.2 微卫星基因组文库的构建与克隆筛选 |
| 1.2.3 微卫星序列统计与引物的设计 |
| 1.2.4 微卫星引物的筛选 |
| 1.2.5 青虾微卫星引物通用性检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 微卫星序列克隆 |
| 2.2 微卫星序列特性 |
| 2.3 微卫星引物设计与筛选 |
| 2.4 微卫星引物多态性分析 |
| 2.5 微卫星引物通用性检测 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 磁珠富集法效率 |
| 3.2 群体多样性 |
| 3.3 通用性 |
| 第三章 长江不同江段青虾遗传多样性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA提取 |
| 1.2.2 PCR反应 |
| 1.2.3 数据处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 微卫星引物扩增 |
| 2.2 遗传多样性分析 |
| 2.3 群体间遗传分化分析 |
| 2.4 Hardy-Weinberg平衡分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 遗传多样性 |
| 3.2 群体间遗传分化 |
| 3.3 Hardy-Weinberg平衡 |
| 第四章 运用微卫星和SRAP标记构建青虾遗传连锁图谱 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA提取 |
| 1.2.2 微卫星标记筛选 |
| 1.2.3 SRAP标记筛选 |
| 1.2.4 遗传连锁分析 |
| 1.2.5 基因组长度预测和图谱覆盖率计算 |
| 2 结果 |
| 2.1 微卫星标记分析 |
| 2.2 SRAP标记分析 |
| 2.3 遗传连锁图谱构建 |
| 2.4 基因组长度及图谱覆盖率 |
| 3 讨论 |
| 3.1 作图群体选择 |
| 3.2 作图标记选择 |
| 3.2.1 微卫星标记 |
| 3.2.2 SRAP标记 |
| 3.3 连锁图谱 |
| 3.4 展望 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（10）鲢遗传连锁图谱的构建及精子竞争对性别间重组率差异的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.DNA分子标记及其在鱼类遗传育种中的应用 |
| 1.1 DNA分子标记概述 |
| 1.2 DNA分子标记在鱼类遗传育种中的应用 |
| 1.2.1 鱼类遗传多样性及系统发育研究 |
| 1.2.2 个体及家系鉴定 |
| 1.2.3 遗传连锁图谱的构建及分子标记辅助育种 |
| 2.鱼类遗传连锁图谱的构建、应用及研究进展 |
| 2.1 鱼类遗传连锁图谱的构建 |
| 2.1.1 作图原理 |
| 2.1.2 作图软件 |
| 2.1.3 作图群体 |
| 2.1.4 作图标记 |
| 2.2 鱼类连锁图谱的应用 |
| 2.2.1 基因定位与克隆 |
| 2.2.2 分子标记辅助育种 |
| 2.2.3 比较基因组作图 |
| 2.3 鱼类遗传连锁图谱研究进展 |
| 3.性别间重组率差异的研究 |
| 3.1 性别间重组率差异现象的发现 |
| 3.2 性别重组率差异现象的解释 |
| 3.2.1 异型性染色体的影响 |
| 3.2.2 表型性别决定重组率 |
| 3.2.3 性选择 |
| 3.3 精子竞争 |
| 3.3.1 不同个体间的精子竞争(inter-ejaculate competition) |
| 3.3.2 个体内精子竞争(intra-ejaculate competition) |
| 4.本论文的研究目的及意义 |
| 第二章 鲢微卫星DNA标记的开发 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA的提取 |
| 1.3 微卫星DNA富集文库的构建 |
| 1.3.1 基因组DNA的酶切 |
| 1.3.2 连接反应 |
| 1.3.3 PCR扩增及产物回收 |
| 1.3.4 含微卫星DNA序列片段的富集 |
| 1.3.5 洗脱产物的PCR扩增及回收 |
| 1.3.6 PCR扩增片段的克隆 |
| 1.3.7 阳性克隆的筛选 |
| 1.3.8 测序结果分析及微卫星DNA序列统计 |
| 1.3.9 微卫星引物的设计及筛选 |
| 2.结果 |
| 2.1 鲢基因组DNA的提取 |
| 2.2 基因组DNA的酶切 |
| 2.3 连接产物的PCR扩增 |
| 2.4 洗脱产物的PCR扩增及回收 |
| 2.5 阳性克隆的筛选 |
| 2.6 本研究分离鲢基因组微卫星DNA序列特性 |
| 2.7 微卫星引物设计与筛选结果 |
| 3.讨论 |
| 第三章 鲢遗传连锁图谱的构建 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 作图群体 |
| 1.2 DNA提取 |
| 1.3 微卫星DNA分析 |
| 1.3.1 微卫星DNA标记选用 |
| 1.3.2 微卫星DNA扩增 |
| 1.3.3 PAGE电泳 |
| 1.4 AFLP分析 |
| 1.4.1 DNA酶切 |
| 1.4.2 与接头连接反应 |
| 1.4.3 预扩增反应 |
| 1.4.4 选择性扩增反应 |
| 1.4.5 PAGE电泳 |
| 1.5 连锁图谱构建 |
| 1.5.1 群体分离模式的选择 |
| 1.5.2 分离数据统计 |
| 1.5.3 连锁分析 |
| 1.5.4 基因组长度预测和图谱覆盖率 |
| 2.结果 |
| 2.1 标记多态性 |
| 2.2 鲢性别平均连锁图谱的构建 |
| 2.3 鲢雌、雄连锁图谱的构建 |
| 2.4 雌、雄图谱共线性比较 |
| 3.讨论 |
| 3.1 鲢性别平均连锁图谱 |
| 3.2 微卫星DNA和AFLP混合标记的应用 |
| 3.3 性别间重组值的差异 |
| 3.4 性别决定区域的推测 |
| 3.5 标记分布 |
| 第四章 精子竞争对性别重组率差异的影响 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 家系构建 |
| 1.2 DNA提取 |
| 1.3 微卫星分析 |
| 1.4 AFLP分析 |
| 1.5 连锁图谱构建 |
| 2.结果 |
| 2.1 标记多态性 |
| 2.2 雌、雄连锁图谱的构建 |
| 2.2.1 作图群体A雌、雄图谱的构建 |
| 2.2.2 作图群体B雌、雄图谱的构建 |
| 2.3 两个作图群体雌、雄图谱重组率差异比较 |
| 3.讨论 |
| 3.1 精子竞争对性别间重组率差异的影响 |
| 3.2 单次射精过程中的个体内精子竞争 |
| 3.3 养殖个体性能下降的原因分析 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 在读期间完成论文 |
四、鲤鱼的遗传连锁图谱(初报)（论文参考文献）
- [1]鱼类遗传连锁图谱构建及QTL定位的研究进展[J]. 陈军平,胡玉洁,王磊,田雪,李学军. 水产科学, 2020(04)
- [2]大黄鱼SNP捕获测序试剂盒的研制及在构建遗传图谱中的应用[D]. 刘洋. 集美大学, 2016(05)
- [3]大菱鲆耐高温性状选育及遗传机理研究[D]. 黄智慧. 中国海洋大学, 2014(01)
- [4]鲢鳙相关形态性状数量性状定位分析[D]. 王军. 中国海洋大学, 2013(01)
- [5]半滑舌鳎、牙鲆微卫星遗传连锁图谱的构建[D]. 宋文涛. 上海海洋大学, 2012(03)
- [6]鲤遗传连锁图谱的构建[J]. 王宣朋,孙效文,李文升,张天奇,李超. 上海海洋大学学报, 2011(05)
- [7]相关鲤科鱼类微卫星的分离及体重、眼径、眼间距的QTL定位[D]. 李文升. 上海海洋大学, 2011(04)
- [8]鲤鱼遗传连锁图谱的构建及饲料转化率性状的QTL定位[D]. 王宣朋. 上海海洋大学, 2011(05)
- [9]青虾分子标记的开发应用及遗传连锁图谱的构建[D]. 乔慧. 南京农业大学, 2010(06)
- [10]鲢遗传连锁图谱的构建及精子竞争对性别间重组率差异的影响[D]. 张立楠. 中国海洋大学, 2010(06)