一、DSS晶体的CARS光谱研究（论文文献综述）
丁成涛[1]（2021）在《增强采样方法整合小角X射线散射数据模拟高度柔性蛋白质的动态结构》文中提出生物大分子（蛋白质、核酸等）通常会参与很多生命活动,这些大分子的三维结构与功能息息相关。结构生物学家通过不断开发出新的技术方法去解析生物大分子的三维结构,试图通过对三维结构的解析来更好的阐述生物大分子在生命活动中的作用机制。这些解析大分子结构的方法主要包含两大类:第一,包括X射线晶体衍射（X-Ray Crystallography）和冷冻电镜（Cryo-electron microscopy,Cryo-EM）等技术在内获得高分辨的结构信息的方法。第二,包括小角X射线散射（Small-angle X-ray scattering,SAXS）、化学交联质谱（Chemical cross-linking coupled mass spectrometry,CX-MS）、荧光能量转移（Fluorescence energy transfer,FRET）等获得较低分辨率结构信息的方法。随着计算机技术的不断发展,结构生物学家提出“整合结构模拟”（Integrative structuralmodeling）的概念,其主旨是通过将大分子计算机模拟技术与一种或多种不同分辨率的实验数据相结合,以达到解析生物大分子精确结构的目的。整合结构模拟主要包括构建模型、打分函数、空间采样、验证模型四步。其中空间采样是整合结构模拟的“限速步骤”,通常会结合增强采样的方法,以寻求达到短时高效的采样。如何提高构象空间采样效率,直到今天仍然是一个热点和难点。在本文第二章,我们首先整合了增强采样方法与小角X射线散射曲线来研究特有的长片段11蛋白质（uniquelongregion 11,UL11蛋白）,它是一种固有无序蛋白（Intrinsically Disordered Proteins,IDPs）。我们对该体系的全原子模型进行构建,选用A99SB分子力场与OPC水模型组合,采用加速分子动力学模拟方法,最后一种基于级联并联分子动力学模拟的整合结构模拟方法就被运用到采样方法中,小角X射线散射实验数据被用来作为打分函数挑选构象系综,因此会引导着模拟朝着与实验数据拟合更好的方向采样。结果发现,通过整合结构模拟方法得到的数据与小角X射线散射实验数据拟合的非常好,并且能采集到固有无序蛋白UL11各种状态的构象。我们的模拟是在全原子模型的基础上进行,对了解该体系结构的动态变化有重要的意义。虽然目前我们研究的对象是单体UL11,但我们只需对算法稍作修改,就能模拟多条蛋白质的相分离过程。随后,在第三章中,我们通过分簇算法的引导拓展了一种基于迭代多组独立分子动力学模拟的增强采样方法。我们确定了中间值（center,CEN）、离目标构象最近（Closetotarget,C2T）及离起始构象最远（Farthestto initinal,F2I）三种分簇策略,选出每一簇的代表构象开始下一轮迭代。在AdK蛋白体系中,通过分簇引导的增强采样方法比常规分子动力学模拟有更充分的采样区间,尤其是F2I策略,在构象分布图中还可以看到明显的中间态及构象转移路径。同时,我们也将这种采样方法运用到柔性更大的BS69蛋白体系,结果显示,我们的增强采样方法的数据与小角X射线散射实验数据的拟合程度比常规分子动力学模拟更好。
张兰兰[2]（2021）在《人的AKT1启动子及其mRNA的3’-UTR区域中G-四链体结构的鉴定和功能研究》文中认为富含鸟嘌呤（G-rich）的DNA和RNA能够折叠形成一种特殊的结构,G-四链体（G-quadruplex）。该结构广泛存在于人类的基因组中,能够调节包括DNA复制、端粒维持、基因表达与调控以及遗传稳定性在内的多个生物学过程。AKT又称蛋白激酶B（PKB）,是一种丝氨酸/苏氨酸激酶,参与多种重要的细胞信号转导途径,包括细胞生存、增殖、侵袭、凋亡和血管生成。AKT1在细胞生长和存活中起着关键作用,其在肿瘤中的激活是由不同的机制介导的,目前所知的主要包括基因表达升高和翻译后蛋白磷酸化。本研究通过生物信息学和生物技术从mRNA水平及DNA/RNA结构的角度探讨AKT1在癌症中上调的机制,研究了人的AKT1启动子及其mRNA 3’-UTR中多个鸟嘌呤簇（G-tracts）之间形成G-四链体结构的可能性。本研究主要实验结果如下:1.利用生物信息学的方法系统展示了 AKT1在多种癌症中的表达上调,探索其高表达指标用于乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌和肝癌等临床预后因子的可能性,同时探讨了AKT1基因表达在多种癌症中与免疫浸润细胞的相关性。2.圆二色谱分析表明,基于AKT1启动子G-tracts区域序列合成的寡聚核苷酸在G-四链体结构的特异波长处呈现摩尔椭圆峰。利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、凝胶迁移实验和G-四链体特异性抗体免疫染色实验,也证明了这些寡核苷酸在钾离子或锂离子存在的退火条件下形成G-四链体结构。硫酸二甲酯（DMS）足迹保护试验鉴定了参与G-四链体形成的核苷酸。染色质免疫共沉淀和PCR阻滞试验也验证了 AKT1启动子区存在G-四链体结构。在荧光素酶报告试验中,AKT1启动子的G-tracts突变降低了这些G-rich区域介导的报告基因的表达,表明G-四链体结构正向调控AKT1基因表达。实验结果还显示,AKT1启动子区G-四链体结构的形成可能受转录因子SP1调控。此外,DNA解旋酶RECQL与AKT1的表达呈负相关,因此可能调节AKT1 G-四链体的形成。3.利用圆二色谱分析、凝胶迁移实验和DMS足迹保护试验,证明了 AKT1 mRNA 3’-UTR区域存在G-四链体结构。进一步的实验结果表明,该G-四链体结构的形成可能影响了miR-193b-3p与AKT1 mRNA 3’-UTR的结合和该区域对AKT1基因表达的调控作用。4.利用已知的人MYC基因启动子的G-四链体晶体结构及分子对接技术对小分子化合物石蒜碱进行了分子对接,显示该小分子药能够很好的和G-四链体结合。非变性聚丙烯凝胶电泳及Taq聚合酶延伸阻滞试验的方法,验证了石蒜碱可以诱导形成并且稳定G-四链体结构。因此,石蒜碱代表了一类新的G-四链体结合配体,可能成为潜在的抗癌药物。综上所述,本论文的研究证明G-四链体结构存在于人AKT1的启动子和mRNA 3’-UTR区域,此结构对AKT1基因转录具有正调控作用,其机制可能是所形成的G-四链体分别影响SP1对AKT1启动子的结合和miR-193b-3p对AKT1 3’-UTR的识别。同时,RECQL可能通过解旋AKT1启动子和/或其3’-UTR中的G-四链体而介导AKT1基因表达。因此,AKT1所形成的G-四链体可能成为癌症治疗的有效靶点。另外,筛选出的小分子配体石蒜碱能够稳定G-四链体,具有开发为抑制癌症药物的潜能。
刘璐[3]（2021）在《多组学分析越南人参皂苷类成分的代谢差异及生物合成》文中进行了进一步梳理我国植物资源丰富,已确认的药用植物有11,146种,众多药用植物资源的有效保护及合理利用一直是植物学家、进化生物学家和遗传学家高度关注和研究的热点。由于药用植物个体的差异性以及驯化过程的复杂性,加之某些重要物种的研究还处于空白阶段,目前药用植物自然资源的发掘利用仍然存在较大局限。越南人参（Panax vietnamensis Ha&Grushv.）是五加科（Araliaceae）人参属植物,主要分布于越南省和云南省金平县。近年来,售价颇高的金平“黑三七”因较高的人参总皂苷含量以及强大的抗癌功效在人参属消费市场占据了很高的份额,过度开发原生栖息地物种对其生存构成了严重威胁。由于缺乏整体基因组遗传变异信息,其自然资源的发掘利用仍然存在很大的盲目性和随机性。从功能基因组水平研究我国重要药用植物整体遗传变异水平,有助于全面理解其与近缘属种相互进化遗传关系,是当前进行药用植物资源有效保护与筛选“优良种质资源”及“优异等位基因”的关键,也是现代药用植物资源评价与育种的重要方向。本文拟通过越南人参2～5年主根、须根、茎和叶四个不同部位的广靶代谢分析,基于超高效液相色谱四极杆飞行时间串联质谱对人参皂苷进行定性、相对定量及比较研究,运用多元统计分析筛选出不同生长年限以及组织部位间的差异代谢物,整合皂苷检测数据,构建出一个可视化越南人参组织部位和生长年限代谢物差异代谢网络,为揭示人参皂苷合成通路提供新的研究思路。此外,为进一步发掘越南人参功能基因和皂苷合成关键基因,阐明药效物质,利用高通量测序技术全面构建越南人参的转录组数据库并筛选高表达基因进而进行代谢通路分析提供理论基础。运用系统生物学揭示越南人参不同组织部位和生长年限的代谢调控网络,对了解人参皂苷合成的代谢网络调控和分子机制具有重要意义。对越南人参代谢表达谱的相关分析表明,根和须根的基因表达模式相似,但与茎和叶的基因表达模式有显着差异。因此,我们推测叶片中许多基因的表达水平是下调的。通过对人参皂苷生物合成相关基因的进一步鉴定,确定了参与甲羟戊酸（Mevalonate pathway,MVA）、2-C-甲基-D-赤藓糖醇4-质体中的磷酸盐（Methylerythritol phosphate,MEP）途径和三萜皂苷生物合成途径的候选基因。从单基因数据集中鉴定出15个FPS,16个SE和9个β-As,都在根中高度表达。85个UGTs编码的转录本可能在人参皂苷生物合成的最后一步催化糖基化。参与MVA途径的上游单基因（AACT、HMGs、NADPH、MVK、MVD）在5年生根中表现出较高的活性,而MEP途径中编码酶的基因（DXS、DXR、Isp H、Isp G）在2年生叶片中高表达。大部分下游基因（FPS、SE、β-As）在2年生根中高表达,UGTs酶基因在2年生叶片中高表达。结果表明,越南人参关键酶基因的表达具有明显的组织特异性。人参皂苷在根和叶组织中的生物合成是由几个关键酶协调的。关键酶的表达调控着人参皂苷的代谢流,最终指导多种单体皂苷的合成。表达谱的差异可能是人参皂苷在不同部位分布不均的原因。
赵怀远[4]（2021）在《金属有机框架衍生材料的制备及应用》文中研究指明金属有机框架（MOFs）材料是金属离子或者金属团簇与有机配体通过自组装形成的一类具有周期性结构的多孔材料,拥有组成多样、比表面积高、孔道均一可控、易于修饰等优点,在催化、医药、气体的储存与分离、能源和传感等领域均有广泛的应用。MOFs衍生材料（包括MOFs热解产物、MOFs复合材料等）作为MOFs材料的拓展,不但可以继承MOFs的优势,同时也被赋予其他新的功能,极大限度地扩展了MOFs材料的应用,优化了它的性能。因此,构筑MOFs衍生材料已经成为制备各种新材料的有效方法之一。如何有效地设计和制备MOFs衍生材料来提升其性能是近些年的研究热点之一。本文以MOFs材料为前驱体,采用热解还原,与金属纳米颗粒、药物和无机矿物复合等方法,制备出了多种高性能的MOFs衍生材料,分别应用于甘油转化、有机废水降解、苯酚羟基化和药物递送中,探索了MOFs衍生材料的结构与其性能之间的关系。本论文的主要研究内容如下:首先,本文以双金属MOFs为前驱体,通过可控的焙烧和还原来合成了金属/金属氧化物和合金催化剂,并将其用于甘油气相氢解反应中。相较于传统方法制备的催化剂,以MOFs为前驱体得到的催化剂表现出更好的催化性能。实验发现:采用CoZn-ZIF为前驱体得到的Co/ZnO-ZIF催化剂具有高分散的Co纳米颗粒富集在ZnO薄板表面的结构,此结构有利于甘油和氢气与Co颗粒接触,从而能够加速甘油氢解生成乙醇。在210℃、2 MPa下,乙醇的时空收率达到1.45 g/gcat./h,其中乙醇主要是通过甘油连续加氢（1,2-丙二醇为中间体）形成的。此外,尺寸均一的米粒状CoFe合金催化剂可以通过焙烧和还原CoFe-ZIF前驱体得到,合金中的Co有利于H2的活化、Fe能增强催化剂的酸性。在活化氢与酸性位点的协同作用下,甘油主要通过脱水+加氢形成丙烯醇。在250℃、2 MPa、WHSV=2.6 h-1下,丙烯醇产率达到61.6%,时空收率为1.02 g/gcat./h,且表现出良好的稳定性。为了解决MOFs热解过程中金属颗粒易团聚的问题,本文采用Fe-均苯三甲酸配合物（Fe-BTC）和三聚氰胺为前驱体,通过热解得到了一系列的Fe Nx@g-C3N4-4-T催化剂,并将其用于多相芬顿氧化罗丹明B（RhB）的反应中。实验发现:在400 ℃下热解得到的催化剂（Fe Nx@g-C3N4-4-400）是g-C3N4、高分散性的Fe（Ⅱ）-Nx和残留的Fe-BTC的混合物,其中g-C3N4的包裹和N元素的配位作用提升了催化剂的稳定性,Fe（Ⅱ）-Nx能有效分解H2O2产生·OH,Fe-BTC能加速·OH的扩散,减少·OH与H2O2反应生成的·OOH,使得其在全pH范围内对芬顿氧化RhB都具有良好的活性,且适用于降解其他多种有机物。MOFs除了作为前驱体外,还可以用作载体。本文利用MOFs的配位效应和孔道的限域作用,制备了金属Cu高度分散的Cu@UiO-bpy催化剂,并将其用于苯酚羟基化反应中。实验发现,高分散的金属Cu可以提供丰富的活性位点,Cu@UiO-bpy较大的比表面积利于反应物与活性位点的接触,且UiO-bpy的封装能够抑制Cu的团聚和流失。在反应温度为70℃、H2O2/苯酚的摩尔比为5时,反应60 min后,苯酚的转化率可达70.5%,苯二酚的产率为47.3%。针对口服给药的生物利用率低和易损伤黏膜等问题,本文采用一锅法合成了一种以载药的ZIF-8为核、蒙脱土（MMT）为壳的载药平台（drug@M-ZIF-8）。实验结果显示,ZIF-8的结构自适应性和高孔隙率可以实现多种药物的有效包埋;MMT的包覆能够增强ZIF-8的稳定性,实现了酸性条件下药物的可控释放,而且还提升了其生物相容性。在胃炎和结肠炎模型中,M-ZIF-8不仅实现了药物在胃肠道的高效递送,而且Zn元素和MMT还能促进胃肠道粘膜愈合,使得治疗效果大大提升。综上,本论文对MOFs衍生材料的制备及应用进行了初步探索,研究了其结构与性能之间的关系,为拓展MOFs衍生材料的应用提供了参考。
李宪哲[5]（2021）在《钢轨材料的高温及电化学腐蚀机理研究与高压模拟计算》文中指出铁路作为最安全便捷的交通工具之一,高铁不断向着高速、重载化方向进展,这无异对钢轨的性能提出了更高的要求。U71Mn作为高铁最常用的钢轨材料之一,轮轨摩擦后升温对钢轨材料的应用失效至关重要。我国要建设高水平的现代化铁路强国,势必要加快推动铁路高质量发展。钢轨作为整个铁路运营的关键零部件,对钢轨材料的腐蚀损伤机理研究也极具重要意义。本论文主要做了如下工作并取得如下结果:研究了钢轨材料高温和磨损条件下的腐蚀行为。首先对钢轨材料进行高温循环腐蚀,而后对钢轨摩擦磨损后高温腐蚀进行研究,对U71Mn钢轨材料进行不同程度的磨损,研究磨损材料在不同高温下的氧化行为,探讨高温和磨损对钢轨表面损伤的影响机制。结果表明:温度和磨损会加重钢轨材料腐蚀,损伤材料基体。随着温度的升高,大量锰元素扩散至氧化膜顶层区域,基体中的锰元素含量下降,从而减弱基体材料的性能。研究了钢轨材料模拟工业-海岸的电化学腐蚀行为。本论文模拟不同工业-海岸大气环境,探讨电化学腐蚀对钢轨失效的作用机理。结果表明:在工业-海岸模拟大气环境下的电化学腐蚀表面物主要为Fe OOH、Fe2O3。随着HSO3-和Cl-浓度的提升,钢轨材料腐蚀加重。研究了渗碳体基的钢轨材料的模拟计算。重载化会使得钢轨承受高压状态,渗碳体是钢轨材料的力学性能支撑相,运用Materials Studio软件对渗碳体基的钢轨材料进行高压模拟计算。结果表明:渗碳体基的钢轨在无压状态下结构稳定,性能较好。当高压存在时,会影响材料的硬度、耐磨性和韧性。在一定的压力范围内（50 GPa）材料具有抗磨损能力,但材料难以承受更高的压力。即:钢轨在列车高速经过时,高压会影响钢轨材料的服役性能。
王珊珊[6]（2020）在《细菌纤维素制备及其对肥胖小鼠生理机能和肠道微生态影响的研究》文中研究指明随着社会经济的快速发展和人类生活水平的逐步提高,由生活习惯、饮食习惯、工作习惯等改变导致的肥胖问题已成为影响人类健康的一大杀手。肥胖发生的根本原因与能量摄入和消耗之间不平衡有关,调整饮食结构是实现肥胖预防或治疗的有效手段。膳食纤维素是人类饮食结构中必不可少的组成部分,在稳定肠道屏障与功能、维持肠道微生物群落结构、平衡肠道营养吸收及废物排泄等方面具有十分重要的意义。通过调整比例增加膳食纤维素的摄入已成为预防肥胖发生或改善肥胖及其并发症的重要研究课题,备受关注的膳食纤维素主要可分为可溶性膳食纤维素和不可溶性膳食纤维素。可溶性膳食纤维素具有较好的发酵特性,可产生与肥胖调控相关的多种短链脂肪酸,如乙酸盐、丙酸盐、丁酸盐、乳酸盐、琥珀酸盐等,但过度发酵存在致癌风险。在肥胖干预中,不可溶性膳食纤维素具备可溶性膳食纤维素的诸多功效,未见明显不良反应。不过,不可溶性膳食纤维素对肥胖的干预尚缺乏肥胖发生前和肥胖发生后的长期对比实验,尤其缺乏肠道微生物群落随时间变化的演替规律及其与肥胖的关系研究,这些微生物是否也可通过分泌某些代谢物干预肥胖进程尚不清楚。针对这些问题,本课题选用纯度高、吸水能力强的细菌纤维素作为不可溶膳食纤维素研究材料,基于细菌纤维素合成周期长、产率低、膳食功效未见系统研究的背景,提出以下研究思路:筛选高产细菌纤维素菌株,应用全基因组测序技术与功能基因注释,分析其合成细菌纤维素的分子机制。通过发酵动力学特征和碳源转化分析,探讨菌株利用不同碳源合成细菌纤维素的能力及其代谢通路,批量制备细菌纤维素。构建不同饮食结构,通过生理生化分析、组织切片观察、肥胖及炎症相关基因的q PCR分析和肠道微生物群落分析,系统考察小鼠肥胖发生及膳食纤维素调控的生理-肠道微生物耦合机制。构建肥胖模型小鼠,在生理生化、组织切片、基因扩增、肠道微生物群落和粪便代谢物等多层次、多角度系统研究细菌纤维素干预对肥胖缓解的作用及其机制。研究结果如下:一、根据产纤维素细菌的微生物学特性,利用HS培养基获得了1株产细菌纤维素菌株,分析了细菌纤维素的理化特性和合成机制。获得的产纤维素细菌菌株W1与K.europaeus进化关系最为接近,其合成的纤维素空间网络发达,以片层结构纵向堆叠。细菌纤维素纳米纤维直径大多数为40-60 nm,在2θ=14.5°、16.6°和22.7°处存在3个典型晶体衍射峰,分别对应（110）、（110）和（200）晶面,在2900、2300、1426、1335、1314、1160、1108、1054、1030和900 cm-1等光谱波长附近检测到多个与O-H、C-H、H-O-H、C-O-C、C-O-H、C-C、C-O和β-糖苷键相关的红外吸收峰,说明菌株W1合成的细菌纤维素以I型为主。全基因组测序与基因注释表明,菌株W1包含2条合成细菌纤维素的基因操纵子和多个参与葡萄糖转化和细菌纤维素合成调控的游离基因。与葡萄糖转化、纤维素合成和纤维素合成调控相关的基因分别为glk、pgm和UPG2,bcs A、bcs B、bcs C、bcs D、bcs X和bcx Y以及cmcax、ccp Ax和bglx A。二、探讨了菌株产细菌纤维素的动力学过程及利用不同碳源底物合成细菌纤维素的效率和转化路径,并批量制备了细菌纤维素。菌株W1在HS培养基中呈不典型的S型曲线生长,细菌纤维素产量呈先增加后稳定的趋势,二者呈显着正相关（r2=0.88,p<0.001）;培养基中葡萄糖含量迅速降低,残留葡萄糖浓度与细菌纤维素产量呈显着负相关（r2=0.96,p<0.001）。菌株可有效利用果糖、葡萄糖、甘油和甘露醇产纤维素膜,最高产率和转化率分别为1.529 g L-1和7.65%,对乙酸、乙醇、乳糖和蔗糖利用能力较差。以上述各种物质为碳源底物均可合成细菌纤维素膜,纳米纤维素平均直径为40-50 nm。由底物果糖、葡萄糖、甘油和甘露醇合成的细菌纤维素在2θ=14.5°、16.6°和22.7°处存在3个典型的晶体衍射峰,晶面距离（d）相同,表观晶粒度（ACS）差异显着,晶体指数（CI）为0.64-0.89。不同碳源物质合成的细菌纤维素具有相似的官能团,以I型结晶纤维为主。KEGG注释表明,仅葡萄糖、果糖、甘露醇和甘油等4种碳源存在典型的细菌纤维素合成通路。根据HS培养基和菌株生长特性,搭建了工艺简单、操作方便、成本低廉的细菌纤维素批量制备平台。三、系统研究了细菌纤维素干预对小鼠肥胖发生的生理-肠道微生物耦合调控机制。经不同饲料配比喂养小鼠9周后,高脂组（H）诱导小鼠的体重、肝脏和脂肪组织重量、血清GLU、TG、TC和LDL-C以及肝脏TG和TC浓度均最高,血清HDL-C浓度最低。细菌纤维素（HBC）干预组小鼠体重比H组低14%,肝脏和附睾脂重量显着降低（1.54 vs.1.87 g,p<0.01;1.63 vs.2.21 g,p<0.01）,普通纤维素（HHF）干预组介于二者之间。HBC组血清GLU、TG、TC、HLD-C和LDL-C浓度与H组差值分别为32%（p<0.01）、20%（p<0.001）、18%（p<0.01）、14%（p<0.05）和32%（p<0.01）,HHF组介于二者之间。肝脏TG和TC浓度变化趋势与血清相同。组织切片观察表明,高脂饮食导致肝细胞变大、脂肪变性,肝小叶、肝索、肝血窦等结构破坏,并使回肠绒毛缩短、肠碱性磷酸酶复合物（IAP）消失。膳食纤维素干预使肝脏细胞结构恢复正常,肝巨噬细胞减少,脂滴少见,回肠结构和IAP含量也恢复正常。q PCR分析表明,H组肝脏脂肪酸合成基因Srebp-1c和Fas分别上调了7.7和5.9倍,肠道紧密连接蛋白合成基因Occludin和ZO-1分别下调了58%和57%,肿瘤炎症因子TNF-α和白介素细胞因子IL-1β、IL-6分别上调8.4、5.2和3.0倍。细菌纤维素和普通纤维素干预均对上述基因表达的变化有显着影响,前者影响大于后者,可能与其较高的纯度和独特的结构特性有关。物种多样性分析显示,高脂饮食使小鼠肠道微生物的可观测OTUs从817±115降至675±18（p<0.01）,细菌纤维素干预使其恢复至779±19（p<0.05）,普通纤维素干预效果介于二者之间。测序深度指数Good’s coverage在H组最高,Chao1指数和谱系多样性指数最低,膳食纤维素干预后的变化趋势与可观测OTUs相同。物种注释结果表明,各组中厚壁菌门相对丰度均最高,拟杆菌门和变形菌门次之。高脂饮食会显着提高有害肠道菌群厚壁菌门（F）和变形菌门（P）比例并降低有益肠道菌群拟杆菌门（B）比例（（F+P）/B,2.09±0.34 vs.5.00±0.47,p<0.0001）,细菌纤维素和普通纤维素干预均可降低该比值（3.32±0.21,p<0.01;2.57±0.82,p<0.001）。基于门、纲、目、科、属和OTUs水平的综合分析显示,厚壁菌门毛螺菌科NK4A136菌群（OTUs 1108、1294）、劳特氏菌属（OTU 1645）、粪球菌属1号菌群（OTU 1919）和未知属未知菌群（OTUs 1109、1115、1168、1600、1611、1888）、Hungateiclostridiaceae菌科瘤胃梭菌属（OTUs 1116、1206、1251）和优杆菌科优杆菌属产粪甾醇真细菌（OTU 1114）、变形菌门螺杆菌属（OTU 1330）和脱硫弧菌属（OTU 6）以及拟杆菌门拟杆菌科拟杆菌属（OTU 238）和未知属S24-7菌群（OTU1000）可能是介导肥胖发生的肠道有害菌;拟杆菌门拟普雷沃氏菌属（OTU 180）、普雷沃氏菌属UCG-001菌群（OTU 227）和未知属S24-7菌群（OTUs 221、234、403、766）以及厚壁菌门毛螺菌科未知属未知菌群（OTUs 1636、1638）和未知属NK4A136菌群（OTU 1861）可能是参与肥胖缓解的肠道有益菌。四、构建了小鼠肥胖模型,从生理生化、肠道微生物群落和粪便代谢物方面系统探讨了细菌纤维素对肥胖小鼠的干预治疗作用。在6周干预周期内,对照组（C）小鼠体重未见显着性增加,H组小鼠体重持续增加,HBC组介于二者之间,说明细菌纤维素干预可显着减缓肥胖进程。细菌纤维素干预可使小鼠肝重从2.33±0.34降至1.79±0.22 g（p<0.01）,但附睾脂和肾周脂变化不显着。H组和HBC组小鼠血清GLU浓度分别为8.8和5.2 mmol L-1,差异显着（p<0.0001）,血清TG、TC和HDL-C以及肝脏TG和TC的变化趋势与此相同。高脂诱导下,小鼠肝细胞和结构破坏,巨噬细胞显着增加,出现脂肪堆积现象,同时,小鼠回肠绒毛变短、IAP复合物消失。细菌纤维素干预有助于肝脏细胞和结构恢复正常,巨噬细胞和脂肪堆积减少,回肠绒毛结构和IAP复合物恢复效果也较显着。q PCR分析表明,细菌纤维素干预能够较好地抑制小鼠肝脏Srebp-1c和Fas基因的上调（4.5 vs.2.1倍和4.1 vs.1.5倍,p<0.0001）。同时,细菌纤维素干预显着提高了Occludin（p<0.01）和ZO-1基因表达量（p<0.05）并显着降低了TNF-α和IL-1β基因表达量（p<0.0001）。物种多样性分析表明,C组OTUs为643±74,显着高于H组（443±27,p<0.0001）,HBC组干预效果不显着（486±24）。高脂饮食会显着提高Good’s coverage指数并显着降低Chao1指数、谱系多样性指数、Shannon指数和Simpson指数,细菌纤维素干预仅对谱系多样性指数产生显着效果（p<0.05）。各组中,厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门（V）和放线菌门相对丰度较高,原相对丰度较低的脱铁杆菌门（D）、螺旋体菌门（S）、软壁菌门（T）等发生了显着的变化。高脂饮食导致拟杆菌门显着下调并使放线菌门显着上调（（F+P+A）/（B+V）,4.82±1.23 vs.2.93±0.77,p<0.01）;细菌纤维素干预使放线菌门大幅降低（p<0.0001）并使疣微菌门大幅增加（4.7 vs.16%,p<0.01）。基于门、纲、目、科、属和OTUs水平的综合分析显示,放线菌门红蝽杆菌科UCG-002菌群（OTU 443）,厚壁菌门丹毒丝菌科未知属（OTU 63）和Faecalibaculum菌属（OTU 5）、毛螺菌科未知属（OTUs 516、751、767）、劳特氏菌属（OTU 755）、优杆菌属（OTU 929）、消化球菌科（OTU 34）、Romboutsia菌属（OTU 957）和Intestinimonas菌属（OTU 476）,拟杆菌门拟杆菌属（OTU 93）以及变形菌门脱硫弧菌属（OTU 4）和螺杆菌属（OTU 750）细菌可能是介导肥胖发生的肠道有害菌;拟杆菌门拟杆菌属（OTUs 137、165）、未知属S24-7菌群（OTU 96）、Odoribacter菌属（OTU 195）和普雷沃氏菌属Ga6A1菌群（OTU193）,厚壁菌门的毛螺菌科NK4A136菌群（OTU 456）、未知菌群（OTUs 462、778）、瘤胃梭菌属（OTUs 459、591）和Intestinimonas菌属（OTU 461）以及疣微菌门Akkermansia菌属（OTU 445）可能是参与肥胖缓解的肠道有益菌。除毛螺菌科未知属、劳特氏菌属、优杆菌属、拟杆菌属、脱硫弧菌属、螺杆菌属、未知属S24-7菌群、普雷沃氏菌属和NK4A136菌群外,其余菌群在实验起点和终点时可能发生了显着的群落演替。代谢组学分析发现,胆汁酸（牛磺鹅去氧胆酸）在HBC组中呈上调趋势（阴离子模式:2.19倍,p=0.083）,与H组比差异显着（阳离子模式:3.13倍,p=0.033;阴离子模式:3.14倍,p=0.022）。胆汁酸（甘氨熊脱氧胆酸）在HBC组中显着下调（阴离子模式:0.32倍,p=0.012）。琥珀酸在HBC组呈下调趋势（阴离子模式:0.33倍,p=0.015）,HBC组与H组之间存在显着差异（0.12倍,p=0.034）。谷氨酰胺在H组显着上调（阴离子模式:1.92倍,p=0.048）,HBC组中呈进一步上调趋势,二者无统计学差异。L-瓜氨酸在H组显着上调2.5倍（阴离子模式,p=0.026）,细菌纤维素干预后出现了显着下调（0.44倍,p=0.02）。褪黑素在H组和HBC组均呈下调趋势（阳离子模式,H组:0.017倍,p=0.42;HBC组:0.017倍,p=0.046）,二者之间无显着差异。胆汁酸（牛磺鹅去氧胆酸）的变化可能与红蝽杆菌有关,琥珀酸的变化可能与拟杆菌和Odoribacter菌属等有关,其他物质与肠道微生物的关系尚不明确。结论:成功筛选到1株产细菌纤维素菌株K.europaeus W1,其合成的细菌纤维素空间网络发达,纤维素含典型的XRD衍射峰和FTIR官能团吸收峰,以I型纤维素为主,细菌纤维素的合成由2条bcs操纵子调控完成。菌株W1的生长与细菌纤维素合成符合I型发酵模型,以葡萄糖、果糖、甘露醇和甘油为碳源底物时细菌纤维素产率较高,KEGG注释获得了相关转化和合成通路信息。发酵动力学奠定了塑料托盘法培养可批量制备细菌纤维素的基础,结合菌株碳源利用特性,实现了细菌纤维素的批量制备。细菌纤维素添加对肥胖发生前的干预和肥胖发生后的干预治疗影响显着,主要体现在体重、肝脏和脂肪质量减轻、脂肪酸合成和炎症因子表达下调和肠屏障功能基因上调、肠道有害菌群相对丰度下降和有益菌群升高以及与肠道微生物相关的代谢物变化如胆汁酸增加、琥珀酸减少、谷氨酰胺增加和L-瓜氨酸减少等方面。小鼠肠道微生物在长期高脂饮食干预下会发生显着的群落演替现象。本课题的研究结果提供了与小鼠生理机能和肠道微生态平衡可能相关的关键微生物群落及其代谢产物的信息,可为细菌纤维素作为不可溶性膳食纤维对肥胖发生、发展和干预治疗的系统研究提供理论参考和实验依据。
沈翠云[7]（2020）在《抗炎单药的智能响应性纳米载药系统的构建及活性评价》文中进行了进一步梳理炎症性肠病（IBD）产生的过量活性氧（ROS）和较低的pH值构成了炎症组织独特的生理环境。利用病理组织微环境特征设计智能药物输送系统是实现疾病靶向治疗、增强药物治疗效果的有效途径,是当前科学家们的研究热点。本课题基于炎症组织微环境中活性氧（ROS）含量较高、pH比正常组织低的特点,以炎症组织为靶点,采用智能响应性分子设计、靶向分子修饰及纳米载体自组装等方法,设计及构建了基于芳基硼酸酯的pH/ROS双响应性纳米载体。首先合成了具有ROS响应的芳基硼酸酯小分子NBC,将其通过活性基团偶联到大分子骨架壳聚糖衍生物的氨基上;再通过硼酸酯连接具有抗炎效果的药物槲皮素或小檗碱衍生物（BBR-1）,形成大分子骨架上的疏水端,该疏水侧链结构具有pH响应性。基于乙二醇壳聚糖或羧甲基壳聚糖制备含有亲/疏水端的大分子骨架,在水包油的环境中自组装构建形成纳米胶束。构建了乙二醇壳聚糖-硼酸酯接枝槲皮素的纳米载体（GC-B-Que）和羧甲基壳聚糖-硼酸酯接枝小檗碱的纳米载体（OC-B-BBR）两种体系。对纳米载体进行了核磁、分子量、粒径大小、Zeta电位、扫描电镜、稳定性等测试,结果表明两种纳米载体均为粒径在100-130 nm的近球形颗粒,粒径分布均一。最后通过结肠长度、脾指数、体重变化、DAI评分等指标评估了 GC-B-Que及小檗碱衍生物（BBR-1）对小鼠炎症性肠病的治疗效果,实验结果表明GC-B-Que载药纳米胶束和BBR-1可有效治疗DSS诱导的小鼠结肠炎;药物组织分布结果表明GC-B-Que纳米胶束能提高槲皮素在病灶的药物含量,从而增强了 GC-B-Que纳米胶束对小鼠炎症性肠病的治疗效果,表明了将其用于构建智能响应性的纳米载体材料进行靶向递送药物的可行性。综上所述,我们制备了新型的pH/ROS智能双响应性纳米载体,通过炎症微环境靶向递送IBD治疗药物,使药物在炎症组织靶向可控释放,提高IBD治疗药物的疗效和安全性。该硼酸酯结合邻苯二酚药物的特殊结构还可用于其他邻苯二酚类药物递送,为药物输送系统的构建提供了一种新思路。
胡欣[8]（2020）在《基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建及其在海洋细菌硫代谢研究中的应用》文中指出自然界中的硫循环与碳循环、氮循环紧密相关,它们通过各种生物地球化学过程耦合链接。海洋微生物由于其丰度高、分布广、代谢途径多样、适应性强,因此在硫循环和碳、氮循环的耦合及相关生物地球化学循环中发挥至关重要的作用。当前,许多沿海地区饱受低氧/缺氧等生态灾害的困扰,其特征之一是有毒硫化氢的产生和积累。近年来,一系列研究表明:异养细菌的异化型硫氧化过程,对保护海洋生态系统免受硫化氢的毒害具有积极作用。多硫化物是硫氧化代谢过程中的重要中间产物,是硫循环的重要组成部分,已在微生物席、热液喷口、沉积物和水柱等生态系统中被发现,广泛存在于多种海洋生境中,在许多生物地球化学过程中发挥着多种重要作用。多硫化物包括H2Sn（n≥2）、RSnH（n≥2）和RSnR（n≥ 3）,普遍存在于原核和真核细胞内,是硫化物氧化的中间产物。这类化合物一般具有链状结构,含有一种被称为“零价硫”或“硫烷硫”或“硫代亚砜硫”的硫原子,易于异构形成硫代亚砜结构,产生一个活性“单态硫”,具有亲电性和亲核性。硫代亚砜键的不稳定性可使硫烷硫原子可逆性地结合蛋白巯基或二硫键。在生理条件下,过硫化物的酸性比硫醇强,硫醇主要以质子化的形式存在,而过硫化物则以去质子化阴离子的形式存在。过硫自由基上的奇数电子和邻近硫原子易于形成稳定的共振结构,使得过硫化物中的氢原子较容易电离。多硫化物的结构特点,使其在自然界的硫循环中发挥着重要作用,可以选择性地氧化、还原或歧化,参与了包括黄铁矿的形成、有机物的硫化、还原性硫物质间的同位素交换和金属螯合等多种环境相关的过程。多硫化物在生理活动中也起着重要的作用,包括诱导Ca2+代谢流、调控肿瘤抑制因子磷酸化酶、维持胞内的氧化还原状态等,也是线粒体产能代谢的有效调节因子。细胞内超过40%的蛋白通过自身的巯基化修饰参与胞内的代谢过程,而高水平的多硫化物既可以维持蛋白的过硫化修饰,又可以增强细胞的抗氧化作用。此外,活性硫物质（RSS）包括多硫化物、过硫化物等含硫有机小分子,与活性氧物质（ROS）的化学结构和代谢过程相似,RSS比ROS具有更多化学和生物化学多样性,许多ROS的检测方法对RSS更为敏感,这暗示着RSS在细胞内的信号转导中有广泛的作用,RSS作为氧化还原敏感型蛋白的调节因子可能比ROS更有效。RSS的这些特征,以及它们在进化中的重要作用,使它们成为近年来的研究热点。深入研究多硫化物在微生物中的代谢机制,无论对海洋生态系统的保护还是对生理过程的分析都是极其重要的。目前对于多硫化物的研究进展相对缓慢,原因之一是没有合适的可以在细胞内定位并进行实时定量检测多硫化物水平的方法。因此构建高效、高选择性、高灵敏性和响应快速的定量检测多硫化物的方法是目前亟待解决的问题。基于绿色荧光蛋白（GFP）的基因编码氧化还原探针不需破坏细胞结构,具有灵敏度高、选择性好、信噪比低等优点而被广泛应用。本论文基于绿色荧光蛋白（GFP）,构建了一种实时、动态、可定位于亚细胞结构的多硫化物敏感型探针psGFPs。应用该探针,研究了大肠杆菌Escherichia coli和酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae BY4742亚细胞区域多硫化物的分布。为了进一步提高多硫化物探针的灵敏度,选择合适的硫转移酶,构建了融合蛋白探针,分析研究了影响融合蛋白探针功能的若干因素。以海洋玫瑰杆菌Ruegeria pomeroyi DSS-3为模式菌,深入分析了有机硫和无机硫的转化机制。1.通过定点突变改变氧化还原敏感型绿色荧光蛋白roGFP表面两个半胱氨酸之间的距离,使其在氧化状态下形成多硫键而不是二硫键,首次构建了多硫化物敏感型绿色荧光蛋白探针psGFP1.1,该探针为比率型探针,标准中点电位为-318mV,具有氧化还原反应可逆性,在生理条件下,408/488比值受pH的影响较小,不受ROS干扰,能够特异性的感应多硫化物,可实现细胞器水平的定位,实时、动态检测胞内多硫化物水平的变化。与之前报道的探针相比,具有明显的优势。以E.coli为模式生物,应用psGFP1.1探针分析了E.coli生长周期中胞内多硫化物水平的动态变化。结果表明,在对数早期,内源性多硫化物含量较低,之后逐渐升高,在对数末期含量最高,在稳定期开始降低、逐渐趋于平衡。这一结果与SSP4探针一致。胞内的多硫化物水平与细菌的生长阶段有关,探针的氧化态比例从20%升高至60%,表明多硫化物可能参与了生长阶段相关的基因表达和酶活性的调控。以S.cerevisiae BY4742为模式生物,应用psGFP1.1探针分析了细胞质、线粒体和过氧化物酶体中的多硫化物水平。与E.coli不同,在延滞期和对数早期,多硫化物含量较高,之后逐渐降低,在对数末期降为最低,而稳定期有所升高。在延滞期和对数早期,过氧化物酶体中多硫化物含量低于细胞质和线粒体,而在稳定期则情况相反。这说明多硫化物在亚细胞结构中分布不均匀,胞内多硫化物可能具有多种来源和功能。CBS和CSE是两种主要利用胱氨酸产生多硫化物的酶,而3MST和CARS主要利用半胱氨酸产生多硫化物。用胱氨酸处理S.cerevisiae细胞悬液,细胞质、线粒体和过氧化物酶体中多硫化物水平显着升高,过氧化物酶体中升高最多。而用半胱氨酸处理S.cerevisiae细胞悬液,多硫化物在过氧化物酶体中没有变化,在细胞质和线粒体中明显增加。2.为进一步提高psGFP探针的检测效率,将psGFP蛋白与具有硫转移酶活性的DUF442和Rd12蛋白通过一段链接肽连接起来,首次构建了DUF442-psGFP和Rd12-psGFP融合蛋白探针。通过体外实验检测了探针感应不同硫烷硫的能力,对比分析了融合蛋白探针和未融合的psGFP探针活性的差异,Rd12-psGFP探针有明显的改进,检测效率相对提高。讨论了影响融合蛋白活性的因素,为探针的进一步改造和优化提供了依据。融合蛋白DUF442-psGFP、Rd12-psGFP和未融合的psGFP蛋白经DTT、HSSH、S8、Me-SSS-Me和硫代硫酸钠处理后,三种蛋白的反应趋势基本一致,均能被HSSH和S8氧化,均能轻微地感应Me-SSS-Me,均不能和硫代硫酸钠反应。DUF442和Rd12蛋白的融合对psGFP蛋白的活性影响较小。与psGFP蛋白相比,Rd12-psGFP融合蛋白感应HSSH和S8的能力小幅度提高;DUF442-psGFP融合蛋白感应Me-SSS-Me的能力有一定增强。DUF442和Rd12蛋白具有硫转移酶的活性,能够将硫烷硫从合适的硫供体上转移至新的硫受体上。但实验中DUF442-psGFP和Rd12-psGFP融合蛋白均不能感应硫代硫酸钠,感应HSSH的能力与未融合的psGFP蛋白相比没有明显提高,说明融合后的Rd12或DUF442未能将硫烷硫从硫代硫酸钠或HSSH转移给psGFP,没有明显的催化活性。详细分析了影响融合蛋白活性的因素,包括融合蛋白的结构域顺序、氧化还原酶的活性、链接肽的设计以及氧化还原酶和荧光蛋白之间的位置关系等。3.首次检测了玫瑰杆菌R.pomeroyi DSS-3胞内的多硫化物水平,证实了 R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源的过程中产生了多硫化物,并可将多硫化物氧化生成硫代硫酸盐。这表明在有机硫化物和还原态无机硫化物之间的转化过程中,多硫化物可能是重要的中间产物,玫瑰杆菌发挥了主要的物质转化作用。研究了R.pomeroyi DSS-3生长周期中胞内多硫化物水平和氧化还原状态的变化。psGFP1.1和roGFP2探针成功地在R.pomeroyi DSS-3胞内表达。胞内多硫化物水平和氧化还原状态与海洋玫瑰杆菌的生长阶段有关,多硫化物参与了与生长阶段相关的基因表达和酶活性的调控,并且伴随胞内氧化还原状态的变化。在硫氧还蛋白系统和谷胱甘肽系统的作用下,胞内多硫化物水平在稳定期下降并逐渐趋于稳定,达到动态平衡。研究了R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源的能力。R.pomeroyi DSS-3转化半胱氨酸、甲硫氨酸、丙酮硫（S8）和DMSP的过程中,胞内均有多硫化物产生,且多呈现先升高后降低的趋势,转化丙酮硫（S8）产生的多硫化物水平最高。R.pomeroyi DSS-3具有将有机或无机硫源转化为多硫化物的能力,而且在转化有机或无机硫源生成多硫化物的过程中伴随着胞内氧化还原状态的变化。研究了R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源过程中的代谢产物,分析了代谢机制。R.pomeroyi DSS-3转化半胱氨酸、硫氢化钠和丙酮硫（S8）可产生硫代硫酸盐,且转化半胱氨酸产生的硫代硫酸盐最多,转化甲硫氨酸和DMSP不产生硫代硫酸盐。在实验中发现R.pomeroyi DSS-3内并不积累亚硫酸盐,这可能是由于细菌内多硫化物氧化速率较慢,氧化生成的亚硫酸盐与积累的多硫化物迅速反应生成硫代硫酸盐。综上所述,本论文构建了基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型比率探针,可以实时、动态检测亚细胞区域的多硫化物水平,为检测胞内多硫化物水平提供了有效工具。应用该探针,研究了E.coli和S.cerevisiae BY4742亚细胞区域多硫化物的分布。为提高探针的灵敏度,选择合适的硫转移酶,构建了融合蛋白探针,分析了影响融合蛋白探针功能的若干因素。以海洋玫瑰杆菌R.pomeroyi DSS-3为模式菌,检测了 R.pomeroyi DSS-3胞内的多硫化物水平,证实了 R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源的过程中产生了多硫化物,深入分析了有机硫和无机硫的转化机制。海洋细菌硫代谢途径的研究,可深入理解海洋细菌在硫循环中的生态作用,有助于解析环境条件变化对海洋硫循环的影响,为研究海洋硫循环和碳循环的耦合提供理论依据。
王伟[9]（2020）在《高效硫键催化剂的设计、弱相互作用机制和催化环化反应研究》文中提出S…O之间的弱相互作用是一种自然进化的力量,被自然界广泛用来调节蛋白质构象和维持酶的特异性活性。这种弱的相互作用已经被应用到晶体构建、药物设计和材料科学领域。同时,理论科学家也对这种弱相互作用力进行了研究。但是,这种S…O和Se…O弱相互作用力还无法用于催化化学反应,原因是这种非共价键作用力强度普遍偏低。因此,在本论文中发展了一类高活性硫键催化剂并对其弱相互作用机制进行了阐述,通过该类硫键催化剂和底物形成的S…O和Se…O作用,首次提出并成功实践了硫属元素互相作用的催化模式。我们进一步提出并发展了双硫键弱相互作用催化的策略,并用该策略实现了传统方法无法实现的化学转化。第一部分:高效硫键催化剂的发展及其催化的环化反应研究在很多晶体结构中观察到了S…O弱相互作用,后期这种令人困惑的作用力被理论化学家归属于二价硫族化合物的σ-hole作用,这意味着二价硫族化合物具有一定路易斯酸的性质,因此它能够和一些电子供体发生相互作用。鉴于大量理论研究的结果表明,S…O及Se…O之间的作用力很弱,我们通过在S原子或Se原子上键连一个阳离子,大幅度提高了二价硫族化合物的σ-hole的深度。基于这一理念我们扩充X+-Se-R和X+-S-R的催化剂库,通过催化剂的单晶结构和核磁实验,证实了 S…O、Se…O、Se…C1和Se…Se弱相互作用的存在。该类硫键催化剂可以通过形成S…O或Se…O作用去活化β酮醛衍生物,我们用多亲核位点的3位取代吲哚去捕获被活化的β酮醛衍生物,该反应可以简单高效的构建一种吲哚氮杂七元环骨架。除此之外,该类催化剂可以在中性条件下使非活化酮进行烯醇化,通过分子内Michael加成反应构建了一个桥环化合物骨架。众所周知,非共价键作用力很难将非活化酮转化为烯醇式,以上硫键催化剂的新应用无疑扩充了非共价键作用力的能力范畴。通过一系列控制实验的研究证实反应是Se…O作用驱动的。第二部分:双硫键弱相互作用协同催化策略的提出及其在环化反应中的应用硫键弱相互作用催化如何代替传统的催化途径并实现传统方法无法完成的反应是进一步研究的重要目标。基于此,我们提出并发展了双硫键弱相互作用催化的策略,即催化剂通过硫属元素之间的相互作用力同时与两个路易斯碱作用,进而产生催化活性促进化学反应。这种催化模式把原来分子间的反应转变为类似于分子内的反应模式,进而提高反应活性,这个催化策略为解决有机合成中的问题提供了新思路。为了验证这一策略的有效性与潜力,我们选择了 Rauhut-Currier类型的反应为研究对象。传统上,Rauhut-Currier类型反应需要使用强路易斯碱,例如三烷基磷类化合物作为促进剂/催化剂。通过实践双硫键催化的策略,以Se…O之间的相互作用力作为驱动力,醇作为促进剂即可实现Rauhut-Currier类型的反应。通过催化剂和不饱和酮以及醇相互作用的13C,77Se以及31P核磁实验研究,证实了催化剂和底物以及催化剂和醇之间的作用力为Se…O相互作用力。我们设计了系列实验来证明双硫键弱相互作用的催化机制。对于双催化机制,只有醇和烯酮比例适当时才能催化该反应,任意一个反应物过量都会抑制该反应进行。在醇作为促进剂的情况下,催化剂可以连续和烯酮形成Se…O作用,来构建一个并环化合物骨架。双硫键协同催化策略可以使α-位有取代基的低活性底物以及特殊取代基的底物顺利发生反应,然而,传统的路易斯碱催化策略却无法实现。除此之外,双硫键协同催化策略甚至可以区分甲基和乙基进而产生中等的区域选择性。这些研究结果展示了双硫键协同催化的潜力,有望为解决其它有机合成中的问题提供思路。
李超[10]（2020）在《火星沙丘地貌研究》文中指出随着空间探测技术的发展,火星探测成为类地行星研究的热点和焦点,极大地推动了多种学科的发展。风沙地貌过程是现代火星最普遍最活跃的地貌过程,蕴含火星地表过程、环境和演化历史的丰富信息。本文着眼于火星沙丘地貌,力图通过系统分析不同环境条件下沙丘地貌的类型、分布、格局和物质组成等特征,揭示沙丘地貌的成因及其对环境的反映。利用覆盖火星全球的高分辨率遥感影像,在地理信息系统软件的支持下,从全球尺度上分析沙丘地貌的分布、形态和光谱特征,探究区域环境与沙丘地貌的相互关系,以挖掘所蕴含的风沙地貌学意义。初步得出以下主要结论:（1）火星和地球沙丘地貌的形态具有相似性,依据传统沙丘地貌分类的动力——形态原则,共划分两个沙丘级别,15种类型。第一级着眼于动力学因素,包括沙片、穹状沙丘、横向沙丘、线形沙丘、钉状沙丘、格状沙丘、星状沙丘和障碍物沙丘。第二级类型关注形态特征,进一步将横向沙丘分为新月形沙丘、新月形沙丘链和横向沙垄,线形沙丘分为直线形沙垄、塞夫沙丘和耙状线形沙丘,格状沙丘分为方格状沙丘、梯形格状沙丘、鱼鳞状沙丘和蜂窝状沙丘。（2）火星沙丘地貌分布的总体特征是:规模小,分布零散,并且具有显着的空间差异性。沙丘纬度地带性分布规律显着,主要集中在中高纬度地区的低平原、冰原和高地。陨击坑沙丘主要位于30°S以南的高原地区,北半球分布较少。北极奥林匹亚沙漠沙丘密度最高,陨击坑地区普遍较低。（3）火星沙丘类型简单,规模不一,空间组合规律呈现多样性和复杂性。沙丘形态学参数具有较大的离散性,反映了不同空间范围内沙丘规模的差异。火星沙丘类型与形态均比地球沙丘简单,形态参数间的相关关系与其他星球沙丘具有良好的一致性。在小尺度范围内,各类型沙丘的均匀度,空间组合特征以及沙丘对地形环境的适应性存在巨大差异。在中尺度范围内,各地理单元的沙丘格局呈现环状、离散状和条带状特征。在全球范围内,沙丘格局表现出集中性和离散性特征。（4）火星沙丘沉积物矿物组成比较单一,主要以铁镁质矿物辉石和橄榄石为主,在部分区域分布有水合硫酸盐矿物,黏土矿物含量很少。火星沙丘矿物类型分布呈现出均匀性,但在部分区域又具有特殊性,反映了火星沙源的多样性和局地性特征。（5）在火星干燥寒冷环境下,冰缘地貌和沙丘地貌都与全球冰的空间分布存在良好的一致性。冻融作用在塑造冰缘地貌过程中形成的松散破碎物质,很可能是沙丘形成的主要沙源。进而,建立火星沙丘地貌起源的概念模型:从赫斯伯利亚纪至亚马逊纪早期,分散在火星地表不同区域的水,通过蒸发、升华、大气输送和凝华等作用向两极和高纬度地区聚集,形成了极地冰盖和中高纬度地区的地下浅层冰;在漫长的地质年代里,由于气候和气象条件的变化,地表发生冻融作用,驱动了岩石的风化和沉积物的分选,并塑造了大量的冰缘地貌;偶发性的大风事件使沙粒发生跃移运动,形成风沙流,导致了沙粒的进一步分选和堆积;北半球地形平坦开阔,大规模环流运动使得风沙沉积物逐渐汇聚于冰盖边缘,形成沿纬线方向分布的环状沙漠。陨击坑和峡谷中的风沙沉积物,因地形控制而无法进行长距离迁移,形成分散的片状沙地。（6）柴达木盆地与火星博勒拉峡谷线形沙丘形态存在相似性,横向和纵向沙丘在有限空间范围内的共存现象是新月形沙丘向线形沙丘演化的结果,反映了复杂的外部环境。（7）火星和地球沙丘分布的地形特征相似,主要位于地势低洼的平原、撞击坑和峡谷之中。在北极地区,来自中纬度的盛行西风在遭遇巨大的地形障碍后风速降低,在冰盖边缘形成低风能环境,为风沙沉积提供了有利条件。北极冰盖的隆升过程很可能对局地大气环流和沙丘地貌格局产生了重要影响。火星最大的撞击盆地没有形成大规模沙丘地貌表明,现代风沙沉积过程与早期流水作用并没有直接关系。在南半球高原,微弱的风沙过程无法将沉积物长距离搬运形成大规模的沙漠。陨击坑内的沙丘沉积物主要来自于局地,陨击坑之间的物质交换很少。不同陨击坑内的沙丘都具有其各自相对独立的沉积历史和形成年代。火星和地球风沙系统之间存在巨大差异,主要表现在气候环境演变,风沙沉积物来源、沉积物可蚀性和风沙输移能力几个方面。火星沙丘不存在明显的干湿以及活跃和固定的差异,但沙丘的活跃性受到季节性霜冻的影响。现代的火星沙源丰富度很低,原因包括缓慢的风化速率,微弱的风沙输移能力以及有限的风沙活跃时间。气候变化引起的与冰有关的地表过程,会影响沙丘地貌的形成和演化。本文的研究内容能够增加人们对火星沙丘地貌特征的整体认识,并且丰富行星风沙地貌学的研究内容,有利于构建和完善学科知识体系。对火星沙源的探讨将丰富人们对于干燥寒冷环境下松散沉积物的形成机理和迁移方式的认识,并为构建不同地理单元的沉积历史提供线索。同时,针对地球类比研究所开展的野外调查和实验模拟工作,也将丰富地球区域风沙地貌学的研究内容。
二、DSS晶体的CARS光谱研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、DSS晶体的CARS光谱研究（论文提纲范文）
（1）增强采样方法整合小角X射线散射数据模拟高度柔性蛋白质的动态结构（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 分子动力学模拟概述 |
| 1.2.1 常规分子动力学模拟 |
| 1.2.2 增强采样分子动力学模拟 |
| 1.2.2.1 加速分子动力学模拟 |
| 1.2.2.2 级联并联采样方法 |
| 1.3 分子力场与水模型的选择 |
| 1.4 整合结构模拟概述 |
| 1.4.1 整合结构模拟中实验与计算方法 |
| 1.4.2 整合结构模拟中的信息来源 |
| 1.4.2.1 亚基结构 |
| 1.4.2.2 冷冻电镜技术 |
| 1.4.2.3 小角X射线散射 |
| 1.4.2.4 交联耦合质谱 |
| 1.4.2.5 荧光共振能量转移 |
| 1.4.2.6 序列信息 |
| 1.4.3 设计表示模型和打分函数 |
| 1.4.3.1 表示模型 |
| 1.4.3.2 打分函数 |
| 1.4.3.2.1 排除体积 |
| 1.4.3.2.2 形状互补 |
| 1.4.3.2.3 物化互补 |
| 1.4.3.2.4 基于距离的打分函数 |
| 1.4.3.2.5 基于电镜的打分函数 |
| 1.4.3.2.6 基于小角X射线散射的打分函数 |
| 1.4.4 构象空间采样 |
| 1.4.5 模型和信息分析 |
| 1.4.6 整合结构模拟常用软件 |
| 1.4.7 整合结构模拟的未来发展 |
| 1.5 小角X射线散射 |
| 1.5.1 小角X射线散射应用背景 |
| 1.5.2 小角X射线散射基础 |
| 1.5.3 蛋白质分子的散射特征 |
| 1.5.3.1 小角X射线散射曲线与Kratky图 |
| 1.5.3.2 配对距离分布函数(PDDF) |
| 1.5.4 小角X射线散射的未来发展 |
| 第二章 整合增强采样方法与小角X射线散射技术研究固有无序蛋白 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.1.1 固有无序蛋白的研究现状 |
| 2.1.2 固有无序蛋白的研究方法 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 固有无序蛋白UL11 |
| 2.2.2 UL11蛋白全原子结构预测 |
| 2.2.3 模拟细节 |
| 2.2.3.1 力场和水模型的选择 |
| 2.2.3.2 常规分子动力学模拟 |
| 2.2.3.3 加速分子动力学模拟(aMD) |
| 2.2.4 整合模拟策略 |
| 2.2.5 UL11蛋白的小角X射线散射数据处理 |
| 2.2.6 系综选择方法 |
| 2.3 实验结果和讨论 |
| 2.3.1 UL11蛋白未整合SAXS曲线的aMD |
| 2.3.3 UL11的整合结构模拟 |
| 2.4 总结 |
| 第三章 通过分簇引导的级联并联多组独立分子动力学模拟来增强生物大分子采样空间 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 腺苷酸激酶(AdK) |
| 3.2.2 BS69蛋白 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 分簇引导的级联并联多组独立的分子动力学模拟流程 |
| 3.3.2 分簇方法 |
| 3.3.3 模拟细节 |
| 3.3.3.1 AdK蛋白体系常规分子动力学模拟细节 |
| 3.3.3.2 AdK蛋白体系增强采样的模拟细节 |
| 3.3.3.3 BS69蛋白体系的模拟细节 |
| 3.3.3.4 可视化采样 |
| 3.3.3.5 构象分布 |
| 3.3.3.6 系综优化方法(EOM) |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 分簇引导的级联并联短时间分子动力学模拟与常规分子动力学模拟的比较 |
| 3.4.1.1 AdK蛋白体系 |
| 3.4.1.1.1 采样效率 |
| 3.4.1.1.2 构象分布 |
| 3.4.1.2 B3D蛋白体系 |
| 3.4.2 与其它增强采样分子动力学模拟的比较 |
| 3.5 总结 |
| 第四章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录1 整合结构模拟中使用的脚本名录 |
| 1.1 整合结构模拟相关脚本使用说明 |
| 1.2 执行主程序run-SAXSER.py |
| 1.3 Cycle0处理脚本 |
| 1.3.1 将模拟产生的轨迹文件转化成pdb文件 |
| 1.3.2 将集成的pdb文件分开成多个单独的pdb文件 |
| 1.3.3 生成续写文件 |
| 1.4 配套主程序的调用模块module_SAXSER.py |
| 1.5 分子动力学模拟运行脚本 |
| 1.6 系综选择调用脚本 |
| 附录2 cluster-MD模拟方法中用到的脚本名录 |
| 2.1 MODELLER建模方法脚本 |
| 2.1.1 建模背景 |
| 2.1.2 建模步骤 |
| 2.2 重新采样(resamping)方法脚本 |
| 附录3 小角X射线散射数据处理方法 |
| 3.1 UL11蛋白小角X射线散射实验数据的处理 |
| 3.2 电子对距离分布函数曲线(PDDF)作图方法 |
| 3.3 UL11蛋白实验数据回旋半径R_g值估算 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与参加的学术会议 |
（2）人的AKT1启动子及其mRNA的3’-UTR区域中G-四链体结构的鉴定和功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 AKT的研究概述 |
| 1.1.1 AKT的激活和下游效应因子 |
| 1.1.2 经典的PI3K信号通路 |
| 1.1.3 AKT相关的其他通路 |
| 1.2 AKT1在癌症中的作用 |
| 1.2.1 AKT1是一种原癌基因 |
| 1.2.2 AKT的抑制剂 |
| 1.2.3 AKT1在肿瘤特征中的作用 |
| 1.3 G-四链体的结构特征以及生物学功能 |
| 1.3.1 G-四链体的结构特征 |
| 1.3.2 G-四链体的生物学功能 |
| 1.4 G-四链体结构在肿瘤中的研究 |
| 1.5 G-四链体结构小分子配体 |
| 1.6 G-四链体结构结合蛋白 |
| 1.7 本课题的目的与意义 |
| 2 生信分析AKT1在泛癌中的表达水平及其临床预后意义 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 生物信息预测方法 |
| 2.2.1 Oncomine数据挖掘方法 |
| 2.2.2 UALCAN-TCGA数据挖掘方法 |
| 2.2.3 cBioportal数据挖掘方法 |
| 2.2.4 Kaplan-Meier Plotter数据挖掘方法 |
| 2.2.5 LinkedOmics数据挖掘方法 |
| 2.2.6 TIMER数据挖掘方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 AKT1在多种癌症及其对照正常组织中的差异表达 |
| 2.3.2 AKT1的表达水平在多种癌症中的预后价值分析 |
| 2.3.3 AKT1分别与AKT2及AKT3在多种癌症中的相关性分析 |
| 2.3.4 AKT1基因在多种肿瘤中与免疫浸润的关系 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 3 AKT1启动子区域G-四链体结构的鉴定及功能的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料 |
| 3.2.1 细胞系及载体 |
| 3.2.2 主要仪器 |
| 3.2.3 主要试剂 |
| 3.2.4 试剂的配制 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 生物信息学分析 |
| 3.3.2 细胞培养和细胞转染 |
| 3.3.3 慢病毒包装及侵染 |
| 3.3.4 基因组DNA提取及AKT1启动子区的扩增 |
| 3.3.5 载体构建 |
| 3.3.6 RNA提取与逆转录 |
| 3.3.7 实时荧光定量PCR(RT-qPCR) |
| 3.3.8 圆二色性(CD)光谱 |
| 3.3.9 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE) |
| 3.3.10 DNA银染 |
| 3.3.11 硫酸二甲酯足迹保护实验(DMS Footprinting) |
| 3.3.12 凝胶迁移实验 |
| 3.3.13 免疫荧光检测G-四链体结构 |
| 3.3.14 PCR阻滞试验 |
| 3.3.15 染色质免疫共沉淀(Chip) |
| 3.3.16 荧光素酶(Gluc)报告实验 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 AKT1基因启动子序列的生物信息学分析 |
| 3.4.2 AKT1启动子富含G区域形成稳定的G-四链体结构 |
| 3.4.3 G-四链体结构阻滞DNA合成 |
| 3.4.4 G-四链体结构对AKT1启动子的正调控 |
| 3.4.5 RECQL通过解旋G-四链体结构调控AKT1启动子转录活性 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 4 人AKT1 3'-UTR区域G-四链体结构的鉴定及功能研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 生物信息学分析 |
| 4.3.2 细胞培养和细胞转染 |
| 4.3.3 慢病毒包装及侵染 |
| 4.3.4 载体构建 |
| 4.3.5 RNA提取与逆转录 |
| 4.3.6 实时荧光定量PCR (RT-qPCR) |
| 4.3.7 圆二色性(CD)光谱分析 |
| 4.3.8 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE) |
| 4.3.9 硫酸二甲酯足迹保护实验(DMS Footprinting) |
| 4.3.10 凝胶迁移实验 |
| 4.3.11 miR-193b-3p和3'-UTR体外结合实验 |
| 4.3.12 荧光素酶(Gluc)报告实验 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 AKT1基因3'-UTR序列的生物信息学分析 |
| 4.4.2 AKT1 3'-UTR富含G区域形成稳定的G-四链体结构 |
| 4.4.3 G-四链体结构对AKT1 3'-UTR的正调控 |
| 4.4.4 AKT1 3'-UTR G-四链体调控miR-193b-3p结合 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 本章小结 |
| 5 基于分子对接技术鉴定石蒜碱作为G-四链体小分子配体 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料 |
| 5.2.1 主要仪器 |
| 5.2.2 主要试剂 |
| 5.3 方法 |
| 5.3.1 分子对接 |
| 5.3.2 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 5.3.3 DNA银染 |
| 5.3.4 基因组DNA PCR阻滞实验 |
| 5.3.5 检测石蒜碱对肿瘤细胞生长的抑制作用 |
| 5.4 结果与分析 |
| 5.4.1 分子对接结果 |
| 5.4.2 石蒜碱与G-四链体Pu22相互作用的凝胶分析 |
| 5.4.3 石蒜碱抑制G-四链体DNA的扩增而不抑制非G-四链体DNA的扩增 |
| 5.4.4 石蒜碱抑制肿瘤细胞增殖 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学博士学位论文修改情况确认表 |
（3）多组学分析越南人参皂苷类成分的代谢差异及生物合成（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 引言 |
| 第一章 基于代谢组学探究越南人参不同部位和生长年限的代谢差异 |
| 1.1 实验材料及方法 |
| 1.1.1 植物材料 |
| 1.1.2 化学试剂 |
| 1.1.3 UPLC-QTOF-MS/MS样品制备 |
| 1.1.4 UPLC-QTOF-MS/MS检测方法建立 |
| 1.1.5 数理统计分析和差异代谢物筛选 |
| 1.1.6 差异代谢物的聚类和代谢通路富集分析 |
| 1.2 结果和讨论 |
| 1.2.1 原始数据预处理 |
| 1.2.2 主成分分析(PCA) |
| 1.2.3 正交偏最小二乘法-判别分析(OPLS-DA) |
| 1.2.4 差异代谢物的筛选 |
| 1.2.5 差异代谢物的层次聚类分析 |
| 1.2.6 差异代谢物的代谢通路分析 |
| 1.3 结论 |
| 第二章 基于UPLC-QTOF-MS/MS和 ATR-FTIR鉴别越南人参的不同部位和生长年限 |
| 2.1 实验材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 样品处理 |
| 2.1.3 实验仪器与试剂 |
| 2.1.4 红外光谱采集 |
| 2.1.5 UPLC-QTOF-MS采集 |
| 2.1.6 多源数据分析 |
| 2.1.7 化学计量学方法 |
| 2.2 结果和讨论 |
| 2.2.1 光谱的特征解释 |
| 2.2.2 PLS-DA模型鉴别越南人参的不同部位 |
| 2.2.3 SVM模型鉴别越南人参的不同生长年限 |
| 2.3 结论 |
| 第三章 基于高通量转录组测序探究三萜皂苷生物合成途径 |
| 3.1 实验材料及方法 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 化学试剂 |
| 3.1.3 RNA提取与纯化 |
| 3.1.4 cDNA文库构建与转录组测序 |
| 3.1.5 转录组数据处理和组装 |
| 3.1.6 Unigene表达量分析 |
| 3.1.7 单基因功能注释与CDS预测 |
| 3.1.8 分子标记鉴定 |
| 3.1.9 DEG鉴定、功能注释和途径富集分析 |
| 3.1.10 WGCNA分析与Cytoscape互作网络分析 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.2.1 RNA样品检测 |
| 3.2.2 转录组测序和de novo组装 |
| 3.2.3 Unigene功能注释 |
| 3.2.4 分子标记鉴定 |
| 3.2.5 样本间基因表达量分析 |
| 3.2.6 参与皂苷类生物合成途径的候选基因 |
| 3.2.7 差异表达基因分析 |
| 3.2.8 WGCNA分析和hub基因鉴定 |
| 3.3 结论 |
| 第四章 结语 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 第五章 文献综述 |
| 5.1 人参属植物的主要概况 |
| 5.2 人参属植物的化学特性 |
| 5.2.1 皂苷类 |
| 5.2.2 植物甾醇类 |
| 5.2.3 黄酮类 |
| 5.2.4 多炔类 |
| 5.2.5 多糖类 |
| 5.2.6 脂肪酸类 |
| 5.2.7 其他化合物类(622-748) |
| 5.3 人参属植物的生物活性 |
| 5.3.1 抗肿瘤的活性 |
| 5.3.2 抗炎活性 |
| 5.3.3 神经保护作用 |
| 5.3.4 其他生物活性 |
| 5.4 三萜皂苷生物合成研究进展 |
| 5.5 高通量测序技术在人参属资源评价中的应用 |
| 5.6 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
（4）金属有机框架衍生材料的制备及应用（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 金属有机框架(MOFs)材料概述 |
| 1.2.1 MOFs材料简介 |
| 1.2.2 MOFs材料的合成 |
| 1.2.3 MOFs材料的特点 |
| 1.2.4 常见的MOFs材料 |
| 1.3 MOFs衍生材料的设计及制备 |
| 1.3.1 MOFs衍生的金属/金属氧化物 |
| 1.3.2 MOFs衍生的金属-碳材料 |
| 1.3.3 MOFs衍生的金属纳米颗粒-MOFs复合材料 |
| 1.3.4 MOFs衍生的生物分子/药物-MOFs复合材料 |
| 1.4 MOFs衍生材料的应用 |
| 1.4.1 在生物质平台化合物转化中的应用 |
| 1.4.2 在污水处理中的应用 |
| 1.4.3 在羟基化反应中的应用 |
| 1.4.4 在药物递送中的应用 |
| 1.5 论文的立题依据和研究内容 |
| 1.5.1 立题依据 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 第二章 CoZn-ZIF衍生的Co/ZnO在甘油合成乙醇中的应用 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 Co/ZnO催化剂的活性考评 |
| 2.2.2 Co/ZnO催化剂的制备 |
| 2.2.3 催化剂的表征 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 催化剂的表征结果与分析 |
| 2.3.2 Co/ZnO在甘油气相氢解反应中的应用 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 CoFe-ZIF衍生的CoFe合金在甘油制备丙烯醇反应中的应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 CoFe合金催化剂的制备 |
| 3.2.2 CoFe合金催化剂的活性考评 |
| 3.2.3 催化剂的表征 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 催化剂的表征结果与分析 |
| 3.3.2 CoFe合金用于甘油气相氢解反应 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 Fe-BTC@三聚氰胺衍生的FeN_x@g-C_3N_4在芬顿氧化反应中的应用.. |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.2.1 FeN_x@g-C_3N_4催化剂的制备 |
| 4.2.2 FeN_x@g-C_3N_4催化剂的活性考评 |
| 4.2.3 催化剂的表征 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 催化剂的表征结果与分析 |
| 4.3.2 FeN_x@g-C_3N_4用于芬顿氧化有机污染物 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 MOFs封装的金属Cu在苯酚羟基化反应中的应用 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验部分 |
| 5.2.1 Cu@UiO-bpy催化剂的制备 |
| 5.2.2 Cu@UiO-bpy催化剂的活性考评 |
| 5.2.3 催化剂的表征 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 催化剂的表征结果与分析 |
| 5.3.2 Cu@UiO-bpy用于苯酚羟基化反应 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 ZIF-8@蒙脱土载药平台在口服药物递送中的应用 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 实验部分 |
| 6.2.1 Drug@M-ZIF-8的制备 |
| 6.2.2 细胞生物学实验 |
| 6.2.3 动物体内实验 |
| 6.2.4 样品的表征 |
| 6.3 结果与讨论 |
| 6.3.1 Drug@M-ZIF-8的制备与表征 |
| 6.3.2 Drug@M-ZIF-8的细胞内行为评价 |
| 6.3.3 Drug@M-ZIF-8用于口服肠胃给药 |
| 6.4 本章小结 |
| 第七章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 攻博期间发表或已完成的相关论文和科研成果 |
（5）钢轨材料的高温及电化学腐蚀机理研究与高压模拟计算（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1.绪论 |
| 1.1 国内外铁路发展及其经济意义 |
| 1.1.1 国外铁路进展概况 |
| 1.1.2 国内铁路发展概况 |
| 1.1.3 中国铁路发展的经济意义 |
| 1.2 国内钢轨标准要求 |
| 1.2.1 钢轨的牌号和化学成分 |
| 1.2.2 钢轨的类型 |
| 1.3 国内钢轨伤损研究概况 |
| 1.3.1 钢轨表面强化机制 |
| 1.3.2 轨钢腐蚀机理研究进展 |
| 1.4 研究的目的及意义 |
| 2.钢轨高温腐蚀机理研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验 |
| 2.3 原始钢轨材料高温循环腐蚀行为研究 |
| 2.4 在相同温度下磨损钢轨材料的高温腐蚀行为 |
| 2.4.1 钢轨材料的磨损 |
| 2.4.2 磨损钢轨材料的循环高温行为 |
| 2.5 在相同磨损程度下钢轨材料的高温腐蚀行为 |
| 2.5.1 氧化增重 |
| 2.5.2 不同温度循环下的表面形貌 |
| 2.5.3 不同温度循环下的截面形貌 |
| 2.6 本章小结 |
| 3.模拟工业-海岸大气环境钢轨材料的电化学腐蚀机理研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验 |
| 3.3 NaHSO_3对钢轨材料的电化学腐蚀影响研究 |
| 3.4 Na Cl对钢轨材料的电化学腐蚀影响研究 |
| 3.5 本章小结 |
| 4.钢轨材料基体组织的高压模拟计算 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 模拟条件 |
| 4.2.1 CASTEP软件介绍 |
| 4.2.2 密度泛函理论 |
| 4.2.3 平面波展开与截断能 |
| 4.3 计算结果与分析 |
| 4.3.1 K点及截断能的选取 |
| 4.3.2 晶格常数优化 |
| 4.3.3 渗碳体弹性常数计算 |
| 4.4 本章小结 |
| 5.结论 |
| 参考文献 |
| 附录:硕士期间的学术成果 |
| 致谢 |
（6）细菌纤维素制备及其对肥胖小鼠生理机能和肠道微生态影响的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 绪论 |
| 一、肥胖及其危害 |
| 1.1 肥胖的定义及其现状 |
| 1.2 肥胖的危害 |
| 1.2.1 心血管系统疾病 |
| 1.2.2 呼吸系统疾病 |
| 1.2.3 神经系统疾病 |
| 1.2.4 肝肠系统疾病 |
| 1.2.5 肾脏、泌尿系统疾病 |
| 1.2.6 生殖系统疾病 |
| 1.2.7 关节系统疾病 |
| 1.2.8 其他疾病 |
| 二、肥胖的发生机制 |
| 2.1 能量平衡机制 |
| 2.1.1 能量摄入介导的平衡机制 |
| 2.1.2 能量消耗介导的平衡机制 |
| 2.2 遗传调控机制 |
| 2.2.1 单基因肥胖 |
| 2.2.2 多基因肥胖 |
| 2.2.3 环境-基因协同机制 |
| 2.2.4 肥胖的表观遗传学机制 |
| 2.3 肠道微生物调控机制 |
| 2.4 压力诱导机制 |
| 2.5 经济、社会、文化等环境因素 |
| 三、肥胖的防治措施 |
| 3.1 肥胖的治疗 |
| 3.1.1 饮食调节 |
| 3.1.1.1 食物与能量介导的调控 |
| 3.1.1.2 膳食纤维素调控 |
| 3.1.2 微生物干预 |
| 3.1.3 运动减肥 |
| 3.1.4 药物治疗 |
| 3.1.5 手术治疗 |
| 3.1.6 公共政策措施 |
| 3.2 肥胖的预防 |
| 四、细菌纤维素研究进展 |
| 4.1 细菌纤维素的发现 |
| 4.2 细菌纤维素的合成机制与影响因素 |
| 4.2.1 产细菌纤维素菌种 |
| 4.2.2 细菌纤维素的合成机制 |
| 4.2.3 细菌纤维素的生物学意义 |
| 4.2.4 细菌纤维素合成的影响因素 |
| 4.2.5 细菌纤维素的性质 |
| 4.3 细菌纤维素的应用 |
| 4.3.1 细菌纤维素在食品领域的应用 |
| 4.3.2 细菌纤维素在医药领域的应用 |
| 4.3.3 细菌纤维素在其他方面的应用 |
| 五、本课题的研究背景、意义及内容 |
| 5.1 本课题的研究背景和意义 |
| 5.2 本课题的研究内容 |
| 第一章 细菌纤维素产生菌的分离、鉴定及产纤维素功能的全基因组分析 |
| 第一节 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 实验样品 |
| 1.1.2 实验培养基 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.1.4 主要仪器与设备 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 样品采集 |
| 1.2.2 微生物的分离、鉴定 |
| 1.2.3 细菌纤维素的纯化与表征 |
| 1.2.3.1 SEM表征 |
| 1.2.3.2 X射线衍射和傅里叶变换红外表征 |
| 1.2.4 细菌纤维素产生菌的全基因组测序及功能注释 |
| 第二节 结果与讨论 |
| 2.1 细菌纤维素产生菌的分离、鉴定 |
| 2.1.1 菌株的菌落形态及微观形貌 |
| 2.1.2 菌株W1 的分类学地位 |
| 2.2 细菌纤维素的理化表征 |
| 2.2.1 细菌纤维素的SEM表征 |
| 2.2.2 细菌纤维素的XRD和 FTIR表征 |
| 2.3 菌株W1 纤维素合成与调控机制的全基因组序列分析 |
| 第三节 小结 |
| 第二章 Komagataeibacter europaeus W1 产细菌纤维素的碳源优化及细菌纤维素的批量制备 |
| 第一节 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 实验菌种 |
| 1.1.2 实验培养基 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.1.4 主要仪器与设备 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 细菌纤维素发酵动力学的测定 |
| 1.2.2 产细菌纤维素的碳源优化 |
| 1.2.2.1 碳源优化实验 |
| 1.2.2.2 细菌纤维素的纯化与产率计算 |
| 1.2.2.3 细菌纤维素的表征 |
| 1.2.3 碳源生物转化的信号通路分析 |
| 1.2.4 细菌纤维素的批量制备 |
| 1.2.5 统计学分析方法 |
| 第二节 结果与讨论 |
| 2.1 菌株生长、细菌纤维素合成和底物消耗动力学 |
| 2.2 细菌纤维素产率、性能及碳源转化的代谢通路分析 |
| 2.2.1 细菌纤维素产率 |
| 2.2.1.1 纤维素膜的表观比较 |
| 2.2.1.2 产量和转化率比较 |
| 2.2.2 细菌纤维的SEM表征 |
| 2.2.3 细菌纤维素的XRD表征 |
| 2.2.4 细菌纤维素的FTIR表征 |
| 2.2.5 不同碳源合成细菌纤维素的代谢通路分析 |
| 2.3 细菌纤维素的批量制备 |
| 第三节 小结 |
| 第三章 细菌纤维素干预下生理-肠道微生物耦合作用对小鼠肥胖发生的调控机制 |
| 第一节 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 实验样品 |
| 1.1.2 实验动物 |
| 1.1.3 实验饲料及配比 |
| 1.1.4 实验材料 |
| 1.1.5 主要试剂 |
| 1.1.6 主要仪器与设备 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 小鼠的分组与喂养 |
| 1.2.2 血液和肝脏生化检测 |
| 1.2.3 组织病理切片观察 |
| 1.2.4 肝脏脂肪酸合成、肠道紧密连接蛋白合成和附睾脂炎症相关基因表达的定量分析 |
| 1.2.4.1 总RNA提取与cDNA链的RT-PCR合成 |
| 1.2.4.2 基因的荧光定量PCR分析 |
| 1.2.5 肠道微生物群落的高通量测序分析 |
| 1.2.5.1 原始测序数据的拼接与质控 |
| 1.2.5.2 OTUs的聚类分析 |
| 1.2.5.3 α多样性分析 |
| 1.2.5.3.1 测序深度评估和样本充分性分析 |
| 1.2.5.3.2 α多样性指数 |
| 1.2.5.3.3 OTU分布分析 |
| 1.2.5.4 β多样性分析 |
| 1.2.5.5 物种注释 |
| 1.2.5.6 多元统计分析 |
| 1.2.6 统计学分析方法 |
| 第二节 结果与讨论 |
| 2.1 不同饲料喂养对小鼠体重和组织重量变化的影响 |
| 2.2 不同饲料喂养对小鼠血清和肝脏生化变化的影响 |
| 2.3 小鼠肝脏和回肠病理切片观察 |
| 2.3.1 肝脏组织 |
| 2.3.2 回肠组织 |
| 2.4 不同饲料喂养对肝脏脂肪酸合成、肠道紧密连接蛋白合成及附睾脂炎症相关基因表达的调控作用 |
| 2.4.1 肝脏脂肪酸合成基因 |
| 2.4.2 肠道紧密连接蛋白合成基因 |
| 2.4.3 附睾脂炎症基因 |
| 2.5 不同饲料喂养对小鼠肠道微生物群落的调控作用 |
| 2.5.1 OTUs聚类分析 |
| 2.5.2 α多样性分析 |
| 2.5.2.1 测序深度和样本充分性分析 |
| 2.5.2.2 肠道微生物的α多样性指数 |
| 2.5.2.3 OTU分布情况 |
| 2.5.3 β多样性分析 |
| 2.5.4 微生物群落特征分析 |
| 2.5.4.1 基于微生物分类学的物种组成分析 |
| 2.5.4.2 基于聚类的样本群落组成与差异分析 |
| 2.5.5 多元统计分析 |
| 第三节 小结 |
| 第四章 基于生理生化-肠道微生物-代谢物变化解析细菌纤维素对小鼠食源性肥胖的缓解作用 |
| 第一节 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 实验样品 |
| 1.1.2 实验动物 |
| 1.1.3 实验饲料 |
| 1.1.4 实验材料 |
| 1.1.5 主要试剂 |
| 1.1.6 主要仪器与设备 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 肥胖模型小鼠的挑选、分组与喂养 |
| 1.2.2 血液和肝脏生化检测 |
| 1.2.3 肝脏和回肠组织病理切片观察 |
| 1.2.4 肝脏脂肪酸合成、回肠紧密连接蛋白合成和附睾脂炎症相关基因的q PCR分析 |
| 1.2.5 肠道微生物群落的高通量分析 |
| 1.2.6 小鼠粪便的代谢组学分析 |
| 1.2.6.1 代谢物提取 |
| 1.2.6.2 LC-MS/MS分析 |
| 1.2.6.3 数据分析 |
| 1.2.7 统计学分析方法 |
| 第二节 结果与讨论 |
| 2.1 肥胖模型小鼠 |
| 2.2 细菌纤维素干预下小鼠体重和组织重量的变化 |
| 2.3 细菌纤维素干预对小鼠血清和肝脏生化的影响 |
| 2.4 小鼠肝脏和回肠病理切片观察 |
| 2.5 细菌纤维素干预对肝脏脂肪酸合成、肠道紧密连接蛋白合成及附睾脂炎症相关基因表达的调控作用 |
| 2.6 细菌纤维素干预对小鼠肠道微生物群落的调控作用 |
| 2.6.1 OTUs聚类分析 |
| 2.6.2 α多样性分析 |
| 2.6.2.1 测序深度和样本充分性分析 |
| 2.6.2.2 肠道微生物的α多样性指数 |
| 2.6.2.3 OTU分布情况 |
| 2.6.3 β多样性分析 |
| 2.6.4 微生物群落特征分析 |
| 2.6.4.1 基于微生物分类学的物种组成分析 |
| 2.6.4.2 基于聚类的样本群落组成与差异分析 |
| 2.6.5 多元统计分析 |
| 2.7 小鼠粪便代谢物的组学解析 |
| 2.7.1 数据可靠性分析 |
| 2.7.2 代谢物分类和功能注释 |
| 2.7.3 关键代谢物筛选 |
| 第三节 小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 全文总结 |
| 5.2 展望 |
| 5.2.1 本课题的特色与创新之处 |
| 5.2.2 研究展望 |
| 附录1 缩写词英汉对照表 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）抗炎单药的智能响应性纳米载药系统的构建及活性评价（论文提纲范文）
| 学位论文数据集 |
| 镝要 |
| ABSTRACT |
| 符号和嫌词说明 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 纳米载药系统的研究进展 |
| 1.2 壳聚糖在载药纳米中的应用 |
| 1.3 炎症性肠病(IBD) |
| 1.3.1 小檗碱和槲皮素 |
| 1.4 智能响应性纳米药物输送系统的研究现状 |
| 1.4.1 光响应 |
| 1.4.2 酶响应 |
| 1.4.3 温度响应 |
| 1.4.4 活性氧响应 |
| 1.4.5 pH响应 |
| 1.5 硼酸酯在智能响应性中的应用 |
| 1.6 本课题的研究依据和意义 |
| 第二章 乙二醇壳聚糖-硼酸酯聚合物接枝槲皮素(GC-B.Que)的制备、表征及体内活性评价 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与仪器 |
| 2.2.1 实验试剂 |
| 2.2.2 实验仪器设备 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 合成4-羟甲基苯硼酸酯 |
| 2.3.2 合成中间产物NBC |
| 2.3.3 乙二醇壳聚糖接枝硼酸酯聚合物(GC-NBC)的制备 |
| 2.3.4 乙二醇壳聚糖-硼酸酯聚合物接枝槲皮素(GC-B-Que)的制备 |
| 2.3.5 NBC的活性氧响应性检测 |
| 2.3.6 NMR表征 |
| 2.3.7 动态光散射分析(DLS) |
| 2.3.8 透射电子显微镜(TEM) |
| 2.3.9 GC-B-Que的体内生物学评价 |
| 2.4 实验结果与讨论 |
| 2.4.1 NBC的ROS响应过程 |
| 2.4.2 NMR表征 |
| 2.4.3 粒径分布 |
| 2.4.4 透射电子显微镜(TEM)及粒径分布 |
| 2.4.5 GC-B-Que的体内生物学评价 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 羧甲基壳聚糖-硼酸酯聚合物接枝小檗碱(OC-B-BBR)的制备、表征及BBR-1的体内活性评价 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与仪器 |
| 3.2.1 实验试剂 |
| 3.2.2 实验仪器设备 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 小檗碱衍生物的制备 |
| 3.3.2 羧甲基壳聚糖接枝硼酸酯聚合物(OC-NBC)的制备 |
| 3.3.3 羧甲基壳聚糖-硼酸醋聚合物接枝小檗碱(OC-B-BBR)的制备 |
| 3.3.4 NMR表征 |
| 3.3.5 凝胶渗透色谱(GPC)表征 |
| 3.3.6 动态光散射分析和Zeta电位 |
| 3.3.7 扫描电子显微镜(SEM) |
| 3.3.8 纳米载体的稳定性测试 |
| 3.3.9 小檗碱衍生物IBD治疗效果的体内评价 |
| 3.4 实验结果与讨论 |
| 3.4.1 NMR表征 |
| 3.4.2 凝胶渗透色谱(GPC)表征 |
| 3.4.3 动态光散射分析(DLS)和Zeta电位 |
| 3.4.4 扫描电子显微镜(SEM) |
| 3.4.5 纳米载体的稳定性测试 |
| 3.4.6 小檗碱衍生物IBD治疗效果的体内评价 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 研究成果及发表的学术论文 |
| 作者及导师简介 |
| 北京化工大学专业学位硕士研究生学位论文答辩委员会决议书 |
（8）基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建及其在海洋细菌硫代谢研究中的应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1 海洋硫循环 |
| 2 海洋生态系统中硫化物的产生 |
| 3 硫氧化细菌的群落结构组成 |
| 3.1 硫氧化细菌的多样性 |
| 3.2 海洋中的异养硫氧化细菌 |
| 4 硫氧化的关键酶和代谢途径 |
| 4.1 硫化物的氧化 |
| 4.2 硫代硫酸盐的氧化 |
| 5 多硫化物的结构特征、活性及生理作用 |
| 5.1 多硫化物的结构特征 |
| 5.2 多硫化物的活性 |
| 5.3 多硫化物的生理作用 |
| 6 现有的多硫化物检测方法 |
| 6.1 基于H_2S_n亲核性的检测方法 |
| 6.1.1 过硫化物介导的亲核芳香取代法 |
| 6.1.2 荧光探针法 |
| 6.2 基于多硫化物中硫烷硫亲电性的检测方法 |
| 6.2.1 氰化物法 |
| 6.2.2 应用荧光探针检测多硫化物 |
| 6.3 改进的生物素开关法 |
| 6.4 标签开关法 |
| 7 本论文主要研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建 |
| 1 引言 |
| 2 氧化还原敏感型绿色荧光蛋白探针 |
| 2.1 GFP的结构与发光机制 |
| 2.2 氧化还原敏感型绿色荧光蛋白探针的构建 |
| 3 多硫化物敏感型绿色荧光蛋白探针 |
| 4 研究材料与方法 |
| 4.1 菌株和质粒 |
| 4.2 引物 |
| 4.3 主要药品和试剂(盒) |
| 4.4 主要仪器设备 |
| 4.5 试剂配制 |
| 4.5.1 DNA电泳相关试剂 |
| 4.5.2 蛋白纯化相关试剂 |
| 4.6 多硫化物的制备 |
| 4.7 谷胱甘肽过硫化物的制备 |
| 4.8 对活性硫敏感的GFP突变体的理性设计 |
| 4.9 蛋白质表达、纯化及与多硫化物的反应 |
| 4.10 氧化还原中点电位的测定 |
| 4.11 蛋白质串联质谱分析 |
| 4.12 SSP4探针检测E.coli胞内多硫化物 |
| 4.13 胞内多硫化物水平的分析 |
| 4.14 统计学分析 |
| 5 结果与分析 |
| 5.1 基于结构的多硫化物敏感型GFP探针的设计 |
| 5.2 多硫化物敏感型GFP探针的光谱分析 |
| 5.3 psGFPs与HSSH或H_2_O2反应后的蛋白串联质谱分析 |
| 5.4 psGFP1.1/psGFP1.4与HSSH和GSSH的反应 |
| 5.5 氧化还原电位和pH值对psGFP1.1的影响 |
| 5.6 GSH与氧化态psGFP1.1的反应 |
| 5.7 E.coli胞内的多硫化物水平分析 |
| 5.8 S.cerevisiae亚细胞结构中多硫化物的分布 |
| 6 讨论 |
| 6.1 基于GFP的多硫化物敏感型探针的设计 |
| 6.2 多硫化物中硫烷硫的转移与多硫键的形成 |
| 6.3 S.cerevisiae亚细胞结构中多硫化物的产生 |
| 7 小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 DUF442/Rd12-psGFP融合蛋白探针的构建 |
| 1 引言 |
| 2 常见的融合蛋白探针 |
| 2.1 roGFP2与谷氧还蛋白的融合 |
| 2.2 roGFP2与过氧化物酶的融合 |
| 2.3 roGFP2融合蛋白探针与其它基因编码氧化还原探针的比较 |
| 3 研究材料与方法 |
| 3.1 菌株和质粒 |
| 3.2 引物 |
| 3.3 主要药品和试剂(盒) |
| 3.4 主要仪器设备 |
| 3.5 试剂配制 |
| 3.5.1 DNA电泳相关试剂 |
| 3.5.2 蛋白纯化相关试剂 |
| 3.6 培养基的配制 |
| 3.7 多硫化物的制备 |
| 3.8 质粒构建 |
| 3.9 TSB化学转化法 |
| 3.10 融合蛋白的表达与纯化 |
| 3.11 融合蛋白的荧光同步扫描和氧化态比例的测定 |
| 3.12 统计学分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 DUF442-psGFP融合蛋白的氧化态比例和激发光谱 |
| 4.2 Rd12-psGFP融合蛋白的氧化态比例和激发光谱 |
| 4.3 psGFP蛋白的氧化态比例和激发光谱 |
| 4.4 三种蛋白的特征比较 |
| 5 讨论 |
| 5.1 影响融合蛋白活性的因素分析 |
| 5.1.1 融合蛋白的结构域顺序 |
| 5.1.2 氧化还原酶的活性 |
| 5.1.3 链接肽的设计 |
| 5.1.4 氧化还原酶和荧光蛋白之间的位置关系 |
| 5.2 DUF442和Rd12蛋白具有硫转移酶活性 |
| 5.3 RhoD的催化机制 |
| 5.4 DUF442和Rd12蛋白活性中心的微环境分析 |
| 6 小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 psGFP探针在海洋玫瑰杆菌R.pomeroyi DSS-3硫代谢研究中的应用 |
| 1 引言 |
| 2 研究材料与方法 |
| 2.1 菌株和质粒 |
| 2.2 引物 |
| 2.3 主要药品和试剂(盒) |
| 2.4 主要仪器设备 |
| 2.5 试剂配制 |
| 2.5.1 化学感受态制备及转化相关试剂 |
| 2.5.2 DNA电泳相关试剂 |
| 2.6 培养基的配制 |
| 2.7 菌株保存 |
| 2.8 卡那霉素和氯霉素的抗菌实验 |
| 2.9 TSB法化学感受态制备 |
| 2.10 TSB化学转化法 |
| 2.11 质粒构建 |
| 2.12 psGFP检测生长周期中胞内多硫化物水平的变化 |
| 2.13 roGFP检测生长周期中胞内氧化还原状态的变化 |
| 2.14 psGFP检测细菌转化有机/无机硫源生成多硫化物水平的变化 |
| 2.15 roGFP检测细菌转化有机/无机硫源过程中氧化还原状态的变化 |
| 2.16 mBBr衍生法检测亚硫酸盐和硫代硫酸盐的产生 |
| 2.17 统计学分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 R.pomeroyi DSS-3培养条件的优化 |
| 3.2 卡那霉素和氯霉素最低抑菌浓度的确定 |
| 3.3 R.pomeroyi DSS-3生长周期中胞内多硫化物水平的变化 |
| 3.4 R.pomeroyi DSS-3生长周期中胞内氧化还原状态的变化 |
| 3.5 R.pomeroyi DSS-3内源性多硫化物的产生和代谢途径分析 |
| 3.6 R.pomeroyi DSS-3转化有机/无机硫源生成多硫化物水平分析 |
| 3.7 R.pomeroyi DSS-3转化有机/无机硫源过程中氧化还原状态的变化 |
| 3.8 R.pomeroyi DSS-3转化有机/无机硫源生成多硫化物的途径 |
| 3.9 R.pomeroyi DSS-3将多硫化物氧化生成硫代硫酸盐 |
| 3.10 R.pomeroyi DSS-3将多硫化物氧化生成硫代硫酸盐的机制 |
| 4 讨论 |
| 4.1 R.pomeroyi DSS-3内源性多硫化物的产生 |
| 4.2 R.pomeroyi DSS-3中DMSP的代谢机制 |
| 4.3 推测的R.pomeroyi DSS-3中的多硫化物代谢模型 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间获得的学术成果及奖励 |
| 外文论文 |
| 附件 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（9）高效硫键催化剂的设计、弱相互作用机制和催化环化反应研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 硫键弱相互作用的发现及其在生理活动中的作用 |
| 1.3 硫键弱相互作用的理论研究 |
| 1.4 硫键弱相互作用在晶体材料构建和超分子自组装中的应用 |
| 1.5 硫键弱相互作用参与的阴离子识别和阴离子传输 |
| 1.6 硫键弱相互作用在催化反应中的研究 |
| 1.7 参考文献 |
| 第二章 高活性硫键催化剂的发现及其在催化环化反应中的应用 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.3 结论 |
| 2.4 实验部分 |
| 2.5 参考文献 |
| 第三章 双硫键弱相互作用催化策略的提出及其在催化环化反应中的应用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.3 结论 |
| 3.4 实验部分 |
| 3.5 参考文献 |
| 第四章 全文总结与展望 |
| 4.1 研究结果总结 |
| 4.2 未来发展趋势 |
| 攻读博士学位期间研究成果 |
| 致谢 |
| 附录: 催化剂、原料和产物NMR谱图 |
| 附件1 |
| 附件2 |
（10）火星沙丘地貌研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 选题背景和研究意义 |
| 1.1.1 选题背景 |
| 1.1.2 研究意义 |
| 1.2 火星沙丘地貌研究进展 |
| 1.2.1 研究历史 |
| 1.2.2 主要科学论题和研究现状 |
| 1.3 研究内容与技术路线 |
| 1.3.1 研究内容 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 1.4 行文思路和章节内容 |
| 第2章 火星概况 |
| 2.1 火星的基本参数 |
| 2.2 火星的形成与演化 |
| 2.3 火星地质历史 |
| 2.4 火星地质与地貌 |
| 2.5 火星大气与气候 |
| 2.6 火星地表岩石和矿物特征 |
| 第3章 火星沙丘地貌的形成条件 |
| 3.1 火星沉积物特征 |
| 3.1.1 火星沉积物元素特征 |
| 3.1.2 火星沉积物矿物组成特征 |
| 3.1.3 火星沉积物粒度特征 |
| 3.2 火星风沙沉积物的形成环境 |
| 3.3 火星风沙边界层特征 |
| 3.3.1 火星近地层风况特征 |
| 3.3.2 火星地表风沙流特征 |
| 第4章 火星沙丘地貌类型与形态 |
| 4.1 控制沙丘形态的主要因素 |
| 4.2 地球沙丘地貌的分类 |
| 4.2.1 基于“自组织过程”的沙丘分类 |
| 4.2.2 基于植被控制要素的沙丘分类 |
| 4.2.3 基于地形控制要素的沙丘分类 |
| 4.3 数据来源和研究方法 |
| 4.3.1 研究数据 |
| 4.3.2 研究方法 |
| 4.4 火星沙丘地貌分类系统 |
| 4.5 各类型沙丘地貌的形态特征 |
| 4.6 小结 |
| 第5章 火星沙丘地貌分布 |
| 5.1 研究数据与方法 |
| 5.1.1 研究数据 |
| 5.1.2 研究方法 |
| 5.2 火星沙丘地貌的面积 |
| 5.3 沙丘地貌的经纬向分布 |
| 5.4 各类型沙丘地貌的分布 |
| 5.5 各地貌单元沙丘的分布 |
| 5.6 陨击坑内沙丘地貌的分布 |
| 5.7 沙丘地貌密度的空间分布 |
| 5.8 小结 |
| 第6章 火星沙丘地貌格局 |
| 6.1 研究数据与方法 |
| 6.2 火星沙丘地貌形态的总体特征 |
| 6.2.1 形态学参数的概率分布 |
| 6.2.2 形态学参数之间的关系 |
| 6.3 火星沙丘地貌的空间组合特征 |
| 6.3.1 小尺度范围沙丘地貌的空间组合特征 |
| 6.3.2 中尺度范围沙丘地貌的空间组合特征 |
| 6.3.3 全球尺度范围沙丘地貌的空间组合特征 |
| 6.4 小结 |
| 第7章 基于CRISM的火星沙丘沉积物特征分析 |
| 7.1 数据来源和研究方法 |
| 7.1.1 实验数据和处理方法 |
| 7.1.2 调查区域的选择 |
| 7.1.3 矿物类型的识别 |
| 7.2 火星沙丘沉积物光谱特征 |
| 7.3 火星沙丘矿物类型的全球分布特征 |
| 7.4 火星沙丘矿物组成对沙源形成的启示 |
| 7.5 小结 |
| 第8章 火星沙丘地貌的形成 |
| 8.1 火星风沙沉积物的来源 |
| 8.1.1 火星潜在的沙源 |
| 8.1.2 干燥寒冷环境下沙源的形成 |
| 8.1.3 火星沙源特征 |
| 8.2 火星沙丘地貌的起源 |
| 8.3 各类型沙丘地貌形成和演化过程的推断 |
| 8.4 小结 |
| 第9章 柴达木盆地与火星博勒拉峡谷线形沙丘类比研究 |
| 9.1 研究区概况 |
| 9.2 数据来源与研究方法 |
| 9.2.1 沙丘形态测量 |
| 9.2.2 沉积物采集和测量 |
| 9.2.3 风洞流场模拟实验 |
| 9.3 沙丘分布与形态特征 |
| 9.4 沉积物特征 |
| 9.5 风况和穹状沙丘流场模拟 |
| 9.6 新月形沙丘向直线形沙垄的演化 |
| 9.7 关于直线形沙垄形成和演化的探讨 |
| 9.7.1 控制直线形沙垄形态的主要因素 |
| 9.7.2 博勒拉峡谷直线形沙垄的形成与演化 |
| 9.8 小结 |
| 第10章 火星沙丘地貌对环境的反映 |
| 10.1 数据来源与研究方法 |
| 10.2 火星沙丘地貌发育的地形环境 |
| 10.3 火星沙丘地貌发育的风沙环境 |
| 10.3.1 沙丘地貌对火星风沙系统的反映 |
| 10.3.2 沙丘地貌对火星风况的反映 |
| 10.3.3 沙丘地貌对火星沙源丰富度的反映 |
| 10.4 不同气候环境下的火星沙丘地貌 |
| 10.5 小结 |
| 第11章 初步结论与研究展望 |
| 11.1 初步结论 |
| 11.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间研究成果 |
四、DSS晶体的CARS光谱研究（论文参考文献）
- [1]增强采样方法整合小角X射线散射数据模拟高度柔性蛋白质的动态结构[D]. 丁成涛. 中国科学技术大学, 2021(09)
- [2]人的AKT1启动子及其mRNA的3’-UTR区域中G-四链体结构的鉴定和功能研究[D]. 张兰兰. 东北林业大学, 2021
- [3]多组学分析越南人参皂苷类成分的代谢差异及生物合成[D]. 刘璐. 云南中医药大学, 2021
- [4]金属有机框架衍生材料的制备及应用[D]. 赵怀远. 浙江大学, 2021
- [5]钢轨材料的高温及电化学腐蚀机理研究与高压模拟计算[D]. 李宪哲. 中原工学院, 2021(08)
- [6]细菌纤维素制备及其对肥胖小鼠生理机能和肠道微生态影响的研究[D]. 王珊珊. 福建师范大学, 2020(12)
- [7]抗炎单药的智能响应性纳米载药系统的构建及活性评价[D]. 沈翠云. 北京化工大学, 2020(02)
- [8]基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建及其在海洋细菌硫代谢研究中的应用[D]. 胡欣. 山东大学, 2020
- [9]高效硫键催化剂的设计、弱相互作用机制和催化环化反应研究[D]. 王伟. 山东大学, 2020(08)
- [10]火星沙丘地貌研究[D]. 李超. 陕西师范大学, 2020