一、几种脊椎动物肠道病毒中的一种高密度成分（论文文献综述）
詹凡玢[1]（2019）在《团头鲂tlrs及irfs基因的克隆、表达及其功能研究》文中研究指明团头鲂（Megalobrama amblycephala）是我国特有的经济淡水鱼类之一,但是随着团头鲂养殖密度的增加以及养殖环境的恶化,导致其抗病能力降低,病害频发,尤其是由嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）感染引起的细菌性败血症严重影响了团头鲂养殖业的发展,造成了巨大的经济损失,为了解决鱼类养殖中病害多发的问题,越来越多的研究学者开始研究鱼类的免疫应答反应及其调控机制。因此,本研究通过对团头鲂Toll样受体（toll like receptors,tlrs）及干扰素调节因子（interferon regulatory factors,irfs）基因表达及其功能等方面进行分析,有利于掌握其在调节团头鲂抗细菌免疫应答中的作用,为鱼类细菌性疾病的预防和治疗提供基础参考资料。本研究主要结果如下:1.鉴定出4个能够特异性识别细菌组分的tlrs基因,分别为团头鲂tlr5a（Matlr5a）、Matlr5b、Matlr9和Matlr21。序列分析表明,4个MaTlrs都具有典型的TLR蛋白结构特征,包括胞外LRR（Leucine-rich repeat）结构区域,胞内TIR（Toll/interleukin-1 receptor）结构区域及跨膜TM（Transmembrane）结构区域,并预测了胞外LRRCT结构域和胞内TIR结构域的蛋白质3D结构,分析发现二者均呈现较为保守的结构特征,并且LRRCT结构域符合α螺旋和β折叠串联结构的特征。系统进化分析显示MaTlr5a、MaTlr5b、MaTlr9和MaTlr21分别属于TLR5亚家族,TLR7亚家族和TLR11亚家族。利用荧光定量PCR方法检测Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21基因在组织中的表达量,结果显示,其在所有检测的组织中均有表达,并且在免疫器官和淋巴样组织中的表达量相对较高。此外研究还发现,嗜水气单胞菌可以有效的诱导Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21基因在感染后团头鲂的肝脏、脾脏、肾脏、肠和鳃中上调表达。2.克隆得到11个团头鲂irfs（Mairfs）基因,利用Clustal W和SMART在线分析蛋白质序列特征,结果显示,这11个蛋白质都属于非跨膜蛋白并且无信号肽序列,除了MaIrf1和MaIrf2,其余MaIrfs都含有两个保守功能域:IRF和IRF3功能域。预测11个MaIrfs蛋白质的氨基端和羧基端3D结构,结果显示,同一家族的Irfs因子蛋白质的氨基端结构几乎一样,显示出极高的保守性。系统进化分析显示11个MaIrfs分别属于IRF1亚家族,IRF3亚家族,IRF4亚家族和IRF5亚家族。利用荧光定量PCR方法检测了11个Mairfs基因在组织中的表达情况,发现其在所有检测的组织均有表达,而且在免疫器官和淋巴样组织中的表达量相对较高。研究还发现,嗜水气单胞菌感染团头鲂后,可以有效的调控这些基因在肝脏、脾脏、肾脏、肠和鳃中的表达变化,参与机体抗嗜水气单胞菌的免疫应答。通过原核表达系统获得团头鲂核因子κB抑制蛋白β（MaIκB-β）可溶性蛋白,以及MaIrf1和MaIrf2不可溶蛋白,并对其进行抗菌性试验,结果显示获得的MaIκB-β可溶性蛋白在体外试验中并没有抗菌作用,但Western-Blot（WB）和Immuno-Fluorescence（IF）试验结果显示在嗜水气单胞菌感染的过程中,干扰素调节因子与炎症因子都参与了抗菌免疫应答。3.通过构建真核表达质粒,在鲤EPC细胞研究了团头鲂4个Matlrs在信号传导过程中功能的相似性及差异性,利用GFP融合蛋白对其进行亚细胞定位,激光共聚焦结果显示MaTlr5a、MaTlr5b、MaTlr9和MaTlr21蛋白质都位于细胞质中,其中MaTlr5a和MaTlr5b与早期内涵体和晚期内涵体位于不同位置,而MaTlr9和MaTlr21与早期内涵体和晚期内涵体都位于同一位置。利用过表达载体研究Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21全长基因对干扰素相关免疫因子的转录调控,结果表明其均能诱导irf3、irf7、isg15、mx1、pkr和viperin的上调,说明团头鲂4个Matlrs的信号传导过程是相似的,但是其上调的时间与上调基因表达量的程度是不同的,对viperin、isg15和irf7上调程度较高,pkr上调程度最小,而且Matlr5b最先调控干扰素通路,可能发挥主要功能,Matlr21最后调控,可能在信号传导过程中发挥辅助作用。因此它们在执行功能中可能有差异,但是都能够参与机体抗病原体的免疫应答。4.利用克隆方法获得6个Mairfs启动子序列,序列分析发现其启动子序列中都有核转录因子κB（NF-κB）位点。利用双荧光素酶报告试验探究了Matlrs对Mairfs启动子的调控关系,而且在人类293T细胞和鲤EPC细胞这两种细胞系中得到的结果相似,说明此信号传递的过程不受物种限制。双荧光素酶报告试验结果显示团头鲂Matlr5a和Matlr9能够促进Mairf7启动子活性,但是不能促进其他基因的启动子活性;Mairf5b能够促进Mairf1和Mairf7启动子的活性,而Matlr21并不能促进任何Mairfs启动子活性,说明Matlrs对Mairfs启动子的调控较为复杂。利用细胞凋亡试验研究过表达Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21后,在细菌感染细胞过程中对细胞凋亡的调控,试验结果显示MaTlr5a,MaTlr9和MaTlr21都能够在一定程度上抑制了细胞凋亡,而MaTlr5b在一定程度上促进了细胞凋亡。综上所述,在团头鲂Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21以及Mairf1、Mairf2、Mairf3、Mairf4a、Mairf4b、Mairf5、Mairf6、Mairf7、Mairf8、Mairf9和Mairf10在抵抗嗜水气单胞菌感染过程中能够调控机体免疫,通过二者的相互作用,能够更好的保护机体免受病原体的入侵,但是Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21在信号传导及行使功能过程中具有一定的差异,这为进一步探究鱼类Tlr及Irf信号通路在抗细菌过程中的调控奠定基础。
王依龙[2]（2020）在《凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对不同致病因素响应机制的研究》文中指出本研究以凡纳滨对虾（Penaeus vannamei）为对象,选取对虾养殖生产中较为突出的三种不同致病因素——黄曲霉毒素B1（AFB1）、高密度养殖、副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）作为胁迫因子,分别对健康的凡纳滨对虾进行胁迫实验,研究不同致病因素对凡纳滨对虾生长、抗氧化、免疫以及营养性能的影响,并结合转录组和微生物16S测序技术系统地研究了对虾肝胰腺和肠道对不同致病因子的潜在响应机制及其关联性。1、凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对投喂AFB1响应机制的研究实验选取体质健康的凡纳滨对虾（初始体重为2.55±0.08 g）为研究对象,分别投喂含有5 p.p.m.（实验组）和含有0 p.p.m.（对照组）AFB1的饲料,进行周期30天的养殖实验。分别在第3、6、12、18、24和30天进行生长指标测定,并收集肝胰腺和肠道样品进行研究。结果如下:实验组对虾的存活率和体重增率显着低于对照组（P<0.05）,且肝胰腺和肠道显微结构破坏严重;实验组肝胰腺和肠道消化酶活性和基因表达水平显着低于对照组（P<0.05）,且随着养殖时间延长不断降低;实验组肝胰腺和肠道超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）和谷胱甘肽过氧化物酶（GPX）活性显着高于对照组（P<0.05）,且呈先升高后降低的趋势;实验组中肝胰腺和肠道中的免疫基因（Toll、IMD、pro PO、Rab、GST）均显着高于对照组（P<0.05）,总体上呈现先升高后显着降低的趋势;转录组测序结果表明,在实验组肝胰腺和肠道中分别鉴定了12,410和1,387个差异表达基因（DEGs）,在肝胰腺中有1,995个DEGs被注释,其中有18条与免疫相关的通路或过程。在肠道中有152 DEGs被注释,其中有7条与免疫相关的通路或过程;肠道微生物16S测序结果表明,随着实验天数的延长,实验组中变形杆菌门（Proteobacteri）、厚壁菌门（Firmicutes）、弧菌属（Vibrio）和发光细菌属（Photobacterium）的相对丰度明显增加,拟杆菌门（Bacteroidetes）和黄杆菌属（Flavobacterium＿sp＿M、Tenacibaculum）的相对丰度下降,且对照组的菌群数量和种类均比实验组丰富。以上结果说明,投喂含有5 p.p.m.AFB1的饲料会诱导凡纳滨对虾抗氧化和免疫系统损伤、造成肠道菌群组成紊乱（有益菌减少,有害菌增加）、消化系统抑制、组织结构损伤,从而导致对虾生长受到阻碍、死亡率升高。另外,相比于肠道,肝胰腺是响应AFB1感染的主要免疫器官,而肠道起了重要的代谢作用。2、凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对高密度养殖以及在高密度条件下对副溶血弧菌E1（VPE1）感染响应机制的研究实验选取体质健康的凡纳滨对虾（初始体重为7.52±0.12 g）为研究对象,将其分为高密度组（800尾/m3）和低密度组（400尾/m3）进行周期15天的养殖实验,然后,使用副溶血弧菌E1（VPE1）分别对高密度组和低密度组的凡纳滨对虾进行周期为72小时的感染实验,分别在不同密度养殖实验的第5、10和15天以及攻毒实验的第12、24、48和72小时进行生长指标测定,并收集肝胰腺和肠道样品进行研究。实验结果如下:高密度组对虾存活率和体重得率显着低于低密度组（P<0.05）,且肝胰腺和肠道组织显微结构出现明显损伤;高密度组对虾肝胰腺和肠道消化酶活性和基因表达水平显着低于低密度组（P<0.05）,且随着实验时间延长不断降低;高密度组对虾肝胰腺和肠道中T-SOD、CAT和GPX活性显着低于低密度组（P<0.05）,总体上呈先升高后降低的趋势;在不同密度养殖实验的第15天,高密度组对虾肝胰腺和肠道中免疫基因（Toll、IMD、Pro PO、LZM、Relish）的表达量均显着高于低密度组（P<0.05）,VPE1感染后,呈先升高后降低的趋势;转录组测序结果表明,在不同密度养殖实验的第15天,在高密度组对虾肝胰腺中共鉴定了45个DEGs,并富集到4条与免疫相关的通路或过程,而在肠道中鉴定了5,470个DEGs,并富集到17条与免疫相关的通路或过程;VPE1感染第48小时,在高密度组对虾肝胰腺中鉴定了639个DEGs,富集到免疫相关通路或过程14条,在肠道中鉴定了279个DEGs,富集到免疫相关通路或过程5条;微生物16S测序结果表明,在不同密度养殖的第15天,高密度组对虾肠道中拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、假替单胞菌属（Pseudoalteromonas）和Blastopirellula的相对丰度降低,浮门菌门（Planctomycete）、发光细菌属（Photobacterium）和弧菌属（Vibrio）的相对丰度增加。以上结果表明,高密度养殖（800尾/m3）会抑制凡纳滨对虾的生长、破坏肝胰腺和肠道组织形态结构、损伤免疫和抗氧化系统,进而导致其抵御副溶血弧菌侵染的能力下降,最后由于疾病感染造成更高的死亡率;同时高密度养殖不仅导致对虾肝胰腺和肠道大量差异基因表达,还造成肠道有益菌群的种类和数量减少,有害菌群增加。另外,相比于肝胰腺,肠道对密度胁迫更为敏感。3、凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对VPE1感染响应机制的研究实验选取体质健康的凡纳滨对虾（初始体重为12.28±0.10 g）为研究对象,将其分为VPE1感染组（实验组）和对照组进行周期为3天的攻毒实验,并收集了攻毒后第48小时的肝胰腺和肠道样品进行了转录组测序。结果如下:实验组对虾的死亡率要显着高于对照组（P<0.05）,同时,VPE1感染导致对虾肝胰腺产生2,628个DEGs,其中有2,489个基因显着上调,139个基因显着下调,总共富集到27条免疫相关通路或过程;同时,在肠道中鉴定了1,963个DEGs,其中有1,732个基因表达显着上调,231个基因显着下调,总共富集到27条免疫相关通路或过程。以上结果表明,感染VPE1会诱导对虾肝胰腺和肠道大量差异基因表达,进而引起肝胰腺和肠道免疫相关通路紊乱,最终导致其死亡率升高。另外,相比于肠道,肝胰腺是响应VPE1感染的主要免疫器官。4、凡纳滨对虾肝胰腺与肠道免疫响应不同致病因素潜在关联性的初步探究本研究利用转录组和生物信息学技术,分别对AFB1、密度胁迫和VPE1三种不同致病因子所引起的凡纳滨对虾肝胰腺和肠道在转录水平上的差异和联系进行了整合分析,结果表明:以上三种致病因子条件下对虾肝胰腺和肠道中差异基因所富集到的共有的GO功能条目有7条,而共有的KEGG通路有18条,其中有5条与免疫相关,包括凋亡、吞噬、AMPK信号转导、抗原处理及呈递和EB病毒感染。因此推测,这些通路可能是肝胰腺与肠道在免疫防御功能上具有潜在关联性的通路或过程。
董元秋[3]（2019）在《越冬白头鹤肠道微生物群落结构组成的时空变化及其影响因素的研究》文中研究指明肠道微生物在机体维持健康中发挥重要的作用,其群落组成受到内源和外源因素的影响。内源因素包括遗传、性别等因素;外源因素包括季节、空间等环境因子。鸟类由于具有飞翔能力,可以大范围、远距离传播和扩散微生物,因此其肠道微生物的研究倍受关注,特别是集群水鸟的肠道微生物研究已经成为关注的热点。迁徙水鸟肠道微生物多样性及其维持机制和功能解释将成为水鸟生态学研究的一个重点领域。本文以长江中下游流域的升金湖和菜子湖的越冬白头鹤（Grus monacha）为对象,采用非损伤技术获得粪便样品,并提取寄主粪便的总DNA,通过高通量测序技术（Illumina HiSeq）平台,进行16S rRNA高变区的PCR扩增测序,并进行生物信息学的分析,研究地理格局、季节动态、环境等因素对寄主肠道微生物群落复合体结构和功能的影响,阐明越冬白头鹤肠道微生物群落的组成特点和功能的响应。并取得以下主要结果:（1）越冬白头鹤肠道微生物优势微生物群落的组成主要由厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）。升金湖白头鹤肠道微生物群落中厚壁菌门占绝对优势,而菜子湖白头鹤肠道微生物中厚壁菌门和变形菌门的相对丰富度都比较高;升金湖越冬白头鹤肠道中的厚壁菌门的相对丰度随越冬期的推进显着增加,而变形菌门随越冬期的推进显着减少;菜子湖越冬白头鹤肠道中厚壁菌门相对丰度增加时,拟杆菌门的相对丰度相对减少。放线菌门的相对丰度随着越冬期的进行有显着的增加。此外,根据变差分析的结果显示,地理位置的变化对越冬白头鹤肠道微生物群落组成的影响最大,其次是季节变化,最后为食物差异。（2）基于16SrRNA测序数据,通过PICRUSt对微生物功能进行预测,结果表明越冬白头鹤肠道微生物的功能主要与物质和能量代谢有关。在空间水平上,两湖泊间白头鹤肠道微生物预测功能氨基酸代谢和能量代谢相关微生物都有明显差异菜子湖白头鹤肠道微生物预测功能氨基酸代谢明显高于升金湖,而升金湖越冬白头鹤肠道微生物能量代谢功能生物明显的高于菜子湖。在季节变化水平上,升金湖和菜子湖白头鹤肠道微生物基因预测功能随着越冬期的进行没有显着变化。（3）NMDS分析和相似性分析都表示性别的差异对肠道微生物的组成有一定的影响。但是Lefse分析在门水平上不同性别间并未检测到显着性的差异,并且在属的水平上仅有2个属有显着差异,且属的相对丰富度较低（<0.1%）。在雌性体内乳酸菌占有绝对优势,而在雄性体内螺旋杆菌占有绝对优势。（4）越冬白头鹤与同一栖息地的越冬白额雁的肠道微生物的基本组成是由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门等。通过alpha多样性分析和beta多样性分析,说明了越冬白头鹤和越冬白额雁肠道微生物的结构组成存在显着性的差异,并且越冬白额雁的alpha多样性指数明显的高于越冬白头鹤的alpha多样性指数。两种迁徙鸟类肠道中存在病原菌类,其中人类共感染的肠道微生物包括螺杆菌属（Helicobacter）,梭菌属（Clottridium）,肠球菌属（Enterococus）,分支杆菌属（Mycobacterium）和红球菌属（Rhodoccus）。
韩晴[4]（2020）在《脊椎动物载脂蛋白起源进化和七鳃鳗LAL2抗菌功能研究》文中研究表明载脂蛋白（Apolipoprotein,APO）,是组成血浆脂蛋白的重要成分,主要在肝脏和小肠中合成,能够结合并运输血脂到机体各组织进行代谢及利用。除此之外,载脂蛋白在病原体的防御中也发挥着一定的作用。在漫长的演化史中,载脂蛋白多基因家族的进化历程以及其原始功能特征知之甚少。因此,鉴定七鳃鳗中的载脂蛋白分子LAL1和LAL2将对明确脊椎动物载脂蛋白家族分子的进化历程具有重要意义,此外,探究七鳃鳗载脂蛋白分子LAL2的结构与功能不仅还原载脂蛋白最原始的特征,且为七鳃鳗血清免疫学研究奠定基础。本论文的主要研究内容包括以下几个方面:应用细胞转染在HEK293T细胞中过表达lal2基因,完成了真核转录组测序和转录组数据结果的分析。通过对差异表达基因聚类,差异表达基因功能富集GO分类,KOG分类与KEGG分类分析,预测了LAL2潜在的生物学功能,结果表明LAL2可能在七鳃鳗生长发育中发挥着重要作用,参与病原体入侵的免疫应答,以及脂质合成和代谢。在雷氏七鳃鳗基因组数据库中找到了七鳃鳗血浆载脂蛋白LAL2和LAL1,利用Genomicus在线网站、MEGA7.0软件、MEME在线网站对LAL2、LAL1和其他物种载脂蛋白A、C、E家族氨基酸序列进行共线性、系统发育树以及基序分析,证明了七鳃鳗LAL2、LAL1是脊椎动物载脂蛋白的祖先。其中lal2相对于lal1处于进化的原始地位,lal2从文昌鱼apoa1中获得了基序4、5,通过丢失基序5倒位转座插入到其他Scaffold上形成了lal1基因。推测祖先载脂蛋白基因在早期分化过程中可能同时受到不同的选择压力,其进化的顺序可能是:LAL2/LAL1—APOA1/APOA4/APOE—APOA2/APOC1/APOC2—APOC3/APOA5—APOC4。金黄色葡萄球菌、鳗弧菌、Poly I:C免疫七鳃鳗后,血清中LAL2的蛋白水平明显上调,证明LAL2确实参与抗细菌和病毒的免疫反应;扫描电镜结果显示金黄色葡萄球菌和大肠杆菌经LAL2孵育后,菌体裂解,内容物外泄,出现死亡现象;Western blot和ELISA结果表明LAL2可以与金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌结合,且与菌体表面成分LTA、LPS、PGN、MDP相互作用。本研究证明了七鳃鳗LAL1、LAL2通过基因复制和重组形成了脊椎动物载脂蛋白A、C、E基因家族,这不仅有助于绘制脊椎动物载脂蛋白多基因家族的进化史,而且还提供了对载脂蛋白多样化功能特性的新见解。同时揭示了七鳃鳗LAL2作为血清中的效应分子,参与免疫应答,模式识别以及抗菌过程,为七鳃鳗血清免疫防御系统的探索奠定了基础。
于智慧[5]（2019）在《鸡蛋高密度脂蛋白对脂质代谢的影响及机制研究》文中提出鸡蛋高密度脂蛋白（EYHDL）,又叫做卵黄脂磷蛋白,是蛋黄（EY）中第二大类脂蛋白,其具有高磷脂、降血压的特点,是潜在的脂质代谢调节因子。本课题以EYHDL为研究对象,首先从鸡蛋EY分离制备高纯度EYHDL,并对其结构及脂质组成进行表征;利用小鼠营养干预实验,研究EYHDL对小鼠脂质代谢影响;通过对小鼠血清及肝脏脂质组进行系统分析,探究EYHDL对脂质代谢的可能作用;结合体外细胞实验,对细胞脂质及代谢物进行系统分析,找寻EYHDL调控脂质代谢的相关通路;最后开展体外细胞实验对其调控代谢通路进一步验证。主要研究内容和结果如下:（1）建立了一种双水相提取EYHDL的方法,比较了NaCl和（NH4）2SO4两种盐溶液对EYHDL粗品纯度和提取率的影响,结果表明利用NaCl结合PEG的方法可制备纯度较高的EYHDL,在pH 4.5,聚乙二醇（PEG6000）添加量为4%时其纯度（83.0%）和提取率（73.7%）最高。此方法不仅简化了步骤,而且环保高效。利用DEAE-650M阴离子柱实现了EYHDL的高效纯化,随后对纯化后EYHDL的粒径和二级结构分析,发现其粒径在10-20 nm左右,且其蛋白的二级结构以α-螺旋和β-转角为主,表明此方法得到了结构稳定的EYHDL。（2）利用超高效液相色谱串联质谱（UPLC-MS/MS）和气相质谱（GC-MS）分析了EYHDL的脂质组分。结果表明,磷脂酰胆碱（PC）为EYHDL中含量最高的脂质组分,与EY相比,其甘油三脂（TG）的含量约为EY的1/4,其含有较高水平的脂酰胆碱（PC）,磷脂酰肌醇（PI）和甘油二酯（DG）（p<0.05）。差异脂质比较结果表明,在ES+模式下,一共检测到22种TG差异脂质,其在EYHDL中的含量均显着低于EY（p<0.01）。在ES-模式中,一共检测到30种差异脂质,包括10种P-胆碱类（9种PC,1种溶血磷脂酰胆碱（LPC））,15种P-乙醇胺类（3种磷脂酰乙醇胺（PE）,2种溶血磷脂酰乙醇胺（LPE））,4种PI和1种鞘磷脂（SM）。相比于EY,EYHDL大多数PC和PE差异脂质显着提高（p<0.01）。此外,GC-MS结果显示,EYHDL较EY含有更高水平的C18:1和C22:6,以及更低水平的C16:0（p<0.05）。（3）建立为期100天的高脂诱导代谢综合征（MetS）小鼠模型,研究EYHDL对血脂相关指标以及与脂代谢有关基因表达的影响。结果显示,相比高脂（HFD）对照组,EYHDL摄入显着抑制了小鼠体重增加和腹部脂肪组织积累,同时降低了血清低密度脂蛋白-胆固醇（LDL-C）和TG浓度,以及肝脏TG和总胆固醇（TC）（p<0.05）。此外,EYHDL摄入也增加了小鼠TC排泄量,减轻了脂肪肝病症,改善了葡萄糖和胰岛素耐受性。并对HFD组小鼠肝甾醇调节元件结合蛋-1c（SREBP-1c）,乙酰辅酶A羧化酶1（ACACA）,脂肪酸合成酶（Fasn）,甘油-3-磷酸酰基转移酶（GPAT）和硬脂酰辅酶A去饱和酶（SCD1）等相关基因的上调产生抑制作用。（4）利用GC-MS分析血清、肝脏和粪便中脂肪酸（FA）种类及含量的变化。结果表明,与HFD组相比,EYHDL可显着降低小鼠血清中总脂肪酸（∑FA）和饱和脂肪酸（SFA）如C18:0和C16:0水平,以及肝脏中SFA（C14:0和C12:0）、单不饱和脂肪酸MUFA,C16:1、C16:0和C18:1和多不饱和脂肪酸PUFA,C18:3和C18:2水平（p<0.05）,并促进PUFA如C18:2和C20:3的外排。随后利用UPLC-MS/MS对60天和100天小鼠血清和肝脏脂质组进一步分析。与HFD相比,EYHDL可显着降低血清中PC、FA和TG,并显着提高肝脏中PI和SM（p<0.05）。随后利用正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）找寻差异脂质,在血清中一共检测到10种脂质标志物,其中5种PI,PI（16:0/18:2）,PI（16:0/20:4）,PI（18:0/20:3）,PI（18:0/20:4）和PI（18:1/20:4）显着下调（p<0.01）。肝脏中一共检测到8种下调DG,DG（16:0/18:2）,DG（18:1/18:2）,DG（18:1/20:4）,DG（18:2/18:2）,DG（18:2/20:4）,DG（18:2/22:6）,DG（18:3/18:2）,和DG（22:5/18:2）,2种下调TG(TG（18:1/20:3/22:6）,TG（18:1/22:5/22:6）和3种下调的FA（C20:4,C20:5和C22:6）（p<0.01）,通过代谢通路分析,得出差异脂质涉及到的主要代谢通路为甘油磷脂代谢。（5）建立了体外油酸（OA）诱导HepG2细胞脂肪肝模型,探究EYHDL对于脂肪肝形成的调控机制。结果表明,EYHDL可显着抑制肝细胞内TG脂滴的积累,同时提高细胞内LPE及磷脂酰丝氨酸（PS）含量（p<0.05）。差异脂质结果表明,相比于OA对照组,EYHDL可显着降低TG,并显着提高与脂肪肝形成负相关的LPC、酰基肉碱（CAR）及神经酰胺类（Cer）等物质（p<0.05）,代谢通路分析也证实甘油磷脂代谢是最为相关的代谢路径。此外,利用ESI-QTRAP-MS/MS对下游代谢物分析,在正负离子模式下分别检测到297和230种代谢物。与OA对照组相比,一共鉴定到9种差异代谢物,分别是7种卵磷脂类（LPE 16:0,LPA 16:0,LPC 16:0,LPC18:0,LPC 20:2,LPC 17:0和LPC 18:3）,1种甘油磷酸酯（Glycerol 3-phosphate）和1种脂质（PAF C-16）,其中所有检测到的差异代谢物均在OA+EYHDL组中显着下调（p<0.01）。对代谢通路进行分析,其中甘油磷脂代谢和胆碱代谢是最相关代谢。因此,脂质组和代谢组相关路径分析均表明EYHDL作用机制与甘油磷脂代谢有关,与小鼠实验得到的相关代谢通路相互印证。（6）对甘油磷脂代谢路径进一步验证,长链脂肪酸（LCFA）作为甘油磷脂代谢的原料,其转运吸收异常可造成甘油磷脂代谢紊乱。因此,建立Caco-2和HepG2共培养体系,以评估EYHDL对于6种长链脂肪酸C14:0,C16:0,C16:1,C18:0,C18:1,C18:2转运动态吸收的影响。结果表明,EYHDL可抑制C16:1和C18:2从Caco-2单层膜AP端相BL端的转运,并抑制C16:0、C18:0和C18:1在HepG2细胞中积累,进一步降低TG油滴的积累。对LCFA转运相关蛋白进行Western-blot和RT-qPCR分析,结果表明,EYHDL通过抑制Caco-2脂肪酸转运蛋白2（FATP2）和脂肪酸结合蛋白pm（FABPpm）从而抑制C16:1和C18:2的转运。同时还降低HepG2细胞SREBP-1c及其下游脂肪生成基因ACACA和SCD1的表达,抑制LCFA在肝组织中合成TG。
D.J.Rowlands,谢庆阁[6]（1977）在《几种脊椎动物肠道病毒中的一种高密度成分》文中进行了进一步梳理在脊髓灰质炎病毒（Ⅰ型）、科赛奇B5病毒、一种牛的肠道病毒（VG-5-27）和猪水泡病病毒（SVDV）的收获物中,除了聚集在密度为1.34克/毫升的氯化铯中的主要感染性成分（“轻组分”）以外,还发现了一种密度为1.44克/毫升的成分（“重组分”）。对SVDV而言,约有98％的感染力平衡在1.34克/毫升的部位,还有近2%在1.44克/毫升的部位上形成一个高峰。此两种形式的形态学相似,但是重组分的直径（28mμ）比轻组分（30mμ）小。在新鲜的氯化铯梯度中进行重新离心,未见此两种形式发生相互转化,而且这两种成分有着相同的RNA和蛋白质比例以及相同的多肽成分。在复制过程中,每一种成分又都产生出同样比例的轻重两个组分,但是轻组分的比感染力约比重组分高4倍,并且在诱使豚鼠中和抗体的形成方面比重组分更有效力。尽管这些结果启示这两种颗粒是病毒的不同的稳定构型,但是,碘化作用未能揭示这两种形式在多肽的标记形式或程度方面有什么不同.
顾夕章[7]（2017）在《日本沼虾胆固醇营养需求及相关功能基因的研究》文中指出日本沼虾Macrobrachium nipponense,俗称青虾或河虾,是我国养殖产量较高的淡水虾类,年产量已达到26.51万吨。近年来,随着日本沼虾养殖规模的不断扩大和集约化程度的提高,营养齐全的专用商品配合饲料的开发已成为日本沼虾健康养殖可持续发展的关键因素之一。有关日本沼虾营养需求相关的遗传学基础研究仍不清楚,营养需求研究的针对性不强等,以至于市场上仍没有能满足日本沼虾生长和发育等营养需求的专业化商品配合饲料。已有的研究表明,胆固醇和磷脂是甲壳动物两种重要的营养元素。研究人员已对斑节对虾（Penaeus monodon）、锯缘青蟹（Scylla serrate）等水产甲壳动物胆固醇营养需求量进行过广泛研究,且已发现磷脂可能对甲壳动物胆固醇的营养作用存在影响。迄今,有关日本沼虾胆固醇营养需求及磷脂与胆固醇是否存在影响等未见报道,且很少对胆固醇的营养相关功能基因进行探讨。本文以日本沼虾为研究对象,通过胆固醇单因素添加水平投喂试验,以确定日本沼虾饲料中胆固醇的最适添加量;同时,介于磷脂可能对胆固醇的营养具有重要的影响,开展了胆固醇与磷脂的双因素不同添加水平的投喂实验研究;采用高通量测序技术,构建日本沼虾不同胆固醇添加水平的营养转录组文库并对其进行比较研究,并在同源分析和差异表达量比较分析的基础上筛选胆固醇营养相关的功能基因,并从中挑选了两个重要的功能基因（FAS基因和ERP基因）进行研究;运用RACE克隆技术、荧光定量PCR及不同胆固醇添加水平的投喂实验等,对筛选得到的胆固醇营养相关功能基因进一步探讨其与胆固醇营养功能相关的关系。1.饲料中添加不同水平胆固醇对日本沼虾生长、饲料利用、体组成及免疫指标的影响设计了六种等脂（8%粗脂肪）、等蛋白（40%粗蛋白）饲料,饲料中胆固醇的添加水平依次为0、3.0、6.0、9.0、12.0和15.0 gkg-1（添加胆固醇后的饲料总胆固醇的实测含量分别为2.8、5.6、8.7、11.5、14.8和17.6 g.kg-1）,对日本沼虾（初始体重0.1 7 ± 0.03 g）进行为期8周的饲养实验,以探讨饲料不同胆固醇添加水平对日本沼虾生长性能、饲料利用及非特异性免疫相关指标的影响。结果发现,当饲料中胆固醇的添加量达到9.0 g kg-1时,日本沼虾增重率（WG）和特定生长率（SGR）最大,并显着高于对照组（P<0.05）;胆固醇添加水平为6.0 g kg-1和0.0 g kg-1的两组饲料的饲料系数（FCR）显着低于其他各组（P<0.05）。通过二次回归分析可知,日本沼虾获得最高WG和SGR时,日本沼虾饲料最适胆固醇添加水平分别为9.99 gkg-1和8.70 gkg-1。各组间虾体水分、粗蛋白及脂肪含量差异均不显着（P>0.05）。饲料胆固醇添加水平9.0 g kg-1组日本沼虾肝胰腺总抗氧化能力（TAC）最大、且显着高于对照组和3.0 gkg-1添加水平组（P<0.05）;饲料胆固醇添加水平9.0 gkg-1组,日本沼虾肝胰腺谷胱甘肽过氧化物酶活力（GSH-PX）显着高于其他组（P<0.05）;9.0 gkg-1和12.0 gkg-1胆固醇添加组日本沼虾过氧化氢酶活性（CAT）显着高于对照组（P<0.05）;饲料胆固醇添加水平9.0 gkg-1组,日本沼虾肝胰腺丙二醛含量（MDA）最低,显着低于对照组（P<0.05）;各组日本沼虾肝胰腺组织超氧化物酶活性（SOD）无显着差异（P>0.05）;胆固醇添加水平9.0 gkg-1组日本沼虾碱性磷酸酶活性（AKP）和酸性磷酸酶活性（ACP）活性最高,显着高于其他组（P<0.05）。实验结果表明,摄食胆固醇添加水平为8.70～9.99 g kg-1饲料的日本沼虾获得了最佳的生长性能和饲料利用率,且日本沼虾肝胰腺的非特异性免疫指标处于最适水平。2.饲料中胆固醇与磷脂对日本沼虾生长性能及免疫指标的交互作用实验设计了三个胆固醇添加水平（低胆固醇组0 g kg-1、中胆固醇组10 g kg-1和高胆固醇组20 g kg-1）和三个磷脂添加水平（低磷脂组0 g kg-1、中磷脂组20 g kg-1和高磷脂组40 g kg-1）,采用3×3双因素交互设计,配制九组实验饲料投喂日本沼虾（初始体重0.15±0.01 g）,每组饲料设3个重复,每个重复50尾虾,实验养殖周期56 d,旨在探讨饲料中胆固醇和磷脂交互作用对日本沼虾生长性能及非特异性免疫指标的影响。研究发现,不同胆固醇水平组日本沼虾的存活率（SR）之间无显着的差异（P>0.05）不同胆固醇水平组日本沼虾末均重（FBW）、WG和SGR存在显着差异（P<0.05）。不同磷脂水平组日本沼虾SR、FBW、WG和SGR无显着差异（P>0.05）。胆固醇和磷脂的交互效应对日本沼虾FBW影响较显着（P<0.05）,而对日本沼虾SR、WG和SGR无显着影响（P>0.05）。不同胆固醇水平组日本沼虾SOD、GSH-Px、AKP和ACP各指标均存在显着差异（P<0.05）;不同磷脂水平组日本沼虾SOD、GSH-Px、AKP和ACP各指标均无显着差异（P>0.05）;胆固醇和磷脂的交互效应对日本沼虾肝胰腺SOD、GSH-Px、AKP和ACP等非特异性免疫指标的影响均较显着（P<0.05）。结果表明,饲料胆固醇和磷脂在日本沼虾生长性能方面的交互作用无显着体现;胆固醇和磷脂的交互作用对日本沼虾肝胰腺非特异性免疫指标影响作用显着,结合饲料磷脂对日本沼虾的生长性能和非特异性免疫指标的影响作用不显着,而饲料胆固醇的影响较显着,分析认为胆固醇在日本沼虾的生长性能和非特异免疫指标方面可能起着更为重要的作用。3.饲料不同胆固醇添加水平对日本沼虾基因表达的影响分别对投喂高、低两组胆固醇添加水平饲料（15.0和0.0 g kg1）的日本沼虾肠道、肝胰腺和肌肉等六个可能与胆固醇营养相关的组织进行了转录组比较分析,旨在探索日本沼虾饲料胆固醇营养相关的代谢通路和功能基因。通过测序和筛选,分别从肌肉、肠和肝胰腺组织中获得了大约44.64、506.2和44.88万条清洁数据;通过数据拼接共获得230946个U nigene。以低胆固醇饲料组日本沼虾相应组织为对照,依次从肠道转录组中获得346个差异表达基因,其中上调基因165个,下调基因181;从肝胰腺转录组中获得差异表达基因776个,含上调基因494个,下调基因282个;从肌肉转录组中获得差异表达基因2069,包括上调基因1 81 5个,下调基因254。分析这些基因可能与胆固醇的营养功能相关。此外,通过对富集的营养代谢通路的进一步分析,发现了胆固醇营养显着相关的重要通路,包括1)细胞色素P450通路;2)维生素代谢（如视黄醇、抗坏血酸）和生物合成（如叶酸、泛酸和辅酶A）通路;3)脂肪酸代谢和生物合成相关通路;4)免疫相关的通路,如抗原加工与呈现、吞噬体、溶酶体、谷胱甘肽代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢等。4.FAS基因和ERP基因的克隆、序列特征、组织表达模式及对饲料不同胆固醇水平的表达响应规律根据基因的功能注释,从构建的日本沼虾胆固醇营养相关转录组文库中所得到的差异基因中挑选出两种重要的功能基因脂肪酸合成酶基因（FAS）和蜕皮激素调节蛋白基因（ERP）,对其高度同源的序列进行克隆、序列分析、组织表达模式以及饲料不同胆固醇水平的表达响应规律探讨,以对这两个功能基因的结构、特征及表达规律进行初步认识和探索。4.1实验通过RACE克隆技术对从日本沼虾胆固醇营养相关转录组文库中筛选得到的FAS中间序列,分别进行5’端和3’端片段的扩增。根据DNAMAN软件拼接日本沼虾FAS中间序列、5’端和3’端扩增片段的测序结果获得日本沼虾FAS基因cDNA全序列。序列全长为8989 bp,包含7320 bp的开放阅读框（Open Reading Frame,ORF）,编码 2439 个氨基酸残基（Amino acid residues,aas）;5’和 3’端非编码区（Untranslated Regions.UTR）序列长度分别为96 bp和1573 bp。根据功能结构域预测分析可知,FAS蛋白含有3个保守结构域,分别是PKS结构域、FabD结构域和enovlred结构域。FAS氨基酸序列与凡纳滨对虾相似度最高,为68%;与榕小蜂（Ceratoolen solmsi marchali）和光肩星天牛（Anoplophora glabripennis）的相似度分别为48%、47%。通过系统进化树分析,日本沼虾和凡纳滨对虾进化关系最近。日本沼虾脂肪酸合成酶基因（FAS）在肝胰腺中的表达量显着高于其他各组织中的表达量（P<0.05）。与对照组相比,日本沼虾摄食添加胆固醇水平为3.0和6.0 gkg-1饲料后,肝胰腺中FAS基因表达量显着下降（P<0.05）;随着胆固醇添加水平的进一步增加,肝胰腺中FAS基因表达量又呈现逐渐上升的变化趋势,15.0 g kg-1胆固醇添加组日本沼虾肝胰腺中FAS基因表达量显着高于其他组（P<0.05）。结果表明,FAS在肝胰腺中具有较高的表达特异性,且在肝胰腺中的表达水平受饲料胆固醇水平的调控。4.2实验通过RACE克隆技术对从日本沼虾胆固醇营养相关转录组文库中筛选到的ERP基因中间序列分别进行5’端和3’端片段扩增。根据DNAMAN软件拼接日本沼虾ERP基因中间序列、5’端和3’端扩增片段的测序结果,获得日本沼虾ERP基因cDNA全序列。序列全长为885 bp,包含444 bp的ORF,编码147个aas;5’ UTR和3’ UTR序列长度分别为73 bp和368 bp。日本沼虾ERP蛋白序列中20-144位点之间具有保守结构域:ML（MD-2-related lipid-recognition）家族的 Niemann-Pick type C2（Npc2）结构域。ERP编码的氨基酸序列与凡纳滨对虾、中华绒螯蟹蛋白序列相似度分别为53%和47%,与裸盖鱼、半滑舌鳎的相似度分别为35%和35%;与其它脊椎动物的序列相似性比较低。通过系统进化树分析,日本沼虾与凡纳滨对虾以及中华绒螯蟹进化关系最近。日本沼虾蜕皮激素调节蛋白基因（ERP）在表皮中的表达量显着高于除肝胰腺外的其他组织中表达量（P<0.05）;在肝胰腺中的表达量显着高于表皮及其他组织中的表达量（P<0.05）。ERP基因在日本沼虾肝胰腺中的表达量分别是在表皮和眼柄中表达量的10.5和26.5倍。与对照组相比,日本沼虾摄食添加胆固醇的饲料后,肝胰腺中ERP基因的表达量显着升高（P<0.05）;胆固醇添加水平为9.0 gkg-1组,肝胰腺中ERP表达量最高;随着胆固醇添加水平的进一步提高,ERP表达量呈现下降趋势,胆固醇添加水平为15.0 gkg-1组ERP表达量显着低于9.0 gkg-1添加组（P<0.05）。结果表明,日本沼虾ERP在表皮和肝胰腺中的表达量较高,且在肝胰腺中的表达水平受饲料胆固醇水平的调控。综上所述,本论文通过不同胆固醇添加水平的饲料投喂日本沼虾,确定了日本沼虾饲料中胆固醇的最适添加量范围为8.70～9.99 g kg-1;通过采用3×3双因素投喂实验,阐明了胆固醇和磷脂对日本沼虾生长性能的交互作用不显着（P>0.05）;胆固醇和磷脂对日本沼虾免疫指标的交互作用较显着;构建了胆固醇诱导的日本沼虾肠、肝胰腺和肌肉组织转录组文库,并通过转录组测序结果的比较研究,筛选获得了胆固醇营养显着相关的代谢通路和功能基因;对从文库中筛选到的FAS和ERP基因中间序列成功进行了 RACE克隆,获得了两个基因的cDNA全序列,并通过实验揭示了上述两个基因在不同组织的表达模式及对饲料胆固醇水平的表达响应规律。本文的研究结果不仅有助于日本沼虾胆固醇营养需求数据的完善,也为进一步研究甲壳动物胆固醇营养需求的分子机制及相关的功能基因奠定遗传学基础。
董学兴[8]（2019）在《罗氏沼虾对氨氮的胁迫响应及其不同养殖模式的环境效应》文中提出罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）是我国主要的养殖品种之一,目前养殖模式单一,养殖中后期常面临氨氮浓度升高、水质恶化等问题,而且富含氨氮的养殖尾水排放会导致周围水体、土壤环境遭受污染。基于上述考虑,本文研究了氨氮对罗氏沼虾的急性和慢性毒性作用,首次采用代谢组学方法分析了罗氏沼虾对氨氮的代谢、解毒机制,通过围隔实验研究了不同罗氏沼虾养殖模式的环境效应。1、氨氮短期胁迫对罗氏沼虾抗氧化酶、热休克蛋白和细胞凋亡相关基因表达的影响采用生物毒性实验方法研究了氨氮对体重为3.46±0.66 g罗氏沼虾的急性毒性作用。设置非离子氨浓度0、0.5、1.88 mg·L-1,研究了氨氮胁迫4 h、8 h、12 h、24 h、48 h和72 h对罗氏沼虾血淋巴、肌肉、鳃超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）活性和丙二醛（MDA）含量,以及肌肉谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-Px）活性的影响,并检测了氨氮对其肌肉和肝胰腺抗氧化酶基因（SOD、CAT和GPX）、热休克蛋白基因（HSP60、HSP70和HSP90）、细胞凋亡基因（Caspase 2、Caspase 3和Bcl-2）表达的影响。结果表明:（1）非离子氨对罗氏沼虾24 h、48 h、72 h和96 h的半致死浓度（LC50）分别为7.72、5.44、4.28和3.78 mg·L-1,其安全浓度为0.378 mg·L-1。（2）1.88 mg·L-1组在8 h时显着诱导了鳃T-SOD活性,72 h时显着诱导了鳃CAT活性;0.5、1.88 mg·L-1组24 h时显着诱导了血淋巴CAT活性,1.88 mg·L-1组24 h时亦同时显着诱导了血淋巴T-SOD活性;72 h时,0.5、1.88 mg·L-1组显着诱导了肌肉GSH-Px活性。72 h时,1.88 mg·L-1组罗氏沼虾血淋巴、肌肉和鳃MDA含量均显着高于对照组和0.5 mg·L-1组。（3）1.88 mg·L-1组肌肉SOD基因表达分别在8 h和24 h时被显着诱导,该组肝胰腺SOD基因也在8 h和48 h时被显着诱导;1.88 mg·L-1组肌肉和肝胰腺CAT基因分别在3 h和8 h时被显着诱导到最高值;1.88 mg·L-1组肌肉和肝胰腺GPX基因均在8 h时被显着诱导到最高值,其中肝胰腺GPX基因表达分别是对照组和低浓度组的23.86倍和12.21倍。（4）0.5 mg·L-1组在3 h时显着诱导了肌肉HSP60基因表达,1.88 mg·L-1组在8 h、24 h和72 h时均显着诱导了肌肉和肝胰腺HSP60基因表达;1.88 mg·L-1组在8 h、24 h和48 h时显着诱导了肝胰腺HSP70基因表达,该浓度下肌肉HSP70基因表达仅在8 h时被诱导,0.5 mg·L-1组肝胰腺HSP70基因表达在8 h时被诱导;1.88 mg·L-1组分别在8 h、12 h和24 h时显着诱导了肌肉HSP90基因表达,在3h和72 h时诱导了肝胰腺HSP90基因表达,0.5 mg·L-1组在12 h时诱导了肌肉HSP90基因表达,在72 h时显着诱导肝胰腺HSP90基因表达。（5）1.88 mg·L-1组肌肉和肝胰腺Caspase 2基因表达分别在3 h和8 h时被显着诱导至最大值;1.88 mg·L-1组肌肉Caspase 3基因表达在24 h和48 h时被显着诱导,肝胰腺Caspase 3基因表达在8h和24 h时亦被显着诱导;氨氮对肝胰腺Bcl-2基因表达无显着影响,0.5 mg·L-1组肌肉Bcl-2基因表达在3 h时被显着诱导。氨氮胁迫72 h后,1.88 mg·L-1组罗氏沼虾肝胰腺出现明显细胞凋亡现象。2、氨氮短期胁迫与恢复对罗氏沼虾抗氧化酶、热休克蛋白和细胞凋亡相关基因表达的影响在温度（25±1）℃、pH 8.0±0.5条件下采用生物毒性实验方法研究了氨氮对罗氏沼虾幼虾（0.16±0.06 g）的LC50。设置0、0.43、0.64、0.85、1.06 mg·L-1等5个非离子氨浓度,研究了氨氮胁迫48 h及恢复48 h对罗氏沼虾SOD、CAT、GSH-Px活性及MDA含量的影响,并检测了胁迫和恢复对其肌肉抗氧化酶基因（SOD、CAT和GPX）、热休克蛋白基因（HSP60、HSP70和HSP90）、细胞凋亡基因（Caspase2、Caspase 3和Bcl-2）表达的影响。（1）非离子氨对罗氏沼虾24 h、48 h、72 h、96 h的LC50分别为4.25、2.35、1.86、1.54 mg·L-1,安全浓度为0.154 mg·L-1。（2）氨氮胁迫48 h时,各试验组罗氏沼虾SOD活性显着升高（P<0.05）,而CAT和GSH-Px活性变化不显着（P>0.05）;与对照组相比,0.43、0.64和1.06 mg·L-1组MDA含量显着升高（P<0.05）。与胁迫48h时相比,恢复48 h后各组SOD活性均显着下降（P<0.05）;除0.85 mg·L-1组外,其余试验组SOD活性仍然显着高于对照（P<0.05）;0.85、1.06 mg·L-1组CAT活性较胁迫状态显着下降（P<0.05）;试验组与对照组MDA含量无显着差异。（3）氨氮胁迫48 h时,1.06 mg·L-1组CAT基因表达显着高于其余各组（P<0.05）,恢复48 h后各浓度组间无显着差异。氨氮胁迫48 h对SOD基因表达无显着影响,恢复48 h后0.43、1.06 mg·L-1组SOD基因表达显着高于其他组。氨氮胁迫48 h时,0.85 mg·L-1组GPX基因表达显着大于对照组（P<0.05）,恢复48h后GPX基因表达与对照组相比无显着差异（P>0.05）。（4）氨氮胁迫和恢复对HSP70基因表达均无显着影响。胁迫48 h时,各试验组HSP90表达均显着上升,恢复48 h后各组HSP90基因表达较胁迫时下降,且显着低于对照组（P<0.05）。胁迫48h时,除0.43 mg·L-1组外的其余试验组HSP60基因表达显着上升,恢复48h后表达量下降至与对照组无显着差异。（5）氨氮胁迫48 h时,各试验组Caspase2、Caspase3表达皆显着高于对照组;恢复48 h后,除0.43 mg·L-1组外其余试验组Caspase2基因表达与对照组相比无显着差异,各试验组Caspase3基因表达与对照组相比差异均不显着。3、氨氮长期胁迫对罗氏沼虾生长、代谢酶、抗氧化酶、代谢组的影响将罗氏沼虾（0.28±0.05 g）暴露于非离子氨浓度为0、0.108、0.216、0.324和0.54 mg·L-1中20d,研究氨氮对罗氏沼虾生长、成活率、代谢酶活性的影响,同时检测了0.108、0.324和0.54 mg·L-1氨氮对其肌肉代谢组的影响。结果表明:（1）0.54 mg·L-1组罗氏沼虾成活率显着降低,该组增重率也降低但差异不显着。（2）0.216、0.324和0.54 mg·L-1组罗氏沼虾肝胰腺酸性磷酸酶（ACP）、谷氨酰胺合成酶（GS）和谷氨酸脱氢酶（GDH）活性显着降低,0.216 mg·L-1组的碱性磷酸酶（AKP）活性也显着降低。随氨氮浓度升高,肝胰腺和肌肉谷草转氨酶（GOT）活性逐渐升高但差异不显着,对谷丙转氨酶（GPT）活性的影响也同样不显着。0.216mg·L-1组罗氏沼虾肝胰腺尿素氮含量显着高于对照组和0.54 mg·L-1浓度组。（3）氨氮对肌肉CAT活性无显着影响;0.324 mg·L-1组SOD活性最大,显着大于对照组和0.108 mg·L-1组;0.216 mg·L-1组MDA含量最低,显着低于0.108mg·L-1组,其余各组差异不显着。（4）氨氮对罗氏沼虾肌肉嘌呤代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢途径、а-亚麻酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、谷胱甘肽代谢和膦酸盐与磷酸酯代谢、萜类生物合成、赖氨酸降解以及赖氨酸生物合成途径具有明显的影响。上述研究可见,高浓度氨氮对罗氏沼虾产生了胁迫效应,显着影响其成活和生长。为探寻减少罗氏沼虾养殖过程中氨氮积累的方法,本文采用围隔实验研究了罗氏沼虾不同养殖模式的环境效应。实验设置6种养殖模式:罗氏沼虾单养（MP组）、罗氏沼虾+浮萍（Lemna minor）（PP组）、罗氏沼虾+鲢鱼（Hypophthalmichthys molitrix）（PF组）、罗氏沼虾+背角无齿蚌（Anodonta woodiana）+鲢鱼（PMF组）、罗氏沼虾+背角无齿蚌+浮萍（PMP组）、罗氏沼虾+背角无齿蚌+浮萍+鲢鱼（PMPF组）,养殖64 d。评估了不同养殖模式对罗氏沼虾生长、水质以及肠道菌群的影响。4、养殖模式对罗氏沼虾生长和水质指标的影响养殖过程中,每10 d测定一次水质理化指标（浊度、DO、pH、Chl-a、COD、BOD、NO3-N、NO2-N、NH3-N、TN、TP、PO4-P、TOC）。养殖结束（64 d）时测定增重率和成活率。结果表明,PMPF组增重率最大,但与其它组无显着差异,各组间成活率也无显着差异。PMPF组中平均DO最高,而PF组中TN和Chl-a浓度最高。与MP组相比,混养鲢鱼的PF、PMF和PMPF组有效降低了PO4-P含量。浮萍可有效吸收水中的N和P,有浮萍的PP和PMP组中Chl-a浓度较PF组显着下降。PMPF养殖模式具有较好的生态效益和经济效益。5、不同养殖模式罗氏沼虾肠道菌群结构及与水环境因子的关系通过高通量测序技术分析养殖模式对罗氏沼虾肠道菌群结构的影响,冗余分析（RDA）肠道菌群与水环境因子的关系。结果表明:肠道细菌多样性指数MP组最大（4.08）,PMF组（1.27）最低。变形菌门（Proteobacteria）、软壁菌门（Tenericute）、厚壁菌门（Firmicutes）在虾肠道中相对丰度较大。不同模式最大优势菌存在较大差异,其中MP、PMP和PMPF组为气单胞菌属（Aeromonas）,PP组为柠檬酸杆菌属（Citrobacter）,PF和PMF组为Candidatus Hepatoplasma。肠道细菌与环境因子相关分析表明:TP对罗氏沼虾肠道菌群具有显着影响（P<0.05）。肠棕气单胞菌（Aeromonas enteropelogenes）、有益菌肠球菌（Enterococcus）、格氏乳酸菌（Lactococcus garvieae）与NO3-N、TN正相关,红细菌属（Rhodobacter）、假单胞菌（Pseudomonas vranovensis）与TP正相关。可见,养殖模式可通过影响水体营养盐尤其是氮磷含量影响罗氏沼虾肠道微生物群落结构。
佟庆[9]（2019）在《东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究》文中研究说明两栖动物正面临种群减少和灭绝,圈养繁殖和重新引进是濒危两栖动物重要的保护方法,然而疾病流行和圈养成活率低成了两栖动物保护工作的障碍。林蛙养殖可以保护野生资源,提供林蛙产品,但目前林蛙养殖产业停滞不前,病害高发是林蛙养殖业发展的主要瓶颈。宿主的肠道菌群在维持宿主健康、减轻疾病、改善圈养条件和重新引入的成功率,以及抵御外来物种入侵上有重要的作用。了解两栖动物肠道菌群的形成机制、解析两栖动物肠道菌群组成、功能和作用及肠道菌群对环境的响应对两栖动物保护和养殖变得尤为重要。然而,目前对两栖动物肠道菌群影响的研究是十分匮乏,缺乏针对两栖动物的肠道菌群的研究基本的工作。为了保护野生动物,改良林蛙饲养管理,揭示微生物群落、宿主及环境因子的相互影响,解析两栖动物肠道菌群的动态发展和稳定性,探索两栖动物健康稳态维持和适应性进化的机制。本论文针对目前的研究不足和薄弱环节,选用黑龙江林蛙（Rana amurensis）和东北林蛙（R.dybowskii）为研究对象,结合高通量测序技术、生物信息学、微生态学和水产养殖学的研究方法和技术,研究个体发育、宿主遗传背景、栖息生境、季节更替、养殖、饲养阶段、健康状态和抗生素干预与恢复等因素对东北林蛙的肠道菌群影响;研究自然越冬的林蛙肠道菌群在冬眠过程中的变化,并进一步在实验越冬条件下研究林蛙肠道菌群在冬眠过程中的相似性的时间动态性;研究黑龙江林蛙和东北林蛙肠道菌群相似性在冬眠过程中的变化;比较分析东北林蛙肠道和皮肤的菌群相似性在不同季节的变化。本论文的主要研究结果如下:（1）不同生长发育阶段东北林蛙肠道菌群的发展与演替为了追踪肠道菌群在个体发育过程中的变化,本研究采集了东北林蛙生长发育的7个阶段的样本。结果表明肠道菌群的alpha多样性和beta多样性在东北林蛙个体发育过程中发生了变化。LEfSe分析鉴定出8个显着富集的菌门:蓝藻细菌（Cyanobacteria,蝌蚪组）、变形菌门（Proteobacteria,变态蛙组）、梭杆菌门（Fusobacteria,变态后幼蛙组）、厚壁菌门（Firmicutes,成蛙夏季组）、放线菌门（Actinobacteria,成蛙秋季组）、疣微菌门（Verrucomicrobia,成蛙秋季组）和无壁菌门（Tenericutes,成蛙秋季组）和拟杆菌门（Bacteroidetes,成蛙冬季组）。伴随着宿主发育有10个核心OTUs和49共享OTUs被发现。体重和禁食状态与肠道菌群alpha多样性有显着的相关性;体重、温度和禁食状态与肠道菌群组成有显着的相关性。（2）林蛙肠道菌群相似性冬眠中的时间动态性和相似性动态性本实验研究在自然越冬和实验越冬条件下林蛙肠道菌群在冬眠中的时间动态性。在自然越冬条件下,比较黑龙江林蛙和东北林蛙冬眠初期和冬眠末期的肠道菌群,结果表明黑龙江林蛙和东北林蛙在冬眠初、末期肠道菌群beta多样性差异显着。在实验越冬条件下,分别取冬眠初期（10月份）、中期（12月份）、后期（下一年的2月份）和末期（下一年的4月份）的黑龙江林蛙和东北林蛙样本,比较各时间点间的肠道菌群beta多样性的相似性。结果表明在黑龙江林蛙冬眠过程中,基于binary jaccard距离和加权UniFrac距离的ANOSIM和Adonis分析表明黑龙江林蛙冬眠初期和中期、中期和后期肠道菌群相似性差异显着,后期和末期差异不显着。在东北林蛙冬眠过程中,基于binary Jaccard距离的ANOSIM和Adonis分析表明,黑龙江林蛙冬眠初期和中期、中期和后期肠道菌群相似性差异显着,后期和末期差异不显着。基于加权UniFrac距离的ANOSIM和Adonis分析表明,冬眠初期和中期肠道菌群相似性差异不显着,中期和后期差异显着,后期和末期差异不显着。在实验越冬条件下研究黑龙江林蛙和东北林蛙肠道菌群相似性在冬眠中的动态变化。分别取黑龙江林蛙和东北林蛙在冬眠初期、中期、后期和末期的样本,比较二种林蛙肠道菌群组成在冬眠过程中的相似性。基于Bray-Curtis距离和加权UniFrac距离的ANOSIM和Adonis分析表明冬眠初期和中期二种林蛙肠道菌群beta多样性差异显着,冬眠末期和末期二种林蛙肠道菌群beta多样性差异不显着。（3）蛙肠道和皮肤菌群及二者的相似性在冬夏季的变化在夏季和冬季分别取东北林蛙的皮肤和肠道样本,比较夏季和冬季肠道菌群和皮肤菌群多样性的差异,比较肠道菌群和皮肤菌群相似性在冬季和夏季的差异。结果表明冬季和夏季东北林蛙的皮肤菌群的alpha多样和beta多样性差异显着;冬季和夏季东北林蛙肠道菌群的alpha多样和beta多样性差异显着;东北林蛙肠道菌群和皮肤菌群的相似性在冬季和夏季之间差异显着。（4）宿主和生境对肠道菌群的影响本研究比较了在二种生境（溪流和静水）下的二种宿主（黑龙江林蛙和东北林蛙）的肠道菌群多样性的差异。结果表明基于Bray-Curtis和距离和非加权UniFrac距离分析表明肠道菌群组成受宿主种类、生境类型的影响,而它们的交互作用没有产生影响。基于加权UniFrac距离的分析表明肠道菌群结构受宿主种类的影响,而生境类型及交互作用没有产生影响。通过基于Bray-Curtis距离和非加权UniFrac距离对各分组（amL vs.amS;dyL vs.amL;dyS vs.dyL;amS vs.amL）的ANOSIM和Adonis分析比较发现,只有基于Bray-Curtis距离的、静水越冬条件下的东北林蛙和黑龙江林蛙（amL vs.dyL）肠道菌群组成差异不显着。（5）养殖和饲养阶段对东北林蛙肠道菌群的影响取养殖初期和养殖末期的东北林蛙样本进行比较,取野生东北林蛙和养殖东北林蛙样本进行比较。结果表明养殖初期组和末期组肠道菌群组成差异显着;养殖东北林蛙和野生东北林蛙的肠道菌群组成差异显着;几个与红腿病相关的潜在病原菌属在养殖林东北林蛙中显着富集。（6）短期的抗生素暴露对林蛙肠道菌群的干预及恢复研究取庆大霉素药浴7 d的样本、药浴后停药7 d的样本和对照组样本,并相互比较。结果表明庆大霉素药浴显着的改变了肠道菌群alpha多样性和beta多样性;恢复组与药浴组beta多样性差异不显着;恢复组与对照组beta多样性差异显着;庆大霉素药浴使几个与红腿病相关的潜在病原菌属的相对丰度显着降低。（7）腹泻和健康的圈养东北林蛙肠道菌群的比较取腹泻和健康的东北林蛙样本进行比较,结果表明腹泻组和健康组的肠道菌群组成有差异显着;LefSe分析表明放线菌门在腹泻组,拟杆菌门在健康组显着富集。综上所述,宿主发育、宿主遗传背景、栖息生境影响林蛙肠道菌群;养殖、饲养阶段、抗生素药浴和疾病影响林蛙肠道菌群多样性;冬眠过程中的林蛙肠道菌群的时间动态性为不相似至相似的过程;冬眠过程中的黑龙江林蛙和东北林蛙肠道菌群的相似性的动态性为不相似至相似的过程;冬、夏季的东北林蛙皮肤和肠道菌群组成差异显着;在冬、夏季,东北林蛙皮肤和肠道菌群相似性差异显着。
倪金金[10]（2020）在《池塘工程化循环水养殖模式下养殖密度对大口黑鲈生长与生理机能的影响》文中研究说明池塘工程化循环水生态养殖（In-pond raceway system,IPRS）是一种新型的养殖模式,实现了小面积养鱼、大面积净化的高密度养殖。与传统养殖模式相比,大大节约了水资源,同时持续的水流有利于鱼类的运动,具有绿色环保、肉质鲜嫩、高产等优点。养殖密度是池塘工程化生态养殖中最重要的环境因子之一,也是决定经济效益的关键因素。为了提高养殖利润,养殖户往往盲目增加养殖密度,然而,过高的放养密度会对鱼类造成应激,带来生长迟缓、代谢机能紊乱、免疫机能下降等一系列的负面影响。大口黑鲈原产于北美的淡水湖泊和河流,由于其适应性强、生长迅速、肉质鲜美,成为我国重要的淡水水产养殖品种,目前已在全国范围内广泛养殖。本研究以在池塘工程化生态养殖模式下大口黑鲈幼鱼（初始体重4.50±0.23g）为研究对象,设置3个养殖密度组,分别为0.2 kg/m3（SD1）,0.4 kg/m3（SD2）和0.6 kg/m3（SD3）,每个密度组设3个重复,实验周期为120 d,分别在实验的第30 d、60 d、90 d和120 d采集样本并分析,探讨了池塘工程化生态养殖模式下养殖密度对大口黑鲈生长与生理机能的影响,以期为池塘工程化生态养殖模式的示范推广提供科学支撑。实验结果如下:1.大口黑鲈生长指标受养殖密度影响明显。末体质量随着养殖密度的升高而显着下降（P<0.05）,增重率、特定生长率、肥满度、食欲随着养殖密度的增加呈降低的趋势,实验结束时SD3组末体质量、增重率、特定生长率、日摄食量最低;各密度组大口黑鲈体水分、灰分、蛋白含量均没有显着差异（P>0.05）,而SD3组脂肪含量显着低于SD1组与SD2组（P<0.05）,说明鱼体优先消耗脂肪来应对应激下对能量的需求。2.养殖密度对大口黑鲈血清皮质醇、血糖、甘油三酯含量产生了显着影响。各试验组鱼皮质醇与血糖含量呈现先升高后降低的趋势,SD3组皮质醇、血糖甘油三酯含量显着大于SD1组（P<0.05）,各密度组总蛋白与总胆固醇含量没有受到养殖密度的影响。60 d～120 d时,SD1组溶菌酶含量显着高于SD3组（P<0.05）,表明高养殖密度抑制了大口黑鲈的免疫性能。3.本实验中,在养殖前90 d,肝脏SOD、CAT活性在各密度组间没有出现差异（P>0.05）,而在120 d时,SD3组显着低于SD1组（P<0.05）,表明高养殖密度引起的胁迫抑制了大口黑鲈的抗氧化能力,密度越高,鱼的组织氧化损伤越严重;同时在90和120 d时,SD3组鱼肝脏MDA含量显着高于SD1组（P<0.05）,表明密度胁迫使鱼体内氧自由基增多,脂质过氧化反应增强,此外三个实验组鱼ALT、AST、ALP、T-AOC、GSH-PX没有显着差异（P>0.05）;切片结果显示,本实验所设养殖密度未对大口黑鲈肝脏造成病理性的破坏,SD1、SD2、SD3组鱼肝脏内肝细胞结构正常,SD3空泡相对变大。4.各密度组大口黑鲈肠道淀粉酶、脂肪酶无显着差异（P>0.05）;不同养殖密度组大口黑鲈肠道绒毛长度和绒毛厚度无显着差异（P>0.05）,各密度组肠微绒毛组织结构完整,与SD1组相比,SD3组中杯状细胞的数量或大小减少,说明本实验中放养密度对大口黑鲈肠杯状细胞的数量和大小虽然有负面影响,但是并未影响肠道的消化吸收功能。5.养殖30 d时,SD2组鲈鱼脑部GH与肝脏IGF-I基因相对表达量显着高于SD1组（P<0.05）,60 d与90 d时,SD3组脑部GH基因相对表达量显着高于SD1组（P<0.05）,而SD1组鱼肝脏IGF-I基因相对表达量显着高于SD3组（P<0.05）,120 d时脑部GH与肝脏IGF-I基因m RNA表达水平在各密度组间无显着差异（P>0.05）。SD3组大口黑鲈肝脏HSP70 m RNA表达水平在90 d和120 d时显着增强（P<0.05）,说明密度应激诱导了HSP70在大口黑鲈肝脏中的表达;同样地,SD1组大口黑鲈肝脏SOD表达量在90 d和120 d时显着高于其他两组（P<0.05）。综上,本实验条件下,养殖密度对池塘工程化生态养殖大口黑鲈的生长、血清生化指标、免疫指标、肝脏抗氧化酶活等均造成了一定的影响。养殖前30 d,养殖密度为0.4 kg/m3组大口黑鲈生长率优于0.2 kg/m3和0.6 kg/m3组,而在养殖后期,养殖密度增加会引起大口黑鲈生长率下降、免疫性能降低,高养殖密度组鱼体抗氧化以及免疫功能受到抑制,肝脏和肠道结构会产生轻微损伤,0.2kg/m3密度组大口黑鲈的生理状况最好。从生产实际角度考虑,建议池塘工程化循环水养殖大口黑鲈的放养密度控制在0.2～0.4kg/m3之间,对于GH/IGF-I生长轴在大口黑鲈生长中的调控作用以及在应激时两者之间的关系还有待于进一步研究。
二、几种脊椎动物肠道病毒中的一种高密度成分（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、几种脊椎动物肠道病毒中的一种高密度成分（论文提纲范文）
（1）团头鲂tlrs及irfs基因的克隆、表达及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 TLRs和 IRFs基因的研究进展 |
| 1.2.1 模式识别分子 |
| 1.2.2 Toll样受体的研究起源 |
| 1.2.3 脊椎动物的Toll样受体研究进展 |
| 1.2.4 脊椎动物的干扰素调节因子研究进展 |
| 1.2.5 TLR与 IRF的分类 |
| 1.2.6 IRFs在 Toll样受体信号通路中的作用 |
| 1.2.7 团头鲂病害及其免疫学研究 |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 第二章 团头鲂tlrs基因序列的克隆及表达分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 主要设备与仪器 |
| 2.2.3 主要试剂及试剂盒 |
| 2.2.4 嗜水气单胞菌的复壮、鉴定及生长曲线的测定 |
| 2.2.5 菌株半致死浓度的测定 |
| 2.2.6 样品采集 |
| 2.2.7 组织RNA提取 |
| 2.2.8 荧光定量cDNA的合成 |
| 2.2.9 基因序列克隆及测序 |
| 2.2.10 PCR和 qPCR |
| 2.2.11 序列生物信息学分析 |
| 2.2.12 数据分析 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 团头鲂tlrs序列的克隆及特征分析 |
| 2.3.2 Tlrs氨基酸序列分析 |
| 2.3.3 Tlrs蛋白质二级序列比对分析及三级结构预测 |
| 2.3.4 系统进化分析 |
| 2.3.5 嗜水气单胞菌的鉴定及生长曲线的绘制 |
| 2.3.6 团头鲂Matlrs的时空表达谱及病原刺激后的表达变化 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 团头鲂Matlrs序列分析及系统进化 |
| 2.4.2 团头鲂Matlrs组织表达分析及嗜水气单胞菌感染后的表达变化 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 团头鲂irfs基因序列的克隆及表达分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果分析 |
| 3.3.1 团头鲂irfs序列克隆及特征分析 |
| 3.3.2 Irfs氨基酸序列分析 |
| 3.3.3 Irfs蛋白质二级序列比对分析及三级结构预测 |
| 3.3.4 系统进化分析 |
| 3.3.5 团头鲂Mairfs的时空表达谱及病原刺激后的表达变化 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 团头鲂Mairfs序列分析及系统进化 |
| 3.4.2 团头鲂Mairfs组织表达分析及嗜水气单胞菌感染后的表达变化 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 团头鲂irfs及 IκB-β基因原核表达及抗菌性研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 主要设备与仪器 |
| 4.2.3 主要试剂及试剂盒 |
| 4.2.4 基因序列的克隆及测序 |
| 4.2.5 原核表达载体的构建 |
| 4.2.6 融合蛋白的诱导表达 |
| 4.2.7 融合蛋白的纯化 |
| 4.2.8 多克隆抗体的制备 |
| 4.2.9 western-blot试验 |
| 4.3 结果及分析 |
| 4.3.1 重组质粒的构建 |
| 4.3.2 团头鲂MaIrfs与 IκB-β的原核表达 |
| 4.3.3 团头鲂IκB-β的纯化及抗体制备 |
| 4.3.4 western-blot验证抗体及获得纯蛋白的抗菌性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 团头鲂MaTlrs的亚细胞定位及信号传导功能研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验材料 |
| 5.2.2 主要设备与仪器 |
| 5.2.3 主要试剂及试剂盒 |
| 5.2.4 基因克隆及测序 |
| 5.2.5 真核表达载体的构建 |
| 5.2.6 细胞复苏,传代与冻存 |
| 5.2.7 细胞转染(以24 孔板转染为例) |
| 5.2.8 荧光显微镜观察基因定位 |
| 5.2.9 过表达基因对下游干扰素相关免疫因子转录水平的影响 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 真核表达载体的构建 |
| 5.3.2 细胞转染效率 |
| 5.3.3 团头鲂pEGFP-N1-MaTlrs亚细胞定位 |
| 5.3.4 团头鲂Matlr5a、Matlr5b、Matlr9和Matlr21 基因过表达对下游干扰素相关免疫基因m RNA转录水平的影响 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 团头鲂MaTlrs的亚细胞定位 |
| 5.4.2 团头鲂Matlrs基因对下游干扰素相关免疫因子m RNA表达的影响 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 团头鲂tlrs基因与irfs基因之间的信号传导 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 试验材料 |
| 6.2.2 主要设备与仪器 |
| 6.2.3 主要试剂及试剂盒 |
| 6.2.4 基因克隆及测序 |
| 6.2.5 细胞凋亡的测定 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 六个Mairfs启动子区域克隆及特征分析 |
| 6.3.2 Matlrs与 Mairfs之间的信号传导 |
| 6.3.3 细胞凋亡试验测定 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（2）凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对不同致病因素响应机制的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 凡纳滨对虾养殖现状及其免疫系统研究进展 |
| 1.1.1 凡纳滨对虾养殖现状 |
| 1.1.2 凡纳滨对虾免疫系统 |
| 1.1.3 凡纳滨对虾肝胰腺和肠道免疫研究进展 |
| 1.1.4 凡纳滨对虾肝胰腺与肠道关联性研究进展 |
| 1.2 水产养殖中常见的致病因素 |
| 1.2.1 黄曲霉毒素B1(AFB1) |
| 1.2.2 高密度养殖 |
| 1.2.3 副溶血弧菌 |
| 1.3 组学技术的研究进展及应用 |
| 1.3.1 转录组学 |
| 1.3.2 蛋白质组学 |
| 1.3.3 代谢组学 |
| 1.3.4 肠道微生物群落多态性 |
| 1.4 本文主要研究内容 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第2章 凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对投喂黄曲霉毒素B1(AFB1)响应机制的研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验用虾及养殖实验 |
| 2.2.2 攻毒实验及实验饲料制备 |
| 2.2.3 生长指标测定 |
| 2.2.4 肝胰腺和肠道显微结构观察 |
| 2.2.5 肝胰腺和肠道基因表达测定 |
| 2.2.6 肝胰腺和肠道酶活性测定 |
| 2.2.7 RNA提取、文库构建及转录组测序 |
| 2.2.8 转录组生物信息学分析 |
| 2.2.9 差异表达基因验证 |
| 2.2.10 微生物16S r RNA基因扩增及测序 |
| 2.2.11 微生物16S测序数据分析 |
| 2.2.12 统计分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 AFB1 对虾生长的影响 |
| 2.3.2 AFB1 对肝胰腺和肠道形态结构的影响 |
| 2.3.3 AFB1 对肝胰腺和肠道免疫相关基因表达的影响 |
| 2.3.4 AFB1 对肝胰腺和肠道消化系统的影响 |
| 2.3.5 AFB1 对肝胰腺和肠道抗氧化酶活性的影响 |
| 2.3.6 AFB1 对肝胰腺和肠道TOR信号通路相关基因的影响 |
| 2.3.7 转录组测序及组装 |
| 2.3.8 AFB1 对肝胰腺和肠道基因表达差异的影响 |
| 2.3.9 肝胰腺和肠道免疫应答AFB1 的潜在通路 |
| 2.3.10 差异表达基因验证 |
| 2.3.11 AFB1 对肠道菌群结构与多样性的影响 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对高密度养殖以及在高密度条件下对副溶血弧菌感染响应机制的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验用虾及养殖实验 |
| 3.2.2 不同密度养殖实验设计 |
| 3.2.3 副溶血弧菌E1(VPE1)的制备及攻毒实验 |
| 3.2.4 生长指标测定 |
| 3.2.5 肝胰腺和肠道显微结构观察 |
| 3.2.6 肝胰腺和肠道基因表达测定 |
| 3.2.7 肝胰腺和肠道酶活性测定 |
| 3.2.8 RNA提取、文库构建及转录组测序 |
| 3.2.9 转录组生物信息学分析 |
| 3.2.10 差异表达基因验证 |
| 3.2.11 微生物16S r RNA基因扩增及测序 |
| 3.2.12 微生物16S测序数据分析 |
| 3.2.13 统计分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 高密度养殖对凡纳滨对虾生长的影响 |
| 3.3.2 高密度养殖及VPE1 感染对肝胰腺和肠道形态结构的影响 |
| 3.3.3 高密度养殖及VPE1 感染对肝胰腺和肠道免疫基因表达的影响 |
| 3.3.4 高密度养殖及VPE1 感染对肝胰腺和肠道消化系统的影响 |
| 3.3.5 高密度养殖及VPE1 感染对肝胰腺和肠道抗氧化系统的影响 |
| 3.3.6 转录组测序及组装 |
| 3.3.7 比较转录组分析肝胰腺响应高密度养殖及VPE1 感染的分子机制 |
| 3.3.8 比较转录组分析肠道响应高密度养殖及VPE1 感染的分子机制 |
| 3.3.9 高密度养殖对肝胰腺和肠道免疫响应VPE1 感染的影响 |
| 3.3.10 差异表达基因验证 |
| 3.3.11 高密度养殖和VPE1 感染对肠道菌群结构与多样性的影响 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对副溶血弧菌 E1（VPE1）感染响应机制的研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验用虾及养殖实验 |
| 4.2.2 副溶血弧菌E1(VPE1)的制备及攻毒实验 |
| 4.2.3 生长指标测定 |
| 4.2.4 RNA提取、文库构建及转录组测序 |
| 4.2.5 转录组生物信息学分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 副溶血弧菌E1(VPE1)感染对虾存活率的影响 |
| 4.3.2 副溶血弧菌E1(VPE1)感染对肝胰腺和肠道基因表达的影响 |
| 4.3.3 肝胰腺和肠道免疫响应副溶血弧菌E1(VPE1)感染的潜在通路 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第5章 凡纳滨对虾肝胰腺与肠道响应不同致病因素潜在关联性的初步探究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 生物信息学分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 GO功能富集分析肝胰腺和肠道的潜在关联性 |
| 5.3.2 KEGG通路富集分析肝胰腺和肠道的潜在关联性 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第6章 结论与创新点 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录一 肝胰腺和肠道免疫应答AFB1 感染的潜在通路 |
| 附录二 高密度养殖条件下肝胰腺免疫响应VPE1 感染的差异表达基因 |
| 附录三 高密度养殖条件下肠道免疫响应VPE1 感染的差异表达基因 |
| 附录四 肝胰腺免疫应答VPE1 感染的潜在通路 |
| 附录五 肠道免疫应答VPE1 感染的潜在通路 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（3）越冬白头鹤肠道微生物群落结构组成的时空变化及其影响因素的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1 动物肠道微生物的研究的意义 |
| 2 肠道微生物生态的研究进展 |
| 2.1 肠道微生物与周围环境 |
| 2.2 肠道微生物与性别 |
| 2.3 肠道微生物与饮食 |
| 2.4 肠道微生物与动物营养 |
| 2.5 肠道微生物与健康疾病 |
| 3 动物肠道微生物研究方法 |
| 3.1 依赖于培养基的传统培养方法 |
| 3.2 分子生物学技术手段 |
| 4 鸟类肠道微生物生态的研究进展 |
| 4.1 鸟类肠道微生物研宄现状 |
| 4.2 鸟类肠道微生物的组成特征 |
| 4.3 鸟类肠道微生物的功能 |
| 4.4 影响鸟类肠道微生物群落结构的因素 |
| 5 研究目的和意义 |
| 5.1 研究意义 |
| 5.2 研究目的 |
| 5.3 研究内容 |
| 5.4 技术路线 |
| 第2章 研究方法 |
| 1 研究区域概况 |
| 1.1 升金湖自然概况 |
| 1.2 菜子湖自然概况 |
| 2 本研究的肠道微生物寄主鸟种 |
| 2.1 白头鹤 |
| 2.2 白额雁 |
| 第3章 越冬白头鹤肠道微生物群落结构的时空差异 |
| 1 引言 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 越冬期的划分 |
| 2.2 样品采集 |
| 2.3 越冬白头鹤粪便DNA提取 |
| 2.4 物种鉴定 |
| 2.5 细菌16S rRNA的高通量测序 |
| 3 结果 |
| 3.1 越冬白头鹤肠道微生物群落组成 |
| 3.2 越冬白头鹤肠道微生物组成差异 |
| 3.3 越冬白头鹤核心肠道微生物 |
| 3.4 越冬白头鹤肠道微生物影响因素 |
| 3.5 Alpha多样性的差异性 |
| 3.6 预测宏基因组功能的差异 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第4章 白头鹤不同性别个体间肠道微生物组成差异 |
| 1 引言 |
| 2 研究方法 |
| 3 研究结果 |
| 3.1 雌性和雄性鸟类性别差异对肠道微生物组成的影响 |
| 3.2 雌性鸟类和雄性鸟类Beta多样性的分析 |
| 3.3 雌性鸟类和雄性鸟类Alpha多样性的分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第5章 白头鹤与同栖息地白额雁肠道微生物的比较 |
| 1 引言 |
| 2 研究区域和方法 |
| 2.1 样品采集 |
| 2.2 DNA提取及物种鉴定 |
| 3 研究结果 |
| 3.1 越冬白头鹤和越冬白额雁肠道微生物组成 |
| 3.2 两种鸟类肠道微生物组成结构的差异性 |
| 3.3 两物种间alpha多样性的比较 |
| 3.4 两物种间宏基因预测功能的差异性 |
| 3.5 肠道病原细菌 |
| 3.6 两种鸟类肠道病原菌组成差异性 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 结论与展望 |
| 结论 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士间已发表论文 |
| 博士期间参加的科研项目 |
| 致谢 |
| 附录 |
（4）脊椎动物载脂蛋白起源进化和七鳃鳗LAL2抗菌功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词对照 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 载脂蛋白的研究进展 |
| 1.1.1 载脂蛋白定义 |
| 1.1.2 载脂蛋白的分类 |
| 1.1.3 载脂蛋白的生物学功能 |
| 1.2 七鳃鳗血清载脂蛋白LAL2的研究现状及重要意义 |
| 第2章 七鳃鳗lal2转录组数据分析 |
| 2.1 方法 |
| 2.1.1 lal2基因的真核重组载体构建 |
| 2.1.2 细胞转染 |
| 2.1.3 细胞RNA的提取 |
| 2.1.4 RNA的纯度及浓度测定 |
| 2.1.5 mRNA的纯化及文库构建 |
| 2.1.6 转录组分析流程 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 RNA的提取 |
| 2.2.2 测序数据质量评估及质控 |
| 2.2.3 差异表达基因分析 |
| 2.2.4 差异表达基因GO分析 |
| 2.2.5 差异表达基因KOG富集分析 |
| 2.2.6 差异表达基因KEGG通路富集 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 七鳃鳗血清载脂蛋白lal2基因起源进化分析 |
| 3.1 方法 |
| 3.1.1 生物信息学软件 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 载脂蛋白家族同线性分析 |
| 3.2.2 载脂蛋白家族系统发育树和结构域分析 |
| 3.2.3 载脂蛋白家族MOTIF分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 七鳃鳗LAL2蛋白表达及纯化 |
| 4.1 方法 |
| 4.1.1 LAL2原核蛋白的表达及纯化 |
| 4.1.2 阴离子交换柱纯化天然LAL2蛋白 |
| 4.1.3 BCA试剂盒测定LAL2 蛋白浓度 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 LAL2原核蛋白的表达及纯化 |
| 4.2.2 阴离子交换柱纯化天然LAL2蛋白 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 七鳃鳗LAL2蛋白功能探究 |
| 5.1 方法 |
| 5.1.1 细胞增殖实验 |
| 5.1.2 细胞周期实验 |
| 5.1.3 高内涵检测LAL2在HEK293T细胞中过表达 |
| 5.1.4 流式细胞术检测rLAL2孵育12h对日本七鳃鳗肝/神经轴体细胞的影响 |
| 5.1.5 Western blot检测血清中LAL2 在病原体刺激后相对表达量变化 |
| 5.1.6 扫描电镜检测LAL2对细菌的影响 |
| 5.1.7 Western blot检测LAL2 与细菌的结合 |
| 5.1.8 ELISA检测LAL2 与细菌表面成分的相互作用 |
| 5.1.9 圆二色光谱实验检测LAL2与脂质的结合 |
| 5.1.10 点杂交检测LAL2与脂质的结合 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 过表达LAL2对HEK293T细胞增殖、凋亡的影响 |
| 5.2.2 LAL2对细菌的识别与杀伤作用 |
| 5.2.3 LAL2与脂质的结合情况 |
| 5.3 讨论 |
| 结论 |
| 本论文的创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 A 主要试剂 |
| 附录 B 主要仪器 |
| 附录 C LAL2真核质粒测序结果 |
| 附录 D 序列比对分析LAL2与APOA1 的序列相似性 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 |
| 致谢 |
（5）鸡蛋高密度脂蛋白对脂质代谢的影响及机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 EYHDL组成及结构 |
| 1.1 EYHDL组成 |
| 1.2 EYHDL结构 |
| 2 EYHDL的来源及定位 |
| 2.1 卵黄蛋白原(Vtg)的产生 |
| 2.2 EYHDL的合成 |
| 2.3 EYHDL的免疫定位 |
| 3 EYHDL的生物学功能 |
| 3.1 为胚胎发育提供营养 |
| 3.2 抑菌活性 |
| 3.3 抗氧化性 |
| 4 EYHDL与脂质代谢 |
| 4.1 血清脂蛋白功能及脂质代谢 |
| 4.2 鸡蛋摄入与血清脂蛋白水平相关关系 |
| 4.3 EYHDL潜在的脂质调控作用 |
| 5 脂质代谢研究方法 |
| 5.1 脂质组学 |
| 5.2 脂质组学常用方法 |
| 5.3 脂质组学的数据分析及路径分析 |
| 5.4 脂质组学在营养和食品研究中的应用 |
| 6 本课题的研究意义及主要研究内容 |
| 6.1 本课题研究意义 |
| 6.2 主要研究内容 |
| 第二章 EYHDL分离纯化及结构鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 pH对 EYHDL的分离的影响 |
| 2.2 PEG对 EYHDL的分离的影响 |
| 2.3 离子交换法纯化EYHDL |
| 2.4 EYHDL的构象特征 |
| 2.5 EYHDL的蛋白二级结构 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第三章 EYHDL脂质组分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 脂质种类分析 |
| 2.2 EYHDL与 EY脂质含量比较分析 |
| 2.3 脂肪酸含量比较分析 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第四章 EYHDL对小鼠脂质代谢影响的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 各组小鼠体重变化及腹部解剖图变化 |
| 2.2 各组小鼠主要脏器指数变化 |
| 2.3 各组小鼠血脂水平变化 |
| 2.4 各组小鼠糖耐量水平 |
| 2.5 各组小鼠病理学观察 |
| 2.6 小鼠肝脏脂质代谢相关基因mRNA表达量的变化 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第五章 EYHDL对小鼠血清、肝脏及粪便脂肪酸的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 脂肪酸种类分析 |
| 2.2 各组脂肪酸含量比较分析 |
| 2.3 各组差异脂肪酸鉴定及比较分析 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第六章 EYHDL对于小鼠血清及肝脏脂质组学的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 正负离子模式下血清、肝脏脂质种类分析 |
| 2.2 血清脂质组含量分析 |
| 2.3 肝脏脂质组含量分析 |
| 2.4 各组间差异脂质鉴定及比较分析 |
| 2.5 差异脂质相关代谢通路 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第七章 EYHDL对于油酸(OA)诱导的HepG2 细胞脂质代谢调控作用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 HepG2 细胞生长状况的观察 |
| 2.2 试验浓度的确定 |
| 2.3 油红O染色及TG积累 |
| 2.4 UPLC-MS/MS细胞脂质差异比较分析 |
| 2.5 GC-MS细胞脂肪酸比较分析 |
| 2.6 差异脂质相关代谢通路的找寻 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第八章 EYHDL对于OA诱导的HepG2 细胞代谢组及相关代谢通路研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 细胞代谢物组分差异分析 |
| 2.2 差异代谢物鉴定及分析 |
| 2.3 差异代谢物KEGG功能注释及富集分析 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第九章 EYHDL对长链脂肪酸转运及代谢的调控作用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 试验浓度的确定 |
| 2.2 Caco-2 单层模型评价 |
| 2.3 消化液处理对于Caco-2 单层膜完整性的影响 |
| 2.4 AP,BL及细胞基质中LCFA浓度及甘油三脂积累 |
| 2.5 对LCFA转运及吸收相关蛋白的影响 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第十章 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 2 创新点 |
| 3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（7）日本沼虾胆固醇营养需求及相关功能基因的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语中英文对照 |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 日本沼虾营养需求研究进展 |
| 1.1 蛋白质及饲料蛋白原料营养研究 |
| 1.2 脂类营养 |
| 1.3 糖类 |
| 1.4 维生素 |
| 1.5 矿物元素 |
| 1.6 饲料添加剂 |
| 2 甲壳动物胆固醇营养研究进展 |
| 2.1 胆固醇的结构与理化性质 |
| 2.2 胆固醇对甲壳动物的营养功能 |
| 2.3 甲壳动物对胆固醇的代谢生理研究 |
| 3 甲壳动物胆固醇营养相关功能基因研究进展 |
| 第二章 饲料中添加不同水平胆固醇对日本沼虾生长、饲料利用、体组成及免疫指标的影响 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验饲料 |
| 2.2 试验虾及养殖管理 |
| 2.3 采样处理 |
| 2.4 生化指标测定 |
| 2.5 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 饲料胆固醇对日本沼虾生长性能及饲料利用率的影响 |
| 3.2 饲料胆固醇对虾体组成的影响 |
| 3.3 饲料胆固醇对日本沼虾抗氧化能力的影响 |
| 3.4 饲料胆固醇对日本沼虾免疫指标的影响 |
| 4 讨论 |
| 4.1 胆固醇对日本沼虾生产性能的影响 |
| 4.2 胆固醇对日本沼虾抗氧化、免疫功能的影响 |
| 5 小结 |
| 第三章 饲料中胆固醇与磷脂对日本沼虾生长性能及免疫指标的交互作用 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验饲料 |
| 2.2 实验虾及养殖管理 |
| 2.3 采样处理 |
| 2.4 生化指标测定 |
| 2.5 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 饲料胆固醇和磷脂水平对日本沼虾生长性能的影响 |
| 3.2 饲料胆固醇和磷脂对日本沼虾非特异性免疫指标的影响 |
| 4 讨论 |
| 4.1 饲料胆固醇和磷脂对日本沼虾生产性能的交互作用 |
| 4.2 胆固醇和磷脂对日本沼虾免疫指标的交互作用 |
| 5 小结 |
| 第四章 饲料胆固醇不同添加水平对日本沼虾基因表达的影响 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 样品准备 |
| 2.3 试剂及仪器 |
| 2.4 RNA提取 |
| 2.5 cDNA文库构建及Illumina测序 |
| 2.6 生物信息学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 转录本拼接,Unigene功能注释和物种相似度分布 |
| 3.2 功能注释分类 |
| 3.3 差异基因 |
| 3.4 通路富集 |
| 3.5 RNA测序结果的定量表达验证 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第五章 日本沼虾脂肪酸合成酶基因(FAS)的克隆、表达模式及对饲料不同胆固醇水平的表达响应规律 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 总RNA的提取及cDNA第一链的合成 |
| 2.3 日本沼虾FAS基因中间序列的获得及验证 |
| 2.4 PCR产物的切胶回收测序 |
| 2.5 日本沼虾FAS基因cDNA序列全长克隆 |
| 2.6 生物信息学分析 |
| 2.7 日本沼虾FAS基因在不同组织中的表达模式研究 |
| 2.8 投喂不同胆固醇水平饲料后日本沼虾肝胰腺组织FAS基因表达分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 日本沼虾FAS基因全长cDNA序列分析 |
| 3.2 同源序列比对及系统进化树构建分析 |
| 3.3 日本沼虾FAS基因在不同组织中的表达模式 |
| 3.4 日本沼虾FAS基因对不同饲料胆固醇水平的表达响应规律 |
| 4 讨论 |
| 4.1 日本沼虾FAS序列分析 |
| 4.2 日本沼虾FAS基因组织表达差异 |
| 4.3 日本沼虾FAS基因对胆固醇添加水平的表达响应模式 |
| 5 小结 |
| 第六章 日本沼虾蜕皮激素调节蛋白(ERP)基因的克隆、表达模式及对饲料不同胆固醇水平的表达响应规律 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 总RNA的提取及cDNA第一链的合成 |
| 2.3 日本沼虾ERP基因中间序列的获得及验证 |
| 2.4 PCR产物的切胶回收测序 |
| 2.5 日本沼虾蜕皮激素调节蛋白基因(ERP) cDNA序列全长克隆 |
| 2.6 生物信息学分析 |
| 2.7 日本沼虾ERP基因在不同组织中的表达模式 |
| 2.8 ERP基因对不同饲料胆固醇添加水平的表达响应 |
| 3 结果 |
| 3.1 日本沼虾ERP基因全长cDNA序列分析 |
| 3.2 同源序列比对及系统进化树构建分析 |
| 3.3 日本沼虾ERP基因在不同组织中的表达 |
| 3.4 ERP基因对饲料不同胆固醇水平的表达响应规律 |
| 4 讨论 |
| 4.1 日本沼虾ERP基因序列特征 |
| 4.2 日本沼虾ERP基因组织表达差异 |
| 4.3 饲料胆固醇对日本沼虾ERP基因的表达调控作用 |
| 5 小结 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的学术成果 |
（8）罗氏沼虾对氨氮的胁迫响应及其不同养殖模式的环境效应（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 甲壳动物对氨氮胁迫响应的研究进展 |
| 1.1.1 渔业水资源氮素污染状况 |
| 1.1.2 甲壳动物体内的氨氮代谢 |
| 1.1.3 氨氮对甲壳动物的毒性作用 |
| 1.1.4 甲壳动物氧化胁迫与细胞凋亡研究进展 |
| 1.1.5 代谢组学在水生动物毒理学研究中的应用 |
| 1.2 虾类养殖模式及其环境效应研究进展 |
| 1.2.1 池塘粗养及其环境效应 |
| 1.2.2 高位池精养及其环境效应 |
| 1.2.3 工厂化养殖及其环境效应 |
| 1.2.4 小棚养殖及其环境效应 |
| 1.2.5 综合养殖及其环境效应 |
| 1.3 研究目的、内容及技术路线 |
| 1.3.1 研究目的、内容 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 第二章 氨氮短期胁迫对罗氏沼虾毒性及抗氧化系统、热休克蛋白和细胞凋亡基因的影响 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 氨氮急性毒性试验 |
| 2.1.3 氨氮亚急性毒性试验 |
| 2.1.4 抗氧化酶活性及MDA含量测定 |
| 2.1.5 Realtime-PCR检测基因表达 |
| 2.1.6 Tunel法检测肝胰腺细胞凋亡 |
| 2.1.7 数据处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 氨氮对罗氏沼虾急性毒性试验 |
| 2.2.2 氨氮对罗氏沼虾抗氧化酶活性的影响 |
| 2.2.3 氨氮对罗氏沼虾MDA含量的影响 |
| 2.2.4 氨氮对罗氏沼虾抗氧化酶基因表达的影响 |
| 2.2.5 氨氮对罗氏沼虾热休克蛋白基因表达的影响 |
| 2.2.6 氨氮对罗氏沼虾细胞凋亡基因表达的影响 |
| 2.2.7 氨氮对罗氏沼虾肝胰腺细胞凋亡的影响 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 氨氮对罗氏沼虾抗氧化酶活性及抗氧化酶基因表达的影响 |
| 2.3.2 氨氮对罗氏沼虾热休克蛋白基因表达的影响 |
| 2.3.3 氨氮对罗氏沼虾细胞凋亡基因表达的影响 |
| 第三章 氨氮短期胁迫与恢复对罗氏沼虾幼虾抗氧化、热休克蛋白和细胞凋亡基因的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 氨氮急性毒性试验 |
| 3.1.3 氨氮亚急性毒性试验 |
| 3.1.4 抗氧化酶活性及MDA含量测定 |
| 3.1.5 Realtime-PCR检测基因表达 |
| 3.1.6 数据处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 氨氮对罗氏沼虾幼虾的急性毒性 |
| 3.2.2 氨氮胁迫和恢复对罗氏沼虾幼虾抗氧化酶活性的影响 |
| 3.2.3 氨氮胁迫和恢复对罗氏沼虾幼虾MDA含量的影响 |
| 3.2.4 氨氮胁迫和恢复对罗氏沼虾幼虾抗氧化酶基因和热休克蛋白基因表达的影响 |
| 3.2.5 氨氮胁迫和恢复对罗氏沼虾幼虾凋亡基因表达的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 氨氮对罗氏沼虾幼虾的急性毒性 |
| 3.3.2 氨氮胁迫和恢复对罗氏沼虾幼虾抗氧化酶活性的影响 |
| 3.3.3 氨氮胁迫和恢复对罗氏沼虾热休克蛋白和细胞凋亡基因表达的影响 |
| 第四章 氨氮长期胁迫对罗氏沼虾幼虾生长、代谢酶及代谢组的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方案 |
| 4.1.3 SOD、CAT活性和MDA含量测定 |
| 4.1.4 代谢酶活性、蛋白含量和尿素氮含量测定 |
| 4.1.5 代谢组测定 |
| 4.1.6 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 氨氮长期胁迫对罗氏沼虾幼虾生长和存活的影响 |
| 4.2.2 氨氮长期胁迫对罗氏沼虾肝胰腺代谢酶活性和尿素氮含量的影响 |
| 4.2.3 氨氮长期胁迫对罗氏沼虾肌肉GOT和 GPT的影响 |
| 4.2.4 氨氮长期胁迫对罗氏沼虾肌肉SOD、CAT活性和MDA含量的影响 |
| 4.2.5 代谢组学方法评价 |
| 4.2.6 氨氮胁迫下罗氏沼虾差异离?筛选 |
| 4.2.7 氨氮胁迫下罗氏沼虾主要差异代谢物和代谢通路分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 氨氮对罗氏沼虾生长、存活和糖代谢的影响 |
| 4.3.2 氨氮在罗氏沼虾中的代谢途径 |
| 第五章 不同养殖模式对罗氏沼虾生长和水质指标的影响 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验设置 |
| 5.1.3 饲养管理 |
| 5.1.4 水样采集与水质指标测定 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 养殖模式对罗氏沼虾生长的影响 |
| 5.2.2 整个养殖周期不同养殖模式水质参数均值比较 |
| 5.2.3 不同养殖模式下DO、pH、CODMn和 TOC动态变化 |
| 5.2.4 不同养殖模式氮和磷的动态变化 |
| 5.2.5 不同养殖模式Chl-a的动态变化 |
| 5.2.6 Chl-a与水质参数的相关性 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 养殖模式对罗氏沼虾增重率和成活率的影响 |
| 5.3.2 不同养殖模式养殖过程中水质参数的动态变化 |
| 5.3.3 养殖模式对水质参数的影响 |
| 5.3.4 Chl-a含量与环境因子的相关性 |
| 第六章 不同养殖模式罗氏沼虾肠道菌群结构及与水环境因子的关系 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 养殖模式设置 |
| 6.1.2 饲养管理和水质测定 |
| 6.1.3 肠道样品采集与基因组DNA提取 |
| 6.1.4 高通量测序分析 |
| 6.1.5 数据分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 罗氏沼虾不同养殖模式的水质指标 |
| 6.2.2 不同养殖模式罗氏沼虾肠道细菌群落丰富度和多样性分析 |
| 6.2.3 不同养殖模式罗氏沼虾肠道细菌组成及结构 |
| 6.2.4 基于门水平的不同养殖模式罗氏沼虾肠道细菌组成及结构 |
| 6.2.5 基于属(或科)水平的不同养殖模式罗氏沼虾肠道细菌组成及结构 |
| 6.2.6 罗氏沼虾肠道细菌与水环境因子的关系 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 罗氏沼虾肠道核心菌群 |
| 6.3.2 水质因子对罗氏沼虾肠道菌群落结构的影响 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表的文章及其他成果 |
| 致谢 |
（9）东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 影响肠道菌群多样性的因素 |
| 1.1.1 遗传背景 |
| 1.1.2 发育阶段 |
| 1.1.3 饮食因素 |
| 1.1.4 栖息生境 |
| 1.1.5 健康状态 |
| 1.2 微生物学研究方法 |
| 1.3 两栖动物保护 |
| 1.4 林蛙的驯养 |
| 1.5 研究的目的意义 |
| 2 不同生长发育阶段东北林蛙肠道菌群的发展与演替 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验设计和样本采集 |
| 2.2.2 DNA提取及PCR扩增 |
| 2.2.3 Illumina MiSeq测序 |
| 2.2.4 测序数据的处理 |
| 2.2.5 生态与统计分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 序列统计和alpha多样性与各因子之间的相关性 |
| 2.3.2 肠道菌群的Beta多样性和肠型分析 |
| 2.3.3 各发育阶段肠道细菌优势类群及差异 |
| 2.3.4 核心菌群和共享菌群 |
| 2.3.5 系统发育学分析 |
| 2.3.6 肠道菌群与环境和宿主因子的相关性 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 各发育阶段肠道细菌优势类群及差异 |
| 2.4.2 宿主发育过程中肠道菌群的变化 |
| 2.4.3 环境因素(温度和禁食)对蛙肠道菌群多样性有显着影响 |
| 2.5 本章小结 |
| 3 林蛙肠道菌群在冬眠中的时间动态性和相似性变化 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验设计和样本采集 |
| 3.2.2 DNA提取和PCR扩增 |
| 3.2.3 Illumina Miseq测序 |
| 3.2.4 数据控制 |
| 3.2.5 生态和统计分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 冬眠过程对自然越冬林蛙肠道菌群的影响 |
| 3.3.2 二种林蛙肠道菌群的冬眠过程中的时间动态性 |
| 3.3.3 冬眠过程中二种蛙肠道菌群的相似性的动态性 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 冬眠改变蛙肠道菌群组成 |
| 3.4.2 冬眠初期和冬眠末期肠道微生物的差异 |
| 3.4.3 核心菌群和共享菌群 |
| 3.4.4 冬眠过程中宿主的过滤作用 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 蛙肠道和皮肤菌群及二者的相似性在冬夏季的变化 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验设计与样品采集 |
| 4.2.2 DNA提取和PCR扩增 |
| 4.2.3 Illumina Miseq测序 |
| 4.2.4 数据控制 |
| 4.2.5 生态和统计分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 测序深度 |
| 4.3.2 夏季和冬季皮肤菌群的差异 |
| 4.3.3 夏季和冬季肠道菌群的差异 |
| 4.3.4 林蛙冬季和夏季肠道菌群与皮肤菌群的相似性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 季节性冬眠对东北林蛙皮肤和肠道菌群相似性的影响 |
| 4.4.2 两栖动物皮肤菌群在季节之间的变化 |
| 4.4.3 两栖动物肠道菌群在夏季和冬季的差异 |
| 4.5 本章小结 |
| 5 宿主和生境对肠道菌群的影响 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验设计与样品采集 |
| 5.2.2 DNA提取和PCR扩增 |
| 5.2.3 Illumina Miseq测序 |
| 5.2.4 数据控制 |
| 5.2.5 生态和统计分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 宿主和生境对东北林蛙肠道菌群beta多样性的影响 |
| 5.3.2 不同冬眠条件下黑龙江林蛙和东北林蛙肠道菌群组成的差异 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 本章小结 |
| 6 养殖和饲养阶段对东北林蛙肠道菌群的影响 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验蛙的养殖 |
| 6.2.2 实验样本的采集 |
| 6.2.3 DNA提取和PCR扩增 |
| 6.2.4 Illumina Miseq测序 |
| 6.2.5 数据控制 |
| 6.2.6 生态和统计分析 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 序列结果、稀释曲线、核心菌群和共享菌群 |
| 6.3.2 野生东北林蛙幼体和成体肠道菌群的差别 |
| 6.3.3 养殖初期和末期林蛙肠道菌群的差异 |
| 6.3.4 养殖和野生东北林蛙肠道菌群的比较 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 野生东北林蛙幼体和成体的肠道菌群 |
| 6.4.2 饲养阶段对东北林蛙肠道菌群的影响 |
| 6.4.3 野生和圈养林蛙生活环境的差异 |
| 6.4.4 野生和圈养林蛙肠道菌群组成的差异 |
| 6.5 本章小结 |
| 7 抗生素暴露对林蛙肠道菌群的干预及恢复研究 |
| 7.1 前言 |
| 7.2 实验方法 |
| 7.2.1 实验设计和样本采集 |
| 7.2.2 潜在致病菌属 |
| 7.2.3 DNA提取和PCR扩增 |
| 7.2.4 Illumina Miseq测序 |
| 7.2.5 数据控制 |
| 7.2.6 生态和统计分析 |
| 7.3 结果 |
| 7.3.1 抗生素药浴对肠道菌群的alpha多样性的影响 |
| 7.3.2 抗生素药浴对肠道菌群beta多样性的影响 |
| 7.3.3 肠道菌群的组成和差异分析 |
| 7.3.4 核心菌群和共享菌群 |
| 7.3.5 药浴对潜在致病菌属的影响 |
| 7.4 讨论 |
| 7.5 本章小结 |
| 8 腹泻和健康东北林蛙肠道菌群的比较 |
| 8.1 前言 |
| 8.2 材料与方法 |
| 8.2.1 样品采集 |
| 8.2.2 DNA提取和PCR扩增 |
| 8.2.3 Illumina Miseq测序 |
| 8.2.4 数据控制 |
| 8.2.5 生态和统计分析 |
| 8.3 结果 |
| 8.3.1 腹泻对肠道菌群的alpha多样性的影响 |
| 8.3.2 腹泻对肠道菌群的beta多样性的影响 |
| 8.3.3 腹泻组和健康组肠道菌群的组成和差异 |
| 8.3.4 肠道菌群的共享菌群和核心菌群 |
| 8.4 讨论 |
| 8.5 本章小结 |
| 9 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
（10）池塘工程化循环水养殖模式下养殖密度对大口黑鲈生长与生理机能的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 池塘工程化生态养殖模式概述 |
| 1.1 背景与发展 |
| 1.2 养殖技术要点 |
| 1.3 研究现状与存在问题 |
| 2 水产养殖密度研究概况 |
| 2.1 水产动物最适放养密度研究进展 |
| 2.2 养殖密度对鱼类生长的影响 |
| 2.3 养殖密度对鱼类血液生化和物质代谢的影响 |
| 2.4 养殖密度对鱼类氧化损伤的影响 |
| 2.5 养殖密度对鱼类免疫系统的影响 |
| 2.6 养殖密度与基因表达 |
| 3 本研究的目的与意义 |
| 第二章 养殖密度对池塘生态养殖大口黑鲈生长摄食的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验条件 |
| 1.2 试验设计与养殖管理 |
| 1.3 样本采集 |
| 1.4 指标测定 |
| 1.5 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 养殖密度对大口黑鲈幼鱼生长性能的影响 |
| 2.2 养殖密度对大口黑鲈体成分和形体指数的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 养殖密度对大口黑鲈幼鱼生长性能及摄食的影响 |
| 3.2 养殖密度对大口黑鲈幼鱼体成分的影响 |
| 第三章 养殖密度对池塘生态养殖大口黑鲈血清生化及免疫指标的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验条件 |
| 1.2 试验设计与养殖管理 |
| 1.3 样本采集 |
| 1.4 血清指标测定 |
| 1.5 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 养殖密度对大口黑鲈幼鱼血清生化指标的影响 |
| 2.2 养殖密度对大口黑鲈幼鱼免疫指标的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 养殖密度对大口黑鲈幼鱼血清皮质醇的影响 |
| 3.2 养殖密度对大口黑鲈幼鱼血清生化指标的影响 |
| 3.3 养殖密度对大口黑鲈幼鱼免疫指标的影响 |
| 第四章 养殖密度对池塘生态养殖大口黑鲈肝脏抗氧化能力及组织结构的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验条件 |
| 1.2 试验设计与饲养管理 |
| 1.3 样本采集 |
| 1.4 肝功能指标测定 |
| 1.5 抗氧化酶测定 |
| 1.6 肝脏切片与观察 |
| 1.7 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 养殖密度对大口黑鲈肝功能的影响 |
| 2.2 养殖密度对大口黑鲈肝脏抗氧化能力的影响 |
| 2.3 养殖密度对大口黑鲈肝脏组织结构的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 养殖密度对大口黑鲈肝功能的影响 |
| 3.2 养殖密度对大口黑鲈肝脏抗氧化能力的影响 |
| 3.3 养殖密度对大口黑鲈肝脏组织结构的影响 |
| 第五章 养殖密度对池塘生态养殖大口黑鲈消化能力的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验条件 |
| 1.2 试验设计与饲养管理 |
| 1.3 样本采集 |
| 1.4 消化酶活力测定 |
| 1.5 肠道切片与观察 |
| 1.6 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 养殖密度对大口黑鲈肠道消化酶的影响 |
| 2.2 养殖密度对大口黑鲈肠道组织结构的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 养殖密度对大口黑鲈肠道消化酶的影响 |
| 3.2 养殖密度对大口黑鲈肠道组织结构的影响 |
| 第六章 养殖密度对池塘生态养殖大口黑鲈生长及应激基因表达的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验条件 |
| 1.2 试验设计与饲养管理 |
| 1.3 样本采集 |
| 1.4 GH、IGF-I、HSP70与Cu-Zn SOD基因表达的测定 |
| 1.5 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 养殖密度对大口黑鲈GH和 IGF-I基因表达的影响 |
| 2.2 养殖密度对大口黑鲈肝脏HSP70、Cu-Zn SOD基因表达的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 养殖密度对大口黑鲈GH和 IGF-I基因表达的影响 |
| 3.2 养殖密度对大口黑鲈肝脏HSP70基因表达的影响 |
| 3.3 养殖密度对大口黑鲈肝脏Cu-Zn SOD基因表达的影响 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的文章 |
| 致谢 |
四、几种脊椎动物肠道病毒中的一种高密度成分（论文参考文献）
- [1]团头鲂tlrs及irfs基因的克隆、表达及其功能研究[D]. 詹凡玢. 华中农业大学, 2019(01)
- [2]凡纳滨对虾肝胰腺和肠道对不同致病因素响应机制的研究[D]. 王依龙. 中国科学院大学(中国科学院海洋研究所), 2020(01)
- [3]越冬白头鹤肠道微生物群落结构组成的时空变化及其影响因素的研究[D]. 董元秋. 安徽大学, 2019
- [4]脊椎动物载脂蛋白起源进化和七鳃鳗LAL2抗菌功能研究[D]. 韩晴. 辽宁师范大学, 2020(02)
- [5]鸡蛋高密度脂蛋白对脂质代谢的影响及机制研究[D]. 于智慧. 华中农业大学, 2019(01)
- [6]几种脊椎动物肠道病毒中的一种高密度成分[J]. D.J.Rowlands,谢庆阁. 兽医科技资料, 1977(S2)
- [7]日本沼虾胆固醇营养需求及相关功能基因的研究[D]. 顾夕章. 南京农业大学, 2017(08)
- [8]罗氏沼虾对氨氮的胁迫响应及其不同养殖模式的环境效应[D]. 董学兴. 上海海洋大学, 2019(03)
- [9]东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究[D]. 佟庆. 东北农业大学, 2019(09)
- [10]池塘工程化循环水养殖模式下养殖密度对大口黑鲈生长与生理机能的影响[D]. 倪金金. 上海海洋大学, 2020