一、127株志贺氏菌的分离鉴定与耐药性分析(论文文献综述)
江婉琳[1](2021)在《奶牛粪源大肠杆菌分型、毒力基因检测及耐药性分析》文中指出目的:本研究从奶牛肛拭子中进行大肠杆菌分离鉴定,研究其血清型、系统进化群、多位点序列分型、毒力基因的分布及耐药性,为奶牛粪源大肠杆菌潜在致病性和指导养殖场合理使用抗生素提供依据。方法:(1)采集新疆克拉玛依、阿克苏地区奶牛肛拭子进行大肠杆菌的分离培养,对分离株进行生化鉴定和16S r RNA PCR鉴定。(2)利用玻片凝集试验鉴定血清型;通过三重PCR方法,对chuA,yjaA和TspE4.C2基因进行检测,根据电泳图谱确定大肠杆菌的系统进化群;对7个管家基因(adk、fumC、gyrB、icdA、mdh、purA和recA)进行PCR扩增并测序,在线提交序列完成MLST分型,根据ST型之间有5个或5个以上管家基因序列号相同的归为一群,用goeBURST软件进行分离株ST型聚类分析。(3)通过PCR的方法对sfaS、crl和fliC等17个大肠杆菌毒力基因进行检测。(4)采用K-B法测定大肠杆菌分离株耐药性,对blaTEM、blaSHV、sul 1、sul 2、aac(3)-Ⅱ、cmlA、tetA、tetB、qnrB等针对β-内酰胺类、磺胺类、氨基糖苷类、氯霉素类、四环素类和喹诺酮类抗生素的24种耐药基因进行PCR检测。结果:(1)从阿克苏和克拉玛依牛场分别采集了101份和106份肛拭子。经过生化鉴定和16S r RNA PCR检测,获得克拉玛依大肠杆菌分离株55株,分离率为51.89%;阿克苏大肠杆菌分离株51株,分离率为50.50%。(2)血清型结果显示,克拉玛依大肠杆菌分离株55株有31株检测为致病性大肠杆菌血清型,24株未检测出血清型。阿克苏大肠杆菌分离株51株有32株检测为致病性大肠杆菌血清型,19株未检测出血清型。检出率最高的均为肠致病性大肠杆菌血清型(EPEC),分别占23.64%(13/55)和33.33%(17/51);均未检测到肠出血性大肠杆菌(EHEC)。克拉玛依和阿克苏大肠杆菌分离株优势血清型不同,分别为O142:K86(B)、O15:K?和O125:K70(B15)、O86:K61(B7)、O164:K?。系统进化群结果显示,106株大肠杆菌分离株分属4个群,69.81%(74/106)为B1群、17.92%(19/106)为A群、10.38%(11/106)为D群和1.89%(2/106)为B2群。克拉玛依和阿克苏大肠杆菌分离株大多数为B1群,分别占68.63%(35/51)和70.91%(39/55)。而B2群分离株仅来自阿克苏地区牛场。MLST分型表明,106株大肠杆菌分离株分属62种不同的ST型,其中30种ST型存在于现有数据库中,占48.39%;发现新ST型(STn)32种,编号分别为STn-1~32,占51.61%。优势ST型为ST-154,占12.26%(13/106);克拉玛依大肠杆菌分离株ST型相对集中,而阿克苏大肠杆菌各分离株散在分布于各ST型。goeBURST分析显示,106株大肠杆菌分离株分成8个克隆群和20个单独型。(3)对hlyA、afa、eaeA、ipa H等17种毒力基因进行PCR检测,结果显示:fli C、ompA及crl的检出率分别为100%、99.06%及91.51%,远远高于其他毒力基因。本次试验未检出stx-1、iha、sfa、iuc D和afa这5种毒力基因。根据特异性致病变基因分布,存在四种致病变杂交模式EAEC/UPEC、EPEC/ETEC、EIEC/UPEC和UPEC/NMEC。(4)106株大肠杆菌分离株对青霉素耐药率达97%以上;对头孢噻吩耐药率为60%以上;多重耐药率为37.74%。24种耐药基因的检测结果显示:可检测出bla TEM、bla OXA、tetA、aac(3)-II、sul 1等11个基因;未检测出bla CTX-M、qnrA、oqxA、aac(3)-I等13个基因。表型和耐药基因的携带存在一定的一致性。结论:(1)本试验从奶牛粪源肛拭子样品中分离获得106株大肠杆菌分离株,分离率为51.21%。血清型、系统进化群及MLST分型显示分离株呈现明显的多样性,以O86:K61(B7)、B1群和ST154最为流行。(2)血清型和毒力基因检测结果提示牛粪源大肠杆菌存在致病风险。(3)大肠杆菌分离株对青霉素、头孢噻吩等表现出一定的耐药性,多重耐药占比为37.74%,存在耐药基因TEM、OXA、qnrS、aac(6’)-Ib-cr、tetA、tetB、sul 1、sul 2、sul 3、cmlA。(4)两个地区大肠杆菌分离株变异程度各不相同:从ST型,毒力基因检测或耐药基因分析推测克拉玛依分离株进化较为集中,而阿克苏分离株进化相对分散。
何秀,邓征宇,王峰,张棋麟,林连兵,邓先余[2](2021)在《一株福氏志贺氏菌噬菌体的分离鉴定及其生物学特性》文中进行了进一步梳理【背景】志贺氏菌是一类能引起人和动物腹泻的致病菌,由于抗生素滥用导致其耐药问题日益严重,寻找新的抗菌药物和治疗方法成为目前亟待解决的问题。【目的】检测志贺氏菌对肉鸡的致病性,分离纯化出一株可裂解强致病性志贺氏菌的噬菌体,并对其生物学特性进行研究。【方法】从病鸡肠道黏膜分离志贺氏菌;以健康肉鸡为动物模型进行攻毒,测定强致病性菌株的耐药性;并以此为宿主菌分离噬菌体,聚乙二醇(Polyethylene Glycol,PEG)沉淀法纯化浓缩噬菌体后,用透射电子显微镜观察其形态特征。利用双层平板法测定噬菌体的宿主谱、最佳感染复数、一步生长曲线、pH和热稳定性对噬菌体活性的影响。【结果】分离得到26株志贺氏菌,分别命名为BDS1-BDS26,其中BDS8致病性最强,经鉴定属于福氏志贺氏菌,而且存在多重耐药性,灌喂后的肉鸡出现严重腹泻和血便;解剖病症主要表现为心脏肥大、肠系膜出血明显等。以BDS8为宿主菌,分离得到噬菌体ΦDS8。透射电镜结果显示噬菌体ΦDS8的头部呈二十面体形状,直径61±2 nm,尾长165±2 nm,属长尾噬菌体科。噬菌体ΦDS8在pH 4.0-10.0、50℃以下范围内能保持较高活性,感染周期约为120 min,其中包括75 min的潜伏期和45 min的暴发期,暴发量为52 PFU/cell。【结论】噬菌体ΦDS8具有宿主特异性,在常规环境下具有较好的耐受能力,为噬菌体治疗福氏志贺氏菌病提供理论依据。
李丹[3](2020)在《辽宁部分地区鸡源大肠埃希氏菌分离株毒力基因检测与耐药性分析》文中进行了进一步梳理大肠埃希氏菌(Escherichia coli,E.coli)又称大肠杆菌,可导致鸡腹泻、输卵管炎、蜂窝织炎、气囊病、腹膜炎和神经性脑病等多种疾病。抗菌药物是治疗大肠杆菌所致感染的有效药物,然而,由于抗菌药物的不合理使用甚至是滥用,细菌耐药性问题日渐严重,耐药性菌株特别是多重耐药菌株给社会公众安全带来隐患。细菌耐药性监测对保障食品安全和社会公共安全具有重要意义,也越来越受到人们的重视。本研究采用微量肉汤稀释法测定12种抗菌药物对90株大肠埃希氏菌的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentrations,MICs),分析耐药情况,并采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)方法对90株大肠埃希氏菌分离株分型。结果显示,大肠埃希氏菌分离株对多西环素、阿莫西林、氨苄西林和氟苯尼考耐药率较高,分别为57.78%、56.67%、55.56%和54.44%;对阿米卡星耐药率较低,为13.33%。大肠埃希氏菌分离株对试验中所有药物敏感的菌株占比15.55%(14/90);耐1种药的菌株占比21.11%(19/90);对6种及以上药物耐药的菌株占比43.33%(39/90)。多位点序列分型结果显示90株菌中有41个ST分型,显示出辽宁地区鸡源大肠埃希氏菌的复杂性。采用ESBL选择培养基对90株菌进行产ESBLs菌的筛选,非ESBLs菌株和ESBLs菌株的数量分别为55株和35株,采用PCR方法检测55株非ESBLs菌株毒力基因、Ⅰ型、II型整合酶基因和基因盒的携带情况,结果显示,菌株的流行毒力基因为Ecs3703、Col V、irp2和fyu A基因,检出率分别为70.91%、32.73%、14.55%和14.55%。Ⅰ型整合酶基因阳性菌株检出率为25.45%,检测出4种基因盒,分别为dfr A7、aad A2、aad A5-dfr A17、aac A4-cat B3-dfr A17。对35株ESBLs菌株进行全基因组测序,结果共检测到9种耐药基因,其中TEM-1耐药基因携带率最高(51.43%),CTX-M-123基因检出率最低(2.86%);其他耐药基因分别为CTX-M-65、CTX-M-14、CTX-M-55、CTX-M-64、OXA-1、OXA-10和CTX-M-3基因,检出率分别为14.29%、17.14%、31.43%、14.29%、22.86%、14.29%和5.71%。共检出13种基因盒,其中,APH(3)-IIa、dfr A14检测率最高,均为25.71%;AA(c)-Ⅵ、dfr A17、dfr A1检出率最低,均为2.86%。毒力基因irp2、fyu A和pap C的检出率均为11.43%。此外,I型整合酶基因阳性菌株32株,检出率为91.43%,II型整合酶基因阳性菌株5株,检出率为9.09%。辽宁地区鸡源大肠埃希氏菌对阿米卡星和庆大霉素的耐药率较低,且毒力基因Ecs3703、Col V、irp2和fyu A的携带率较高,产ESBLs大肠埃希氏菌分离株耐药基因TEM-1携带率最高。本研究通过对辽宁地区鸡源大肠埃希氏菌毒力基因的检测和耐药性的分析,将为本地区临床合理使用抗菌药物防治大肠埃希氏菌所致疾病提供理论依据。
李铮[4](2020)在《南宁地区动物源sul3阳性大肠杆菌耐药性、致病性及其接合子特性研究》文中指出磺胺类耐药基因(sul)严重影响到了磺胺类抗菌药的使用,sul3基因是其中发现较晚、研究较少的该类耐药基因,相关研究多数集中于阳性率的检测,关于阳性菌的研究较少。为探究南宁地区携带sul3大肠杆菌的耐药性、致病性及接合子特性,填补南宁地区sul3阳性大肠杆菌的研究空白,同时为大肠杆菌的防治提供参考,本研究通过鉴定培养基、分子检测、MLST分型、进化树构建、药敏试验、耐药基因检测等试验方法探究了sul3阳性菌株的耐药特征和流行情况,通过毒力相关因子检测、小鼠毒性试验、运动试验、生物被膜形成试验探究了阳性菌株的毒性大小和毒性特征,然后通过接合试验、受体菌与接合子耐药基因及耐药表型变化、质粒稳定性试验、生长曲线检测、体外营养竞争、运动能力和生物被膜形成能力检测等试验方法探究野生sul3阳性质粒对菌株的改变。具体结果如下:1.共鉴定出142株大肠杆菌,其中46株sul3呈阳性,阳性菌株多为鸡源分离株,分属ST641、ST457、ST350、ST950、ST2178、ST222、ST101、ST156、ST746、ST10、ST23和未知ST等12种分型,其中ST350为优势分型(13/46)。进化树显示sul3基因的亲缘性与ST型无明显联系。阳性菌株的耐药性较强,对青霉素、四环素、氯霉素的耐药率最高为100%,其次是氯霉素(97.8%)、阿莫西林(95.7%)和强力霉素(95.7%),仅对美罗培南完全敏感;受试菌株为7-15多重耐药大肠杆菌,13重耐药菌株较多(12,26.1%)。28种耐药基因中,rmt D(100%)、tet A(96.7%)、flor(89.1%)和mar A(95.7%)的检出率较高,共38种耐药基因组合,rmt D-aac(3’)-II-tet A-tet M-TEM-qnr Bflor-oqx A-Sul2-mar A为组合中较为常见的耐药基因模式(6.5%),阿米卡星与aac(6’)-Ib、头孢曲松和CTX-M9、头孢噻肟和CTX-MU、加替沙星和oqx B之间存在显着性相关。2.毒力相关因子检出率表明,阳性菌株都为肠外致病型,csg A(97.8%)、omp A(100%)、sod A(97.8%)、ibe B(95.7%)、yijp(100%)和mat(100%)的检出率较高。40种毒力相关因子组合,csg A-aat A-omp A-sod A-ibe B-yijp-mat-R2为组合中较为常见的毒力相关因子模式(10.9%)。随机挑选30株受试菌株进行的小鼠毒性等试验,结果显示有13株毒性较强,致死率超过83.3%(5/6);3株能形成强生物被膜;13株有着较强的运动能力,各毒力相关因子与小鼠毒性无显着相关。3.有45株阳性菌的sul3位于质粒上,以C600为受体菌,获得了3株携带sul3的接合子,接合子新增3-7种耐药性和耐药基因,多个耐药基因与sul3共转移,耐药种类及大小变化与耐药基因种类、类型和其他相关基因有关,对菌株耐药性的影响较大。携带sul3的质粒可以在无抗生素环境中稳定连续传代至少40代。与受体菌相比:接合子的生物被膜形成能力和运动能力发生了不同程度的升高或降低,可能与质粒的种类或携带的基因有关。接合子的生长曲线和受体菌的类似,但体外营养竞争能力降低了至少17倍的,这提示我们可以从营养竞争方向预防和控制sul3阳性大肠杆菌及其他耐药菌。试验结论:sul3阳性大肠杆菌对多种抗生素有着较强的抗性,为肠外致病性菌株,对小鼠有着不同程度的致病性,野生sul3质粒会给受体菌带来多重影响,影响方向和程度不定但都会降低其体外竞争能力。
阳巧梅,邓小荣,谭德展[5](2020)在《南京地区仔猪源志贺菌分离鉴定与耐药性分析》文中指出为了分析南京地区仔猪源志贺菌血清型流行趋势与耐药性。采集南京地区养殖场中患腹泻仔猪的肛拭子、粪便等病料组织126份对志贺菌进行分离鉴定,采用人工感染试验、凝集试验和K-B药敏纸片法分别检测志贺菌的致病性、血清型分布及耐药性。结果显示,从126份病料组织中分离得到52株致病性志贺菌;分离52株致病性志贺菌属于4种血清型,福氏志贺菌1a和1b血清型为地区流行优势血清型,分别占致病菌株的30.1%、40.4%;分离52株致病性志贺菌对阿莫西林、氨苄西林、磺胺间甲氧嘧啶等9种药物耐药率在53.8%~98.1%;对头孢噻呋、头孢曲松、氟苯尼考等5种药物耐药率在9.6%~40.4%。说明该地区仔猪致泻性志贺菌以F1a血清型和F1b血清型为主,耐药性严重。本试验为该地区仔猪源致泻性志贺菌病的防控提供研究基础。
唐伟欣[6](2020)在《好氧堆肥对畜禽养殖粪污中抗生素耐药整合子的影响规律研究》文中研究表明近年来,随着兽用抗生素在集约化畜禽养殖业上使用量的日渐上升,使得抗生素污染日益严重,而耐药菌及耐药基因的出现更使得人们愈来愈聚焦于这一新兴的污染物。本研究以多耐药菌及耐药基因为研究对象,调查规模化畜禽养殖粪污中多耐药菌的污染状况,解析养殖粪污中主要耐药整合子的结构组成,分析高温好氧堆肥过程对养殖粪污中多耐药菌及其整合子的去除规律,为更好的控制养殖来源耐药基因在环境内的横向转移提供理论基础和数据支撑。主要结论如下:首先,本研究选取12个典型养殖场及其粪污堆肥厂,采集新鲜粪污和有机肥成品样品,通过添加8种抗生素培养多重耐药菌,并分析不同粪肥来源的多耐药菌的丰度及其多样性的差异。细菌计数结果表明:对于抗四环素、恩诺沙星、磺胺甲恶唑和泰乐菌素(A类),以及抗氟苯尼考、氨苄西林、头孢噻呋及粘杆菌素(B类)的两类多重耐药菌污染状况(绝对数量和相对数量)排序均为鸡粪>猪粪>牛粪,粪源有机肥中可培养的多重耐药菌的绝对数量和相对数量均有所下降,说明堆肥是一种控制多重耐药细菌的有效手段。基于16S rDNA序列扩增子测序的细菌群落结构分析表明:不同抗生素的多耐药菌群的多样性也有所不同,在α多样性中,A类多耐药菌的多样性最高的是蛋鸡粪源,而在B类中,猪粪源多耐药菌的多样性是最高的;在β多样性中,A类多耐药菌样本间群落差异最小是牛粪源,而猪粪源中的B类多耐药菌各样本间群落差异是最小的。多耐药菌在有机肥中物种丰度、多样性都小于养殖粪便,说明堆肥可以有效减少A和B类多耐药菌的种类和多样性。A、B类多重耐药菌菌群在门水平上主要分布在变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门,unidentified-Enterobacteriaceae是A类可培养的多耐药菌的优势属,而B类可培养的多耐药菌种类少且优势属为Myroides。然后,分离纯化了 126株多耐药菌,并开展了基于16S rDNA序列比对的分子生物学鉴定,以及基于药敏试验的耐药性特征分析,进一步对其耐药整合子的种类及结构进行解析。结果表明:从养殖粪便中分离的多重耐药菌主要集中在变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门这四个门中,其中,对于A类多重耐药菌的优势属为肠杆菌属,;而B类多重耐药菌的优势属为志贺菌属。药敏实验结果表明,养殖动物粪便中的A类多重耐药菌均对养殖常用抗生素如氯霉素类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类、大环内脂类抗生素等都有着较高的耐药性;而对氨基糖苷类和头孢类抗生素有着较高的敏感率。而B类多耐药菌虽然分离菌株较少,但对常用抗生素的耐药性均很高。通过对Ⅰ、Ⅱ类整合子基因盒的扩增,明确了在养殖粪便和堆肥中广泛存在的Ⅰ类整合子基因盒类型为aadA2和dfrA17,以及Ⅱ类整合子基因盒主要类型是sat2-dfrA1。最后,选择典型多耐药菌Shigella flexneri 5A5菌株,并对其耐药质粒进行测序分析,设计出耐药菌及耐药整合子intI、aadA、sul2、mcr1及oqxb等基因的特异性引物,将该菌添加至堆肥环境中,模拟多耐药菌及耐药基因污染,探究多耐药菌的丰度及耐药整合子在高温堆肥过程中去除规律。结果表明,无论是外源添加还是内源的多耐药菌,高温堆肥过程均对其有明显消减作用,即经3天高温期后,对于可培养的多耐药大肠杆菌其数量已经将至0,而对于普通的多耐药菌,在为期10天的堆肥过程中,其数量也约降了 4-6个数量级。同时,在堆肥过程中耐药基因的绝对丰度表现出先微升后持续降低的趋势,且耐药基因去除效率都在89%以上,整合子去除效率也高达80%以上;而在相对丰度中,大多数耐药基因表现出先降后略微升高的趋势,其中耐药基因及整合子的消减率在86%以上,由此说明堆肥是有效处理畜禽养殖源多重耐药菌及其耐药基因污染的有效手段。
孙雅婷[7](2021)在《安徽地区儿童志贺氏菌分子流行病学研究》文中研究说明目的:了解安徽地区儿童志贺菌血清型分布情况、对抗菌药物的耐药情况和毒力基因,分析志贺菌携带毒力基因与抗药性之间的联系。材料与方法:材料:研究样本为安徽省三十四家医院2010年到2015年间从儿童(五岁及以下)粪便中分离的345株志贺菌。选用大肠杆菌ATCC25922作为药敏试验质控菌株,由安徽省细菌耐药中心保存。方法:1.对2010年到2015年间儿童(五岁及以下)粪便中分离的345株志贺菌,采用常规生化和VITKE-2 Compact全自动微生物分析系统进行细菌的血清型鉴定。2.选择琼脂稀释法检测345株志贺氏菌对18种抗菌药物的最低抑菌浓度(Minimal inhibitory concentration,MIC)。药敏试验的依据是美国临床和实验室标准协会(Clinical Laboratory Standard Institute,CLSI)推荐的标准。3.检测16种志贺菌毒力基因(Virulence Genes,VRGs):ial、ipa C、ipa B、ipa D、ipa A、ipa H、set、sen、sat、vir F、vir B、ics A、ics B、sig A、pic、sep A。用煮沸法提取志贺菌DNA,通过聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增16对引物,16对引物分成五组分别扩增(组1:ial、ipa H、set、vir F;组2:sen、sig A、pic、sep A;组3:ics A、ics B、vir B;组4:ipa C、ipa B、ipa D、ipa A;组5:sat)。反应体系为:预混料Taq酶聚合物12.5ul,每种引物的上游引物0.5ul,下游引物0.5ul,DNA模板2ul,去离子水(dd H2O)6.5ul-9.5ul(使最终反应体系为25ul);反应条件为:95℃预变性15min;95℃变性45s,退火45s(退火温度:组1为57℃,组2为58℃,组3和组4为60℃,组5为59℃),72℃延伸1min,经过35个循环;72℃延伸10min。取8ul PCR产物在1%琼脂糖凝胶上加样(含0.5ug/ml的EB),电泳条件为电压150V电泳30分钟,通过凝胶成像系统观察并记录实验结果。结果:1.分析345株儿童志贺菌临床分离株发现,主要流行的血清亚型是福氏志贺菌(298株,86.4%)。宋内志贺菌是次在流行的血清亚型(44株,12.8%)。在福氏志贺菌中,源于安徽北部区域296株(99.3%),中部区域2株(0.7%)。在宋内志贺菌中,源于安徽北部区域43株(97.7%),中部区域1株(2.3%)。其中,相较于女童而言,福氏志贺菌的感染者多为男童(59.4%:40.6%,P<0.0001)。2.在福氏志贺菌中:耐药性从高到低的前几位分别为氨苄西林(98.3%)、萘啶酸(97%)、四环素(93.3%)、氯霉素(88.6%)和环丙沙星(80.2%);敏感性从高到低的前几位分别阿米卡星(98.7%)、头孢西丁(94.6%)和哌拉西林/他唑巴坦(93.3%)。在宋内志贺菌中:所有菌株对氨苄西林和阿奇霉素全部耐药(100%)。其次为萘啶酸(97.7%)、庆大霉素(93.2%)、四环素(90.9%)和复方新诺明(88.6%);所有菌株对阿米卡星全部敏感(100%),其次为哌拉西林/他唑巴坦(97.7%)和亚胺培南(97.7%)。相比而言,福氏志贺菌对环丙沙星、氯霉素的抗药性比宋内志贺菌高;而宋内志贺菌对阿奇霉素、庆大霉素的抗药性比福氏志贺菌高。3.345株儿童志贺菌临床分离株携带16种毒力基因的情况:(1)在分离的298株福氏志贺菌中:入侵相关基因中ipa H基因检出频率最高,为298株(100%),其次为ipa B基因296株(99.3%),ipa C基因295株(99.0%),ipa D基因295株(99.0%),ipa A基因295株(99.0%)和ial基因288株(96.6%);肠毒素基因中,set基因283株(95.0%),sen基因278株(93.3%);调控基因中,ics A基因296株(99.3%),ics B和vir B基因检出频率相同,都为293株(98.3%),vir F基因288株(96.6%);SPATEs基因中,sig A基因280株(94.0%),sat基因279株(93.6%),pic基因269株(90.3%),sep A基因267株(89.6%)。(2)在分离的44株宋内志贺菌中:入侵相关基因中,ipa H基因检出频率也是最高,为44株(100%),其次为ipa B基因43株(97.7%),ipa C基因42株(95.5%),ipa D基因41株(93.2%),ipa A基因41株(93.2%),最后为ial基因34株(77.3%);肠毒素基因中,sen基因39株(88.6%),而set基因在此次研究中的宋内志贺菌分离株均未检测到;调控基因中,ics A基因43株(97.7%),vir B和ics B基因均为42株(95.5%),vir F基因34株(77.3%);SPATEs基因中,sig A基因43株(97.7%),而sat和pic及sep A基因在研究中的宋内志贺分离株中均未测出。结论:1.福氏志贺菌和宋内志贺菌是安徽省儿童志贺菌主要流行血清亚群。北部区域的儿童具有更高的细菌性痢疾感染风险。2.安徽省儿童临床分离志贺菌一般均为氨苄西林-萘啶酸-四环素的多重耐药株。其中,对于氟喹诺酮类抗菌药物,福氏志贺菌比宋内志贺菌具有更高的抗药性。3.毒力基因ial、ipaA、ipaC、ipaD、virB、virF、set、icsB、pic、sepA阳性福氏志贺菌比阴性福氏志贺菌对CHL、CIP的抗药性强;set阳性福氏志贺菌比阴性福氏志贺菌对CRO和CAZ的抗药性强;毒力基因ial、vir F、set、ics B、vir B、pic、sep A阴性福氏志贺菌对GEN和AZM的抗药性更强。毒力基因阳性福氏志贺菌和宋内志贺菌耐药率相似,但对CRO和CAZ的耐药率更高。4.志贺菌携带数个毒力基因与其抗药性有关。需更进一步分析其表达机制与志贺菌抗药性的遗传问题,由此可以更好的对志贺菌病的临床治疗做出指导。
杨子龙[8](2019)在《影响冀南地区肉鸡健雏率的细菌性因素分析》文中研究指明鸡在胚胎期和刚出壳时期抵抗力较弱,容易受到病原微生物的侵袭,导致胚胎发病或死亡,孵化率下降,影响健雏率,使弱雏鸡增多,对孵化场或养殖场经济效益造成损失。因此,对出壳雏鸡主要病原菌种类进行调查和分析,筛选有效治疗药物,对健雏率的提高和雏鸡胚胎病的防治具有重要的意义。为调查病、弱肉雏鸡感染的主要病原菌种类,采集118只刚出壳病、弱父母代肉雏鸡,进行大体和显微病理观察,从肝脏中分离细菌,观察菌落菌体形态,提取菌株DNA,进行16S rDNA基因扩增并进行序列测定,通过结果序列比对结合菌落菌体形态对分离株进行鉴定。结果显示,病、弱肉雏鸡腹围较大,卵黄吸收不良,肝脏土黄色;显微镜下肝脏组织充满空泡,窦状隙充满红细胞。共分离菌株58株,11种菌,分离率为49.15%(58/118)。其中,大肠杆菌分离率为19.49%(23/118),粪肠球菌分离率为16.10%(19/118),志贺氏菌为2.54%(3/118),阴沟肠杆菌为2.54%(3/118),肺炎克雷伯菌为2.54%(3/118),奇异变形杆菌为1.69%(2/118),假单胞菌属为0.85%(1/118),不动杆菌属为0.85%(1/118),库克氏菌为0.85%(1/118),肠道沙门氏菌为0.85%(1/118),纳西杆菌为0.85%(1/118)。这些提示刚出壳病、弱肉雏鸡感染细菌种类较多,优势菌为大肠杆菌和粪肠球菌。对19株分离粪肠球菌进行耐药性分析。K-B纸片法药敏试验结果显示,分离株对林可霉素(LIN)、氨苄西林(AM)、头孢噻肟(CTX)、多粘菌素(CL)耐药率为100%,对链霉素(S)、四环素(TE)耐药率为94.74%,对强力霉素(DO)耐药率为84.21%,对大观霉素(SPT)、阿奇霉素(AZM)耐药率为73.68%,对庆大霉素(CN)、新霉素(N)、红霉素(E)耐药率为68.42%,对卡那霉素(K)耐药率为63.16%,对氧氟沙星(OFX)耐药率为52.63%,对恩诺沙星(ENR)耐药率为47.37%,对左氧氟沙星(LEV)耐药率为42.11%,对青霉素(P)耐药率为36.84%,对万古霉素(VA)耐药率为5.26%。进一步对分离株进行最小抑制浓度(MIC)的测定,结果显示四环素MIC50大于256μg/mL,MIC90大于256μg/mL,耐药率为94.74%;链霉素MIC50大于2048μg/mL,MIC90大于2048μg/mL,耐药率为84.21%;红霉素MIC50大于256μg/mL,MIC90大于256μg/mL,耐药率为84.21%;氧氟沙星MIC50为64μg/mL,MIC90大于128μg/mL,耐药率为52.36%;万古霉素MIC50为2μg/mL,MIC90为4μg/mL,耐药率为0%。结果说明分离的粪肠球菌对多种药物耐药性和多重耐药性,提示在治疗粪肠球菌感染时,应选择敏感药物。对19株粪肠球菌进行耐药基因检测,结果显示基因AAC(6ˊ)-APH(2")检出11株,检出率为57.89%,与耐药表型相符率为84.62%。基因APH(3ˊ)-Ⅲ检出11株,检出率为57.89%,与耐药表型相符率为91.67%。基因ANT(6ˊ)-Ⅰ检出10株,检出率为52.63%,与耐药表型相符率为55.56%。基因ermB检出13株,检出率为68.42%,与耐药表型相符率为100%。基因tetM检出18株,检出率为94.74%,与耐药表型相符率为100%。基因TEM、mefA、vanA、vanB未检出。可以看出粪肠球菌耐药基因与其耐药性基本一致,耐药性与携带耐药基因有关。
刘洁玉[9](2019)在《冀南地区鸡胚蛋有害菌的检测》文中进行了进一步梳理鸡胚蛋制品是人们喜食的传统营养食品,但在鸡胚孵化过程中,由于多种病原菌污染,给鸡胚蛋及其制品安全带来隐患。因此,了解鸡胚蛋中病原菌的污染情况,建立快速检测食源性病原菌的方法,对提高鸡胚的健康存活率及孵化场的经济效益,保障鸡胚蛋制品安全与公共卫生具有重要意义。1、为探究鸡胚蛋污染病原菌情况,采集91枚病死鸡胚蛋,解剖胚体,从肝脏分离细菌、培养,观察菌落菌体形态,提取分离株DNA,经16S rDNA基因序列扩增和测序,在GenBank核酸数据库中,与相近序列进行BLAST比对,对分离株进行鉴定。结果发现,鸡胚蛋外观有裂痕或粪便污染物等,解剖发现皮下有胶冻状物、肝脏呈土黄色、卵黄吸收不良。从鸡胚蛋内共分离鉴定出86株细菌,污染率为59.3%(54/91),混合污染率为42.6%(23/54)。鉴定出11种细菌,其中大肠杆菌占比为37.2%(32/86)、粪肠球菌为26.7%(23/86)、志贺氏菌为9.3%(8/86)、阴沟肠杆菌为5.8%(5/86)、博得特氏菌为4.7%(4/86)、沙门氏菌为4.7%(4/86)、金黄色葡萄球菌为3.5%(3/86)、鲍氏不动杆菌为3.5%(3/86)、Pseudomonas psychrotolerans为2.3%(2/86)、Massilia alkalitolerans为1.2%(1/86)和铜绿假单胞菌为1.2%(1/86)。这些表明病死鸡胚的污染较高,涉及多种病原菌,其中以大肠杆菌和粪肠球菌为主,这为鸡胚蛋制品的安全生产与监测提供依据。2、为建立一种快速检测鸡胚蛋中大肠杆菌的方法,根据大肠杆菌fimC基因设计一对特异性引物,建立了荧光定量PCR方法。经鸡胚蛋样品试验,与沙门氏菌、志贺氏菌、奇异变形杆菌、绿脓杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌等病原菌之间无交叉反应,特异性强;对大肠杆菌的最低检测限为101CFU/mL,比普通PCR方法敏感约100倍,灵敏性好;重复性试验变异系数小于2%,说明重复性好,该方法稳定,可用于鸡胚蛋制品中大肠杆菌的检测。3、为建立一种快速检测鸡胚蛋中粪肠球菌的方法,根据粪肠球菌sodA基因设计一对特异性引物,建立了荧光定量PCR方法。经鸡胚蛋样品试验,与屎肠球菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、奇异变形杆菌、绿脓杆菌等病原菌之间无交叉反应,特异性强;对粪肠球菌的最低检测限为101CFU/mL,比普通PCR方法敏感约100倍,灵敏性好;重复性试验变异系数小于2%,说明重复性好,该方法稳定,可用于鸡胚蛋制品中粪肠球菌的检测。4、针对鸡胚蛋主要污染大肠杆菌和粪肠球菌,建立了大肠杆菌和粪肠球菌双重荧光定量PCR方法。结果显示,经鸡胚蛋样品试验,大肠杆菌产物的Tm值为85.6℃86℃,粪肠球菌产物的Tm值为83.9℃84℃,且与其他菌无交叉反应;大肠杆菌和粪肠球菌重复性试验中变异系数较小,重复性好;对大肠杆菌和粪肠球菌的检测限均为101 CFU/mL。说明该双重荧光定量PCR方法敏感、特异、稳定、可靠,一次反应同时检测大肠杆菌和粪肠球菌,可用于鸡胚蛋制品的检测。
汪群[10](2019)在《腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究》文中研究说明仔猪腹泻是生猪养殖场中常见的疾病,也是影响养猪业经济效益的重要因素之一,对其有效防治是目前关注和研究的重点。随着抗生素在养殖业中的广泛使用,多重耐药细菌不断出现,并可通过食物链将其耐药性传播给人类,对食品安全和公共卫生安全造成严重威胁。本研究以广东某生猪养殖场的腹泻和健康哺乳仔猪为研究对象,利用高通量测序技术分析腹泻仔猪与健康仔猪的粪便菌群差异,筛选出与仔猪腹泻相关的病原菌组成,再从采集的粪便样本中分离出致病菌,并采用纸片扩散法(K-B)对分离菌株进行17种抗生素敏感试验,最后对其中一株多重耐药肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)KP4进行全基因组测序。具体内容如下:1、采用16S rRNA基因高通量测序技术对8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本进行测序,发现健康仔猪粪便菌群的多样性显着高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪粪便中变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度显着升高,而拟杆菌门(Bacteroidetes)显着降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度显着高于健康仔猪,而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)显着低于健康仔猪(P<0.05)。2、从采集的16份仔猪粪便样本中共分离到33株大肠杆菌和3株肺炎克雷伯菌。其中肺炎克雷伯菌均为多重耐药菌,对复方新诺明、四环素、氟苯尼考、环丙沙星、恩诺沙星、庆大霉素、阿米卡星、头孢他啶、头孢噻肟和氨曲南等10种药物均有耐药性。大肠杆菌的多重耐药率为93.94%(31/33),对复方新诺明、四环素和氟苯尼考的耐药率高于90%;对庆大霉素、环丙沙星、恩诺沙星和头孢噻肟的耐药率较高,分别为84.85%、69.70%、69.70%和45.45%;对氨曲南和阿米卡星的耐药率分别为15.15%和18.18%。所有分离菌株均对美罗培南、亚胺培南、头孢西丁、替加环素和多粘菌素敏感。3、多重耐药肺炎克雷伯菌KP4的全基因组测序结果表明该菌株包含2个质粒基因组,通过数据库共注释到83个耐药基因和56个毒力基因,并发现该菌株可产CTX-M-27型超广谱-β内酰胺酶(ESBLs),且耐药基因tet(A)、tet(R)、floR、dfrV、sul1、qacE、aadA16、aac(6’)-Ib-cr、qnrB2、arr-6和blaCTX-M-27位于同一质粒上。KP4致病因子与I型菌毛、ECP黏附素、铁载体、血红素载体、生物被膜、外膜蛋白等有关,但rmpA、magA、wabG等与荚膜合成相关的基因缺失。本研究分析了某生猪养殖场腹泻和健康哺乳仔猪粪便菌群的多样性和结构差异,并获得了与仔猪腹泻相关致病菌的耐药特征以及猪源多重耐药肺炎克雷伯菌的耐药机理、致病机制和遗传背景,为有效预防、治疗仔猪腹泻和兽医临床合理使用抗生素提供依据,同时为开发有效防治肺炎克雷伯菌感染的新方法奠定基础。
二、127株志贺氏菌的分离鉴定与耐药性分析(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、127株志贺氏菌的分离鉴定与耐药性分析(论文提纲范文)
(1)奶牛粪源大肠杆菌分型、毒力基因检测及耐药性分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略词表 |
第一章 绪论 |
1 研究目的及意义 |
2 国内外研究进展 |
2.1 大肠杆菌的生物特性 |
2.1.1 大肠杆菌的特征 |
2.2 大肠杆菌的流行病学特点 |
2.3 大肠杆菌分型 |
2.3.1 大肠杆菌的血清分型 |
2.3.2 大肠杆菌的系统进化群 |
2.3.3 大肠杆菌的多位点序列分型(MLST) |
2.4 大肠杆菌致病性及毒力基因研究进展 |
2.5 大肠杆菌耐药性及耐药机制 |
2.5.1 大肠杆菌耐药性 |
2.5.2 大肠杆菌耐药机理 |
2.5.3 大肠杆菌耐药现状 |
3 研究内容 |
3.1 奶牛粪源大肠杆菌的分离鉴定 |
3.2 奶牛粪源大肠杆菌分型 |
3.2.1 血清型 |
3.2.2 系统进化群 |
3.2.3 多位点序列分型(MLST) |
3.3 奶牛粪源大肠杆菌毒力基因检测 |
3.4 奶牛粪源大肠杆菌耐药性分析 |
4 技术路线 |
第二章 试验研究 |
试验一 奶牛粪源大肠杆菌分离鉴定 |
前言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 菌株来源 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 样品的采集及处理 |
1.2.2 大肠杆菌的分离 |
1.2.3 大肠杆菌的鉴定 |
2 结果与分析 |
2.1 奶牛粪源大肠杆菌的生化鉴定 |
2.2 奶牛粪源大肠杆菌的PCR鉴定 |
3 讨论 |
4 小结 |
试验二 奶牛粪源大肠杆菌分型 |
前言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 菌株 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 致病性大肠杆菌血清型检测 |
1.2.2 系统进化群 |
1.2.3 多位点序列分型(MLST) |
2 结果与分析 |
2.1 大肠杆菌分离株血清分型 |
2.2 大肠杆菌分离株系统进化群 |
2.3 大肠杆菌分离株MLST |
3 讨论 |
4 小结 |
试验三 奶牛粪源大肠杆菌毒力基因检测 |
前言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验菌株 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 毒力基因检测 |
2 结果与分析 |
3 讨论 |
4 小结 |
试验四 奶牛粪源大肠杆菌耐药性分析 |
前言 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 试验菌株 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 方法 |
1.2.1 药敏试验及多重耐药分析 |
1.2.2 引物的设计与合成 |
1.2.3 耐药基因PCR反应体系及扩增程序 |
2 结果与分析 |
2.1 药敏试验及多重耐药分析 |
2.1.1 药敏试验 |
2.1.2 多重耐药分析 |
2.2 耐药基因的检测 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三章 结论 |
第四章 创新点 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简介 |
附件 |
(2)一株福氏志贺氏菌噬菌体的分离鉴定及其生物学特性(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 样品 |
1.2 主要试剂和仪器 |
1.3 培养基及溶液配制 |
1.4 志贺氏菌的分离鉴定 |
1.5 志贺氏菌致病性测定 |
1.6 志贺氏菌耐药性测定 |
1.7 噬菌体的分离纯化 |
1.8 噬菌体形态观察 |
1.8.1 噬菌体的浓缩 |
1.8.2 透射电镜观察 |
1.9 噬菌体的生物学特性研究 |
1.9.1 宿主谱筛选 |
1.9.2 最佳感染复数(Multiplicity of Infection,MOI) |
1.9.3 一步生长曲线 |
1.9.4 p H和热稳定性 |
2 结果与分析 |
2.1 志贺氏菌的分离鉴定 |
2.2 志贺氏菌的致病性测定 |
2.3 志贺氏菌耐药性测定 |
2.4 噬菌体的形态特征 |
2.5 噬菌体的生物学特性分析 |
2.5.1 噬菌体ΦDS8宿主谱筛选 |
2.5.2 最佳感染复数 |
2.5.3 一步生长曲线的测定 |
2.5.4 p H和热稳定性测定 |
3 讨论与结论 |
(3)辽宁部分地区鸡源大肠埃希氏菌分离株毒力基因检测与耐药性分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
前言 |
1 大肠埃希氏菌分型方法研究进展 |
1.1 表型分型 |
1.2 基因分型 |
2 大肠埃希氏菌毒力基因研究进展 |
2.1 毒力岛基因 |
2.2 粘附素 |
2.3 毒素基因 |
3 大肠埃希氏菌的耐药现状 |
3.1 国内大肠埃希氏菌的耐药现状 |
3.2 国外大肠埃希氏菌的耐药现状 |
3.3 产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希氏菌的研究进展 |
3.4 国内ESBLs菌的研究进展 |
3.5 国外ESBLs菌的研究进展 |
4 本研究的目的与意义 |
试验一 大肠埃希氏菌分离株的MLST分型及耐药性检测 |
1.1 试验材料 |
1.1.1 试验菌株 |
1.1.2 培养基与主要试剂 |
1.1.3 试验仪器与设备 |
1.1.4 试验所需药品 |
1.1.5 其他试验用品 |
1.2 试验方法 |
1.2.1 培养基及溶液的制备 |
1.2.2 大肠埃希氏菌DNA模板的制备 |
1.2.3 大肠埃希氏菌分离株多位点序列分型 |
1.2.4 大肠埃希氏菌分离株耐药性检测 |
1.3 结果与分析 |
1.3.1 大肠埃希氏菌基因组DNA模板的提取结果 |
1.3.2 大肠埃希氏菌分离株MLST结果 |
1.3.3 抗菌药物对大肠埃希氏菌分离株最小抑菌浓度的测定结果 |
1.4 讨论 |
1.5 小结 |
试验二 鸡源非产ESBLs大肠埃希菌分离株的毒力基因和整合子-基因盒检测 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 试验菌株 |
2.1.2 主要试剂与培养基 |
2.1.3 主要仪器及设备 |
2.1.4 其他试验用品 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 培养基及溶液的准备 |
2.2.2 大肠埃希氏菌DNA模板的制备 |
2.2.3 产ESBLs大肠埃希氏菌的筛选 |
2.2.4 非产ESBLs大肠埃希氏菌毒力基因的检测 |
2.2.5 非产ESBLs大肠埃希氏菌分离株中Ⅰ型、Ⅱ型整合酶基因和基因盒的筛查 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 大肠埃希氏菌分离株中产ESBLs大肠埃希氏菌分离株的检出率 |
2.3.2 非产ESBLs大肠埃希氏菌毒力基因检测结果 |
2.3.3 非产ESBLs大肠埃希氏菌分离株中Ⅰ型、Ⅱ型整合酶基因和基因盒的筛查结果 |
2.4 讨论 |
2.5 小结 |
试验三 鸡源产ESBLs大肠埃希菌氏分离株的毒力基因和整合子-基因盒检测 |
3.1 试验材料 |
3.1.1 试验菌株 |
3.1.2 主要试剂与培养基 |
3.1.3 主要仪器及设备 |
3.1.4 其他试验用品 |
3.2 试验方法 |
3.2.1 培养基及溶液的准备 |
3.2.2 产ESBLs大肠埃希氏菌的全基因组测序 |
3.2.3 产ESBLs大肠埃希氏菌分离株中Ⅰ型、Ⅱ型整合酶基因和基因盒的筛查 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 产ESBLs大肠埃希氏菌的全基因组测序结果 |
3.3.2 产ESBLs大肠埃希氏菌分离株中毒力基因检测结果 |
3.3.3 产ESBLs大肠埃希氏菌分离株中基因盒的检测结果 |
3.4 讨论 |
3.5 小结 |
结论 |
参考文献 |
致谢 |
(4)南宁地区动物源sul3阳性大肠杆菌耐药性、致病性及其接合子特性研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1.1 磺胺类抗菌药研究进展 |
1.1.1 磺胺类抗菌药的理化性质及其种类 |
1.1.2 磺胺类抗菌药作用机制 |
1.1.3 磺胺类抗菌药耐药基因及耐药概况 |
1.2 大肠杆菌研究进展 |
1.2.1 分型方法 |
1.2.2 毒力相关因子与致病性的研究进展 |
1.3 耐药基因及其作用机制研究进展 |
1.3.1 氨基糖苷类耐药机制 |
1.3.2 喹诺酮类耐药机制 |
1.3.3 β-内酰胺类耐药机制 |
1.3.4 氯霉素类耐药机制 |
1.3.5 多粘菌素耐药机制 |
1.3.6 磷霉素耐药机制 |
1.3.7 四环素类耐药机制 |
1.4 本研究的目的及意义 |
第二章 动物源sul3 阳性大肠杆菌的筛选及相关性、耐药性分析 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 菌株来源 |
2.1.2 培养基及耗材 |
2.1.3 仪器 |
2.1.4 受试抗菌药及其配置 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 疑似大肠杆菌的初筛 |
2.2.2 DNA粗提取 |
2.2.3 菌种16S r RNA鉴定 |
2.2.4 sul3 阳性大肠杆菌鉴定 |
2.2.5 菌种的保存 |
2.2.6 MLST分型 |
2.2.7 大肠杆菌亲缘性和sul3 基因亲缘性分析 |
2.2.8 药敏试验 |
2.2.9 耐药基因检测 |
2.3 试验结果 |
2.3.1 sul3 阳性大肠杆菌的分离鉴定 |
2.3.3 菌株来源及MLST分型统计 |
2.3.4 大肠杆菌亲缘性和sul3 基因亲缘性分析 |
2.3.5 药敏结果 |
2.3.6 耐药基因扩增结果 |
2.3.7 部分药敏及耐药基因相关性检测 |
2.4 讨论 |
2.4.1 sul3 基因及其来源分析 |
2.4.2 MLST分型及亲缘关系分析 |
2.4.3 耐药性分析 |
2.4.4 耐药基因与耐药性分析 |
2.5 小结 |
第三章 sul3 阳性大肠杆菌毒力相关因子检测与毒性表现分析 |
3.1 试验材料 |
3.1.1 菌株来源 |
3.1.2 培养基及耗材 |
3.1.3 实验仪器 |
3.2 试验方法 |
3.2.1 毒力相关因子检测 |
3.2.2 小鼠毒性试验 |
3.2.3 运动试验 |
3.2.4 生物被膜形成试验 |
3.3 试验结果 |
3.3.1 毒力相关因子扩增结果 |
3.3.2 小鼠毒性试验结果 |
3.3.3 小鼠毒性与毒力相关因子相关性分析 |
3.3.4 运动试验结果 |
3.3.5 生物被膜形成试验结果与毒性相关试验统计 |
3.4 讨论 |
3.4.1 毒力相关因子分析 |
3.4.2 小鼠毒性与毒力相关因子、来源分型分析 |
3.4.3 小鼠毒性大小与生物被膜形成能力、运动能力分析 |
3.4.4 生物被膜形成能力与运动能力分析 |
3.5 小结 |
第四章 sul3 阳性大肠杆菌的接合及接合子表现分析 |
4.1 试验材料 |
4.1.1 菌株来源 |
4.1.2 培养基及耗材 |
4.1.3 试验仪器 |
4.1.4 受试药品及其配置 |
4.2 试验方法 |
4.2.1 大肠杆菌中sul3 的初步定位 |
4.2.2 质粒接合试验及其验证 |
4.2.4 接合子及受体菌药敏实验 |
4.2.5 接合子质粒耐药基因检测 |
4.2.6 接合子质粒稳定性试验 |
4.2.7 接合子及受体菌生长曲线测定 |
4.2.8 接合子体外竞争试验 |
4.2.9 接合子运动及生物被膜形成对比试验 |
4.3 试验结果 |
4.3.1 大肠杆菌中sul3 初步定位结果 |
4.3.2 接合试验结果及其验证 |
4.3.3 接合子、受体菌及供体菌药敏试验结果 |
4.3.4 接合子质粒耐药基因检测 |
4.3.5 接合子质粒稳定性试验 |
4.3.6 接合子及受体菌生长曲线结果 |
4.3.7 体外竞争试验结果 |
4.3.8 接合子运动及生物被膜形成试验 |
4.4 讨论 |
4.5 小结 |
结论 |
参考文献 |
致谢 |
攻读硕士期间发表的论文 |
(5)南京地区仔猪源志贺菌分离鉴定与耐药性分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 样品来源 |
1.2 试剂与仪器 |
1.3 实验动物 |
1.4 细菌的分离与鉴定 |
1.5 细菌生化试验 |
1.6 细菌PCR鉴定 |
1.7 致病性试验 |
1.8 血清型鉴定 |
1.9 药敏试验 |
2 结果 |
2.1 细菌分离培养 |
2.2 分离菌株生化鉴定 |
2.3 细菌PCR检测与测序 |
2.4 致病性试验 |
2.5 血清型鉴定 |
2.6 药敏试验 |
3 讨论 |
(6)好氧堆肥对畜禽养殖粪污中抗生素耐药整合子的影响规律研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 绪论 |
1.1 研究背景 |
1.1.1 抗生素污染现状 |
1.1.2 耐药菌及耐药基因 |
1.1.3 整合子的研究进展 |
1.1.4 质粒的研究进展 |
1.1.5 堆肥对抗生素污染的研究进展 |
1.2 研究的目的及意义 |
1.3 研究内容 |
2 实验材料与分析方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 仪器与设备 |
2.1.2 实验试剂 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 抗生素溶液的配制 |
2.2.2 样品的来源及采集 |
2.2.3 培养基的配制 |
2.2.4 多重耐药菌的分离、计数和筛选 |
2.2.5 多重耐药菌菌群的鉴定 |
2.2.6 多重耐药菌的分子鉴定 |
2.2.7 药敏试验 |
2.2.8 耐药整合子的扩增 |
2.2.9 质粒提取及检测 |
2.2.10 特异性引物设计 |
2.2.11 堆肥实验设计 |
2.3 数据整理及计算方法 |
2.3.1 粪肥中多耐药菌的浓度 |
2.3.2 耐药菌占总菌数的比例 |
2.3.3 基因拷贝数 |
2.3.4 数据统计分析 |
3 规模化畜禽粪便堆肥厂的多重耐药细菌污染特征调查 |
3.1 可培养多重耐药菌污染概况 |
3.1.1 可培养的A类多耐药菌计数分析 |
3.1.2 可培养的B类多耐药菌计数分析 |
3.1.3 可培养耐药菌多样性的分析 |
3.1.4 可培养耐药菌群落结构解析 |
3.2 本章小结 |
4 多重耐药菌中耐药整合子结构解析 |
4.1 禽畜粪便中多重耐药菌分离与鉴定 |
4.1.1 A类多重耐药菌分离及鉴定 |
4.1.2 B类多重耐药菌分离及鉴定 |
4.2 分离菌株的耐药性特征 |
4.2.1 A类多耐药菌的耐药性分析 |
4.2.2 B类多耐药菌的耐药性分析 |
4.3 多重耐药菌的整合子构成分析 |
4.4 本章小结 |
5 高温堆肥中典型耐药整合子的变化规律解析 |
5.1 耐药菌株的质粒获取及结构解析 |
5.2 耐药基因引物特异性验证 |
5.3 高温堆肥对多耐药菌及耐药基因的去除规律探究 |
5.3.1 高温堆肥过程中可培养耐药菌的丰度变化 |
5.3.2 高温堆肥过程中耐药基因的丰度变化 |
5.4 本章小结 |
结论 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间发表的学术论文 |
致谢 |
(7)安徽地区儿童志贺氏菌分子流行病学研究(论文提纲范文)
缩略词表 |
中文摘要 |
英文摘要 |
第一部分正文 安徽省儿童志贺菌抗菌药物耐药性分析 |
1.前言 |
2.材料与方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
5.结论 |
参考文献 |
第二部分正文 安徽省儿童志贺菌毒力基因携带情况及与抗药性分析 |
1.前言 |
2.材料与方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
5.结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
综述 细菌性痢疾的诊疗进展 |
参考文献 |
(8)影响冀南地区肉鸡健雏率的细菌性因素分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 绪论 |
1.1 影响雏鸡质量的因素 |
1.1.1 种蛋的品质 |
1.1.1.1 种禽质量 |
1.1.1.2 种蛋的保存 |
1.1.1.3 蛋重和蛋形指数 |
1.1.1.4 蛋壳颜色和厚度 |
1.1.2 孵化条件 |
1.1.2.1 温度 |
1.1.2.2 相对湿度 |
1.1.2.3 通风换气 |
1.1.2.4 翻蛋与凉蛋 |
1.1.3 营养性因素 |
1.1.3.1 维生素缺乏造成的影响 |
1.1.3.2 微量元素缺乏造成的影响 |
1.1.3.3 氨基酸缺乏造成的影响 |
1.1.4 生物性因素 |
1.1.4.1 细菌性传染病 |
1.1.4.2 病毒性传染病 |
1.1.4.3 真菌性传染病 |
1.2 粪肠球菌耐药性分析 |
1.2.1 氨基糖苷类 |
1.2.2 大环内酯类 |
1.2.3 四环素类 |
1.2.4 氟喹诺酮类 |
1.2.5 β-内酰胺类 |
1.2.6 糖肽类 |
1.3 研究的目的和意义 |
第2章 肉雏鸡病原菌分离鉴定 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 仪器设备 |
2.1.2 试剂和耗材 |
2.1.3 病、弱肉雏鸡病原菌的分离鉴定 |
2.1.3.1 样品采集 |
2.1.3.2 病理学观察 |
2.1.3.3 培养基的制备 |
2.1.3.4 菌株的培养及纯化 |
2.1.3.5 菌株形态学鉴定 |
2.1.3.6 菌株DNA的提取 |
2.1.3.7 通用引物的合成 |
2.1.3.8 菌株的PCR扩增 |
2.1.3.9 菌株的序列测定及分析 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 病、弱肉雏鸡的病理组织学观察 |
2.2.2 分离菌株的PCR扩增 |
2.2.3 分离菌株的鉴定 |
2.2.3.1 疑似大肠杆菌的分离鉴定 |
2.2.3.2 疑似粪肠球菌的分离鉴定 |
2.2.3.3 疑似志贺氏菌的分离鉴定 |
2.2.3.4 疑似阴沟肠杆菌的分离鉴定 |
2.2.3.5 疑似肺炎克雷伯菌的分离鉴定 |
2.2.3.6 疑似奇异变形杆菌的分离鉴定 |
2.2.3.7 疑似假单孢菌属的分离鉴定 |
2.2.3.8 疑似不动杆菌属的分离鉴定 |
2.2.3.9 疑似库克氏菌的分离鉴定 |
2.2.3.10 疑似肠道沙门氏菌的分离鉴定 |
2.2.3.11 疑似纳西杆菌的分离鉴定 |
2.2.4 分析 |
2.3 讨论 |
2.4 小结 |
第3章 粪肠球菌耐药性分析 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 仪器设备 |
3.1.2 试剂和耗材 |
3.1.3 菌株来源 |
3.1.4 粪肠球菌生长曲线测定 |
3.1.5 粪肠球菌标准曲线测定 |
3.1.6 K-B纸片法药敏试验 |
3.1.7 最小抑制浓度(MIC)测定 |
3.1.7.1 抗菌药液的制备 |
3.1.7.2 菌液的制备 |
3.1.7.3 肉汤微量稀释法操作步骤 |
3.1.8 粪肠球菌耐药基因检测 |
3.1.8.1 耐药基因引物设计 |
3.1.8.2 DNA模板的制备 |
3.1.8.3 基因的PCR扩增及凝胶电泳检测 |
3.1.8.4 扩增产物序列测定 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 生长曲线 |
3.2.2 标准曲线 |
3.2.3 K-B纸片法药敏试验结果 |
3.2.4 MIC结果 |
3.2.5 耐药基因检测 |
3.3 讨论 |
3.3.1 对氨基糖苷类耐药作用 |
3.3.2 对四环素类耐药作用 |
3.3.3 对大环内酯类耐药作用 |
3.3.4 对β-内酰胺类耐药作用 |
3.3.5 对氟喹诺酮类耐药作用 |
3.3.6 对林可胺类耐药作用 |
3.3.7 对糖肽类耐药作用 |
3.4 小结 |
结论 |
创新点 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
攻读硕士学位期间发表的论文 |
参加科研情况 |
(9)冀南地区鸡胚蛋有害菌的检测(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 绪论 |
1.1 病原菌引起的食品安全问题 |
1.2 鸡胚蛋在食品加工中的应用 |
1.3 鸡胚蛋致病菌的研究及流行情况 |
1.4 鸡胚蛋中常见的致病菌 |
1.4.1 大肠杆菌 |
1.4.2 粪肠球菌 |
1.4.3 志贺氏菌 |
1.4.4 沙门氏菌 |
1.4.5 金黄色葡萄球菌 |
1.5 食源性致病菌检测技术研究进展 |
1.5.1 传统检测方法 |
1.5.2 免疫学方法 |
1.5.3 分子生物学技术 |
1.5.4 生物传感器技术 |
1.5.5 聚合酶链式反应技术 |
1.6 本研究的目的及意义 |
第2章 鸡胚蛋污染菌的分离鉴定 |
2.1 材料 |
2.1.1 污染样品与菌株 |
2.1.2 试验试剂与耗材 |
2.1.3 试验仪器与设备 |
2.2 方法 |
2.2.1 培养基制备 |
2.2.2 细菌培养 |
2.2.3 细菌分离纯化 |
2.2.4 菌落菌体观察 |
2.2.5 模板DNA提取 |
2.2.6 分离株的PCR扩增 |
2.2.7 分离株序列测定分析 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 鸡胚蛋大体观察 |
2.3.2 分离株PCR扩增结果 |
2.3.3 分离株鉴定 |
2.3.4 分离株鉴定结果分析 |
2.4 讨论 |
2.5 小结 |
第3章 大肠杆菌荧光定量PCR检测方法的建立 |
3.1 材料 |
3.1.1 菌株 |
3.1.2 试验试剂与耗材 |
3.1.3 试验仪器与设备 |
3.2 方法 |
3.2.1 DNA提取 |
3.2.2 大肠杆菌特异性引物设计与合成 |
3.2.3 大肠杆菌引物特异性检测 |
3.2.4 定量PCR反应体系和反应程序 |
3.2.5 线性范围的测定和标准曲线的建立 |
3.2.6 定量PCR特异性检测 |
3.2.7 定量PCR敏感性检测 |
3.2.8 定量PCR重复性检测 |
3.2.9 鸡胚蛋样品检测 |
3.3 结果 |
3.3.1 大肠杆菌引物特异性检测结果 |
3.3.2 线性范围及定量标准曲线的制作 |
3.3.3 定量PCR特异性检测结果 |
3.3.4 定量PCR敏感性检测结果 |
3.3.5 定量PCR重复性检测结果 |
3.3.6 鸡胚蛋样品检测结果 |
3.4 讨论 |
3.5 小结 |
第4章 粪肠球菌荧光定量PCR检测方法的建立 |
4.1 材料 |
4.1.1 菌株 |
4.1.2 试验试剂与耗材 |
4.1.3 试验仪器与设备 |
4.2 方法 |
4.2.1 DNA提取 |
4.2.2 粪肠球菌特异性引物设计与合成 |
4.2.3 粪肠球菌引物特异性检测 |
4.2.4 定量PCR反应体系和反应程序 |
4.2.5 线性范围的测定和标准曲线的建立 |
4.2.6 定量PCR特异性检测 |
4.2.7 定量PCR敏感性检测 |
4.2.8 定量PCR重复性检测 |
4.2.9 鸡胚蛋样品检测 |
4.3 结果 |
4.3.1 粪肠球菌引物特异性检测结果 |
4.3.2 线性范围及定量标准曲线的制作 |
4.3.3 定量PCR特异性检测结果 |
4.3.4 定量PCR敏感性检测结果 |
4.3.5 定量PCR重复性检测结果 |
4.3.6 鸡胚蛋样品检测结果 |
4.4 讨论 |
4.5 小结 |
第5章 大肠杆菌和粪肠球菌双重荧光定量PCR检测方法的建立 |
5.1 材料 |
5.1.1 菌株 |
5.1.2 试验试剂与耗材 |
5.1.3 试验仪器与设备 |
5.2 方法 |
5.2.1 DNA提取 |
5.2.2 双重荧光定量PCR特异性检测 |
5.2.3 双重荧光定量PCR敏感性检测 |
5.2.4 双重荧光定量PCR重复性检测 |
5.2.5 鸡胚蛋样品检测 |
5.3 结果 |
5.3.1 双重荧光定量PCR特异性检测结果 |
5.3.2 双重荧光定量PCR敏感性检测结果 |
5.3.3 双重荧光定量PCR重复性检测结果 |
5.3.4 鸡胚蛋样品检测结果 |
5.4 讨论 |
5.5 小结 |
结论 |
创新点 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
攻读硕士学位期间发表的论文 |
参加科研情况 |
(10)腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩写表 |
第一章 绪论 |
1.1 仔猪腹泻概述 |
1.2 肠道菌群概况 |
1.2.1 肠道菌群的组成和功能 |
1.2.2 肠道菌群与仔猪腹泻 |
1.2.3 猪肠道菌群研究方法 |
1.2.4 猪肠道菌群研究进展 |
1.3 猪源大肠杆菌研究进展 |
1.3.1 大肠杆菌概述 |
1.3.2 大肠杆菌耐药现状 |
1.4 肺炎克雷伯菌研究进展 |
1.4.1 肺炎克雷伯菌概述 |
1.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药现状及机制 |
1.4.3 肺炎克雷伯菌的致病因子 |
1.4.4 肺炎克雷伯菌研究进展 |
1.5 测序技术发展概况 |
1.5.1 第一代测序技术 |
1.5.2 第二代测序技术 |
1.5.3 第三代测序技术 |
1.6 本课题的研究意义及主要内容 |
第二章 腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较 |
2.1 引言 |
2.2 实验材料与设备 |
2.2.1 主要仪器与设备 |
2.2.2 主要实验试剂 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 样品采集 |
2.3.2 样品总DNA提取 |
2.3.3 16S rRNA基因扩增 |
2.3.4 Illumina Miseq测序 |
2.3.5 数据处理与分析 |
2.4 结果与分析 |
2.4.1 测序数据整体分析 |
2.4.2 Alpha多样性分析 |
2.4.3 Beta多样性分析 |
2.4.4 物种组成分析 |
2.4.5 物种差异分析 |
2.4.6 16S功能预测分析 |
2.5 讨论 |
2.6 本章小结 |
第三章 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离及耐药性分析 |
3.1 引言 |
3.2 实验材料与设备 |
3.2.1 主要仪器与设备 |
3.2.2 主要实验试剂 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 样本来源 |
3.3.2 样品制备及增菌 |
3.3.3 细菌分离 |
3.3.4 生化试验 |
3.3.5 分子生物学鉴定 |
3.3.6 药敏试验 |
3.3.7 菌种保存 |
3.3.8 数据分析 |
3.4 结果与分析 |
3.4.1 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离情况 |
3.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药表型 |
3.4.3 大肠杆菌的耐药表型 |
3.4.4 分离菌株的多重耐药性 |
3.5 讨论 |
3.6 本章小结 |
第四章 多重耐药肺炎克雷伯菌基因组分析 |
4.1 引言 |
4.2 实验材料和设备 |
4.2.1 实验菌株 |
4.2.2 仪器和设备 |
4.3 实验方法 |
4.3.1 细菌DNA的提取 |
4.3.2 文库构建及测序 |
4.3.3 原始下机数据处理 |
4.3.4 基因组序列拼装 |
4.3.5 功能元件分析 |
4.3.6 毒力基因和耐药基因分析 |
4.3.7 基因功能注释 |
4.4 结果与分析 |
4.4.1 测序数据概况 |
4.4.2 基因组概况 |
4.4.3 功能元件分析 |
4.4.4 毒力因子分析 |
4.4.5 耐药基因分析 |
4.4.6 基因功能分析 |
4.5 讨论 |
4.6 本章小结 |
结论与展望 |
一、结论 |
二、创新点 |
三、展望 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
附件 |
四、127株志贺氏菌的分离鉴定与耐药性分析(论文参考文献)
- [1]奶牛粪源大肠杆菌分型、毒力基因检测及耐药性分析[D]. 江婉琳. 石河子大学, 2021(02)
- [2]一株福氏志贺氏菌噬菌体的分离鉴定及其生物学特性[J]. 何秀,邓征宇,王峰,张棋麟,林连兵,邓先余. 微生物学通报, 2021(09)
- [3]辽宁部分地区鸡源大肠埃希氏菌分离株毒力基因检测与耐药性分析[D]. 李丹. 沈阳农业大学, 2020(04)
- [4]南宁地区动物源sul3阳性大肠杆菌耐药性、致病性及其接合子特性研究[D]. 李铮. 广西大学, 2020(07)
- [5]南京地区仔猪源志贺菌分离鉴定与耐药性分析[J]. 阳巧梅,邓小荣,谭德展. 中国兽医杂志, 2020(06)
- [6]好氧堆肥对畜禽养殖粪污中抗生素耐药整合子的影响规律研究[D]. 唐伟欣. 东北林业大学, 2020(02)
- [7]安徽地区儿童志贺氏菌分子流行病学研究[D]. 孙雅婷. 安徽医科大学, 2021(01)
- [8]影响冀南地区肉鸡健雏率的细菌性因素分析[D]. 杨子龙. 河北工程大学, 2019(02)
- [9]冀南地区鸡胚蛋有害菌的检测[D]. 刘洁玉. 河北工程大学, 2019(02)
- [10]腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究[D]. 汪群. 华南理工大学, 2019