一、急性白血病的基因诊断(论文文献综述)
周振辰[1](2020)在《基于图的半监督特征选择算法研究》文中指出随着人工智能技术的发展,数据逐渐复杂化,致使原始样本数据特征多样性,在众多的特征中存在着一些不相关特征、冗余特征以及噪音的影响,不仅增加了模型的计算消耗,而且极易导致模型过拟合,从而影响了学习模型的性能。为了减小冗余特征、数据噪音带来的影响,降低维数灾难问题,特征选择技术在机器学习各个领域引起研究人员的持续关注和广泛的应用,本文针对性的提出了两种特征选择算法,分别用于解决大样本数据和高维数据下的特征选择问题。本文的主要工作包括以下两个部分:1、针对处理少标签、高维度特征的基因诊断任务中的不足问题,提出基于Hessian正则的自适应损失半监督稀疏特征选择框架(AHFS)。首先分析Hessian矩阵产生的零空间特性,可以较好地利用数据流形固有的局部几何特性,有利于学习函数值随测地距离线性变化的函数。同时,多数半监督特征选择算法采用l2范数作为损失函数来度量预测标签误差,但具有显着损失的异常值将导致模型表现比较敏感,鲁棒性较差,而使用l1范数作为损失函数,可以在一定程度上缓解对异常值的敏感度,但是又会对小损失比较敏感。为了克服基于l1范数和l2范数损失函数的缺点,采用自适应损失来度量预测标签的误差,通过自适应近邻分配策略,得到最优Hessian矩阵,增强特征选择模型的鲁棒性。此外,使用l2,1范数作为隐式正则项约束投影矩阵W,可以获得更多的稀疏回归系数,提升特征子集区分性。2、针对具有大样本量下高维度特征的视频语义识别任务数据,提出一种基于自调整图的半监督特征选择算法(SAGFS),与传统的直接依赖于初始拉普拉斯图的半监督特征选择算法不同,SAGFS学习一个新的稀疏相似图来替换原始相似图,促使所提出的模型对初始数据不敏感。另一方面,在学习新的相似图时,新图可以根据输入训练数据的局部几何结构和特征选择的过程进行自调整。通过最佳稀疏相似图的嵌入,SAGFS结合了图正则,使得几何结构可以被嵌入到流行学习。然后,通过简单且高效地线性回归函数测量软标签矩阵的损失误差,可以同时获得最佳的投影矩阵和软标签矩阵。此外,利用l2,p范数以及引入参数?,以便获得高效的特征选择的行稀疏投影矩阵。最后,基于视频语义识别任务相关的数据集进行实验,实验结果表明了SAGFS算法的优越性能。
马垍冬[2](2020)在《异常核型染色体在急性白血病中的研究分析及临床意义》文中提出目的:探讨异常核型染色体在急性白血病治疗及预后评估中的意义。方法:收集于2017年06月-2019年06月在我院血液内科就诊的137例初治急性白血病患者的临床资料,回顾性分析异常核型染色体在急性白血病患者中的治疗效果及预后评估中的意义。结果:1、异常核型染色体检出率为64.23%。其中AML检出率为63.00%;ALL检出率为67.57%。AML与ALL异常核型染色体比较,差异无统计学意义(P>0.05)。2、异常核型染色体以结构异常为主,占70.45%,其次为复杂异常15.91%和单纯数目异常13.64%。3、正常核型患者1疗程缓解率明显高于异常核型患者,有统计学意义(P<0.05),OS、DFS时间比异常核型患者长,差异有统计学意义(P<0.05)。4、复杂核型异常组患者1疗程缓解率、OS、DFS时间明显低于染色体结构异常组及染色体数目异常组,差异有统计学意义(P<0.05)。5、患者按细胞遗传学预后分型分为预后良好、预后中等、预后不良3组,3组间1疗程缓解率及死亡率均有明显差异(P<0.01)。结论:1、染色体核型分析对AL患者的治疗效果及预后评估具有重要意义。2、复杂核型比染色体结构异常及数目异常的治疗效果和预后更差。
蒋琦[3](2020)在《泸州儿童G6PD缺乏症基因突变类型及临床特点分析》文中认为目的:研究泸州地区儿童G6PD缺乏症基因突变类型及其与临床特点的关系,为该病的筛查及诊治提供理论依据。方法:1、回顾性分析2017年03月至2019年07月泸州市各县区怀疑为G6PD缺乏症转诊至我院患儿的基因突变类型及不同基因类型发生急性溶血时的临床特点。2、G6PD缺乏症实验室诊断方法:采用紫外速率定量法进行酶活性检测,采用荧光PCR溶解曲线法检测12种基因突变类型即c.1360C>T、c.1376G>T、c.1388G>A、c.871G>A、c.1004C>A、c.1024C>T、c.95A>G、c.383T>C、c.392G>T、c.487G>A、c.592C>T、c.517T>C。3、统计学方法:采用SPSS 17.0软件进行统计学分析。计量资料采用均数±标准差(x±SD)表示,两两比较及多组间比较采用Kruskal-Wallis H检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果:1、732例标本中检测出阳性标本共387例,其中,有基因突变的375例,无基因突变但有酶活性降低共12例。有基因突变且有酶活性下降326例,有基因突变但无酶活性下降共49例。2、有基因突变的375例阳性样本中(男性患儿293例,女性患儿82例),男女比例为3.57:1,共检测出11个基因突变类型,其中c.1376G>T突变占26.40%(99/375);c.1388G>A突变占25.06%(94/375),c.1024C>T突变占23.47%(88/375);c.95A>G突变占12%(45/375);c.871G>A突变占4.27%(16/375);c.487G>A突变占2.93%(11/375);c.392G>T突变占3.47%(13/375);c.517T>C突变占1.07%(4/375)、c.1004C>A突变占0.53%(2/375)、c.1360C>T、c.592C>T及c.1376G>T+C.95A>G突变各占0.27%(1/375)。3、最常见的四种基因突变类型为c.1376G>T、c.1388G>A、c.1024C>T和c.95A>G。这四种基因突变类型均以Ⅲ级酶活性缺乏为主。c.1376G>T、c.1388G>A、c.1024C>T与c.95A>G在酶活性缺乏严重程度上差异无统计学意义(P>0.05)。在酶活性大小比较上,c.1376G>T与c.1024C>T比较差异有统计学意义(P<0.05);c.1388G>A与c.1024C>T比较差异有统计学意义(P<0.05),其余各组两两比较差异均无统计学意义(P>0.05)。4、发生急性溶血时,最常见诱因是蚕豆;经去除诱因、水化碱化尿液、输血等处理后,所有患儿均好转出院。有急性溶血表现的患儿前三位基因突变类型为c.1388G>A、c.1376G>T、c.95A>G;对其临床特点两两比较分析发现,在网织红细胞率比较时,c.1388G>A与c.95A>G比较差异有统计学意义(P<0.05);c.1376G>T与c.95A>G比较时差异有统计学意义(P<0.05);在血红蛋白比较时,c.1388G>A与c.95A>G比较差异无统计学意义(P>0.05);c.1376G>T与c.95A>G比较时差异有统计学意义(P<0.05)。而在年龄、红细胞数、总胆红素、输血量、住院时间及尿色恢复时间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论:1、泸州地区G6PD缺乏症患儿的常见基因突变类型为c.1376G>T、c.1388G>A、c.1024C>T。2、各基因型在酶活性缺乏严重程度上无差异,且均为轻到中度的缺乏。c.1376G>T、c.1388G>A的酶活性可能比c.1024C>T低。3、G6PD缺乏症最常见的临床表现形式是蚕豆病。发生急性溶血时,基因突变类型在网织红细胞率及血红蛋白变化可能存在差异。
田月月,吴明远[4](2020)在《新生儿早发型败血症高危因素与预防的研究进展》文中研究表明新生儿早发型败血症(early onset sepsis,EOS)一般是指出生72小时内发生的败血症,美国疾病预防控制中心将出生后1周内发生的B族链球菌(group B streptococcus,GBS)感染也纳入早发型感染的范畴[1]。新生儿EOS的总体发病率约为1/1000活产儿[2],目前仍是新生儿患病和死亡的重要原因[3-4]。EOS发病风险主要与围生期的母婴因素相关。由于新生儿EOS的
宋艺凡,李娟[5](2020)在《动脉导管未闭对超低出生体质量儿脏器功能的影响》文中研究指明动脉导管是主动脉降部与左肺动脉根部之间维持胎儿期特殊血液循环的正常通道,新生儿出生后随着胎盘剥离和呼吸建立而逐渐闭合。新生儿出生后动脉导管开放持续72小时以上即为动脉导管未闭(patent ductus arteriosus,PDA)[1]。PDA是早产儿常见的心脏异常,发生率随胎龄和出生体质量降低而
邹惠安[6](2020)在《急性髓系白血病融合基因与免疫分型及凝血功能关系研究》文中研究表明急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一种多发于成年人常见的白血病类型,具有发病率随着年龄的增长而升高的特点。AML患者常伴有凝血机制改变,正常凝血与抗凝平衡失调,易形成血液高凝或出血,是其致死的重要原因。因此对AML开展快速、准确的诊断十分重要。由细胞形态学分型、免疫分型、细胞遗传学、分子生物学分型以及临床疗效分型构建的MICMC诊断体系对白血病的诊疗具有重要价值。免疫分型主要检测相关免疫分子,基因重排检测是评估患者病情和疗效的重要分子生物学指标,两者之间存在一定关联,如B细胞型急性淋巴细胞白血病患者CD25是融合基因BCR/ABL1标志性抗原,CD66c、CD13、CD10和CD38与BCR/ABL1相关。目前,关于AML患者免疫分子与融合基因表达关联性的研究较少,本文选取初诊FAB分型为AML的患者,流式细胞术检测多个免疫分型免疫分子表达,荧光定量PCR方法检测融合基因PML/RARα表达,探讨免疫分子与PML/RARα融合基因之间的关系及免疫分子对PML/RARα融合基因的诊断效能,为AML患者临床诊疗提供新的实验依据。由于AML患者常发生凝血功能异常,目前凝血功能与PML-RARα融合基因的关系相关文献报道较少,本研究旨在分析AML患者PML-RARα融合基因与凝血功能的关系,为AML患者的临床研究以及治疗提供实验依据。目的:探讨急性髓系白血病免疫分子与PML/RARα融合基因之间的关系及免疫分子对PML/RARα融合基因表达的诊断效能。分析初发急性髓系白血病患者PML-RARα融合基因与五项凝血功能指标之间的关系。方法:选取荆州市中心医院2016年7月~2019年7月初诊FAB分型为急性髓系白血病的患者120例,荧光定量PCR检测融合基因PML/RARα,流式细胞术检测CD分子表达,根据融合基因PML/RARα是否表达对患者进行分组,分析免疫分型CD分子表达差异及与融合基因PML/RARα表达的关联。同时,对120例初发急性髓系白血病患者,分为PML-RARα阳性组(39例)和PML-RARα阴性组(81例),检测各组初诊时凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、血浆纤维蛋白原(FIB)、血浆凝血酶时间(TT)、D-二聚体(D-D)等凝血指标,分析融合基因与凝血功能的关联。结果:1.PML/RARα阳性患者组CD64阳性患者率高达75.0%,CD34、HLA-DR、CD7阳性患者率分别为7.7%、7.7%、0.0%;PML/RARα阴性患者组CD64阳性患者率为 28.6%,CD7、CD34、HLA-DR 阳性患者率分别为 44.4%、77.8%、63.0%,差异均有明显的统计学差异(P<0.05)。PML/RARα阳性患者中CD64阳性细胞率四分位数均高于PML/RARα阴性患者,CD7、CD34、HLA-DR阳性细胞率四分位数均低于PML/RARα阴性患者,两组间CD64、CD34、HLA-DR 阳性细胞率均具有显着统计学差异(P<0.05)。CD34、HLA-DR、CD64诊断临界值分别为10.7%、11.1%、14.2%时,P值具有明显的统计学意义。同时,上述诊断临界值具有较高的准确性(ROC曲线下面积分别为0.84,0.84,0.83),对诊断PML/RARα为阳性的敏感度和特异度较好。2.PML-RARα阳性组与PML-RARα阴性组FIB、TT及D-D水平分布比较差异有统计学意义(P均<0.05),而APTT和PT水平分布比较差异无统计学意义(P均>0.05)。与PML-RARα阴性组患者比较,PML-RARα阳性组AML患者PT、TT、D-D水平升高,FIB水平降低(P均<0.05)。通过进一步相关性分析,PML-RARα融合基因与TT及D-D正相关,与FIB负相关。结论:1.CD34、HLA-DR和CD64与急性髓系白血病患者PML/RARα融合基因具有较强相关性。2.CD34、HLA-DR、CD64诊断临界值分别为10.7%、11.1%、14.2%对诊断急性髓系白血病患者PML/RARα融合基因重排有较好的性能。3.急性髓系白血病患者中TT、D-D及FIB水平与PML-RARα融合基因具有较强相关性。4.PML-RARα融合基因阳性患者表现出TT、D-D升高,FIB降低,有更高凝血和纤溶系统异常风险,对急性髓系白血病患者的临床治疗具有较好指导意义。
李晓侨,巩纯秀[7](2020)在《胱氨酸贮积症诊疗进展》文中研究说明胱氨酸贮积症(cystinosis)是一种罕见的常染色体隐性遗传的全身系统性疾病。在某些文献中也被称为Lignac-Fanconi综合征[1]。胱氨酸贮积症导致溶酶体储存障碍,使得胱氨酸在细胞的溶酶体中蓄积。胱氨酸结晶作为其病理标志物,累积于全身细胞和组织中。根据影响CTNS基因变异的严重程度及发病年龄,胱氨酸贮积症可分为三种类型:婴儿肾病型、青少年肾病型及非肾性眼病型。近年来,国外学者对胱氨酸贮积症的发病情况、临床表现、诊断、治疗措施及未来前景和有待解决的问题进行了归纳的总结[1-2],而我国对于该病的相关报道较少,尤其在治疗方面。现对胱氨酸贮积症的临床症状谱,诊断和治疗方案作一
孙伊娜[8](2019)在《MLL基因重排阳性儿童急性淋巴细胞白血病预后相关因素分析与研究》文中认为随着诊断及治疗方法的不断改进,目前国内外儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)治愈率已经比较高,但仍有一些儿童难治或复发,其中混合谱系白血病(MLL)基因重排儿童ALL是公认的预后不良类型之一。不同年龄、伙伴基因、治疗策略和早期治疗反应对MLL基因重排白血病预后有很大差异。随着二代测序技术的日益成熟,RNA-seq技术逐步应用于白血病的基因诊断,对于精准的鉴定不良预后基因,显得极为重要。本研究从临床特征、治疗反应及差异表达基因几个方面分析和研究MLL重排阳性儿童ALL预后不良因素,为进一步分层及个体化治疗奠定基础。第一部分 MLL基因重排儿童急性淋巴细胞白血病接受CCLG-ALL2008方案治疗疗效和预后因素分析目的:探讨MLL基因重排儿童ALL接受CCLG-ALL2008方案治疗疗效和预后相关因素。方法:2008年4月至2015年10月共227例ALL患儿接受CCLG-ALL2008高危组方案治疗,其中MLL阳性30例,BCR/ABL阳性24例,MLL和BCR/ABL双阴性173例,MLL阴性197例。MLL阳性组分别与BCR/ABL 阳性组、MLL及BCR/ABL双阴性组和MLL阴性组比较临床特征和治疗反应,并长期随访,对组间及组内进行生存分析。结果:1、MLL阳性组与其它组比较:年龄<2岁比例较其他组明显增高;第15天骨髓非M1(原始+幼稚细胞<5%)比例明显低于阴性组和双阴性组;第33天完全缓解(CR)患儿较BCR/ABL 阳性组明显增高;第33天骨髓MRD≥1×10-2比例较BCR/ABL 阳性组明显低。10年总生存率(OS)和无复发生存率(RFS)MLL阳性组比BCR/ABL 阳性组高。2、MLL阳性组内比较:年龄<2岁患儿10年OS和RFS显着低于年龄≥2岁患儿。强的松不敏感患儿10年OS和RFS显着低于强的松敏感患儿。第33天未缓解(NR)组10年OS和RFS显着低于CR组。多变量COX回归分析发现:年龄、基因重排形式、强的松反应对患儿生存期有影响。结论:CCLG-ALL2008高危组方案对于年龄<2岁、MLL/AF4重排、强的松反应不敏感和第33天未缓解患儿治疗效果不佳;年龄<2岁、MLL/AF4重排、强的松不敏感以及第33天未缓解与MLL重排儿童ALL预后不良相关。第二部分 应用RNA-seq初步研究MLL重排儿童急性淋巴细胞白血病差异表达基因与预后的相关性目的:应用RNA-seq技术鉴定MLL基因及伙伴基因,通过分析差异表达基因,推测预后不良基因。方法:1、2014年4月至2018年4月在苏州大学附属儿童医院接受正规治疗的15例MLL重排阳性及5例阴性儿童ALL病例,用RNA-seq测定基因表达及鉴定伙伴基因。2、差异表达基因(DEGs)通过Cuffdiff算法来分析,并对DEGs进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,通过分析前20个差异最显着DEGs富集到有意义的GO功能和KEGG信号通路,筛选出预后相关基因。结果:1、通过RNA-seq 15例ALL病例全部鉴定出MLL基因及伙伴基因。2、差异表达基因分析发现,MLL重排阳性组对阴性组,复发组对未复发组,泼尼松耐药组对敏感组,存在明显的差异表达基因;前20上调DEGs富集到有意义的GO功能和 KEGG 信号通路,MLL 阳性组有:CCNA1、LAMP5、CXCL8、MAP7、IL1RL1、NTRK1、PROM1;复发组中有:IL1RL1、GATA2、IL5RA、CXCL8、CXCR2、CXCR1。结论:1、RNA-seq鉴定融合基因非常精准,有望成为白血病分子生物学诊断新方法。2、CXCL8、IL1RL1、CCNA1、LAMP5、PROM1、GATA2、CXCR2 以及 CXCR1高表达可能与MLL重排阳性儿童ALL预后不良相关。
孙振江[9](2019)在《基质重塑相关基因7(MXRA7)在急性早幼粒白血病发展中的作用及机制研究》文中研究指明目的:基质重塑相关基因7(MXRA7)是基质重塑家族的一员,目前已有的研究表明:MXRA7的缺失可以减轻四氯化碳诱导的小鼠急性肝损伤;MXRA7促进骨髓间充质干细胞向成骨细胞分化;MXRA7在银屑病的发展中起一个负调控作用等。但是关于MXRA7在白血病的中作用并未有过报道。我们通过公共数据库分析发现,与正常人相比,MXRA7在急性早幼粒白血病中表达量异常升高,说明MXRA7可能参与调控急性早幼粒白血病的发生发展。因此我们使用了急性早幼粒白血病细胞NB4细胞株来研究MXRA7在急性早幼粒白血病中的作用及相关机制。方法:(1)利用BloodSpot和Leukemia Gene Atlas这两个与造血和白血病相关的公共数据库来分析MXRA7在急性髓系白血病中的表达情况。(2)收集急性早幼粒白血病病人(APL或AML-M3)、急性B淋巴细胞白血病病人(B-ALL)、急性T淋巴细胞白血病病人(T-ALL)、正常供体的骨髓样本以及白血病细胞系,应用荧光定量PCR及Western blot检测MXRA7的表达情况。(3)应用慢病毒系统分别构建MXRA7过表达和敲低的NB4稳转细胞系,应用荧光定量PCR和Western blot检测稳转细胞系中MXRA7的表达情况。(4)采用CCK8检测细胞活力实验、琼脂糖克隆形成实验、细胞周期、和细胞侵袭实验,探究MXRA7对NB4细胞增殖活力、周期分布、侵袭能力以及与侵袭相关的基质金属蛋白酶表达的影响。(5)采用流式细胞术检测过表达和敲低MXRA7的NB4细胞的凋亡变化和对化疗药物甲氨蝶呤和阿糖胞苷诱导后的凋亡差异,Western blot实验检测凋亡相关蛋白的表达情况。(6)采用流式细胞术检测急性早幼粒细胞NB4向粒系细胞分化的表面标志分子CD11b的表达情况,瑞氏-吉姆萨染色和NBT氧化还原实验研究MXRA7对NB4细胞分化的影响。(7)Western blot检测全反式维甲酸(ATRA)诱导NB4细胞分化过程中MXRA7对融合蛋白PML-RARα、PML和RARα表达的影响;实时荧光定量PCR检测MXRA7对髓系细胞分化过程中起重要作用的转录因子CEBP家族成员表达的影响。(8)体内实验通过NOD-SCID免疫缺陷小鼠构建急性早幼粒白血病小鼠模型:尾静脉注射MXRA7敲低的NB4细胞和对照细胞,观察小鼠的生存时间、体重变化以及小鼠股骨全骨髓细胞中白血病细胞的比例及数量变化。结果:(1)通过BloodSpot和Leukemia Gene Atlas两个数据库分析均发现,MXRA7在t(15;17)染色体异位的急性髓系白血病,即急性早幼粒白血病中表达异常升高。(2)通过实时荧光定量PCR和Western blot实验结果发现,MXRA7的mRNA和蛋白在AML-M3、B-ALL和T-ALL病人骨髓中的表达量都高于正常供体的骨髓;MXRA7在AML、B-ALL和T-ALL的细胞系中表达也有高表达。(3)经流式分选建立YFP阳性的NB4-V和NB4-MXRA7high稳转细胞系,经嘌呤霉素筛选建立带GFP阳性的NB4-NC和NB4-MXRA7low稳转细胞系,经实时荧光定量PCR和Western blot实验验证稳定转染的细胞系构建成功。(4)经CCK8细胞活力检测实验发现,MXRA7对NB4细胞的活力并没有明显改变,流式细胞周期实验检测MXRA7同样并未影响NB4细胞的周期分布。但是,克隆形成实验结果显示,过表达MXRA7后,细胞形成集落的能力增强,并且增强了 NB4细胞的侵袭能力,与侵袭相关的基质金属蛋白酶MMP-2和MMP-9表达量升高。然而,敲低MXRA7对NB4细胞的侵袭能力则没有明显影响。(5)在化疗药物MTX和Ara-C诱导NB4细胞凋亡过程中,敲低MXRA7的NB4细胞对化疗药物敏感性增加,凋亡比例明显升高,并且与凋亡相关的Caspase家族中的Caspase-3、Caspase-8和Caspase-9活化剪切形式表达量明显升高。过表达MXRA7的NB4细胞对化疗药物的敏感性无明显差异,凋亡相关蛋白的表达量变化也不明显。(6)流式细胞术检测到敲低MXRA7的NB4细胞向粒系细胞分化的表面标志分子CD11b表达升高,NBT氧化还原能力增加。形态学上,经ATRA诱导后,敲低MXRA7细胞的分化程度高于对照组。过表达MXRA7后粒系细胞表面标志分子CD11b表达略降低,NBT氧化还原能力减弱,但形态上分化程度与对照组相比无明显差异。(7)Westem blot实验结果表明,在NB4细胞中过表达MXRA7后,融合蛋白PML-RARα表达量升高,PML和RARα蛋白在ATRA诱导后表达量较对照组降低。敲低MXRA7后,融合蛋白PML-RARα表达量降低,PML和RARα蛋白在ATRA诱导后表达量较对照组升高。过表达MXRA7后,转录增强结合子CEBP家族中的CEBPB、CEBPD和CEBPG表达量下降;敲低MXRA7后,CEBPD和CEBPE表达量升高。(8)急性早幼粒白血病小鼠模型实验结果显示,尽管小鼠在生存时间没有明显的统计学差异,但是敲低MXRA7明显减轻了白血病小鼠的体重下降程度,并降低了白血病细胞浸润到小鼠骨髓中的比例,一定程度上减缓了白血病的发展,改善了小鼠的生存状态。结论:MXRA7在急性早幼粒白血病病人和白血病细胞系中表达量异常升高。当在NB4细胞中敲低MXRA7后增加了对化疗药物的敏感性,凋亡比例升高;NB4细胞中MXRA7的表达量随着ATRA诱导下降,并且敲低MXRA7后使NB4细胞向成熟粒系细胞分化,融合蛋白PML-RARα表达量下降。综上所述,我们发现MXRA7通过调控PML-RARα的表达来影响急性早幼粒白血病细胞的分化,从而影响急性早幼粒白血病的发生发展。
吴祁生[10](2018)在《基于重组MS2病毒样颗粒的急性早幼粒白血病PML-RARα融合基因检测质控品及其应用研究》文中提出PML-RARβ融合基因检测在急性早幼粒细胞白血病的临床管理中发挥重要作用。使用逆转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)的PML-RARα融合基因分子检测可以证实基于形态学、免疫表型和/或凝血障碍筛查对APL的假定诊断。同时,使用RT-qPCR连续检测PML-RARα融合基因转录水平可以监测最小残留病(MRD),用于记录白血病负担并最终确认分子缓解。基于PML-RARβ融合基因转录物的RT-qPCR检测已广泛开展于临床常规实验室,尤其是血液病分子实验室。依据PML-RAR融合基因检测目的,临床真实骨髓标本有核白细胞提取的总RNA可分为3个部分,即PML-RARα融合基因mRNA,内参基因mRNA和其他无关RNA,其中无关RNA占总RNA 比例最大。我们选择生物安全性高、稳定性好、对RNA保护作用强的噬菌体MS2病毒样颗粒(Bacteriophage MS2 virus-like particles,MS2VLPs)来制作PML-RARα融合基因、内参基因和无关RNA的盔甲RNA。其中PML-RAR融合基因包括L、S和V三种亚型,选择外源性23s rRNA作为无关RNA。混合PML-RARα融合基因不同亚型,内参基因和23s rRNA的盔甲RNA,就可模拟有核白细胞总RNA组成特征和RNA产量,进而制备不同PML-RRα转录水平的模拟白细胞样本。针对不同亚型的PML-RARα融合基因,我们设计不同的APL临床模拟病例,同时提供从入院诊断到随访的各个MRD监测点的临床检测信息。依据APL病程不同MRD监测点临床信息制备不同的模拟白细胞样本,作为PML-RARα融合基因检测EQA样本。根据PML-RARα临床检测流程,采用严格的EQA评价标准,突出PML-RARα融合基因入院诊断筛查和定性检测在临床治疗决策中的重要作用。参考多种国内外基因诊断报告标准,建立PML-RARα融合基因临床检验报告单评分标准,考查参评实验室临床检验报告的规范完整性。各实验室需根据APL模拟病例和质控样本临床检查信息,给出相应的临床治疗方案和治疗调整,以考查实验室与临床科室的沟通意愿和能力。我们要求参评实验室对EQA样本进行融合基因检测流程,包括RNA提取、白血病相关融合基因诊断筛查、定性和定量RT-qPCR检测,最终提交实验数据回报表和临床检验报告。我们制备的模拟白细胞样本对各种RNA提取方法有很好的适应性,各实验室RNA产量与真实BM样本基本一致(2.27~35.70μg),内参基因的拷贝数>104,可以满足后续的PCR实验检测。针对PML-RARα融合基因临床检测流程,在50家参评实验室中,30.0%(15/50)的整体表现被认为是“优秀”,8.0%(4/50)参评者被归类为“尚可”,62.0%(31/50)实验室被纳入“有待提高”。白血病相关融合基因诊断筛查和定量检测的整体表现明显优于定性检测和临床检验报告表现。(1)参评实验室的诊断筛查表现好,只有1家实验室出现PML-RARα亚型鉴定错误结果。(2)RT-qPCR定性检测表现不能令人满意,51.0%(25/49)实验室在治疗决策重要性的MRD监测点出现了至少1个假阳性或假阴性结果,共报告28个假阳性结果和15个假阴性结果;RT-qPCR定量检测稳定性差,表现为参评实验室不同样本之间检测能力不一致,不同实验室之间检测结果不一致;对PML-RAα融合基因低频亚型V,RT-qPCR定性和定量检测能力明显差于亚型L/S。(3)临床检验报告规范完整性表现差,只有检测结果却很少有基于给定APL模拟病例的临床解释和进一步检测建议;多数临床实验室有与临床科室沟通意愿,但深度有待加强。综上所述,模拟白细胞样本可以胜任PML-RAR融合基因临床检测流程质量评价,在RNA提取、内参基因和融合基因检测方面成功模拟了临床标本特征。针对不同的室间评价结果,临床实验室需要严格执行PCR分区操作防止样本污染,常规进行室内质量控制,定期进行仪器设备的维护和校准,以避免假阳性和假阴性结果;同时要主动优化和验证RT-qPCR检测程序,完善实验室程序性文件,以保证实验室定量检测结果的稳定性和准确性。临床实验室需关注检测样本的临床信息,合理分析检测结果,得出有专业临床解释的临床检验报告。临床实验室需加强与临床医师之间的沟通交流,继续参加室间质量评价和教育活动,以改进PML-RARα融合基因临床检测流程。本研究的创新性主要有:(1)使用MS2VLPs制备APL模拟白细胞样本,包括PML-RAR融合基因低频亚型V;(2)设计APL常规顺利型和极端复发型病例,在不同MRD监测点制备相应PML-RAR融合基因转录水平的模拟白细胞EQA样本,组成PML-RAR融合基因不同亚型的室间质评样本盘;(3)模拟APL临床检测流程,考查质控样本的RNA提取、入院诊断筛查、定性和定量检测,临床报告与临床治疗;(4)建立了适合急性早幼粒白血病PML-RARα FG检测流程的严格的EQA评分标准,评价实验室筛杏、定性和定量检测能力:(5)建立临床检验报告单评分标准,考查PML-RAR融合基因临床检验报告的规范完整性;(6)设计APL模拟病例和各EQA样本临床检查信息,以临床治疗响应和调整的有无为指标考查实验室与临床科室的沟通意愿和能力。
二、急性白血病的基因诊断(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、急性白血病的基因诊断(论文提纲范文)
(1)基于图的半监督特征选择算法研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第一章 绪论 |
1.1 课题背景及研究意义 |
1.2 国内外研究现状 |
1.3 主要研究内容及全文结构安排 |
第二章 相关理论知识 |
2.1 特征选择的定义 |
2.2 特征选择的分析 |
2.2.1 基于搜索策略的特征选择 |
2.2.2 基于评价准则的特征选择 |
2.3 半监督学习 |
2.3.1 半监督学习假设 |
2.3.2 基于图的半监督学习 |
2.4 常用的特征选择算法 |
2.5 本章小结 |
第三章 基于Hessian正则自适应损失半监督特征选择 |
3.1 引言 |
3.2 优化迹比准则半监督特征选择 |
3.3 基于Hessian正则自适应损失半监督特征选择 |
3.3.1 问题描述 |
3.3.2 优化求解 |
3.3.3 算法描述及讨论 |
3.4 仿真实验及结果分析 |
3.4.1 实验数据集 |
3.4.2 评价标准及算法比较 |
3.4.3 平衡参数敏感性分析 |
3.4.4 复杂性分析 |
3.4.5 收敛性分析 |
3.4.6 基因学应用分析 |
3.5 本章小结 |
第四章 基于自调整图的半监督稀疏特征选择 |
4.1 引言 |
4.2 FME和 SSelect |
4.3 基于拉普拉斯图的特征选择算法 |
4.3.1 问题的分析与建模 |
4.3.2 算法优化 |
4.3.3 算法收敛性分析 |
4.4 相关的实验与分析 |
4.4.1 数据集和实验设置 |
4.4.2 比较方法及结果分析 |
4.4.3 参数敏感性分析 |
4.4.4 收敛性分析 |
4.5 本章小结 |
第五章 总结与展望 |
5.1 总结 |
5.2 展望 |
个人简历在读期间发表的学术论文 |
致谢 |
参考文献 |
(2)异常核型染色体在急性白血病中的研究分析及临床意义(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩写 |
前言 |
材料与方法 |
结果 |
附图 |
附表 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述 Ph阳性急性淋巴细胞白血病治疗进展 |
参考文献 |
致谢 |
附件 |
个人简历 |
(3)泸州儿童G6PD缺乏症基因突变类型及临床特点分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
材料和方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
英汉缩略词对照表 |
G6PD与相关疾病关系进展(综述) |
参考文献 |
攻读硕士学位期间发表论文情况 |
致谢 |
(4)新生儿早发型败血症高危因素与预防的研究进展(论文提纲范文)
1 高危因素 |
1.1 绒毛膜羊膜炎或羊膜腔感染、产时发热 |
1.2 胎膜早破(premature rupture of membranes,PROM)和破膜时间延长[17] |
1.3 GBS定植 |
1.4 早产和低出生体质量 |
2 预防 |
2.1 产前GBS筛查 |
2.2 IAP |
2.3 产后新生儿预防 |
(5)动脉导管未闭对超低出生体质量儿脏器功能的影响(论文提纲范文)
1 PDA结构特征 |
2 超低出生体质量儿PDA的血流动力学 |
3 PDA对ELBWIs脏器功能的影响 |
3.1 肺 |
3.2 脑 |
3.3 心脏 |
3.4 肾脏 |
3.5 胃肠道 |
3.6 眼 |
(6)急性髓系白血病融合基因与免疫分型及凝血功能关系研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
引言 |
第一部分 急性髓系白血病PML/RARα融合基因与免疫分型相关性研究 |
第一节 研究对象与方法 |
第二节 实验结果 |
第三节 讨论 |
第四节 结论 |
第二部分 急性髓系白血病PML-RARα融合基因与凝血指标分析 |
第一节 研究对象与方法 |
第二节 实验结果 |
第三节 讨论 |
第四节 结论 |
致谢 |
参考文献 |
综述 急性白血病相关融合基因研究进展 |
参考文献 |
个人简介 |
(7)胱氨酸贮积症诊疗进展(论文提纲范文)
1 流行病学 |
2 病因学 |
3 临床表现和并发症 |
3.1 肾脏症状 |
3.2 肾外症状 |
3.2.1 眼睛 |
3.2.2 内分泌腺体 |
3.2.3 神经肌肉系统 |
3.2.4 其他 |
4 诊断方法 |
5 鉴别诊断 |
6 治疗措施 |
6.1 对症治疗 |
6.2 针对胱氨酸的特异治疗——清除治疗 |
6.3 造血干细胞移植治疗 |
7 预后 |
(8)MLL基因重排阳性儿童急性淋巴细胞白血病预后相关因素分析与研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一部分 MLL基因重排儿童急性淋巴细胞白血病接受CCLG-ALL2008方案治疗疗效和预后因素分析 |
引言 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
第二部分 应用RNA-seq初步研究MLL重排儿童急性淋巴细胞白血病差异表达基因与预后的相关性 |
引言 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
全文总结 |
参考文献 |
综述 MLL基因重排儿童急性白血病研究进展 |
参考文献 |
中英文对照缩略词表 |
攻读博士学位期间科研成果 |
致谢 |
(9)基质重塑相关基因7(MXRA7)在急性早幼粒白血病发展中的作用及机制研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
1 引言 |
2 材料和方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 实验小鼠 |
2.1.2 细胞株和病人以及正常供体骨髓样本 |
2.1.3 试剂与耗材 |
2.1.4 实验仪器及来源 |
2.1.5 主要试剂配制 |
2.1.6 引物设计及合成 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 公共数据库分析基因变化量 |
2.2.2 骨髓样本和细胞系中MXRA7的表达分析 |
2.2.3 NB4过表达和干扰稳定细胞系的构建 |
2.2.4 细胞增殖实验 |
2.2.5 琼脂糖克隆集落形成实验 |
2.2.6 细胞周期分布实验 |
2.2.7 细胞侵袭实验 |
2.2.8 细胞凋亡实验 |
2.2.9 瑞氏-吉姆萨细胞染色 |
2.2.10 NBT氧化还原能力实验 |
2.2.11 NB4细胞分化细胞表面标志测定 |
2.2.12 免疫荧光实验 |
2.2.13 免疫缺陷小鼠模型构建 |
2.2.14 统计学分析 |
3 结果 |
3.1 Bloodspot和Leukemia Gene Atlas数据库分析MXRA7基因在白血病中表达量异常升高 |
3.2 MXRA7在急性早幼粒白血病人和细胞系中的表达量异常升高 |
3.3 MXRA7过表达和敲低质粒载体构建及NB4稳转细胞系的构建 |
3.4 MXRA7对NB4细胞增殖、周期分布以及侵袭功能的影响 |
3.5 敲低MXRA7增加NB4细胞对化疗药物的敏感性且凋亡比例升高 |
3.6 MXRA7阻滞NB4细胞的分化 |
3.7 MXRA7在急性早幼粒白血病小鼠模型中的作用 |
4 讨论 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间公开发表的论文 |
致谢 |
(10)基于重组MS2病毒样颗粒的急性早幼粒白血病PML-RARα融合基因检测质控品及其应用研究(论文提纲范文)
英文缩略词 |
中文摘要 |
Abstract |
前言 |
1. 材料与方法 |
1.1. 实验材料和试剂配制 |
1.1.1. 仪器 |
1.1.2. 菌株和质粒 |
1.1.2.1. 宿主细菌 |
1.1.2.2. 表达质粒 |
1.1.2.3. 克隆质粒 |
1.1.3. 主要实验耗材 |
1.1.4. 主要实验试剂 |
1.1.5. 培养基和溶液的配制 |
1.2. 方法 |
1.2.1. 内含PML-RARα融合基因L/S/V、内参基因和23s rRNA序列的重组病毒样颗粒原核表达载体的构建 |
1.2.1.1 提取pACYC-MS2质粒 |
1.2.1.2 PML-RARα融合基因亚型L/S/V、内参基因和23s rRNA目的序列的选择 |
1.2.1.3. 获取PML-RARα融合基因亚型L/S/V、内参基因和23s rRNA目的序列 |
1.2.1.3.1 外周血总RNA提取 |
1.2.1.3.2 大肠杆菌基因组DNA提取 |
1.2.1.3.3 总RNA逆转录 |
1.2.1.3.4 目的基因的PCR扩增 |
1.2.1.3.5 目的基因片段鉴定及纯化回收 |
1.2.1.3.6 目的基因片段与pMD18-T载体的连接 |
1.2.1.3.7 连接产物向凡E.Coli Top10的转化 |
1.2.1.3.8 阳性克隆菌落的鉴定 |
1.2.1.3.9 质粒的提取 |
1.2.1.4. 使用加入酶切位点的引物PCR目的序列并纯化PCR产物 |
1.2.1.5. 插入片段与目的载体pACYC-Duet1的双酶切 |
1.2.1.6. 目的片段与载体连接 |
1.2.1.7. 连接产物转化Top 10 E.Coli感受态细胞 |
1.2.1.8. 质粒小量提取 |
1.2.1.9. 鉴定重组质粒 |
1.2.1.10. 测序鉴定 |
1.2.2. 重组病毒样颗粒的表达和纯化 |
1.2.2.1. 提取pACYC-MS2-PML-RARα L/V/S,pACYC-MS2-CGs和pACYC-MS2-23s rRNA重组质粒 |
1.2.2.2. 重组质粒DNA的浓度定量和纯度鉴定 |
1.2.2.3. pACYC-MS2-PML-RARα L/V/S,pACYC-MS2-CGs和pACYC-MS2-23srRNA重组质粒转化BL21(DE3)大肠杆菌 |
1.2.2.4. 重组病毒样颗粒在BL21(DE3)大肠杆菌中的诱导表达 |
1.2.2.5. 超声破碎 |
1.2.2.6. PEG 6000富集重组病毒样颗粒 |
1.2.2.7. 丙烯葡聚糖凝胶层析纯化重组病毒样颗粒 |
1.2.3. 重组病毒样颗粒的鉴定 |
1.2.3.1. 琼脂糖凝胶电泳鉴定重组病毒样颗粒 |
1.2.3.2. 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析鉴定 |
1.2.3.3. RT-PCR鉴定重组病毒样颗粒内包装的目的RNA |
1.2.3.4. 透射电子显微镜鉴定重组病毒样颗粒 |
1.2.3.5. 重组病毒样颗粒的耐酶性实验 |
1.2.4. APL临床模拟病例的设计 |
1.2.5. 模拟白细胞样本的制备 |
1.2.5.1. E.Coli 23 rRNA MS2 VLPs添加量的确定 |
1.2.5.2. 阳性模拟白细胞样本AR-FG L/V/S和AR-CG s配比的棋盘格筛选 |
1.2.5.3. 模拟白细胞样本EQA样本盘的配制 |
1.2.5.4. 模拟白细胞样本EQA样本盘的验证 |
1.2.6. 报告单评分标准 |
1.2.7. 急性早幼粒白血病模拟白细胞样本作为质控样本开展全国PML-RARα融合基因临床检测流程室间质量评价 |
1.2.7.1. PML-RARα融合基因临床检测流程室间质量评价方案 |
1.2.7.2. 白细胞模拟样本EQA样本盘的建立 |
1.2.7.3. 白细胞模拟样本的稳定性评价 |
1.2.7.4. 白细胞模拟样本EQA样本盘的发放 |
1.2.8. 室间质评活动评分标准 |
1.2.9. 统计学分析 |
2. 结果 |
2.1. 内含PML-RARα融合基因L/S/V、内参基因和23s rRNA序列的重组病毒样颗粒原核表达载体的构建 |
2.1.1. PCR扩增PML-RARα融合基因L/S/V、内参基因和23s rRNA序列目的片段 |
2.1.2. pACYC-MS2PML-RARα L/V/S,pACYC-MS2-CGs和pACYC-MS2-23srRNA重组载体的验证 |
2.2. PML-RARα FG L/V/S盔甲RNA (AR-FG L/V/S),chimeric CGs盔甲RNA(AR-CGs)和23s rRNA盔甲RNA (AR-23s)的表达和纯化 |
2.3. 重组MS2盔甲RNA的鉴定 |
2.3.1. 琼脂糖凝胶电泳鉴定重组MS2盔甲RNA |
2.3.2. SDS-PAGE鉴定重组MS2盔甲RNA |
2.3.3. RT-PCR鉴定重组MS2盔甲RNA内含目的RNA序列 |
2.3.4. 透射电子显微镜鉴定重组MS2盔甲RNA |
2.4. 模拟白细胞样本的配制及EQA样本盘制作 |
2.4.1. E.Coli 23 rRNA盔甲RNA添加量的确定 |
2.4.2. 阳性模拟白细胞样本AR-FG L/V/S和AR-CG s配比的棋盘格筛选 |
2.4.3. 模拟白细胞样本EQA样本盘的配制 |
2.4.4. 模拟白细胞样本EQA样本盘的验证 |
2.4.5. 样本盘的稳定性实验 |
2.5. 模拟白细胞样本的PML-RARα临床检测流程室间质量评价 |
2.5.1. 模拟白细胞样本EQA样本盘的实验室分布和响应 |
2.5.2. PML-RARα临床检测流程室间质量评价结果 |
2.5.3. 临床检验报告规范完整性 |
2.5.4. 临床治疗的响应与调整 |
3. 讨论 |
3.1. 模拟白细胞样本性能验证 |
3.2. 白血病相关融合基因入院诊断筛查检测 |
3.3. PML-RARα融合基因RT-qPCR定性检测 |
3.4. PML-RARα融合基因RT-qPCR定量检测 |
3.5. 临床检验报告评分 |
3.6. 临床治疗方案及调整 |
3.7. 模拟白细胞样本总RNA的提取 |
3.8. 研究结论 |
参考文献 |
论文综述 急性早幼粒细胞白血病中RARA融合基因概述 |
参考文献 |
附录 |
附录1: pACYCDuet-1载体详细信息 |
附录2: pMD18-T载体信息 |
附录3: 早幼粒白血病基因(PML) mRNA基因序列 |
附录4: 视黄酸受体α基因(RARA) mRNA基因序列 |
附录5: PML-RARα L/V/S,嵌合内参基因,23srRNA目的区域DNA序列 |
附录6: 表达载体pACYC-MS2-PML-RARα L/V/S,pACYC-MS2-CGs和pACYC-MS2-23s rRNA目的序列测序比对结果 |
附录7: APL临床模拟病例 |
附录8: 临床基因检验诊断报告模板 |
附录9: 室间质量评价调查活动安排及注意事项(样本号:A1711-A1715;C1731-C1736) |
附录10: 室间质量评价调查活动安排及注意事项(样本号:B1721-B1725;C1731-C1736) |
附录11: 室间质量评价调查活动结果回报表 |
致谢 |
个人简介 |
四、急性白血病的基因诊断(论文参考文献)
- [1]基于图的半监督特征选择算法研究[D]. 周振辰. 华东交通大学, 2020(06)
- [2]异常核型染色体在急性白血病中的研究分析及临床意义[D]. 马垍冬. 河北北方学院, 2020(06)
- [3]泸州儿童G6PD缺乏症基因突变类型及临床特点分析[D]. 蒋琦. 西南医科大学, 2020(11)
- [4]新生儿早发型败血症高危因素与预防的研究进展[J]. 田月月,吴明远. 临床儿科杂志, 2020(04)
- [5]动脉导管未闭对超低出生体质量儿脏器功能的影响[J]. 宋艺凡,李娟. 临床儿科杂志, 2020(03)
- [6]急性髓系白血病融合基因与免疫分型及凝血功能关系研究[D]. 邹惠安. 长江大学, 2020(04)
- [7]胱氨酸贮积症诊疗进展[J]. 李晓侨,巩纯秀. 临床儿科杂志, 2020(02)
- [8]MLL基因重排阳性儿童急性淋巴细胞白血病预后相关因素分析与研究[D]. 孙伊娜. 苏州大学, 2019(06)
- [9]基质重塑相关基因7(MXRA7)在急性早幼粒白血病发展中的作用及机制研究[D]. 孙振江. 苏州大学, 2019(06)
- [10]基于重组MS2病毒样颗粒的急性早幼粒白血病PML-RARα融合基因检测质控品及其应用研究[D]. 吴祁生. 北京协和医学院, 2018(02)